Dye Terminator Sequencing

( Terminator pewarnaan )
Urutan DNA di selesaikan dalam satu jalur
gel atau kapiler

GA
G A T C TC

G
T
C
T
G
A

Slab gel Capillary

Dye Terminator Sequencing
 Urutan DNA di baca oleh electropherogram.

Slab gel Capillary

Electropherogram

5′ AGTCTG
 Automated Sequencing
 Pewarna primer atau pewarna terminator sequencing
pada instrumen kapiler.
 Perangkat lunak analisis urutan menyediakan urutan
yang akan dianalisis dalam bentuk teks dan bentuk
elektropherogram
 Pola puncak menggambarkan mutasi atau urutan.
T/T T/A A/A

5′ AGTCTG 5′ AG(T/A)CTG 5′ AGACTG

Metode pengurutan alternatif:
Pyrosequencing
 Pyrosequencing didasarkan pada generasi
sinyal cahaya melalui pelepasan
pyrophosphate (PPi) pada penambahan
nukleotida.
◦ DNAn + dNTP  DNAn+1 + PPI
 PPi di gunakan untuk menghasilkan ATP dari
adenosine phosphosulfate (APS).
◦ APS + PPI  ATP
 ATP dan luciferase menghasilkan cahaya
dengan konversi dari luciferin ke oxyluciferin.
Metode pengurutan alternatif:
Pyrosequencing
 Setiap nukleotida di tambahkan secara bergantian.
 Hanya satu dari empat yang akan menghasilkan signal
cahaya.
 Nukleotida yang tersisa di hilangkan secara enzimatis.
 Sinyal cahaya di rekam pada pyrogram.

DNA sequence: A T C A GG CC T

Nucleotide added : A T C A G C T
Metode pengurutan alternatif:
Bisulfite Sequencing
 Sekuen Bisulfite digunakan untuk
mendeteksi metilasi didalam DNA.
 Bisulfite mendeaminasi cytosine,dan
membuat urasil.
 dimetilasi cytosine tidak di ubah dengan
perlakuan bisulfite.
 Template Perlakuan bisulfit merupakan
urutan
 Metode pengututan alternatif:
Bisulfite Sequencing
urutan atau perlakuan dan bukan perlakuan
dari templates di bandingkan sebagai berikut :
Me Me Me
Methylated sequence: GTC GGC GATCTATC GTGCA …
Me Me Me
Treated sequence: GTC GGC GATUTATC GTGUA …

DNA Sequence:

(Untreated) reference: ...GTCGGCGATCTATCGTGCA…

Treated sequence: ...GTCGGCGATUTATCGTGUA…

This sequence indicates that these Cs are methylated.

Kesimpulan
 informasi genetik di bahas dalam urutan atau urutan
dari nukleotida di dalam DNA.
 Urutan terminasi rantai adalah metode standar
untuk penentuan urutan nukleotida.
 Dideoxy Urutan terminasi rantai telah di fasilitasi
oleh pengembangan urutan yang memiliki siklus dan
penggunaan deteksi pewarna fluoresence.
 Metode alternatif di gunakan untuk aplikasi khusus,
seperti pyrosequencing (untuk resequencing dan
mendeteksi polymorphism) atau urutan bisulfite
(menganalisis dimetilasi DNA).