Evolusi mikroorganisme

Penggolongan dunia
mikrooganisme
Ilmu yang berkaitan dan istilah

Kuliah Mikrobiologi Lingkungan

By
Dra. Sy. Miftahul El J.T.M.Biomed
Evolusi dan Keragaman Mikroba
 Bumi berumur kira-kira 4,6 milyar tahun dan
sisa-sisa fosil sel prokariotik berumur 3,5-3,8
milyar tahun terdapat dalam stromatolit dan
batuan sedimen.
 Stromatolit adalah batuan berlapis yang dibentuk
dari penggabungan sedimen mineral menjadi
hamparan mikroba (microbial mats)
 Prokariot pertama mungkin bersifat anaerob.
 Sianobakteri aerobik mungkin muncul 2,5-3,0
milyar tahun yang lalu.
 Hasil penelitan Carl Woese dan kawan-
kawan menyarankan bahwa organisme
dibagi dalam tiga domain:

 Eukaria-meliputi seluruh organisme eukariotik

 Bakteria-terdiri dari organisme prokariotik yang
mempunyai rRNA bakterial and lipid membran
terutama berupa diasil gliserol eter.
 Archaea-terdiri dari organisme prokariotik yang
mempunyai rRNA archaeal dan lipid membran
terutama berupada isoprenoid gliseral dieter atau
turunan diglesrol tetraeter.
 Sel eukariotik modern yang muncul kurang
lebih 1,4 milyar tahun yang lalu berasal dari
prokariot.
 Hipotesis I: perkembangan kloroplast dan
mitokondria merupakan pelipatan (invaginasi)
membran plasma dan kemudian membentuk
ruang- ruang (compartmentalization) dengan
fungsi tertentu.
 Hipotesis II (hipotesis endosimbiotik)
menyarankan sebagai berikut:
 Proses pertama pembentukan sel eukariot adalah
pembentuk nukleus (mungkin fusi bakteri dan archaea
purba)
 Kloroplast dibentuk ketika bakteri fotosintetik yang
hidup bebas bersimbiosis dengan sel eukariotik primitif
(sianobakteria dan proklron disarankan sebagai
kandidat yang paling kuat).
 Mitokondria mungkin terbentuk melalui proses yang
sama (tetua Agrobacterium, Rhizobium, dan riketsia
menjadi kandidatnya)
 Hipotesis endosimbiotik mendapat
dukungan kuat dari penemuan
sianobakterium yang
berendosimbiotik dengan protista
biflagelata (Cyanophora paradoxa);
sianobakterium berfungsi sebagai
chloroplast Cyanophora paradoxa;
endosimbiotik ini kenal sebagai
sianel (cyanelle)
 EUKARIOT PROKARIOT
STRUKTUR
Organel Berbagai tipe, selalu ada Tidak pernah ada

Membran nukleus dan

Nukleus gelendong DNA berhubungan dengan
sitoplasma

Komposisi
• Lipid [fosfolipid dan Umum Sangat jarang
spingolipid]
• Sterol Selalu Hanya pd mikroplasma
• Ribosom 80S=60S+40S subunit 70S= 50S+30S subunit
•Dinding sel Tidak ada atau dari Peptidoglikan dgn asam
selulosa muramat

Organisasi genetik
• Kromosom Banyak, diploid Satu lingkaran (+plasmid),
haploid
• Histon dan nukleosom Ada Tidak ada
• Perpasangan transkripsi Terpisah, pesan Berpasangan,
& translasi berlangsung lama berlangsung singkat
• Kolinearitis gen & produk Sering ada urutan penyela Ko-linear
 Major features of prokaryotes and eukaryotes.
(From Marler M, Siders JA, Simpson AI, Allen SD: Mycology Image
Atlas CD-Rom, Indiana Pathology Images, 2004.)
 Major features of prokaryotes and eukaryotes.
(From Marler M, Siders JA, Simpson AI, Allen SD: Mycology Image
Atlas CD-Rom, Indiana Pathology Images, 2004.)
SEJARAH
PERKEMBANGAN
MIKROBIOLOGI

Kuliah Mikrobiologi
By
Dra. Sy. Miftahul El J.T.M.Biomed
 Generatio spontanea/abiogenesis 
tumbang setelah Leeuwenhoek
[1632-1723] menemukan mikroskop
 ANIMACULE
 Louis Pasteur [1850]  membuktikan
dengan memanaskan kaldu dalam
labu U
Antonie van Leeuwenhoek
And his first microscope
Louis Pasteur
 Robert Köch [1876]  Postulat Köch

 Mo hanya ditemukan pada tubuh hewan/manusia yang

sakit, tidak pada hewan/manusia yang sehat.

 Mo harus dapat dibiakkan dan diisolasi pada biakan

murni

 Isolat mo dari biakan murni bila diinfeksikan pada hewan

percobaan akan menimbulkan sakit yang sama

 Mo dari hewan percobaan dapat diisolasi kembali dan

memberikan sifat yang sama dengan asalnya

 Contoh: Bacillus anthraxis, Salmonella thyposa,

Neisseria gonorrhoea, Clostridium perfringens,
Triponema pallidum, dll.
 Edward Jenner [1749-1823]  vaksinasi
cacar/Smallpox
 Lord Lister [1827-1912]  tindakan aseptik dan
desinfeksi dengan larutan fenol encer
 Domagk [1935]  perkembangan kemoterapi
dengan menemukan prontosi [sulfanilamida]
untuk infeksi Streptococcus
 Alexander Fleeming [1929]  Penisilin
 Florey & Chain [1940]  melanjutkan
penggunaan penisilin dan menemukan antibiotik
yang lain
Perkembangan teknologi maka virus mulai
ditemukan:
 Iwanowski [1892] dan Baeyerinck [1899]  virus
mozaik di daun tembakau
 Loffler & Frosch [1898]  Virus foot & mouth
diseases pada ternak
 Walter Reed, dkk [1900]  Virus demam kuning
pada manusia
 Twort & d’Herelle [1915]  Bakteriofaga
Twort & d’Herelle [1915]
 Ruang lingkup mikrobiologi
1. Diagnostik  isolasi dan identifikasi organisme
penyebab kelainan-kelainan patologis
2. Prognosis penyakit, mis titer uji Widal yang
meninggi  adanya penyakit yang aktif &
pengobatan yang tidak efektif. Turunnya titer 
pengobatan efektif dan penyembuhan
3. Pedoman dalam pengobatan, membiakkan
organisme secara murni dan melakukan uji
kepekaan terhadap antibiotik  obat yag efektif
4. Sumber infeksi, misal adanya KLB
KLASIFIKASI BAKTERI
 Klasifikasi berdasarkan Bergey’s Manual
of Determinative Bacteriology  Bakteri
diklasifikasikan dalam tanaman primitif 
mempunyai dd sel spt tanaman, bbrp
jenis bersifat autotrop [berklorofil]
 Dimasukkan kedalam golongan
prokariota  inti primitif dgn DNA terbuka
NOMENKLATUR
 Pemberian nama menggunakan sistim
binomial/binomial name  Linnaeus [1753]
 Nama terdiri atas genus dan epitheton
specificum. Nama genus dimulai dengan
huruf besar dan spesies dengan huruf kecil
 Nama genus sedapatnya menerangkan
genus tersebut
 Kingdom : Prokariota
 Divisio I : Cyanobacteria
II : Bacteria
 Ordo, berakhiran –alesActinomycetales
 Familia, akhiran –aceae Vibrionaceae
 Tribus, akhiran –alae  Vibrioalae
 Genus  Vibrio
 Spesies  Vibrio cholera, V. cholera,
VIBRIO CHOLERA
 Penamaan spesies bakteri ditentukan oleh:
 Sifat struktural  bentuk, besar, cara
pergerakan, reaksi terhadap pewarnaan Gram,
serta sifat koloni
 Sifat biokimia dan kebutuhan akan nutrisi,
produk-produk akhir metabolisme, susunan
biokimiawi komponen sel dan metabolitnya
 Sifat fisiologisnya terhadap oksigen, temperatur,
pH dan respon terhadap antibiotik
 Sifat ekologis
 Komposisi basa DNA, homologi dan sifat-sifat
genetik
 Pemberian nama bakteri dapat berdasarkan:
 Nama penemu  Clostridium welchii [Welch]
 Bentuk  Bacillus subtilis [basil]
 Penyakit  Brucella abortus

 Perkembangan biologi molekuler 

klasifikasi berdasarkan genetika
Komposisi basa DNA
Homologi sekuens DNA dan rRna
Pola-pola metabolisme stabil yang
dikontrol oleh gen
Polimer-polimer pada sel
Struktur organel dan pola regulasinya
 Microscopic
morphology

Phage Biotyping
typing

Phenotypic
Classification
of Bacteria

Antibiogram Macroscopic
patterns morphology

Serotyping
 Identify bacteria consist of measuring the presence or
Biotyping absence of specific biochemical markers (e.g., ability to
ferment specific carbohydrates or use different
compounds as a source of carbon for growth; presence
of specific proteases, lipases, or nucleases; presence of
specific hydrolytic enzymes such as lipases and
nucleases).
Serotyping Many bacteria possess antigens that are unique, and
antibodies used to detect these antigens are powerful
tools for their identification

Antibiogram patterns patterns of susceptibility to various

antibiotics

Phage typing susceptibility to viruses that infect bacteria-

bacteriophages
 Cell wall
fatty-acid
analysis

Multifocus Whole cell

Analytic
locus lipid
Classification of
enzyme analysis
Bacteria
electrophor

Whole cell
protein
analysis
 Guanine
plus
cytosine
ratio

Chromoso Nucleic
Genotypic acid
mal DNA
Classification sequence
fragment
of Bacteria analysis
analysis

Ribotyping
Nucleic acid sequence analysis
used initially to determine the relationship
among bacterial isolates (i.e., to determine
whether two isolates were in the same
genus or species). More recently this
technique has been exploited for the rapid
identification of organisms by use of
molecular probes

Ribotyping Probes are used to localize specific nucleic

acid sequences that are unique to a genus,
species, or subspecies. These sequences
are amplified so that millions of copies are
produced, and then the amplified genetic
material is sequenced to define the precise
identity of the isolate.
 Bakteri
 Merupakan sel dengan struktur yang simpel  Prokariota,
tanpa membran initi, mitokhondria, badan golgi atau
retikulum endoplasma
 Reproduksi secara aseksual
 Susunan dinding sel sangat komplek  sebagai dasar
pembagian kelompok GRAM [Gram positip dan negatip]
 Ukuran 1-20 mikronmeter
 Bentuk : bulat/coccus, batang/basil/rods dan spiral
 Hidup bebas di alam atau permanen parasit
 Menyebabkan penyakit  infeksi atau toksikasi
MORFOLOGI BAKTERI

1. Bulat/kokus/coccus
 Bergerombol  Staphylococcus
 Berantai  Streptococcus
 Berpasangan  Diplococcus
 Bertumpuk empat-empat  Tetrada
 Berkelompok delapan-delapan 
Sarcina
Bacterial morphologies.
Streptococcus sp
Sarcina sp, berkelompok delapan
Diplococcus, Streptococcus pneumoniae
2. Batang/Basil/Bacil
 Kokobasil/batang pendek gemuk  Escherichia
 Spt huruf cina  Corynebacterium
 Batang bengkok  Vibrio

3. Spiral  seperti ulir  Treponema, Spirochaeta

Protoplast/Sferoplas atau bentuk L, adalah bakteri
yang kehilangan bentuk aslinya, karena sintesis
dinding sel yang terganggu secara spontan
ataupun akibat pengaruh obat
Vibrio sp, berbentuk batang bengkok
Campylobacter jejuni
 Evolusi mikroorganisme
 Mikroorganisme merupakan hasil evolusi  suatu
konsekuensi biologis dari proses seleksi alam
 Di dunia dikenal 2 jenis sel
 Eukariota  Algae, protozoa, fungi, slime molds [jamur lendir]
 Prokariota  virus, bakteri

 Dalam mikrobiologi kesehatan

 Virus
 Bakteri
 Jamur
 Parasit
DAFTAR PUSTAKA
 Jawetz, Melnick & Adelberg’s : Mikrobiologi Kedokteran, Geo
F.Brooks, Janet S. Butel & Stephen A. Morse, penerjemah &
editor; Bagian Mikrobiologi FKUNAIR, Buku 1, Salemba Medika,
Jakarta, 2001.
 Murray P.R, Rosenthal K.S, Pfaller M.A; Medical Microbiology,
Fifth edition, Elsevier Mosby, Phyladelphia, 2005
 Chatim : Klasifikasi dan taksonomi Kuman dalam Buku Ajar
Mikrobiologi Kedokteran, Staf FKUI, Birarupa Aksara, Jakarta,
1993
 Todar, K; Todar;s Book of Bacteriology, University of Winconsin-
Madison, Departmen of Bacteriology, 2004-2005
THE END