Anda di halaman 1dari 12

Review Paper

Klasifikasi Taksonomi yang Akurat dan Cepat dari Barcode


Sekuen DNA Serangga (Kelas Insecta) Sitokron C Oksida
Subunit 1 (COI) dengan Menggunakan Klasifikasi Naïve
Bayes
(Resource Ekologi Molekuler
(2014))
PENDAHULUAN

Identifikasi berdasarkan ciri-ciri


Morfologi

Waktu Lama Pengetahuan Khusus

Identifikasi untuk taksonomi family

GenBank&Bold sedikit DNA Barcode


Tujuan Penelitian

Memudahkan
Menggunakan Source untuk
klasifikasi

Mengatur kecepatan
Metode yang Digunakan
1. Naïve Bayes Classifier
o Project database ribosom neive Bayes classifier versi
2.5.
o Classifier dilatih menggunakan dua file yaitu: file
urutan format fasta dan file teks
o Memecahkan Sekuen ke semua kemungkinan
8-mer (k-mer).
o Genus dengan nilai probability tertinggi menjadi
assigment taksonomi
Penelitian Terkait
• Klasifikasi dengan menggunakan BLAST(Altshul
et al, 1997)
• Metode Berbasis Fillogeni (Munch et al , 2008)
• Metode Berbasis Kmer (Wang et al, 2007)
• Penambangan Sekuens Serangga Dari GenBank

- Menggunakan istilah “insecta” [ORG] AND “species”


[RANK} untuk mencari database taksonomi.
- Memproses Hasil dari NCB digunakan parameter LCA yaitu
algoritma untuk meringkas informasi taksonomi secara
Heterogen
- Mengklasifikasi urutan menggunakan BLAST 2.2.26+ dan
memproses Hasil BLAST menggunakan Parameter MEGAN
LCA
HASIL PENELITIAN

• Tiga Set Data Training


Profil taksonomi serangga untuk 3 set data latih dan
jumlah sekuen dari masing - masing serangga
Hasil pengujian LOOCV(Leave-one-out cross
Validation
Perbandingan Rata-rata error
Perbandingan tingkat taksonomi
Kesimpulan
• Classifier Bayesian Naïve dapat secara efektif
diterapkan untuk mengklasifikasikan sejumlah
besar mitokondria sekuen Barcode COI dari
serangga