Moleculares
Killops, S, Killops, V. 2005.
Introduction to organic
geochemistry 2nd Edition Chapter 5
”Chemical stratigraphic concepts
and tools” p 166-245 Blackwell U.K
Poynter, J, Eglington, G 1991 “ The
biomarker concept-strenghts and
weaknesses “. Fresenius J Anal.
Chem 339:725-731
Bibliografia
Brocks J.J, Summons, R.E 2005
“Sedimentary hydrocarbons,
biomarkers for early life” Chapter
8.03 p 64-114 IN Vol 8 “
Biogeochemisrty” - Treatise on
Geochemistry. Elsevier 701p
Geoquímica orgânica
– Básicamente é o estudo das
reações e processos que
ocorrem com as moléculas
orgânicas no no Sistema
Terra.
Os processos são tanto mediados
biológicamente ou ainda controlados
pelas variáveis simples como a
Temperatura e Pressão, no caso dos
orgânicos ocluídos no interior da Terra.
Vida , moléculas e registros
geológicos
A vida deixa tanto registros físicos visíveis a olho
nú( esqueletos, carapaças), ou ao
microscópio(microalgas) ou ainda moléculas orgânicas
fósseis no registro sedimentar.
Os fósseis quimicos* ou marcadores moleculares, podem
dar indicações precisas da sua origem biológica inicial a
partir da sua composição isotópica e da estrutura
molecular.Podem ainda estimar as condições ambientais
reinantes no passado geológico.
Marcadores Moleculares Orgânicos
São moléculas orgânicas encontradas
em sedimentos,rochas, betume ou
petróleo que não sofreram alterações
significativas na sua estrutura básica
original que apresentavam nos
organismos vivos.
Em outras palavras a assinatura
química original é preservada apesar
dos processos biológicos ou
geoquímicos a que foram submetidas.
Marcadores Moleculares- Histórico
Cromatografia
Métodos de resolução de
substâncias em uma mistura
Fase móvel
Separação cromatográfica
Fase estacionária
Gas Chromatograph
Injection Port
Detector
Capillary Column
Data System
or Recorder
200
Temp (deg C)
160
120
80
40
0
0 10 20 30 40 50 60
Time (min)
detetores
(a) (b)
(c.1)
(c.2)
Cromatógrafo
Gas Chromatography
E A
D Gas
Chromatograph
B
C
Sample: mixture of
volatile liquids (~1µ L)
Gas Chromatogram
B
E
C
A
ec nadnub A
0 5 10 15 20
Time (minutes)
Cromatografia com DIC ou com
Espectroscopia de Massa
No caso de detectores como o de ionização de
chama a identificação é feita com base no
tempo de retenção do pico , comparado com o
de padrões comerciais ou sintetizados no
próprio laboratório. Assim precisamos de um
número enorme de padrões que são de alto
custo ou investir tempo nas sínteses
Já com acoplamento CG-EM a identificação é
feita pela razão massa/ carga do íon
comparada com as M/z s de uma biblioteca de
espectros.
Mass Spectrometer
Sample Data
Introduction Output
Inlet Data
System
Vacuum
Pumps
Electron Impact
Ionization Source
~70 Volts
Positive
Ions
+
Repeller Neutral Inlet __
Molecules
+ + + to
+ + +
+ Analyzer
e- e- e-
_ Electrons
Filament Extraction
Plate
Magnetic Sector Mass Analyzer
ion trajectory
in register
ion trajectory
not in register
(too light)
Ion Detector
Source
N ion trajectory
not in register
Electromagnet (too heavy)
Quadrupole Ion Filter
resonant ion
non-resonant ion
_
Detector
+
+
_
Ion
Source
DC and AC
Voltages
Mass Spectrometer
Sample Data
Introduction Output
Inlet Data
System
Vacuum
Pumps
Mass Spectrometry
O C H3
H3C C N
N C
C H Mass
C C Spectrometer
O N N
H
194
Mass Spectrum
67 109
Abundance
55
82
42
94 136 165
C13
C14 Tetradeceno
C15
FID1 A, (T EBAGO08\SEDTEB5.D)
C16 Hexadeceno
C17
Pristano
C18
Fitano
C19
C20 Eicoseno
C21
C22
C23
C24
C25
C26
C27
Amostra de sedimento com n-alcanos naturais
C28
C29
C30
C31
C32
C33
C34
C35
C12
C13
C14
FID1 A , (RLA MA H09 \C UR V T H P 1.D )
C15
Hexadeceno C16
Pristano C17
Fitano C18
C19
Eicoseno
C20
C21
C22
C23
C24
C25
C26
Amostra de petróleo da Baía de Todos os Santos
C27
C28
C29
C30
C31
C32
Cromatograma de uma amostra de sedimento com UCM
A análise dos hidrocarbonetos polinucleares
aromáticos(HPAs) de uma amostra ambiental
também auxilia na identificação da sua origem .
Pela distribuição relativa dos HPAs não alquilados
e alquilados no cromatograma ou no EM dá para
saber se estes compostos vieram da combustão de
biomassa, carvão ou de derivados do petróleo.
O Laboratório de Química Orgânica Marinha do
IOUSP utiliza em rotina os marcadores moleculares
como traçadores de origem.
Razões isotópicas acoplada a CG-
MS
Com o acoplamento da cromatografia de
gás simultaneamente a determinação das
razões isotópicas numa só injeção, como é
o caso do equipamento IRCGMS que foi
mostrado a vocês no laboratório da
Geoquímica Marinha, fica ainda mais
facilitada a identificação da origem do
material se marinho ou terrestre ou mista.
Definição atual de Marcador
Molecular
“ Uma molécula orgânica cujo esqueleto
carbônico pode ser ligado inequivocamente à
um precursor biológico definido”
Paleo-oceanografia Clássica
Antes do uso generalizado de
marcadores moleculares a forma
clássica de avaliar a contribuição
sedimentar para os ambientes atuais,
era o estudo dos fósseis marinhos,
visíveis pela microscopia como restos
de esqueletos calcáreos ou silicosos.
Posteriormente passou-se a usar as
razões isotópicas de C 13, N15 e O16
eO18 nestas carapaças.
Estratigrafia química
Químiotaxonomia Paleoceanografia
O exemplo clássico são os esqueletos de
foraminíferos marinhos.
Ocorre que nem sempre os sedimentos
mais antigos preservaram estes restos de
organismos.
Em contraste os lipídeos são bem preservados
fazendo parte da constituição bioquímica
original do
Requisitos de Biomarcadores
organismo. Os hidrocarbonetos
em geral, ácidos graxos e
alcooís superiores são bem
preservados nos sedimentos
marinhos e nas rochas
geradoras de óleo. Deste modo
na prática são os marcadores
moleculares mais utilizados em
rotina.
Características dos Biomarcadores
.Mas isto não significa que qualquer
lipídeo ou hidrocarboneto sirva como
marcador ideal. O marcador não precisa
conservar todos seus grupos funcionais
originais como COOH, OH, NH2, etc
durante os processos de diagenese,
metagenese mas precisa conservar seu
esqueleto principal.
Alterações da estrutura original dos
marcadores moleculares
Durante a diagênese nos sedimentos
os marcadores sofrem as mesmas
reações que os outros orgânicos do
sedimento:
Perda dos grupos funcionais
Aromatização( perda de Hs)
Isomerização
A diferença é que o esqueleto
carbônico básico é conservado
Paleo-oceanografia Clássica
Tradicionalmente a relação O18:O16 do restos
de fósseis de invertebrados marinhos
( testas carbonáceas), encontrados no
sedimentos tem sido usada na determinção das
paleotemperaturas dos oceanos, mas a
extensão das glaciações, o balanço da
evaporação e precipitação, a profundidade. de
compensação do carbonato e a diagênese
afetam a exatidão destas determinações
Marcadores moleculares e a
paleotemperatura dos oceanos
Tradicionalmente os marcadores
moleculares são muito utilizados
pela industria de petróleo para
caracterizar os diversos tipos de
óleo e sua maturidade. Uma nova e
fascinante aplicação dos
marcadores moleculares é nos
estudos da paleotemperatura dos
oceanos
Uso das alquenonas
Uma alternativa ao uso das
testas de fosséis e a relação
O16/O18 é usar um marcador
molecular. As alquenonas são
cetonas insaturadas de cadeia
longa, C37-C39, presentes em
algas halofitas, como a
Emiliana huxleyi.
Emiliana huxleyi
Esta alga é ubíqua em todos oceanos e
suas assinaturas moleculares estão
presentes em praticamente todos
sedimentos marinhos e lacustres,
registrando assim as variações dos
blooms de fitoplâncton que ocorreram no
passado geológico.
Ocorrência das alquenonas