A NOVEL CORONAVIRUS

FROM PATIENTS WITH

PNEUMONIA IN CHINA, 2019

DOKTER PEMBIMBING : D R . K AT H A R I N A S E T YA W AT I ,
S P. P D
DISUSUN OLEH : CHNTIA SEPTIANA PUTRI
NIM : 2015730023
RINGKASAN

Pada Desember 2019, sekelompok pasien dengan

pneumonia yang penyebabnya tidak diketahui dikaitkan
dengan pasar grosir makanan laut di Wuhan, Cina.

Sel epitel saluran napas manusia digunakan untuk mengisolasi

virus corona baru, bernama 2019-nCoV, yang membentuk clade lain
dalam subgenus sarbecovirus, subfamili Orthocoronavirinae. Berbeda
dari MERS-CoV dan SARS-CoV, 2019-nCoV adalah anggota ketujuh
dari keluarga virus corona yang menginfeksi manusia.
LATAR BELAKANG
- Virus corona adalah virus RNA yang diselimuti yang didistribusikan secara luas di antara
manusia, mamalia lain, dan burung dan yang menyebabkan penyakit pernapasan, enterik, hati,
dan neurologis.

- Enam spesies virus korona diketahui menyebabkan penyakit pada manusia.. Empat virus
biasanya menyebabkan gejala flu biasa pada individu yang imunokompeten. Dua jenis lainnya
menyebabkan sindrom pernafasan akut yang parah (SARS-CoV) dan (MERS-CoV)

- virus corona baru cenderung muncul secara berkala pada manusia karenasering terjadi infeksi
lintas spesies dan kejadian spillover.

- Pada akhir Desember 2019, beberapa fasilitas kesehatan setempat melaporkanpasien dengan
pneumonia yang tidak diketahui penyebabnya yang secara epidemiologis terkait dengan makanan
laut dan pasar grosir hewan basah di Wuhan, Provinsi Hubei, Cina.
 31 Desember 2019, Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit
Tiongkok (Tiongkok) CDC) mengirim tim tanggapan cepat untuk
menemani provinsi Hubei dan Wuhan otoritas kesehatan kota dan
untuk melakukan penyelidikan epidemiologi dan etiologi.

Penelitian ini mengidentifikasi sumber dari kelompok pneumonua,

dan menjelaskan corona virus baru yang terdeteksi di pasien dengan
pneumonia yang spesimennya. diuji oleh CDC Cina pada tahap awal
kejadian luar biasa
METODE
- Empat sampel saluran pernapasan bawah, termasukcairan bronchoalveolar-lavage, dikumpulkan
daripasien dengan pneumonia yang tidak diketahui penyebabnya yang diidentifikasi di Wuhan
pada 21 Desember 2019, atau yang belakangan ini hadir di pasar seafood dekat dengan waktu
klinis mereka presentasi.

- Tujuh cairan bronchoalveolar-lavagespesimen dikumpulkan dari pasien di Beijingrumah sakit

dengan pneumonia yang diketahui penyebabnya berfungsi sebagai sampel kontrol.

Sampel asam nukleat yang diekstraksi diuji untukvirus dan bakteri dengan reaksi rantai
polimerase chain reaction (PCR), menggunakan RespiFinderSmart22kit(PathoFinder BV) dan
LightCycler 480 real-waktu sistem PCR. Sampel dianalisis untuk22 patogen (18 virus dan 4
bakteri)
ISOLASI VIRUS

- Sampel cairan bronchoalveolar-lavage dikumpulkan dalam

cangkir steril yang ditambahkan media pembawa virus.
Sampel kemudian disentrifugasi untuk menghilangkan puing
seluler.

- Supernatan diinokulasi pada sel epitel saluran napas

manusia yang telah diperoleh dari spesimen jalan nafas yang
direseksi dari pasien yang menjalani pembedahan untuk
kanker paru-paru dan dikonfirmasi bebas patogen.
ISOLASI VIRUS

- Sebelum infeksi, permukaan apikal sel epitel saluran napas manusia dicuci tiga
kali dengan larutan salin fosfat; 150 μl supernatan dari sampel cairan
bronchoalveolar-lavage diinokulasi ke permukaan apikal kultur sel.
- Setelah inkubasi 2 jam pada suhu 37 ° C, virus yang tidak terikat dihilangkan
dengan cara mencuci dengan 500 μl larutan salin fosfat selama 10 menit; sel
epitel saluran napas manusia dipertahankan dalam antarmuka udara-cair yang
diinkubasi pada suhu 37 ° C dengan 5% karbon dioksida
- Setiap 48 jam, 150 μl larutan salin fosfat diaplikasikan pada permukaan apikal
sel epitel saluran napas manusia, dan setelah 10 menit inkubasi pada suhu 37 °
C sampel dikeringkan.
- Setelah tiga bagian, sampel atipikal dan sel epitel saluran napas manusia
dipersiapkanuntuk diperiksa di mikroskop elektron transmisi.
HASIL

Tiga pasien dewasa mengalami pneumonia berat dan dirawat di

RS Wuhan pada 27 Desember 2019.
-Pasien (1) adalah Wanita berusia 49 tahun
-Pasien (2) adalah Pria berusia 61 tahun dan
-Pasien (3) adalah seorang Pria 32 tahun. Profil klinis tersedia untuk
pasien 1 dan 2.
HASIL

Pasien 1 melaporkan tidak memiliki kondisi medis kronis yang mendasari

tetapi melaporkan demam (suhu, 37 ° C hingga 38 ° C) dan batuk dengan
ketidaknyamanan dada pada 23 Desember 2019. Empat hari setelah timbulnya
penyakit, batuk dan rasa tidak nyaman di dadanya memburuk, tetapi demamnya
berkurang diagnosis pneumonia didasarkan pada pemindaian computed
tomographic (CT) Pekerjaannya adalah pengecer di pasar grosir makanan laut.
Pasien 2 awalnya melaporkan demam dan batuk pada 20 Desember 2019
gangguan pernapasan berkembang 7 hari setelah timbulnya penyakit dan
memburuk selama 2 hari berikutnya. Pasien 1 dan 3 pulih dan dikeluarkan dari
rumah sakit pada 16 Januari 2020. Pasien 2 meninggal pada 9 Januari 2020.
Tidak ada spesimen biopsi yang diperoleh.
HASIL

Gambar 1. Radiografi Dada.Ditampilkan adalah foto rontgen dada dari Pasien 2 pada hari
ke 8Dan setelah timbulnya penyakit. Trakea diintubasi dan ventilasi mekanis
dilembagakan dalam periode antara akuisisi dua gambar. Kekeruhan halus bilateral hadir
di kedua gambar tetapi meningkat dalam kepadatan, kelimpahan, dan pertemuan di
gambar kedua; perubahan ini paling ditandai di bidang paru-paru bagian bawah.
Perubahan yang konsisten dengan akumulasi cairan pleura juga terlihat pada gambar
kedua.
DETEKSI DAN ISOLASI NOVEL CORONAVIRUS

Tiga sampel bronchoalveolar-lavage dikumpulkan dari Rumah Sakit

Wuhan Jinyintan pada tanggal 30 Desember 2019. Tidak ada patogen
spesifik (Termasuk HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-OC43, dan
HCoV-HKU1) yang terdeteksi. RNA diekstraksi dari cairan
bronchoalveolar dari pasien digunakan sebagai sampel untuk
mengkloning dan mengurutkan genom menggunakan kombinasi
sequencing Illumina dan sequencing nano-pori.
DETEKSI DAN ISOLASI NOVEL CORONAVIRUS

-Lebih dari 20.000 pembacaan virus dari masing-masing spesimen

diperoleh, dan sebagian besar pencocokan cocok dengan genom dari
garis B dari genus betacoronavirus - menunjukkan lebih dari 85%
identitas dengan kelelawar seperti SARS CoV.

-Isolasi virus dari spesimen klinis dilakukan dengan sel epitel saluran
napas manusia dan garis sel Vero E6 dan Huh-7. Virus yang diisolasi
bernama 2019-nCoV.
DETEKSI DAN ISOLASI NOVEL CORONAVIRUS
Efek sitopatik diamati 96 jam setelah inokulasi pada lapisan permukaan sel epitel saluran
napas manusia; kurangnya pemukulan cilium terlihat dengan mikroskop cahaya di
tengah fokus (Gbr. 2). Mikrograf elektron partikel bernoda negatif 2019-nCoV umumnya
bulat dengan beberapa pleomorfisme (Gbr. 3). Diameter bervariasi dari sekitar 60 hingga
140 nm. Partikel virus memiliki lonjakan yang cukup khas, sekitar 9 hingga 12 nm, dan
memberikan virion penampakan korona surya.
DISKUSI
Kami melaporkan CoV baru (2019-nCoV) yang diidentifikasi pada pasien yang
dirawat di rumah sakit di Wuhan, Cina. Bukti keberadaan virus ini termasuk
identifikasi dalam cairan bronchoalveolar-lavage pada tiga pasien secara
keseluruhan. sekuensing genom, PCR langsung, dan kultur. Penyakit yang
kemungkinan disebabkan oleh CoV ini dinamai “novel pneumonia-terinfeksi
pneumonia” (NCIP).

Analisis filogenetik mengungkapkan bahwa 2019-nCoV masuk ke dalam genus

betacoronavirus, yang meliputi coronaviavies (SARS-CoV, kelelawar CoV
seperti SARS, dan lainnya) yang ditemukan pada manusia, kelelawar, dan hewan
liar lainnya.
DISKUSI

Bukti tambahan untuk mengkonfirmasi signifikansi etiologis 2019-

nCoV dalam wabah Wuhan termasuk identifikasi antigen 2019-nCoV
dalam jaringan paru-paru pasien dengan analisis imunohistokimia,
deteksi antibodi antivirus IgM dan IgG dalam sampel serum dari
pasien pada dua titik waktu untuk menunjukkan konversi, dan
percobaan hewan (monyet) untuk memberikan bukti patogenisitas.