PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI

FARMASI

Isna Jati Asiyah

MATERI GENETIK
DAN PROTEIN
 SETIAP ORGANISME BERBEDA

Elizabeth Taylor: biru Channing Tatum: hijau

Henderson, kanan
biru, kiri hijau

Nicole Richie

Eva Longoria: nyaris hitam

Lokasi DNA

From the 2010 revision of the

Complete Home Medical Guide
© Dorling Kindersley Limited
STRUKTUR DNA

DNA berupa molekul untai ganda/double helix/double strand

1953 (James Watson dan Francis

Crick): menemukan struktur DNA
BASA-BASA PADA DNA

KOMPLEMEN
• Basa Adenin berpasangan dengan
Timin
• Basa Guanin berpasangan dengan
Sitosin
• Ikatan hidrogen adalah ikatan yang
menghubungkan antar basa pada
DNA
• A dengan T: 2 ikatan hidrogen
• G dengan C: 3 ikatan hidrogen
Kerja Kelompok (1)
1. Sebutkan contoh organisme dengan materi genetic
DNA dan organisme dengan materi genetic RNA
(masing-masing 2)
2. Sebutkan perbedaan DNA dan RNA
DARI DNA KE PROTEIN
ONE GENE, ONE PROTEIN
PENGENALAN NCBI
NATIONAL CENTER FOR
BIOTECHNOLOGY INFORMATION
NCBI
 DATA BASE: DNA, PROTEIN, SENYAWA AKTIF
 BANK DATA: URUTAN GEN
 SOFTWARE
 ANALISA DNA, PROTEIN
 ANALISA BLAST (Basic Local Allignment Search Tools)

 PERANCANGAN PRIMER
LANGKAH-LANGKAH MENCARI
GEN DARI GENBANK NCBI
 MENCARI URUTAN GEN YANG MENGKODE
INSULIN
 INSULIN MERUPAKAN GLIKOPROTEIN YANG
BERFUNGSI MENURUNKAN KADAR GULA DARAH
PADA PENDERITA DIABETES MELITUS (DM)
1. Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)
pada lokasi pencarian
2. Pilih search nukleotida, kemudian ketik insulin
(INS), kemudian KLIK search
3. Hasil pencarian, muncul berbagai pilihan urutan gen
pengkode INS
4. Pilih urutan gen pengkode insulin manusia
(Homo sapiens) dengan cara discroll kebawah, KLIK
dua urutan
6. Hasil pencarin urutan gen pengkode
insulin manusia
 PENOMORAN
 UKURAN GEN INS
7. KLIK link FASTA untuk memperoleh sekuen
nukleotida dari INS dalam bentuk FASTA
8. Hasil pencarian urutan gen
dalam bentuk FASTA
9. Urutan gen dalam bentuk FASTA
dicopy paste
Homo sapiens insulin (INS), transcript variant 1, mRNA
NCBI Reference Sequence: NM_000207.2

GenBank Graphics
>NM_000207.2 Homo sapiens insulin (INS), transcript variant 1, mRNA
AGCCCTCCAGGACAGGCTGCATCAGAAGAGGCCATCAAGCAGATCACTGTCCTTCTGCCATGGCCCTGTG
GATGCGCCTCCTGCCCCTGCTGGCGCTGCTGGCCCTCTGGGGACCTGACCCAGCCGCAGCCTTTGTGAAC
CAACACCTGTGCGGCTCACACCTGGTGGAAGCTCTCTACCTAGTGTGCGGGGAACGAGGCTTCTTCTACA
CACCCAAGACCCGCCGGGAGGCAGAGGACCTGCAGGTGGGGCAGGTGGAGCTGGGCGGGGGCCCTGGTGC
AGGCAGCCTGCAGCCCTTGGCCCTGGAGGGGTCCCTGCAGAAGCGTGGCATTGTGGAACAATGCTGTACC
AGCATCTGCTCCCTCTACCAGCTGGAGAACTACTGCAACTAGACGCAGCCCGCAGGCAGCCCCACACCCG
CCGCCTCCTGCACCGAGAGAGATGGAATAAAGCCCTTGAACCAGCAAAA

Mus musculus strain C57BL/6 clone 3 INS+ H3 immunoglobulin kappa mRNA,

partial cds
GenBank: KT250727.1

GenBank Graphics
>KT250727.1 Mus musculus strain C57BL/6 clone 3 INS+ H3 immunoglobulin kappa mRNA, partial cds
GCATCCCTGTCCATGGCTATAGGAGAAAAAGTCACCATCAGATGCATAACCAACACTGATATTAATGATA
ATATGAACTGGTACCAGCAGAAGCCAGGGGAACCTCCTAAGCTCCTTATTTCAGAAGGCAATACTCTTCG
TCCTGGAGTCCCATCCCGATTCTCCAGCAGTGGCTATGGTACAGATTTTGTTTTTACAATTGAAAACATA
CTCTCAGAAGATGTTGCAGATTTCTACTGTTTCCAAAGTGATAACTTGCCTCTCACGTTCGGTGCTGGGA
CCAAGCTGGAGCTGAAACGGGCTGATGCTGCACCAACTGTATCCATCTTCCCACCATCCAGTGAGCAGTT AACATCTG
APLIKASI BLAST
1. Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)
pada lokasi pencarian, kemudian klik BLAST
2. Tampil beberapa pilihan pensejajaran,
pilih nucleotide BLAST, KLIK
Program utama dalam BLAST
1. Nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida yang
kita miliki dengan database sekuen nukleotida
2. Protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang
kita miliki dengan database sekuen protein
3. Blastx : membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah sekuen
nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen
protein
4. tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan
database sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua
pembacaan 6 frame.
5. tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida
Tampilan BLAST
3. Masukan urutan gen dalam format FASTA ke kolom
dengan cara copy paste urutan gen yang telah dicari
4. Masukkan urutan gen yang telah
dicari sebelumnya
Homo sapiens insulin (INS), transcript variant 1, mRNA
NCBI Reference Sequence: NM_000207.2

GenBank Graphics
>NM_000207.2 Homo sapiens insulin (INS), transcript variant 1, mRNA
AGCCCTCCAGGACAGGCTGCATCAGAAGAGGCCATCAAGCAGATCACTGTCCTTCTGCCATGGCCCTGTG
GATGCGCCTCCTGCCCCTGCTGGCGCTGCTGGCCCTCTGGGGACCTGACCCAGCCGCAGCCTTTGTGAAC
CAACACCTGTGCGGCTCACACCTGGTGGAAGCTCTCTACCTAGTGTGCGGGGAACGAGGCTTCTTCTACA
CACCCAAGACCCGCCGGGAGGCAGAGGACCTGCAGGTGGGGCAGGTGGAGCTGGGCGGGGGCCCTGGTGC
AGGCAGCCTGCAGCCCTTGGCCCTGGAGGGGTCCCTGCAGAAGCGTGGCATTGTGGAACAATGCTGTACC
AGCATCTGCTCCCTCTACCAGCTGGAGAACTACTGCAACTAGACGCAGCCCGCAGGCAGCCCCACACCCG
CCGCCTCCTGCACCGAGAGAGATGGAATAAAGCCCTTGAACCAGCAAAA

Mus musculus strain C57BL/6 clone 3 INS+ H3 immunoglobulin kappa mRNA,

partial cds
GenBank: KT250727.1

GenBank Graphics
>KT250727.1 Mus musculus strain C57BL/6 clone 3 INS+ H3 immunoglobulin kappa mRNA, partial cds
GCATCCCTGTCCATGGCTATAGGAGAAAAAGTCACCATCAGATGCATAACCAACACTGATATTAATGATA
ATATGAACTGGTACCAGCAGAAGCCAGGGGAACCTCCTAAGCTCCTTATTTCAGAAGGCAATACTCTTCG
TCCTGGAGTCCCATCCCGATTCTCCAGCAGTGGCTATGGTACAGATTTTGTTTTTACAATTGAAAACATA
CTCTCAGAAGATGTTGCAGATTTCTACTGTTTCCAAAGTGATAACTTGCCTCTCACGTTCGGTGCTGGGA
CCAAGCTGGAGCTGAAACGGGCTGATGCTGCACCAACTGTATCCATCTTCCCACCATCCAGTGAGCAGTT AACATCTG
4. Tekan BLAST
5. Kemudian tunggu (proses)
6. Hasil Blast
TERIMA KASIH