Asam amino & Protein

II
 Asam amino
• unit penyusun terkecil dari protein
• Jenis asam amino ada 300 macam
• Jenis asam amino penyusun protein
hanya 20 macam
• Yang menyusun protein berjenis α, kecuali
prolin
20 asam amino pembentuk protein
 Stuktur dasar
• Ada 2 gugus fungsional :
- Amin primer
- Asam karboksilat

Karena bersifat asam dan

basa maka asam amino
R= rantai samping
dapat membentuk ion +
dan – (zwitter ion)
Asam amino dengan Rantai
samping alifatik
Asam amino dengan rantai samping
mengandung gugus sulfur
Asam amino dengan rantai samping
mengandung gugus hidroksil
Asam amino dengan rantai samping
bersifat asam
 Peptida
• Definisi : ikatan antara gugus CH asam
amino satu dengan gugus NH asam
amino lain.
 Peptida dengan aksi farmakologi
• Bradikinin
• Gluthation
• Antibiotik polipeptida
• TRH
• Beta lipoprotein
 Protein
• Adalah : komponen penting/ utama dalam
sel hewan dan manusia (dr membran s/d
inti)
• Merupakan hasil ekspresi informasi
genetik
• Komposisi : C, H, O, N, S
• Unsur tambahan : P, Fe, Zn, Cu
• Bila dihidrolisis menghasilkan asam amino
α
 STRUKTUR PROTEIN
• Protein yang disusun oleh 100 asam
amino misalnya dapat memiliki 20100
urutan asam amino yang berbeda.
• Penentu keragaman protein dan fungsi
spesifiknya.
• Interaksi dr bbg asam amino yg
berdekatan dari suatu polipeptida
membentuk ikatan hidrogen
• Polipeptida spontan melipat menjadi
bentuk lembaran atau pilinan, yang
disebut struktur sekunder
• Struktur tersier merupakan bentuk tiga
dimensi tergantung pada struktur
sekunder ini. Protein yang disusun oleh
struktur lembaran sebagian besar
mempunyai bentuk serat yang mempunyai
fungsi struktural.
• Protein yang disusun oleh struktur pilinan
akan menjadi bentuk globuler.
• Bentuk protein globuler ini sgt ditentukan
oleh urutan asam aminonya.
• Perubahan pada satu asam amino dapat
berpengaruh kecil atau besar terhadap
keseluruan strukturnya.
 BERBAGAI INTERAKSI KIMIA YANG BERPERAN PADA
STRUKTUR PROTEIN

1. Ikatan Hidrogen
- berperan pada struktur sekunder (heliks 
dan lembaran ).
- Dibentuk antara rantai samping asam amino,
antara atom hidrogen dan oksigen dari ikatan
peptida sendiri, dan antar residu polar
permukaan protein dengan air

2. Interaksi hidrofobik
3. Ikatan elektrostatik
 2. Interaksi hidrofobik

• Rantai samping non polar dari asam

amino cenderung untuk saling
berkelompok.
• Interaksi ini bukan merupakan ikatan
kimia, tetapi berperan penting pada
struktur tersier
 Ikatan elektrostatik
• dibentuk antara gugus bermuatan
yang berlawanan pada rantai
samping asam amino
• atau antara residu N-terminal dan C-
terminal, misalnya gugus ε-amino
lisin, mengandung muatan total +1
pada pH fisiologis dan muatan total
non-α-karboksil aspartat dan glutamat
-1.
 Penggolongan Protein
1. Protein dapat digolongkan berdasarkan
struktur komponennya menjadi:
a. Protein sederhana : pada hidrolisis hanya
menghasilkan asam amino
Contoh : enzim ribonuklease,
kimotripsinogen
b. Protein konjugat : pada hidrolisis
menghasilkan asam amino dan
komponen lain
Contoh : lipoprotein, glikoprotein dan
fosfoprotein
 Penggolongan berdasar fungsi
1. Protein dinamik
2. Protein struktural

Yang termasuk protein struktural :

Kolagen →
Elastin →
Keratin →
Fibroin →
resilin →
Yang termasuk protein dinamik :
• Enzim : LDH, MnSOD, G 6P DH, Xantin
oxidase, Cat, Peroxidase, Glut reduktase
• Protein transpor : Hb., lipoprotein, transferin
• Protein cadangan : ovalbumin, casein, feritin
• Protein kontraktil : aktin, miosin, tubulin, dinein
• Protein pengatur : hormon pertumbuhan,
insulin, protein G, histon
• Protein pertahanan : Ig, fibrinogen, trombin,
bisa ular, toksin bakteri, tanaman (risin)
 Penggolongan berdasarkan
konformasinya :
1. Protein Fibrous
2. Protein Globuler
3. Protein Fibrous - globuler
 Protein fibrous

• Terdiri dari polipeptida yang tersusun

sejajar pada sumbu searah membentuk
serat memanjang atau lipatan
memanjang.
• Kaku, tidak larut air, banyak asam amino
hidrofob
• Elemen struktural dasar pada jaringan ikat
vertebrata
 Contoh Protein fibrous
Kolagen : komponen
dari tulang, gigi,
tulang rawan, tendon
Keratin : komponen
rambut, tanduk
Elastin : pada jaringan
ikat kuning di paru-
paru, dinding
pembuluh darah.
 Protein globuler
• Rantai polipeptida melipat menjadi bentuk
lonjong atau globuler yang kompak
• Larut air
• Biasanya mempunyai fungsi dinamik
dalam sel
• Terdiri dari senyawa-senyawa yang
sangat beragam fungsinya
• Contoh : enzim, antibodi, albumin, Hb., dll
 Protein fibrous-globuler
• Bentuk fibrous tetapi larut air
• Contoh : miosin, fibrinogen
 Ikatan kimia dalam protein
1. Ikatan kovalen
- Ikatan peptida
- Ikatan disulfida
- Ikatan hidrogen
2. Ikatan ionik
3. Ikatan van der Waals
Beberapa jenis ikatan dalam
molekul protein
 Struktur protein
1. Struktur primer, ditentukan oleh urutan asam
amino yang terikat kovalen→ikatan peptida
2. Struktur skunder, disebabkan oleh penataan
spatial dari rantai polipeptida dalam 1 dimensi
→AA berulang: α helix, β pleated
3. Struktur tersier, disebabkan oleh karena
melipatnya rantai polipeptida dalam 3 dimensi
→interaksi hidrofob
4. Struktur kwarterner, masing2 rantai polipeptida
mengadakan hubungan satu sama lain. → >1
peptida
Struktur kwarterner Hb memperlihatkan hubungan antara 4 unit polipeptid
Struktur Heliks alfa
Struktur Lembaran beta
 Denaturasi Protein
Adalah : perubahan struktur protein alamiah
dapat terjadi pada struktur sekunder,
tersier, kwarterner.
 Penyebab denaturasi
1. Suhu
2. Asam dan basa
3. Pengocokan dan pemusingan
4. Penggerusan
5. Radiasi uv
6. Gelombang ultrasonik
7. Senyawa kimia urea dan derivat guanidin
• Denaturasi : a.reversibel
b. irreversibel
Denaturasi dapat berpengaruh pada :
viskositas, ukuran partikel, kelarutan,
ketahanan terhadap aksi enzim proteolitik,
pembentukan atau penghilangan gugus
sulfhidril,hilangnya sejumlah asam amino atau
peptida dengan BM rendah,fungsi biologis
protein.
 Pemisahan protein
1. Dialisis memisahkan protein dengan
senyawa lain dengan BM rendah. Protein
adalah senyawa dengan BM tinggi.
2. Filtrasi gel
Pemisahan molekul protein berdasarkan
ukuran. Protein besar akan keluar lebih
dahulu, protein kecil dapat terperangkap
di pori-pori.
3. Elektroforesis
Pemisahan protein berdasarkan jumlah
muatan listrik pada gugus R, terminal
amino dan karboksil
4. Kromatografi pertukaran ion
Pemisahan berdasarkan perbedaan
densitas muatan listrik protein pada pH
tertentu.
 Soal belajar
1. Tuliskan struktur umum asam amino
2. Asam amino yang paling sederhana adalah:
a. glisin b. alanin c. valin d. lisin
3. Asam amino dengan rantai samping cincin aromatis
adalah:
a. tirosin b. glutamin c. valin d. lisin
4. Satu- satunya AA yang dapat membentuk ikatan disulfida
adalah
a. tirosin b. metionin c. sistein d. lisin
5. Terangkan bagaimana pengaruh pH terhadap AA
6. Terangkan bagaimana pembentukan ikatan peptida
7. Beri 2 contoh AA yang tidak menyusun protein
8. AA yang menyusun protein di alam berjumlah…