A L I M O H A M M A D I , A K B A R G H O R B A N I A LV A N E G H , M O S TA FA K H A FA E I ,

S A J J A D H A B I B I A Z A R I A N , M A H D I N A D E R I , E B R A H I M K R I S D AYA N T I , A L I
M I R I , H A S A N B A H M A N I , M A R YA M R A M E Z A N I , M A H M O O D TA V A L L A E I
 Residen Pembimbing :
Penguji :
 dr. Yudith
dr. Tuntas Dhanardhono, Msi. Med, MH, Sp. FM  dr. Risma

David Sudarman o Hersi khansa

Mohamad Yanuar o Andriani kairuniza
Ralin Julian Basar o Silma Ramang
Abstrak

⟶ Sampel terbaik

⟶ Inkubasi bubuk tulang, Pengumpulan supernatant, Eliminasi bubuk tulang

Sampel :

Fast DNA
Extraction
Of Bone

1980-1988 ↑Kuantitas
↑Kualitas DNA
 Pendahuluan
• Identifikasi korban bencana alam, perang, korban kekerasan?

Faktor yang mempengaruhi :

1. Genom DNA yang ↓
2. Bakteri
3. Faktor lingkungan (Fisik & Kimia)
4. Inhibitor • Lingkungan : Ion logam
• Tulang : Ion kalsium & Protein kolagen
 Sampel & Metode
Sampel : 100 Tulang manusia ± umur 1-90 tahun & post mortem 30 tahun yll & diambil dari daerah gurun,
hutan, rawa, dan dasar laut.
Tulang : gigi, femur, humerus, tibia, jaw, rib, dan cranium

Met :
1. Fast DNA extraction of Bone (FDEB)
2. Polymerase Chain Reaction (PCR)
3. Mini Short Tandem Repeats (STR)
4. Quality Control & Gel Electrophoresis
5. QIAamp DNA investigator Kit
 Preparation

1. Committee on DNA Technology in Forensic Science National Research Council, editor. DNA Technology in Forensic Science. NATIONAL ACADEMY
PRESS Washington, D.C. 1992; 1992.
 +Proteinase K
Pulverized +EDTA Decalcified +DTT Fresh bone
Bone Pellet +Nuclea lysis buffer
+ Lysis buffer

Fresh bone + salting out stage

Sampel
(- RNA)
+Sodium asetat & ethanol
+Larutan Chelex & trisolution
+Ethanol
+Deionized water

DNA
• Quality Control
• PCR
• Profiling (genetic analyzer machine)
Hasil & Pembahasan
Protokol Standar FDEB

Unsuccesful Succesful

1-2 g Bubuk tulang 0,3 g Bubuk Tulang

 Pembahasan
Faktor yang mempengaruhi Identifikasi DNA : periode post mortem, faktor lingkungan, tipe dan jenis tulang
1. Lingkungan : Temperatur, Kelembaban, pH, Kolonisasi mikrobial
Kering & Terbakar
1. Tipe tulang ⟶ Tua ⟶ Molekul DNA yang sedikit, (+) PCR inhibitors, Degradasi DNA
2. Jenis tulang : Femur > Gigi > Tibia > Fibula > Humerus > Radius > Ulna
Kesimpulan
•Ekstraksi DNA dari berbagai lingkungan mempunyai beberapa kesulitan
•Faktor yang mempengaruhi ⟶ inhibitor
•Sampel ↓ ⟶ Inhibitor↓ ⟶ ion logam, kalsium ,protein kolagen ↓
•Biaya metode ↓
•Kualitas dan Kuantitas hasil DNA ↑, Cepat, dinamakan FDEB
•DNA yang di ekstraksi cocok untuk DNA typing, namun tidak cocok untuk eksperimen DNA
seperti kloning DNA
•Diperiksa dengan QIAamp DNA Investigator Kit ⟶ Sama
•Profil DNA dari sampel tulang = Profil DNA dari sampel darah keluarga
Kelebihan & Kekurangan
•Kelebihan :
1. Kurangnya pembahasan kualitas DNA
2. Terlalu banyak membahas faktor lingkungan
3. Metode cepat dan murah, namun tidak dijelaskan

•Kekurangan :
1. Terdapat kelebihan dari metode lain
2. Dapat mengidentifikasi tulang yang rusak parah
Tinjauan Pustaka
 DNA
Polimer linear yang tersusun dari subunit dan
monomer nukleotida

Komponen penyusun nukleotida:

◦ Gula pentose
◦ Basa nitrogen
◦ Purin (adenin= A, guanin= G)
◦ Pirimidin (cytosin= C, timin= T, urasil= U)
◦ Gugus fosfat
Fungsi DNA

DNA adalah dasar kimiawi hereditas dan penyusun gen yang menjadi unit fundamental informasi genetik.
Informasi genetik yang disimpan dalam nukleotida berfungsi untuk memenuhi dua tujuan, yaitu sumber
informasi bagi sintesis semua molekul protein pada sel serta organisme dan memberikan informasi yang
diwariskan kepada anak atau generasi berikutnya.
 DNA Mitokondria
Matriks mitokondria
DNA mitokondria (mtDNA) --> untai ganda
berbentuk sirkuler yang memiliki urutan
lengkap nukleotida sepanjang 16.569
pasang basa (pb).
Molekul mtDNA terdiri dari untai heavy (H)
dan untai light (L). Untai H ini memiliki basa
G lebih banyak dan untai L yang memiliki
basa C lebih banyak.
Ekstraksi DNA
Ekstraksi DNA
• Suatu proses untuk mendapatkan DNA murni
• Prinsip Ekstraksi DNA :
1. Sentrifugasi : memisahkan campuran berdasarkan berat molekulnya
2. Presipitasi : mengendapkan suatu komponen dari campuran
Persiapan Ekstraksi DNA
• Pemisahan sampel menjadi 2 bagian Ekstrak

Simpan

• Penambahan larutan ethanol 99.9% untuk menjaga kualitas sampel

dan DNA yang diekstrak
• Ukuran sampel DNA rata-rata 50-100mg
Metode Ekstraksi DNA
1. Metode Phenol Chloroform Isoamly Alcohol (PCIA)
2. Metode Ion Exchange Resin Chelex

3. Metode Double Spin Column

Tahap Ekstraksi DNA
1. Lisis Sel
◦ proses perusakan atau penghancuran membran dan dinding sel
2. Ekstraksi DNA
◦ EDTA (Ethylenediamine Tetraacetic Acid)
3. Presipitasi DNA
◦ Pemisahan
◦ Ethanol atau Isopropanol
◦ Penambahan buffer TE
PCR (Polymerase Chain Reaction)
Merupakan teknik amplifikasi DNA in vitro
Ditemukan oleh Kary Banks Mullis pada tahun 1985  Nobel Price in
Chemistry tahun 1993
Tujuan PCR
Amplifikasi fragmen DNA
Isolasi fragmen DNA / gen
Deteksi organisme/fragmen DNA/gen
Kuantifikasi jumlah DNA/RNA
Studi level ekspresi gen (Real time-PCR)
 Prinsip PCR
Pada setiap n siklus PCR sempurna akan diperoleh 2n DNA target.
Misal: DNA target (template) awal = 1 molekul, maka setelah 30 siklus, DNA
target akan berjumlah 230 molekul = 1.073.741.824 molekul.

Pada umumnya terdiri atas 3 tahap yaitu:

1. Denaturasi DNA
2. Penempelan primer
3. Reaksi polimerisasi
Kavya SR, PCR Technique with its application, Departement of biotechnology,
Visvesvaraya Technological University, India, February 2015
Jurnal Pembanding
 A New and Efficient Method for DNA Comparison of three methods of DNA A more efficient extraction method of
Extraction from Human Skeletal extraction from human human bone resulting
Jurnal Remains bones with different degrees of in improved DNA profiling-2008
Usable in DNA Typing - 2017 degradation-2012

Ali mohammadi, Akbar Ghorbani Joanna Jakubowska & Agnieszka Stijn Desmyter, Christine De Greef
Alvanegh, Mostafa Khafaei, et al. Maciejewska &
Penulis
Ryszard Pawłowski

Femur, gigi, tibia, fibula, humerus,
radius, ulna
Teknik FDEB Memberikan hasil
perolehan genom DNA dari sumber
minimal yang juga terpapar
lingkungan ekstrim dan dalam
Bahasan
ekstraksi dapat dilakukan amplikasi
PCR dan DNA profiling dari bahan
yang lebih sedikit sehingga
pengeluaran biaya berlebih dapat
ditekan.
Tulang Panjang.
Membandingkan metode ekstraksi
DNA Inti: Klasik, PCE,
Demineralisasi (salting-out).
Demineralisasi pilihan terbaik dari pada penelitian ini DNA yang
ketiganya.
Namun dalam ekstrasi ini tidak
dapat memperoleh DNA yang
murni.
Femur, coxae, scapula, phalanx,
humerus.
Dekalsifikasi penuh dengan SDS
lebih baik, untuk ekstraksi DNA
dan dalam STR profiling. Namun
diperoleh dari tulang ataupun gigi
kurang adekuat untuk profiling,
adapun perolehan didapat yaitu
hanya DNA mitokondria dari
tulang belulang yang ada.
 Daftar Pustaka
1. Satiyanti RB, Nurmilah, Rosahdi TD. Identifikasi fragmen dna mitokondria pada satu garis keturunan ibu
dari sel epitel rongga mulut dan sel folikel akar rambut. 2017. Vol. 8. No.1
2. Struktur DNA, basa nitrogen purin dan pirimidin. Diunduh dari https://www.edubio.info/2016/08/dna-
dan-rna-pengertian-dan-struktur.html, tanggal 13 Januari 2019
3. Kartika RP. Penerapan Teknologi DNA dalam Identifikasi Forensik. UNY Scientific Journal. 2014.
4. Langga F I. Optimalisasi suhu dan lama inkubasi dalam ekstraksi DNA tanaman Bitti (Vitex cofassus
reinw) serta analisis keragaman genetik dengan teknik RAPD-PCR. Jurnal Sains dan Teknologi. (12)3.
2012: 265-76.
5. Onny NM. Ekstraksi asam deoksiribonukleat (DNA) dari sampel jaringan otot. Oseana, Volume XL,
Nomor 2. 2015: 1-9.
6. Surzicky, S. Basic techniques in molecular biology. Springer-verlag Berlin Heidelberg. New York: 2000. h
.4-26.