Biologi sel Dan Molekuler

Dosen Pengampu : Silvani Permatasari,S.Si .,M.Biomed

Kelompok 1
Anisa nour safitri 18.72.020152
Rolandda priscila 18.72.020155
Tramani 18.72.020151
Sumi 18.72.020160
Ya aresya 18.72.020156

Quantitatif PCR Dan Elektroforesis

 Quantitatif ( PCR)

Teknik PCR (Polymerase Chain Reaction)

adalah teknik enzimatis yang digunakan
untuk sintesis atau amplifikasi DNA
secara in vitro sehingga fragmen DNA
dapat dilipatgandakan menjadi ribuan
atau jutaan dari jumlah awal tetapi tidak
dapat dilihat dengan mata telanjang.
Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah
teknik untuk memperbanyak urutan DNA
tertentu
secara in vitro dengan cara pemanjangan
primer sebagai prekursor menggunakan
DNA Polymerase.

2
 Prinsip quantitatif PCR
PCR (Polymerase Chain Reaction) dilakukan dengan
bertahap hingga 20-40 kali siklus melalui tiga tahap yaitu :
denaturasi, anneling, dan pemanjangan untai DNA. Untai
ganda DNA dipisahkan dengan menggunakan suhu tinggi
yang kemudian didinginkan mencapai suhu optimal untuk
melanjutkan tahap penempelan primer menggunakan DNA
polymerase dengan adanya dNTPs (dATP, dCTP, dGTP,
dTTP) dan buffer yang sesuai. Target DNA yang diinginkan
akan meningkat secara eksponensial sedangkan DNA non-
target akan meningkat secara linier.

3
 Alat Dan Bahan
Alat Bahan
• Mesin PCR 1. DNA hasil isolasi
• Tabung eppendorf 0.2 (praktikum I) : 1 µl
ml 2. PCR mix menggunakan
• 3. Mikropipet KAPPA 2g Fast (merk
• 4. Pipet Tip dagang).
• 5. Sentrifugasi 3. primer 1 µM
• 4. Air deion steril
ditambahkan pada no.1, 2 dan
3 sampai total reaksi 25 µl
 GAMBAR ALAT Q-PCR
• MESIN Q-PCR ﹡ Tabung ﹡ MIKROPIPET
eppendorf

5
 GAMBAR ALAT Q-PCR
• TIP ﹡ SENTRIFUGASI

6
 Cara Kerja
1. Siapkan tabung eppendorf untuk PCR dan mikropipet beserta tip-nya.
2. Nyalakan mesin PCR sebelum menyiapkan komponen reaksi.
3. Masukkan ke dalam tabung eppendorf berturut-turut:
• air deion
• DNA target
• primer
• PCR mix (buffer, dNTPs, MgCl2, enzim Taq polymerase) yang telah disiapkan
untuk semua kelompok.
4. Sentrifuga tabung eppendorf sebelum memulai PCR.
5. Masukkan tabung eppendorf ke dalam mesin PCR. Mulailah reaksi sesuai dengan siklus
yang diinginkan (Denaturasi awal pada suhu 94ºC 2 menit, Diikuti 30 siklus: denaturasi
selama 15 detik pada suhu 95ºC, penempelan primer 30 detik pada 55ºC dan
pemanjangan primer pada suhu 72ºC selama 2 menit; siklus ini diikuti pemanjangan
primer pada suhu 72ºC selama 7menit
7
 PENYAKIT YANG DAPAT DI
PERIKSA MENGGUNAKAN Q PCR

Pemeriksaan PCR konvensional dan Real Time

PCR sudah dikembangkan untuk diagnosis
molekular dari infeksi filariasis limfatik.
Pemeriksaan dengan PCR dapat mendeteksi
DNA dari W. bancrofti, B. malayi dan B. timori
pada darah manusia dan vektor nyamuk dengan
sensitivitas dan spesifisitas yang tinggi. Dalam
beberapa tahun terakhir Real Time PCR sudah
mulai menggantikan PCR konvensional untuk
alasan teknis (sensitivitas lebih tinggi) dan
alasan praktis (hasil lebih cepat dan sedikit
tenaga kerja) (Rao et al.,8 2006).
 Elektrofoesis
Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul
bermuatan berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam
sebuah medan listrik .
1. Medan listrik dialirkan pada suatu medium yang
mengandung sampel yang akan dipisahkan.[2] Teknik ini dapat
digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada
makromolekul, misalnya DNA yang bermuatan negatif..
2. Jika molekul yang bermuatan negatif dilewatkan melalui
suatu medium, kemudian dialiri arus listrik dari suatu kutub ke
kutub yang berlawanan muatannya maka molekul tersebut
akan bergerak dari kutub negatif ke kutub positif.

9
 Prinsip Kerja Elektrofoesis

Prinsip kerja dari elektroforesis adalah adanya

pergerakan komponen bermuatan positif (+)
pada kutub negatif (-) serta komponen
bermuatan negatif (-) pada kutub positif (+).
Pegerakan yang terjadi disebut "elektrokinetik"
. Hasil yang didapatkandari elektroforesis
adalaha elektroforegram yang memberikan
informasi mengenaiseberapa cepat
perpindahan komponen (tm) atau biasa disebut
kecepatan migrasi.Besaran yang digunakan
sama dengan pada proses kromatografi

10
 Alat dan Bahan
1. Tabung Eppendorf
2. Mikropipet dan tips
3. Alat pemanas
4. Perlengkapan alat elektroforesis
5. Sumber arus
6. Agarose
7. TAE 1X
8. Loading dye
9. Red Gel

11
 GAMBAR ALAT ELEKTROFERESIS

﹡ Tabung • TIP ﹡ MIKROPIPET

Eppendorf

12
 GAMBAR ALAT ELEKTROFERESIS

Alat seperangkat Alat pemanas

elektroferesisi

13
 CARA KERJA ELEKTROFERESIS

• Buat 250 ml larutan buffer TAE 1x dengan cara mencampurkan 5 ml TAE 50x kedalam
245 ml akuades.
• Buat gel agarosa 1% dengan cara menimbang agarosa 0,2 g untuk dilarutkan kedalam
bufer TAE 1x hingga volume 20 ml. Larutan agarosa dididihkan hingga larutsempurna.
• Siapkan baki gel agarosa, lekatkan selotip di tiap ujung baki gel agarosa (pastikan
bahwa selotip melekat kuat dan tidak ada lubang pada masing-masing ujung baki)
• Pasang sisir elektroforesis di salah satu ujung baki gel agarosa dengan posisi
hampirmenyentuh dasar baki
• Periksalah suhu larutan agarosa dengan cara menempelkan erlenmeyer ke tangan,
jikasuhunya sudah turun hingga sekitar 50-60 0C, tambahkan 1 µl etidium
bromid(PERINGATAN KERAS!!, gunakan sarung tangan karena bersifat karsinogenik).
• Larutan agarosa dihomogenkan sebentar, kemudian tuangkan larutan ke dalam
bakigel agarosa, biarkan hingga larutan berubah menjadi gel yang padat.7.
• ambil sisir dengan hati-hati, lepaskan selotip dari ujung-ujung baki.
• masukkan baki yang telah berisi gel agarosa ke dalam tangki elektroforesis yang
telahdiisi dengan larutan bufer TAE 1x (pastikan bahwa gel terendam seluruhnya
dalamTAE)
• siapkan sekitar 5 cm kertas parafilm di dekat tangki elektroforesis.
﹡
• masukkan 10 µl sampel DNA dan 2 µl loading dye 6x ke dalam sumuran gel
agarosadengan cara mencampurkan kedua bahan tersebut terlebih dahulu
secara merata padakertas parafilm menggunakan mikropipet.
• buatlah catatan mengenai nomor sumuran dan jenis sampel DNA yang
dimasukkan.
• hubungkan kabel dari sumber arus ke tangki elektroforesis (pastikan bahwa
kabelyang tersambung ke kutub negatif berada di dekat sumuran; jika tidak
demikian,ubahlah posisi baki/gel ke arah sebaliknya)..
• nyalakan sumber arus, aturlah volatase dan waktu running hingga diperoleh
angka 70V dan 45 menit dengan cara menekan tombol yang sesuai pada
sumber arus.
• jalankan elektroforesis (lakukan running) dengan cara menekan tombol run
padasumber arus.
• elektroforesis akan berhenti apabila waktu yang ditetapkan sudah habis, yang
ditandaioleh adanya bunyi alarm. Matikan sumber arus dan angkatlah baki dari
tangkielektroforesis.
•
• keluarkan gel dan letakkan di atas UV transluminator (letakkan selubung kaca
hitamdi atas UV transluminator).
• nyalakan UV transluminator, amati pita-pita DNA yang tervisualisasi

15
YANG BISA DIPERIKSA MENGGUNAKAN
ALAT ELEKTROFORESIS

﹡ Analisis DNA
DNA penting untuk konsistensi yang muatan negatif, yang berarti arus listrik
berlaku kira-kira sama kuatnya untuk setiap bagian dari DNA. Di bawah tekanan,
fragmen DNA yang lebih besar dan lebih kecil mulai memisahkan karena mereka
dipengaruhi oleh gesekan dari jangak tes. Media gel biasanya sebuah gel agarose
atau gel Akrilamida yang memungkinkan mereka untuk diteliti pada resolusi tinggi.
Pewarnaan agen seperti ethidium bromida sering ditambahkan ke gel untuk
membuatnya lebih mudah terlihat dan menafsirkan hasil.

16
﹡ Protein dan interaksi antibodi
Bentuk Elektroforesis lain adalah immunoelectrophoresis yang menganalisis kehadiran
dan perilaku protein tertentu. Kondisi medis termasuk multiple sclerosis, penyakit ginjal
dan beberapa jenis kanker mengakibatkan pembentukan molekul abnormal protein. Ini
dapat dideteksi dengan melakukan Elektroforesis pada sampel urin atau darah dan untuk
setiap varians dari jumlah normal dan jenis protein. Immunoelectrophoresis juga dapat
digunakan untuk mendeteksi protein yang disebut imunoglobulin, yang bertindak sebagai
antibodi. Ini adalah bagian dari sistem kekebalan tubuh dan menyerang protein, seperti
virus atau alergen. Menganalisis antibodi dapat membantu mengidentifikasi terapi untuk
mengobati dan juga menyediakan wawasan tentang kondisi seperti alergi dan gangguan
autoimun yang dapat merusak antibodi.
.

17
﹡ Pengujian antibiotik
Elektroforesis memainkan sejumlah peran dalam pengujian dari antibiotik. Salah satu yang paling
umum adalah pengujian kemurnian antibiotik. Dengan menerapkan Elektroforesis larutan yang
mengandung antibiotik dalam bentuk kertas, peneliti dapat membedakan antara antibiotik sendiri dan
yang lainnya. Mereka juga dapat menentukan bagaimana terkonsentrasi antibiotik yang sangat penting
untuk menerapkan dosis yang akurat. Penelitian antibiotik meluas ke dalam wilayah pengujian genetik,
mengidentifikasi gen yang mungkin menunjukkan resistensi terhadap antibiotik tertentu.

﹡ Pengujian vaksin
Seperti antibiotik, Elektroforesis berguna dalam penciptaan dan produksi vaksin. Tujuan dari vaksin
adalah untuk membantu tubuh menghasilkan antibodi terhadap patogen yang berpotensi berbahaya dan
Elektroforesis adalah metode yang berguna untuk mendeteksi antibodi tersebut. Peneliti dapat
menggunakan teknik untuk membandingkan efek vaksin atau beberapa versi vaksin di sejumlah besar
subjek percobaan atau variabel lainnya. Setelah vaksin dalam produksi, Elektroforesis juga
menyediakan cara yang cepat dan efektif untuk pengujian produksi konsistensi dan kemurnian.

18
 SUMBER :
1. Birren,B.. Green.E.D., Klapholz,S., Myers,R..H., Riethman.H. & Roskams.J. (1999)
Genome Analysis. a Laboratory Manual. Cold Spring Harbor LaboratoryPress, New York.
Appendix 2
2. Barker,K. (1998) At the Bench: a Laboratory Navigator. Cold Spring HarborLaboratory
Press. New York. Chapter 15.

19
 Thanks!
Any questions?

20
Use diagrams to explain your ideas

Vestibulum
congue

Vestibulum Vestibulum
congue congue

21
And tables to compare data

A B C

Yellow 10 20 7

Blue 30 15 10

Orange 5 24 16

22
 Maps

our office

23
 89,526,124
Whoa! That’s a big number, aren’t you proud?

24
89,526,124$
That’s a lot of money

185,244 users
And a lot of users

100%
Total success!

25
 Our process is easy
Vestibulum congue
03 tempus
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur
adipiscing elit, sed do eiusmod tempor.
Donec facilisis lacus eget mauris.

Vestibulum congue
tempus
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur
adipiscing elit, sed do eiusmod tempor.
Donec facilisis lacus eget mauris.

01 02 Vestibulum congue
tempus
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur
adipiscing elit, sed do eiusmod tempor.
Donec facilisis lacus eget mauris.

26
 Let’s review some concepts
Yellow
Is the color of gold, butter
and ripe lemons. In the
spectrum of visible light,
yellow is found between
green and orange.
Yellow
Is the color of gold, butter
and ripe lemons. In the
spectrum of visible light,
yellow is found between
green and orange.
Blue
Is the colour of the clear
sky and the deep sea. It is
located between violet and
green on the optical
spectrum.
Blue
Is the colour of the clear
sky and the deep sea. It is
located between violet and
green on the optical
spectrum.
27
Red
Is the color of blood, and
because of this it has
historically been
associated with sacrifice,
danger and courage.
Red
Is the color of blood, and
because of this it has
historically been
associated with sacrifice,
danger and courage.
You can insert graphs from Google Sheets

28
Mobile project
Show and explain your web, Place your screenshot here

app or software projects using

these gadget templates.

29
Tablet project
Show and explain your web, Place your screenshot here

app or software projects using

these gadget templates.

30
Desktop project
Show and explain Place your screenshot here

your web, app or

software projects
using these gadget
templates.

31
 Credits

Special thanks to all the people who made

and released these awesome resources for
free:
﹡ Presentation template by
SlidesCarnival
﹡ Photographs by Unsplash

32
 Presentation design
This presentation uses the following typographies and colors:
﹡ Titles: Pacifico
﹡ Body copy: Roboto Slab Light
You can download the fonts on these pages:
https://www.fontsquirrel.com/fonts/pacifico
https://www.fontsquirrel.com/fonts/roboto-slab

Fucsia #fe6594 · Purple #7b77c8 · Sky blue #4cc3f8 · Aqua #8ff1ed · Salmon
#feb794 · Sun yellow #ffdb5c · Gray #627281

You don’t need to keep this slide in your presentation. It’s only here to serve you as a design guide if
you need to create new slides or download the fonts to edit the presentation in PowerPoint®

33
 SlidesCarnival icons are editable shapes.

This means that you can:

﹡ Resize them without losing quality.
﹡ Change fill color and opacity.
﹡ Change line color, width and style.
Isn’t that nice? :)

Examples:

34
😉
Now you can use any emoji as an icon!
And of course it resizes without losing quality and you can change the color.

How? Follow Google instructions

https://twitter.com/googledocs/status/730087240156643328

✋👆👉👍👤👦👧👨👩👪💃🏃💑❤😂😉
😋😒😭👶😸🐟🍒🍔💣📌📖🔨🎃🎈🎨🏈
🏰🌏🔌🔑 and many more...
35
 Free templates for all your presentation needs

For PowerPoint and 100% free for personal Ready to use, Blow your audience
Google Slides or commercial use professional and away with attractive
customizable visuals

36