DIAGNOSTIK MOLEKULER II

Alignment &
Philogeny Tree
Kelompok 1B :
Indah Permata Sari Robiatul Adawiyah
Lisa Dwi Fadhila Siti Fatimah
Panji Setyawan Sukma Putri Melati
BLAST
BLAST merupakan perkakas bioinformatika yang berkaitan
erat dengan penggunaan basis data sekuens biologis.
Penelusuran BLAST (BLAST search) pada basis data sekuens
memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens asam
nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu
yang dimilikinya. Hal ini berguna misalnya untuk

INTRODUCTION
menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau
untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing maupun untuk
memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritme yang
mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens.
- Wikipedia
 Langkah Kerja
• Buka web NCBI
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov//)
• Klik BLAST
• Kemudian, pilih Nucleotide Blast

BLAST
 Langkah Kerja

● Kemudian masukkan query

sequence yang ingin dicari
pada kolom Enter accession
number(s), gi(s), or FASTA
sequence(s)

BLAST
● Kemudian klik BLAST
 Langkah Kerja
Maka akan terlihat tampilan seperti berikut :
● Pilih 10 sekuens yang kira-
kira berbeda satu sama
lain. Kecuali bertulisan
vektor dan complete
genome tidak dipilih.

BLAST
Dengan memperhatikan
persentasi identitas.
 Langkah Kerja

Download dengan pilih

FASTA (Aligned sequences),
lalu tunggu file hasil
download berupa notepad.

BLAST
ALIGNMENT

INTRODUCE
Penyejajaran sekuens (sequence alignment)
adalah proses penyusunan/pengaturan dua
atau lebih sekuens sehingga persamaan
sekuens-sekuens tersebut tampak nyata. Hasil
dari proses tersebut juga disebut sebagai
sequence alignment atau alignment saja.
- Wikipedia
Langkah Kerja
• Buka software MEGA X
• Klik Alignment kemudian pilih Edit/Build Alignment

ALIGNMENT
Langkah Kerja

ALIGNMENT
Pilih “Create a new alignment” Pilih DNA, karena kita menggunakan
kemudian klik OK sekuens DNA
Langkah Kerja
• Buka file sekuens yang sudah didownload dari BLAST, lalu sekuensnya dicopy dan
dipaste pada software MEGA X

ALIGNMENT
 Langkah Kerja
Setelah dicopy paste, maka akan muncul tampilan sebagai berikut :

ALIGNMENT
 Langkah Kerja
● Pilih menu ”Alignment”
● Kemudian pilih ”Align by
ClustalW”

ALIGNMENT
 Langkah Kerja

● Kemudian akan muncul

pop up ClustalW Options,
tidak perlu ada yang
diubah, kemudian klik OK.

ALIGNMENT
 Langkah Kerja
Maka akan muncul tampilan sebagai berikut :

● Kemudian save file dengan

cara pilih menu ”Data”,
pilih ”Export Alignment”

ALIGNMENT
kemudian pilih format
yang diinginkan (MEGA
Format)
 Langkah Kerja
● Kembali ke Menu Utama
pada software Mega X,
kemudian pilih
“Phylogenetic”, lalu Klik
Construct/Test Maximum

PHILOGENY
Likelihood Tree
 Langkah Kerja

● Pilih file hasil alignment

tadi yang sudah disimpan,
kemudian klik Open.

PHILOGENY
 Langkah Kerja
• Ubah pilihan pada kolom

PHILOGENY
“Test of Phylogeny” dari
none menjadi Bootstrap
Method
• Lalu masukkan angka
500/1000 (sesuai
keinginan) pada No. Of
Bootstrap Replication,
kemudian klik OK.
• Tunggu hasil Bootstrap
selesai.
HASIL
Original Tree

PHILOGENY
HASIL
Bootstrap Consensus Tree

PHILOGENY
 Kesimpulan

PHILOGENY
Berdasarkan hasil alignment dan bootstrap yang dilakukan kelompok 1B pada
Query Sequence nomor 1 dengan membandingkan 10 sequence yang mungkin
berbeda yang diambil secara random dari hasil BLAST di situs NCBI, didapatkan
hasil philogeny tree dengan beberapa cluster, Query Sequnce 1 menunjukkan
berkerabat dekat dengan Sequence JQ764828.1:608-1614 Infectious bronchitis virus
isolate GX-XD dengan nilai realibilitas 100%.
 VIRUS CLASSIFICATION
Infectious Bronchitis Virus (IBV)

◂ Group : Group IV ((+)ssRNA)

◂ Ordo : Nidovirales
◂ Family’ : Coronaviridae
◂ Genus : Gammacoronavirus
◂ Species : Avian infectious bronchitis virus
 VIRUS CLASSIFICATION
Infectious Bronchitis Virus (IBV)
Infectious bronchitis (IB) merupakan penyakit saluran pernafasan atas dan urogenital pada
ayam yang bersifat akut, sangat menular dan disebabkan oleh virus Corona yang tergolong
ke dalam famili Coronaviridae. Virus IB memiliki banyak serotipe. Virus IB berbentuk
pleomorphic, memiliki envelop (selaput luar) dengan diameter 90 – 200 nm, serta memiliki
asam inti berutas tunggal asam ribonukleat (RNA) dengan berat molekul 8 x 106 Base pair
(Bp) dan asam polyadenylic pada ujung 3’. Pada partikel virus IB ditemukan tiga macam
protein struktural, yaitu protein nucleocapsid (N) yang berhubungan dekat dengan viral RNA,
glikoprotein membran (M) dan glikoprotein spike (S) yang terletak pada permukaan virion
dan terdapat dalam dua subunit S1 dan S2. Sub unit S1 mengandung epitope yang spesifik
serotipe dan bertanggung jawab dalam menetralisasi. Protein S1, S2 , M, dan N merupakan
antigen yang dapat menimbulkan respon antibodi pada tubuh ayam yang terinfeksi.
 Thanks

THANKS
Does anyone have any questions?