MÉTODOS DE ESTUDIO DE LA

POBLACIÓN MICROBIANA

I PARTE
 INTRODUCCIÓN

 Los procesos biológicos y bioquímicos que ocurren en los

suelos son fundamentales al funcionamiento del
ecosistema terrestre.

 Individuos de todos los niveles tróficos en los

ecosistemas dependen del suelo como una fuente
de nutrientes y dependen de los organismos del
suelo para liberar y reciclar elementos esenciales a
través de procesos de descomposición de residuos
 INTRODUCCIÓN

 Estos procesos de descomposición se pueden estudiar a tres niveles:

 A nivel molecular. Las investigaciones implican estudios de la estructura de

la fibra vegetal y características enzimáticas del proceso de descomposición

 A nivel de organismos. Aquí el énfasis está en estudios acerca de la

regulación de la expresión enzimática, cinética del crecimiento, análisis
genético.

 A nivel de la comunidad. Los estudios se concentran en el metabolismo,

sucesiones microbianas y competencia entre comunidades microbianas y la
fauna del suelo

 Estos tres niveles deben estar integrados para poder entender las funciones
de la biomasa microbiana del suelo
 Métodos de estudio de la población microbiana

 Los métodos bioquímicos y fisiológicos más importantes

aplicados a la microbiología y bioquímica de suelos son de
interés en este curso.

 Las técnicas bioquímicas se usan para determinar la

distribución y diversidad de los microorganismos del suelo

 Las técnicas fisiológicas se usan para entender la

fisiología de células individuales, la actividad de las
comunidades microbianas del suelo y los ciclos
biogeoquímicos de nutrientes a nivel de ecosistema
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Colección de muestras de suelos

 La estrategia más común es muestrear a escala de

parcela. Del sitio en estudio se toma un número
representivo de muestras de suelo y se combinan en una
muestra compuesta o se analizan como muestras
individuales espacialmente distribuidas (métodos
geoestadísticos)
 Cuando la topografía y las propiedades físicas y químicas
del suelo son relativamente uniformes, los patrones
espaciales de la biota del suelo se estructuran en
función de la comunidad vegetal (tamaño de las plantas,
crecimiento y espaciamiento)
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Colección de muestras de suelos

 Datos analíticos obtenidos de muestras de suelos

son más informativas si se las suplementa con
información del sitio (local) donde fueron
tomadas
 Los siguientes factores físicos, químicos y bióticos
son de valor y constituyen las características base
de lo que hoy se conoce como calidad del suelo
(soil quality)
 Ver Fig.
 Prop.Biológicas
Prop Fís./Quím Prop Fís./Quím
 Cobertura y
 Topografía  Tamaño y tipo
productividad de
 Material de partícula
plantas
parental  CO2 y O2
 Historia vegetación
 Tipo de suelo  Densidad
 Presencia animal
 Humedad aparente
 Biomasa microbial
 Infiltración de  Temperatura:
rango y variación  Entradas de MO y
agua
raíces presentes
 pH del suelo  Lluvias: cantidad
y distribución
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Almacenaje y pretratamiento

 Los análisis biológicos en suelos se deben realizar de

inmediato para minimizar efectos del almacenaje de las
muestras en la biomasa microbiana
 Si no es posible, el suelo húmedo se puede almacenar
por tres semanas a 4ºC. Si un almacenaje de tiempo mayor
es necesario las muestras se pueden guardar a -20ºC; luego al
momento del análisis el suelo se descongela primero a 4ºC por
dos días.
 Al almacenar hay que evitar secar las muestras o la generación
de anaerobiosis. Las muestras almacenadas pueden ser
no representativas de la condición de campo.
 La muestras se homogenizan tamizando a 2 mm
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Determinación de la biomasa microbial del suelo

 La biomasa del suelo es un agente catalítico

primario de procesos biogeoquímicos y también un
reservorio de energía y nutrientes

 Anderson y Domsch (1980) encontraron que en 26

suelos agrícolas el N total contenido en la biomasa
microbial fluctuaba entre 0.5 y 15.3%, con un
promedio aprox. de 5%
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Determinación de la biomasa microbial del suelo

 La estabilidad de este ‘pool’ de N es un factor primario

controlando el flujo de N fijado a través del sistema,
particularmente de suelos no agrícolas (sin aporte de N
externo). Suelos disturbados declinan en biomasa
microbial lo que resulta en una liberación de grandes
cantidades de N fijado.
 La biomasa del suelo se determina para dar una
indicación de la respuesta del suelo al manejo,
cambio ambiental, disturbación del terreno y
polución del suelo
 MÉTODOS DE ESTUDIO DE LA POBLACIÓN MICROBIANA

Determinación de la biomasa microbial del suelo

 Por lo tanto, la estimación del tamaño de la

biomasa microbial del suelo y su estabilidad es
importante para el entendimiento de la dinámica
de los ecosistemas
 Porque es esencialmente imposible aislar todas las
células microbiales del suelo para cuantificarlas,
debemos estimar la biomasa midiendo un
componente celular razonablemente fácil de
cuantificar y que pueda ser extractado del suelo.
 MÉTODOS DE ESTUDIO DE LA POBLACIÓN MICROBIANA

Un indicador ideal de la biomasa del suelo

debería ...

 Estar presente en todas las células.

 Existir en todas las células a la misma concentración, sin
consideración de especie
 Estar presente en todas las células a la misma
concentración, independiente del estado de crecimiento
 Ser rápidamente descompuesto después de la muerte de la
célula
 Ser cuantitativamente extractado del suelo
 Ser fácilmente determinado (relacionado al número de
muestras y cambios en almacenamiento)
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La biomasa microbial del suelo ha sido

comúnmente estimada a través de:

 Contaje directo de los microbios

 Análisis de componentes específicos celulares, tales como ATP,
fosfolípidos y ‘muramic acid’ (aminoazucar ácido, derivado de la N-acetil-
glucosamina, que participa en la formación de las paredes bacterianas y
asegura así su rigidez).

 Determinación de procesos microbianos específicos, tales como la

mineralización de N
 Medición de tasas de respiración (evolución de CO2; consumo de O2)
 Análisis directo de componentes celulares solubilizados por fumigación
con cloroformo (FE) o la producción de CO2 producida por respiración
de esos productos (FI)
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La medición de ATP en la biomasa del suelo

(Parkinson and Paul, 1982)

 Todas las reacciones de biosíntesis o catabólicas

requieren de la participación de ATP.
 ATP es sensible a las fosfatasas y no persiste en
el suelo en un estado libre.

 Por lo tanto ATP sería un parámetro ideal para

determinar la cantidad y actividad de organismos
vivos dentro del suelo, sedimentos o sistemas
acuáticos.
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La medición de ATP en la biomasa del suelo

(Parkinson and Paul, 1982)

 Para estas determinaciones el suelo es homogeneizado en

una solución buffer para extraer ATP

 Generalmente se usa una solución buffer ácida para

minimizar la solubilización de substancias húmicas que
interfieren con la medición (ver Fig.).

 Un supuesto en el que descansa este método es que hay

una variación negligible de los contenidos de ATP en la
células microbiales.
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Determinaciones de la respiración aeróbica del suelo

(Anderson and Domsch, 1982)
 Principio: La tasa de oxidación de C (a CO2) fijado en
substratos de una muestra de suelo es proporcional a las
cantidades de organismos participando en la reacción (ver
Fig)
 Este procedimiento se puede utilizar en la diferenciación
respiratoria de hongos y bacterias, para lo cual se agrega a
las muestras de suelo antibióticos específicos de una
población.
 Estreptomicina = inhibe respiración bacterial
 Cicloheximida = inhibe población eucariótica (un inhibidor de la
síntesis proteica en organismos eucariotas, y es producida por la bacteria Streptomyces
griseus).
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Determinaciones de la respiración aeróbica del suelo

(Anderson and Domsch, 1982)

 Una consideración importante a destacar en este tipo de

mediciones que incluye la medición de CO2 del suelo es el
pH del mismo. La estimación de la biomasa del suelo
puede estar por bajo de su valor real en condiciones
neutras o alcalinas debido al siguiente equilibrio

 CO2 + H2O H2CO3  HCO3-+ H+  CO2 2- + 2H+