ENZIM
REAKSI KIMIA
1
Organisme sel molekul
enzim
Endoplasmik retikulum
ribosom
cytoskeleton
inti mitochondrion
Golgi app.
sitosol lisosom
peroxisom
Sel eukariot 2
I. BIOKIMIA
SUSUNAN KIMIAWI DALAM ORGANISME
PROSES2 KIMIA
virus, bakteri, tumbuhan, hewan, manusia
ENZIM :
PROTEIN BIOKATALISATOR
ALUR METABOLIK
E1 E2 E3 E4 E5 E6 E7
A B C D E F G P
A = substrat awal
P = produk akhir
B,C,D,E,F,G = senyawa2 antara (intermediates)
E1 searah
E. regulator
3
LETAK ENZIM DALAM SEL
BERKAITAN DGN FUNGSI ORGANEL Ybs.
E. MITOKONDRIAL REAKSI PENGADAAN ENERGI
Reaksi oksidasi Energi
Rantai respirasi dalam mitokondria
E. RIBOSOMAL SINTESIS PROTEIN
KATALISATOR mempercepat reaksi
IKUT SERTA DALAM REAKSI KIMIA & MEMPERCEPAT REAKSI
KIMIA, TETAPI PD. AKHIR REAKSI AKAN DIDAPAT KEMBALI
SEPERTI SEMULA
DIBUTUHKAN DLM. JUMLAH KECIL
CELAH AKTIF
E
+ S
+
P
KOMPLEKS [ES] E
4
KATALISATOR INORGANIK ENZIM
1. H+, OH-, Pt 1. PROTEIN biokatalisator
2. E. aktivasi 2. E aktivasi
3. - 3. BEREAKSI SPESIFIK
4. - 4. TIDAK TAHAN PANAS
5
kead. transisi
Ea''
kead. awal G = Perubahan
E. bebas
kead. akhir
Perjalanan
reaksi
6
keadaan awal pd suhu tertentu
Reaksi kimia : A P
Lab kimia : dipanasi
di + katalisator
Sistem biologis : - suhu konstan
- + Enzim
A+B C+D
ΔG = 0 seimbang
ΔG < 0 Rx ke kanan bersifat eksergonik
ΔG > 0 Rx ke kanan bersifat endergonik
7
Ea = ENERGI AKTIVASI
JUMLAH ENERGI YG DIPERLUKAN UNTUK MEMBAWA SEMUA
MOLEKUL DLM. 1 MOLE SUATU BAHAN PD. SUATU SUHU TERTENTU
DR. KEADAAN AWAL MENUJU KEADAAN TRANSISI
MENGATASI HAMBATAN ENERGI
ΔG : PERUBAHAN ENERGI BEBAS
TIDAK DIPENGARUHI KATALISATOR
ENZIM BEREAKSI SPESIFIK artinya :
SUATU ENZIM HANYA DAPAT BEREAKSI DGN. SUATU SUBSTRAT
TERTENTU atau PD. SEJUMLAH KECIL SENYAWA SEJENIS
CONTOH :
Laktase
LAKTOSA GLUKOSA + GALAKTOSA
Heksokinase : - GLUKOSA
- HEKSOSA LAIN: FRUKTOSA
DAYA IKAT (AFINITASNYA) BEDA
Km
8
KEKHUSUSAN ENZIM
K. ABSOLUT
K. RELATIF
K. OPTIK MALTASE
K. GUGUS ALKOHOL DEHIDROGENASE
DIPENGARUHI OLEH:
active site
IKATAN E-S
S
SIFAT GUGUS KATALITIK
KOFAKTOR E
x
A+B C
2x
2A + 2B 2C
3x
3A + 3B 3C
9
KLASIFIKASI & TATANAMA ENZIM
NAMA ENZIM
DULU SEDERHANA
Mis: EMULSIN, PTYALIN
‘S’ + ASE
Mis: UREASE, LIPASE
JENIS REAKSI + ASE
Mis: TRANSFERASE, DEHIDROGENASE
‘S’ + JENIS REAKSI + ASE
Mis: MALAT DEHIDROGENASE
‘S’ Jenis reaksi
TATANAMA ENZIM IUBMB:
1. REAKSI & ENZIMNYA DIBAGI DALAM 6 KELAS UTAMA
2. NAMA ENZIM T.D. 2 BAGIAN:
Bgn. 1 NAMA SUBSTRAT
Bgn. 2 JENIS REAKSI + ASE
10
KLASIFIKASI & TATANAMA ENZIM
Mis:
1.1.1.1 Alkohol : NAD Oksidoreduktase
= alkohol dehidrogenase
3. INFORMASI TAMBAHAN DALAM ( )
Mis:
1.1.1.37 L-MALAT : NAD OKSIDOREDUKTASE
(decarboxylating)
L-MALAT + NAD+ PIRUVAT + CO2 + NADH + H+
1.1.1.37 L-MALAT : NAD OKSIDOREDUKTASE
L-MALAT + NAD+ OKSALOASETAT + NADH + H+
4. NOMOR KODE SISTEMATIK
Mis : EC.2.7.1.1 enzim yg dimaksud : heksokinase
Transferase Akseptor gugus alkohol
Transfer fosfat
12
KELAS-KELAS ENZIM MENURUT IUBMB
13
KELAS-KELAS ENZIM MENURUT IUBMB
5. ISOMERASE :
MENGKATALISIS PENYUSUNAN KEMBALI INTRAMOLEKULER
All Trans – retinin 11 – cis – retinin
6. LIGASE :
MENGGABUNGKAN 2 MOLEKUL, DISERTAI PEMUTUSAN IKATAN
PIROFOSFAT PD. ATP ATAU SENYAWA SEJENIS
Mis :
~ PIRUVAT KARBOKSILASE :
O O
|| ||
– OOC – C – CH + CO – OOC – C – CH – COO –
3 2 2
14
LIGAND
MOLEKUL KECIL YG BISA TERIKAT PADA MOLEKUL
BESAR
E
S=SUBSTRAT
I=INHIBITOR
E
A=AKTIVATOR
A E=ENZIM
E
S
I LIGAND
I A
15
STRUKTUR PROTEIN
H O H O H O H
O
| || | || | || |
+H N – C – C – N – C–C–N–C–C–––N– C–C
3
| | | | | | |
O–
R1 H R2 H R3 H R
ujung
ujung karboksil bebas
amino bebas IKATAN PEPTIDA
» H
|
R – C – COOH • ASAM AMINO DALAM LARUTAN SELALU BERMUATAN
| • PROTEIN JUGA SELALU BERMUATAN
NH2
asam amino
» +H N
3 COO–
aa1 aa2 aa3 aa4 aa5 aa6
H H H
| | +OH– |
R – C – COOH R – C – COO– R – C – COO–
| +H+ | |
NH3+ NH3+ NH2
pH < iep iep pH>iep
muatan=0 pKa COOH < NH3+
17
STRUKTUR SEKUNDER :
H H O R
| | || |
–N–C–C– C–C–N–
| || | |
CH2 O H H
| : :
S : : ikatan
ikatan
| : : Hidrogen
S disulfida : :
| H H O
CH2 | | ||
| –N–C–C
–N–C–C– |
| | || R
H H O * Helix
Cys Cys
– SH – SH 18
STRUKTUR TERSIER :
celah
aktif
19
STRUKTUR KUARTERNER :
DIMER
subunit
OLIGOMER
POLIMER
20
STRUKTUR KUARTERNER :
21
RANTAI POLIPEPTIDA
gen rantai
Hb : 22 susunan a.a rantai
LDH : M4
H4
ISOZIM
M3 H
MENGKATALISIS REAKSI
M2H2 YG SAMA
MH3
22
~ : DIMER OLIGOMER
: TETRAMER POLIMER
~ T.D. BANYAK SUBUNIT
4 RANTAI POLIPEPTIDA (BANYAK RANTAI POLIPEPTIDA)
4 SUBUNIT
~ IKATAN PEPTIDA
IKATAN YG. KUAT, TIDAK RUSAK
IKATAN DISULFIDA
~ PROTEIN :
- ENZIM FUNGSIONAL
- KOLAGEN STRUKTURAL
23
CARA KERJA ENZIM
celah aktif = celah katalitik
= celah pengikat substrat
~
E
+ S
E
+
P
Kompleks
E : ENZIM E-S
S : SUBSTRAT
P : PRODUK
~ UKURAN MOLEKUL E : BESAR
UKURAN MOLEKUL S : KECIL
~ DALAM SISTEM BIOLOGIS :
KADAR E << KADAR SUBSTRAT
25
~ GUGUS REAKTIF ASAM AMINO GUGUS YG. PUNYA POTENSI UNTUK
BEREAKSI, TDP. PD. RANTAI ‘R’.
H
SH R – C – COO– OH
| R | | R
CH2 NH3+ CH2
| |
H3+N – C – COO– H3 N – C – COO–
+
| |
H H
Cysteine (Cys) C Serin (Ser) S
SISTEIN
S
~
E
27
MEKANISME KATALISIS ENZIM
+ E
+
S
MOLEKUL MOLEKUL
P
BESAR KECIL Kompleks ES
28
TEORI KUNCI & ANAK KUNCI FISHER
29
KOFAKTOR
ENZIM :
SEDERHANA PROTEIN SAJA
YG. LEBIH KOMPLEKS PROTEIN + KOFAKTOR
KOFAKTOR :
LOGAM
SENYAWA ORGANIK NON PROTEIN YG. SPESIFIK (KOENZIM)
IKATAN ENZIM – KOFAKTOR :
ADA YG. KUAT (KOVALEN)
ADA YG. LEMAH
ENZIM YG. PERLU KOFAKTOR HARUS MENGIKAT
KOFAKTORNYA TERLEBIH DAHULU SEBELUM
MELAKUKAN PROSES KATALISIS.
Mg++
Ex. : GLUKOSA + ATP GLUKOSA–6P + ADP
Heksokinase
30
KOFAKTOR LOGAM
31
KOENZIM
32
• LEMAH : KO-SUBSTRAT
PIRUVAT + NADH + H+ LAKTAT + NAD+
Laktat Dehidrogenase
S Ko-substrat
Pd GLIKOLISIS :
Gliseraldehid 3-P 1,3-Bisfosfogliserat
S + NAD+ P + NADH + H+
+ Pi
KE R.R. (O2)
Bila O2 / anaerob :
33
FUNGSI KOENZIM
PERANTARA PEMBAWA GUGUS, ATOM TERTENTU ATAU
ELEKTRON
R.R
CONTOH:
S NAD+ Fp (FMN)
• NAD+
• NADP+ KoQ
• FMN ATOM H
Sistem sitokrom
• FAD
• KoQ ½ O2
• ELEKTRON : HEME
• GUGUS LAIN : ATP FOSFAT
PIRIDOKSAL FOSFAT –NH2
VITAMIN B TERMASUK KOENZIM
• TPP THIAMIN
• NAD NIASIN
• NADP NIASIN
• FAD RIBOFLAVIN
• KoA ASAM PANTOTENAT
34
PROENZIM=ZYMOGEN
ENZIM YG. DISEKRESI DALAM BENTUK YG. BELUM AKTIF
TUJUAN :
MELINDUNGI ORGAN TUBUH
MENYEDIAKAN BAHAN SETENGAH JADI
CONTOH : PEPSINOGEN
UNTUK MENGAKTIFKAN DIGUNAKAN ENZIM PROTEOLITIK ATAU
H+
PEPSINOGEN PEPSIN
H+ / PEPSIN
H+ / Enzim proteolitik
PEPSINOGEN
PEPSIN
35
ISOZIM
MENGKATALISIS REAKSI YG. SAMA
CONTOH : LAKTAT DEHIDROGENASE (LDH)
Hati C C
5 4 3 2 1
5 4 3 2 1
I5 : M 4 I1=H4 A – Infark miokard
B–N LDH
Elektroforesis C – penyakit hati
Selulosa asetat
pH 8,6
37
PENGUKURAN KADAR ENZIM DLM. PLASMA
UNTUK MEMBANTU DIAGNOSIS
MIS. :
N : PERGANTIAN SEL (SEL MATI
ENZ.2 PROSES PEMBEKUAN DIGANTI SEL BARU)
DARAH
DIFFUSI PASIF
LIPOPROTEIN LIPASE
: SEL MATI
KADAR : RADANG
GANGGUAN PROSES SINTESIS DI Ca
HATI
TRAUMA
/ (-) : KELAINAN GENETIK PENYAKIT GENETIK
DEFISIENSI F VIII : HEMOFILIA (CONTOH: DMD)
CREATIN KINASE
40
CACAT ENZIMATIK GENETIK
PERAWATAN KHUSUS
DIET KHUSUS mis : FENIL KETONURIA
TERAPI GEN ? MASIH TAHAP PENELITIAN 41
DNA SEL
ASAL : DARI IBU SAJA OLEH KARENA PADA SPERMA DNA MITOKONDRIA
TERLETAK DIBGN EKOR
MOLEKUL DNA GEN a GEN b GEN c
TRANSKRIPSI
mRNA
TRANSLASI
1 RANTAI POLIPEPTIDA/PROTEIN
43