KIMIAWI

KEHIDUPAN
OLEH
Dra. Tundjung Tripeni Handayani, M.S.
Kimiawi Kehidupan ???
• Mengapa kita perlu mengetahui ilmu kimia
dalam konteks biologi?? Sistem biologis
manapun akan berujung pada tingkat kimia,
dimana tubuh mengalami rangkaian reaksi
kimia tanpa henti.
• Dunia kehidupan memiliki tingkatan struktur
yang sangat terorganisasi secara sempurna
dan menjadi bagian organisasi kehidupan.
• Tingkat organisasi kehidupan adalah
tingkatan yang dimulai dari bagian paling
sederhana hingga yang kompleks. Tiap
tingkatan dari organisasi kehidupan
menjelaskan peranan penting dalam
mempelajari biologi.
Urutan tingkatan
organisasi
kehidupan yang
benar adalah
dimulai dari
tingkatan molekul
hingga biosfer.
• Setiap makhluk hidup di Bumi ini tersusun
secara teratur mulai dari bentuk kompleks
hingga sederhana. Bentuk paling sederhana
makhluk hidup berupa atom - atom dan
molekul - molekul kimia. Atom dan molekul
ini nantinya akan membentuk unsur dan
senyawa yang menyokong kehidupan.
Setiap organisme tersusun atas unsur-unsur materi
yang menempati ruang dan memiliki massa. Materi
terdiri dari unsur-unsur. Unsur adalah zat yang tidak
dapat dipecah lagi menjadi zat lain oleh reaksi kimia
biasa, seperti karbon dan oksigen.
Ada 92 unsur yang di temukan di alam, diantara
unsur tersebut terdapat 25 unsur yang diperlukan
oleh tubuh manusia. Empat diantara unsur-unsur
tersebut seperti Oksigen , Karbon, Hidrogen dan
Nitrogen menyusun 96% bobot tubuh kita.
• Unsur-unsur yang berkombinasi satu sama lain
disebut senyawa (berupa dua atau lebih unsure
dalam rasio tetap).
• Misalnya: NaCl yang tersusun dari Na (Natrium)
dan Cl (clorida). Natrium murni adalah logam
sedangkan klorin murni adalah gas beracun, tetapi
ketika dikombinasikan membentuk senyawa, yang
dapat dimakan. Serta satu molekul air (H2O),
memiliki dua atom Hydrogen dan satu atom
Oksigen.
Senyawa = zat terdiri dari 2/lebih unsur yang berkombinasi
dengan rasio tetap

Natrium Klorin Natrium klorida

Natrium yang berupa logam bergabung dengan gas klorin

yang beracun membentuk senyawa natrium klorida, atau
garam dapur, yang dapat dimakan.
• Atom adalah bagian
terkecil materi yang
masih tetap
mempertahankan sifat
- sifat suatu unsur.
Semua atom dalam
unsur tertentu,
memiliki jumlah proton
sama dalam
nukleusnya, yang
berbeda dari unsur
lainnya. Jumlah proton
ini disebut nomor atom
(A).
PARTIKEL – ATOM – MOLEKUL
Atom
Bagian terkecil materi yang masih mempertahankan
sifat unsur dimana strukturnya menentukan perilaku
unsur bersangkutan

23Na Na (11 prot./elekt., 12 neutron, no. atom = 23

11

Isotop Atom-atom
Unsur sejenis dengan Σ proton/elektron sama tapi Σ
neutron berbeda

Isotop radioaktif (melepaskan energi dan mampu

membentuk unsur baru)
Unsur= zat yang tidak dapat dipecah lagi menjadi bahan baru
melalui reaksi kimia
 Tingkat energi
(kulit) ketiga

Tingkat energi Energi

(kulit) kedua diserap

Tingkat energi
(kulit) pertama
Energi
dilepas

Nukleus
atom

Elektron hanya pada tingkat-tingkat energi potensial yang tetap.

Elektron dapat berpindah dari satu tingkat ke tingkat lain hanya jika energi yang diperoleh atau
dilepasnya persis sama dengan selisih energi antara kedua tingkat tersebut.
Tingkat energi ini juga disebut kulit elektron.
 Orbital 1s Orbital 2s Orbital 2p (2e)
(2e) (2e)

2p (2e) 2p (2e)

Orbital
elektron
x y

Kulit
elektron
setara

(a) Orbital 1s (b) Orbital 2s dan 2p (c) Neon (10Ne): 1s, 2s, dan 2p
• Dari ketiga partikel atom: proton, elektron dan
neutron. Hanya elektron yang terlihat secara
langsung dalam reaksi kimia. Jumlah electron
dalam suatu atom menentukan sifat-sift kimia
atom tersebut. Reaksi kimia memungkinkan atom-
atom mentranfer atau berbagi (menggunkan
bersama) elektron-elektron.
• Interaksi-interaksi ini menyebabkan atom-atom
menjadi berdekatan, ditahan oleh tarik menarik
yang disebut ikatan kimia.
Ikatan kuat Ikatan lemah

• Ikatan ion • Ikatan hydrogen

• Ikatan kovalen • Ikatan van der
• Ikatan logam waals
Ikatan Kuat
• Ikatan ionik
Ikatan ionik adalah ikatan yang terjadi karena proses
transfer elektron dari ion positif (kation) ke ion negatif
(anion) yang menyebabkan tarik menarik antara
muatan listrik yang berlawanan.
• Ikatan kovalen
Ikatan kovalen adalah ikatan yang terjadi karena
pemakaian bersama pasangan elektron oleh pasangan
atom.
• Ikatan logam
Ikatan logam adalah ikatan yang terjadi pada atom -
atom logam. Pada ikatan logam, elektron valensi dari
tiap atom keluar dari lintasan dan membentuk kolam
elektron di sekeliling atom.
 Ikatan logam
Ikatan ionik

Ikatan kovalen
Ikatan Hidrogen

Ikatan hidrogen adalah ikatan yang terjadi apabila

atom Hidrogen yang secara kovalen
terikat pada atom elektronegativitas
tinggi, juga terikat ke atom
elektronegativitas tinggi lainnya.
Ikatan Van der Waals

Ikatan Van der Waals adalah ikatan yang sangat

lemah dan hanya terjadi ketika atom dan molekul
sangat berdekatan. Akibat jarak yang sangat dekat
maka terjadi induksi muatan
sehingga terbentuk
kutub – kutub pada
molekul tersebut.
• Air adalah molekul polar, dimana atom-atom H
yang bermuatan agak positif dalam satu molekul
air dapat ditarik ke muatan negatif parsial pada
atom O dalam molekul-molkeul air tetangganya,
membentuk ikatan hydrogen yang lemah
• Air sebagai pelarut universal
Tubuh manusia terdiri dari 60 - 70% air. Air
penting bagi tubuh karena air berperan sebagai
pelarut universal. Hampir setiap senyawa dapat
larut dalam air, baik senyawa ionik maupun
senyawa polar.
 Perbandingan Struktur Es dan Air

Ikatan hidrogen

ES AIR BERWUJUD CAIR

Ikatan hidrogen stabil Ikatan hidrogen secara
terus-menerus terurai dan
menyatu kembali

Tiap molekul saling berikatan hidrogen dengan 4 molekul di sekitarnya dalam suatu kristal 3 dimensi
dengan saluran terbuka

Ikatan hidrogen membuat kristal menjadi renggang

Es mengandung lebih sedikit molekul dibandingkan dengan air pada volume yang sama.

Air dalam wujud cair lebih padat daripada es.

• Gaya tarik - menarik air
Air memiliki 2 gaya tarik - menarik, yaitu :
1. Adhesi : Gaya tarik - menarik antar dua zat yang
berbeda.
2. Kohesi : Gaya tarik - menarik antar zat yang
sejenis.
Dengan adanya adhesi dan kohesi ini air dan nutrisi
terlarut dapat ditranspor dari akar ke daun pada
tumbuhan. Adhesi antara air dan dinding sel
menjaga air tidak jatuh, sedangkan kohesi
membawa air ke atas.
Air sebagai Pelarut
Protein
Molekul sebesar protein tetap
dapat larut dalam air

Jika molekul tersebut memiliki

cukup daerah ionik dan daerah
polar pada permukaannya
Air

Gambar
Massa biru-ungu di sini mewakili
suatu molekul protein tunggal,
dengan molekul-molekul air di
sekelilingnya.
Adhesi
“Berjalan di atas air”

Tegangan permukaan air yang tinggi akibat kekuatan gabungan ikatan-ikatan hidrogen

Serangga ini mampu “berjalan” di permukaan kolam tanpa memecahkan lapisan

permukaan air yang dipijaknya.
Kohesi
 Pembuluh
xilem

Penguapan dari daun menarik air dari akar ke atas melalui tabung-tabung mikroskopik
yang disebut pembuluh xilem, yang berada pada batang pohon.

Kohesi akibat adanya ikatan hidrogen membuat air dalam suatu pembuluh tetap bersatu
Adhesi (air dalam pembuluh) membantu melawan tarikan ke bawah akibat gravitasi
Es yang mengapung
dan
kelestarian lingkungan

Es yang mengapung menjadi

pembatas yang melindungi air di
bawahnya dari udara dingin
(isolator suhu) dan dengan demikian
menjaga kelangsungan ekosistem di
bawahnya

Gambar
Invertebrata yang disebut krill
(Crustacea), diambil gambarnya di
bawah es Antartika.
KARBON DAN KERAGAMAN MOLEKULER KEHIDUPAN

Peran penting karbon

Kimia organik = kajian mengenai senyawa karbon
Atom karbon = blok penyusun molekul yang paling
banyak digunakan
Variasi kerangka karbon = keragaman molekul organik

Gugus fungsional
Gugus fungsional = keragaman molekuler kehidupan
Unsur utama kimiawi kehidupan
Sintesis abiotik senyawa organik pada kondisi
“Bumi awal”
Stanley Miller melakukan
kembali percobaan
simulasi laboratoriumnya

Kondisi lingkungan pada

Bumi awal yang tanpa
kehidupan,
memungkinkan
terjadinya sintesis
beberapa molekul
organik secara spontan.
Variasi Kerangka Carbon (Senyawa Hidrokarbon)

ETANA PROPANA
BUTANA
ISOBUTANA
Bervariasi panjangnya Bercabang atau tidak bercabang

1-BUTENA 2-BUTENA SIKLOHEKSANA BENZENA

Mungkin memiliki ikatan ganda yang Beberapa membentuk cincin (rumus struktur singkat
lokasinya bervariasi mengabaikan karbon sudut dan hidrogen.

Hidrokarbon, molekul organik yang hanya terdiri atas karbon dan hidrogen,
menggambarkan keragaman kerangka karbon molekul organik.
Peran Hidrokarbon = karakteristik lemak
Sel adiposa
Gambar Kiri
Manusia dan mamalia lain
menumpuk lemak pada sel
khusus yang disebut sel
adiposa.

Gambar kanan
Model pengisian ruang
molekul lemak
(hitam = C; abu = H; merah
= O).

Ikatan hidrokarbon =
nonpolar, menyebabkan
perilaku hidrofobik (takut
air) lemak
 Tiga jenis isomer
Isomer struktural: variasi dalam pasangan
kovalen
Senyawa-senyawa
dengan rumus
Isomer geometrik: variasi pengaturan di
sekitar ikatan ganda
molekul sama namun
dengan struktur yang
berbeda

Sumber Keragaman
Enantiomer: variasi pengaturan spasial di
Molekul Organik.
sekitar suatu karbon asimetrik
Perbandingan antara gugus fungsional hormon seks
betina (estron) dan jantan (testosteron)

ESTRON

TESTOSTERON

Kedua molekul tersebut berbeda dalam hal gugus fungsional yang terikat dengan
kerangka karbon yang sama, yang terdiri atas empat cincin yang saling menyatu

Variasi sedikit saja dalam arsitektur molekuler itu akan mempengaruhi perkembangan
perbedaan anatomis dan fisiologis antara vertebrata jantan dan betina

Bandingkan bulu itik kayu betina (kiri) dan jantan (kanan).

•Karbohidrat
•Lipid/lemak
•Protein
•Asam nukleat
Karbohidrat
• Gula sederhana (monosakarida) menyediakan
energi dan materi pembangunan sel. Gula ganda
(disakarida), seperti sukrosa terdiri dari dua
monosakarida yang dihubungkan oleh reaksi
dehidrasi. Polisakarida adalah polimer panjang dari
monomer-monomer gula. Pati pada tumbuhan dan
glikogen pada hewan adalah polisakarida
simpanan. Selulosa pada dindil sel tumbuhan,
yang tidak bisa dicerna oleh hewan adalah contoh
poliskarida structural.
Struktur Kimia : Monosakarida
 Lemak/lipid
• Lemak merupakan zat
organik yang sangat
hidrofobik sehingga
sangat sukar larut dalam
air. Lemak tersusun atas 1
molekul gliserol dan 3
asam lemak.
Pada asam lemak dapat
terbentuk ikatan rangkap
pada rantai karbonnya.
Lemak/lipid
• Apabila tidak terdapat ikatan rangkap maka
disebut lemak jenuh. Akibatnya lemak
berwujud padat pada suhu ruangan.
Contoh : lemak hewan, mentega
• Apabila terdapat ikatan rangkap maka
disebut lemak tak jenuh. Akibatnya lemak
berwujud cair pada suhu ruangan.
Contoh : minyak sayur, minyak zaitun
Lemak/lipid
• Lemak berfungsi sebagai cadangan energi
yang memiliki energi lebih banyak daripada
karbohidrat. Selain itu lemak juga digunakan
untuk melindungi tubuh pada hewan.
Steroid merupakan lipid yang terdiri atas 17
atom karbon yang tersusun dalam 4 cincin.
Steroid yang paling umum ditemukan adalah
kolesterol.
• Protein merupakan makromolekul yang
memiliki variasi fungsi. Hal ini dimungkinkan
karena setiap susunan protein memiliki
urutan yang berbeda - beda sesuai dengan
fungsinya. Protein dapat berperan sebagai
biokatalisator (enzim), pengikat zat, antibodi,
dan juga untuk persediaan makanan.
• Protein memiliki monomer yang disebut asam
amino. Asam amino memiliki struktur berupa 1
gugus amino (-NH2), 1 gugus karboksil (-COOH),
1 atom hidrogen, dan gugus samping (-R).
Ada 20 jenis asam amino yang berbeda
dikarenakan perbedaan pada gugus samping (-R)
nya. Keanekaragaman asam amino penyusun
protein inilah yang membuat variasi fungsi
protein.
1. Struktur primer
Struktur primer protein adalah rantai linier polipeptida
yang tersusun dari ikatan peptida antara gugus
karbonil (-COOH) dengan gugus amino (-NH2).

2. Struktur sekunder
Struktur sekunder protein terbagi 2, yaitu :
a). a-heliks : jika gugus karbonil (-C=O-) setiap ikatan
peptida berikatan dengan gugus amino (-NH-).
b). Lembar berlapis : jika rantai - rantai polipeptida
terikat sejajar oleh ikatan hidrogen antar kedua rantai
tersebut.
3. Struktur tersier
Struktur tersier terbentuk ketika terjadi ikatan
disulfida (-S-S-) antara bagian a-heliks dengan
bagian lembar berlapis. Hal ini menyebabkan
terbentuknya globular (berbentuk bola) protein.

4. Struktur kuarterner
Struktur kuarterner terbentuk apabila masing -
masing struktur tersier bergabung membentuk unit
yang lebih besar secara spontan.
• Asam nukleat terdapat dalam dua bentuk, yaitu
asam deoksiribosa (DNA) dan asam ribosa (RNA).
Asam nukleat merupakan polimer dari subunit yang
disebut nukleotida. Nukleotida terdiri dari 3 bagian,
yaitu gula pentosa, basa nitrogen, dan gugus
fosfat.
• DNA dan RNA berbeda dalam hal gula pentosa
penyusunnya. Pada DNA, gula pentosa berupa
deoksiribosa. Sedangkan pada RNA, gula pentosa
berupa gula ribosa.
• Basa nitrogen penyusun nukleotida ada 2, yaitu :
1. Pirimidin : bercincin tunggal
Contoh : sitosin (C), timin (T), dan urasi (U) pada RNA.
2. Purin : bercincin ganda
Contoh : adenin (A), guanin (G).
Struktur asam nukleat

• Setiap basa dalam nukleotida akan membentuk ikatan

hidrogen secara berpasangan. Pasangan basa purin -
pirimidin, yaitu :
1. Adenin (A) - Timin (T) pada DNA
2. Adenin (A) - Urasil (U) pada pasangan RNA
3. Guanin (G) - Sitosin (C) pada DNA dan RNA

Pada DNA, dua rantai nukleotida membentuk heliks

ganda dengan anak tangga berupa pasangan basa
nitrogen. Sedangkan pada RNA, rantai hasil transkripsi
berupa rantai tunggal.
1. DNA berfungsi sebagai penyimpan kode genetik makhluk
hidup, penurunan sifat kepada keturunan, dan sebagai
cetakan RNA.
2. Terdapat 3 macam RNA, yaitu :
a. RNA transfer (tRNA) : berfungsi membawa asam amino
ke ribosom pada proses sintesis protein.
b. RNA messenger (mRNA) : berfungsi membawa kode
genetik pada DNA untuk menentukan urutan asam
amino.
c. RNA ribosom (rRNA) : komponen struktural dari
ribosom.
3. ATP (adenosin tri-phospate) berperan sebagai sumber
energi untuk metabolisme sel makhluk hidup.