Asam Nukleat

dr. Huda Marlina Wati

 Pendahuluan…
• Asam nukleat merupakan polimer dari
nukleotida
dihidrolisis • Basa nitrogen
• Bila nukleotida • Gula
• Pospat

Nukleotida vs Nukleosida
• Nukleotida : basa nitrogen + gula + pospat
• Nukleosida : basa nitrogen + gula
Asam nukleat
 Fungsi nukleotida
1. Informasi genetic (DNA dan RNA)
2. Senyawa berenergi tinggi (ATP, UTP, GTP)
3. Second messenger (cAMP)
4. Kofaktor enzim (FAD, NAD)
5. Beberapa basa nitrogen berfungsi sebagai CNS
stimulant dan ada juga yang berperan sbg anti oksidan
6. cAMP juga berperan dalam regenerasi saraf yang
cedera
7. Purin berperan dalam sistem cardiovaskuler, baik dalam
cardiac aging, hipertensi, angogenesis.
 1. Basa nitrogen
• Terdiri dari 2 jenis : purin dan pirimidin

Purin  2 jenis Pirimidin  3 jenis

• Adenin (A) dan Guanin • Cytosine (C), Timin (T)
(G) dan Urasil (U)
• Basa purin lainnya • U : terdapat pada RNA
adalah xantin dan
hipoxantin (mrpk zat
intermediet
pembentukan Adenin
dan Guanin)
 Purin

Pirimidin
Nomenklatur basa nukleosida
 2. Molekul gula
• Merupakan gula pentosa (5 atom C)
• Struktur : siklik (cincin)
• Ada 2 jenis gula yang ditemukan :
1. Ribosa (ribo nukleotide acid
/RNA)
2. deoksi ribosa (deoksiribo
nukleotide acid /DNA)
• Penentu arah (5’ dan 3’)
 3. Gugus Fosfat

• Ikatan fosfodiester
• Ikatan kovalen
• Menghubungkan --OH
(hidroksil) posisi 5’ dg
gugus --OH posisi 3’
nukleotida berikutnya
• Rantai polinukleotida
punya dua ujung
(kecuali pd sirkuler)
 IKATAN FOSFODIESTER

• Ujung 5’ (ujung P) dan ujung 3’ (ujung OH)

• Pada pH 7  bersifat anion asam
• Spesifitas asam nukleat ditentukan oleh urutan
basa dan arah
 Nomenklatur nukleotida
• ATP : adenosin tri pospat
• ADP : adenosin dipospat
• AMP : adenosin mono pospat
• dAMP : deoksi adenosin mono pospat

• Namailah :
• GTP, GDP, GMP, dGMP
• CTP, UTP.
 Double Helix (Tangga Berpilin)
• Dikemukan oleh J.D. Watson dan F.H.C. Crick
• Dua rantai polinukleotida yg saling memilin  spiral 
arah pilinan ke kanan
• Pasangan basa bersesuaian  ikatan hidrogen nonkovalen
(lemah)
• A---T : 2 ikatan H
• G---C : 3 ikatan H
• Kedua rantai sejajar tetapi antiparalel
• Jarak antara 2 basa 0,34 nm  tiap putaran ada 10 pasang
basa  3,4 nm
• Bentuk-bentuk double helix
– Bentuk 𝜷  Watson & Crick
– Bentuk 𝜶  kadar garam tinggi, tiap putaran 11 pasang basa
– Bentuk 𝜻  arah putaran spiral ke kiri
Ikatan hidrogen antar basa-N

• A—T : 2 ikatan H
• C – G : 3 ikatan H
 Pita biru (tulang punggung)
tdd gula dan pospat

Pasangan basa mrpk konektor

horizontal antara 2 rantai
.
Struktur DNA teoritis_4

DNA utas ganda =double stranded DNA =

double helix DNA
 Struktur DNA secara sederhana

5’-- A G T C C G T A A T G C T G A C G A A T C T C T G A --3’
3’-- T C A G G C A T T A C G A C T G C T T A G A G A C T --5’

atau .....
5’-- A G T C C G T A A T G C T G A C G A A T C T C T G A --3’
3’-- T C A G G C A T T A C G A C T G C T T A G A G A C T --5’

Lebih sederhana lagi ............

5’-- A G T C C G T A A T G C T G A C G A A T C T C T G A --3’

atau .....
5’-- A G T C C G T A A T G C T G A C G A A T C T C T G A --3’
 Sense and antisense

DNA sequence is called "sense" if its sequence is the

same as that of a mRNA copy that is translated into
protein.

The sequence on the opposite strand is called the

"antisense" sequence.
 DNA terdapat pada:
 Virus DNA

 Kromosom bacteri
 Plasmid bacteri

 Kromosom nuklear dari sel eukariotik

 Mitochondria
 Chloroplast
 Kompleksitas genom eukariotik
• Jumlah DNA eukariot > 1000 kali DNA
prokariot  tetapi jumlah proteinnya tidaklah
sampai 1000.
• Menunjukkan ada bagian-bagian yg tidak
mengkode protein  intron
• Ekson  bagian-bagian yang mengkode
protein
 DNA pada
Bacteriophage
.
 Denaturasi (melting)
Pemisahan 1 DNA utas ganda menjadi 2 DNA utas tunggal
Dipicu oleh : Temperatur (panas) ; Urea ; formamida

Tanda :
Hyperchromisitas (absorbansi purin & pyrimidin meningkat)
Kekentalan (viskositas) berkurang/hilang
Mobilitas dlm gel Elektroforesis berubah
Formamida menurunkan Tm

Bila ke 2 utas tunggal DNA bergabung lagi membentuk 1

DNA utas ganda, disebut Renaturasi = hibridisasi =
“annealing”
 RENATURASI DNA
2. Renaturasi DNA : kembalinya struktur
utas ganda dari 2 utas tunggal yang
sesuai (komplementer).

Renaturasi memerlukan matching bagi

pasangan basa.

Renaturasi = annealing = Hibridisasi

 Pemecahan DNA :
Ikatan fosfodiester dapat di pecah oleh:
Sinar UV
Enzim endonukleases & eksonuklease
Pasangan basa antar utas  dapat dipecah dgn
pemanasan, penambahan urea atau formamida
menyebabkan denaturasi
 Fungsi DNA
• Merupakan materi genetik
• Urutan nukleotida merupakan kode
• 3 nukleotida dalam DNA mengkode 1 asam amino
dalam protein, disebut sebagai kodon

• 1 gen berisi kode untuk satu protein atau satu

sifat biologi suatu sel /organisme
• 1 kromosom terdiri dari 1 DNA utuh berisi
banyak gen, urutan pengatur, urutan penyela, dll
• 1 genom dapat terdiri dari banyak kromosom /
DNA
Pembacaan kode pada gen struktur
 Latihan
• Pencetakan mRNA dimulai dari arah 3’  5’
• Carilah :
• 1. DNA sense : A G T C T G A C T G A G A A C G C T

• 2. DNA sense : C T G A G C T G C G C T A T A G G T
Selamat Belajar