GENETIKA

BAKTERI
 PETA KONSEP
 Kromosom dan DNA
 RNA dan sintesis protein
 Mutasi bakteri
 Pemindahan materi genetik
 Rekayasa genetik
 Aplikasi rekayasa genetik
 Pendahuluan
 GENETIKA  suatu proses hereditas dan variasi,
merupakan titik awal dari semua alur, fungsi, dan
struktur selular.
 APA YG DIPELAJARI DALAM GENETIKA?
adalah mempelajari kemampuan suatu
mikroorganisme untuk memelihara viabilitas,
beradaptasi, bermultiplikasi, dan menyebabkan
penyakit
 Pendahuluan
 Sifat bakteri (e.g. virulensi, patogenitas, resistensi
terhadap antimikroba) ditentukan oleh informasi
genetik yang terdapat dalam kromosom
 Kromosom bakteri:
 Rantai DNA

 Double stranded  lingkaran tertutup  “super

coil”
 KROMOSOM DAN DNA
KROMOSOM adalah struktur sel yang secara
fisik membawa informasi (hereditary
information) . Kromosom merupakan untaian
DNA yang tidak terputus yang disebut sebagai
SINGLE CONTINOUS DNA MOLECULE
“Didalam kromosom mengandung GEN”
GEN adalah segmen DNA yang menyandi
produk-produk fungsional dan merupakan suatu
genetic determinant yang tugasnya mengawasi
atau menentukan sifat-sifat dari suatu makhluk
hidup
 Kromosom bakteri terdiri dari
DNA (deoxyribonucleic acid)
menempati sebagian besar dari volume sel

Fungsi utama DNA

sebagai sumber informasi genetik suatu makhluk hidup
dan proses replikasinya dikerjakan sedemikian sempurna
sehingga sel anak akan memperoleh informasi genetik yang
lengkap sama seperti sel induk sehingga akan terjadi
kestabilan genetik di dalam suatu populasi

Apabila DNA diekstrak dari sel bakteri dan direntangkan

panjangnya kurang lebih 1 mm.

Bakteri memiliki kromosom tunggal sirkuler dan melekat pada

satu atau beberapa titik pada membran plasma
 DNA
Berdasarkan hasil penelitian menggunakan sinar X yang
dilakukan oleh WATSON dan CRICK, diketahui
bahwa unit dasar DNA adalah nukleotida, gugus gula
deoksiribosa dan fosfat

Nukleotida terdiri dari basa nitrogen purin (adenin dan

cytosine) dan basa pirimidin (thymine dan guanine)

DNA merupakan pita nukleotida panjang saling melingkar

berpasangan (terpilin) membentuk pita untai ganda
(double helix). Setiap pita terdiri atas urutan gula
dan gugus fosfat yang tersusun sebagai sugar-
phosphat backbound, dengan basa nitrogen yang
melekat pada setiap gula
 REPLIKASI DNA
 Pembelahan biner didahului dengan
pembentukan copy rantai DNA 
REPLIKASI
 Replikasi semi konservatif
 Enzim yang terlibat a.l.:
 DNA polymerase
 DNA gyrase, dll
 REPLIKASI DNA
Menjelang terjadinya pembelahan sel, kromosom mengadakan duplikasi
atau replikasi sehingga sel keturunannya akan mempunyai kromosom
yang sama dengan kromosom sel induknya
(sel anak juga mendapatkan satu set gen yang sama dengan sel
induknya)

Saat replikasi, rantai DNA akan memisah dan selanjutnya masing-masing

akan membentuk pasangannya sendiri-sendiri.
Satu molekul DNA untai ganda induk (parental), diubah menjadi dua
molekul anak (daughter) yang identik

Karena basa sepanjang dua pita DNA untai ganda adalah komplementer,
maka satu pita dapat bertindak sebagai cetakan untuk memproduksi
pita yang lain.
 REPLIKASI DNA
Pada waktu replikasi terjadi, dua pita induk DNA akan saling
melepaskan diri dimulai dari satu titik replikasi yang disebut
replication fork.

Nukleotida bebas yang ada di dalam sitoplasma sel akan

memasangkan diri kepada basa yang terekspos pada satu untai
DNA induk.
Misal : jika thymine yang ada pada untai asal maka hanya
adenine yang cocok untuk menempati pada untai baru, dengan
bantuan enzim DNA polymerase

Karena setiap molekul DNA untai ganda baru hasil replikasi

mengandung pita asal (conserved strand) dan satu pita baru
(new strand) maka proses replikasi ini disebut
semiconservative replication
Replikasi
awal
 Dari DNA ke Protein
 Informasi dalam gen (DNA)  dibuat rantai
komplementernya mRNA  TRANSKRIPSI
 mRNA  ribosom
 Di ribosom terjadi proses TRANSLASI 
sintesa protein dari asam amino
 RNA DAN SINTESIS PROTEIN
Suatu gen (DNA) menyandi molekul messenger RNA (mRNA),
yang akhirnya menghasilkan pembentukan protein.

Sebagai alternatif, produk dari gen dapat berupa ribosomal

RNA(rRNA) atau transfer RNA (tRNA). Semua tipe RNA
terlibat dalam proses sintesis protein
rRNA adalah bagian integral dari ribosom dan merupakan
mesin seluler untuk sintesis protein

Sintesis protein diawali dengan proses transkripsi dimana

urutan DNA dijadikan mRNA, kemudian informasi
yang terdapat di dalam mRNA tersebut ditranslasikan
menjadi urutan asam amino spesifik yang membentuk
protein
 TRANSKRIPSI
Proses transkripsi adalah sintesis untai mRNA dari
segmen DNA

Informasi yang tersimpan dalam urutan basa nitrogen

dari DNA ditulis kembali sehingga informasi yang sama
tampak di dalam urutan basa dari mRNA.
Contoh : A (adenine) pada DNA akan berpasangan
dengan U (uracyl) pada mRNA

Proses transkripsi membutuhkan enzim RNA-polymerase

dan suplai nukleotida untuk mRNA

Transkripsi dimulai bila RNA polymerase berikatan dengan

DNA pada satu tempat yang disebut PROMOTER
Sintesis rantai mRNA berlangsung terus sampai RNA-
polymerase mencapai pada suatu tempat pada DNA yang
disebut TERMINATOR
 TRANSLASI
Translasi adalah proses penerjemahan kode genetik
pada mRNA menjadi rangkaian asam amino atau
polipeptida.

Kode genetik pada mRNA tertulis dalam bentuk

kodon-kodon (codons) yang masing-masing
merupakan satu grup terdiri atas tiga nukleotida
misalnya AUG, GGC, AAA dsb

Urutan kodon pada mRNA menentukan urutan asam

amino dalam protein yang akan disintesis

Ada 64 kodon, tetapi hanya 20 jenis asam amino, ada

asam amino yang disandi oleh lebih dari satu kodon,
hal ini disebut dengan degeneracy of the code.
Contoh : leusin memiliki 6 kodon, alanin dg 4 kodon
Dari DNA ke Protein
Transkripsi
TRANSLASI
 MUTASI BAKTERI
 Mutasi adalah suatu perubahan yang terjadi pada
urutan basa DNA yang dapat menyebabkan
perubahan dari produk yang disandi oleh gen
tersebut.
Tujuan bakteri mengadakan mutasi adalah untuk
,melindungi dirinya terhadap seleksi alam.
Perubahan yang dihasilkan baik secara morfologis
maupun biokimiawi serta sifat lainnya akan diturunkan
kepada generasi selanjutnya.
Proses mutasi bisa berlangsung secara spontan atau
karena pengaruh tertentu
Dampak mutasi bisa bersifat ringan sampai berat
tergantung dari derajat mutasi sel tersebut
 MUTASI BAKTERI
 Tiap gen mempunyai kemungkinan untuk
mengalami mutasi
Dari mutasi akan menimbulkan variasi dari
bakteri
Galur bakteri normal (standart) yang baru
diisolasi dari penderita disebut
 prototrof dan diberi tanda (+)
Galur yang baru diisolasi dan mengalami
mutasi disebut
 auksotrof dan diberi tanda (-)
 KECEPATAN MUTASI
♪ Kecepatan mutasi (mutation rate) untuk suatu
bakteri relatif tetap untuk suatu gen tertentu.
♪ Kecepatan mutasi tersebut dihitung dalam satu
waktu pembelahan (generation time)
♪ Kecepatan mutasi dapat dihitung dengan rumus :
a= M
N1 – N0
a= kecepatan mutasi
M = jumlah mutasi
N0 = jumlah sel mula-mula
N1 = jumlah sel setelah mengganda
(doubling)
 IDENTIFIKASI MUTAN
Terjadinya mutasi dapat diketahui
secara morfologi (al. perubahan bentuk, warna,koloni)
secara biokimia (al.pertumbuhan pada media tertentu)

Mutasi morfologis
dilakukan dengan menanam bakteri pada lempeng
agar yang sudah diberi bahan mutagen. kemudian
diamati dengan cara membandingkan antara koloni
bakteri yang terbentuk pada pemberian mutagen
dengan koloni bakteri normal.

Mutasi biokimiawi
dilakukan dengan menumbuhkan bakteri pada media
lengkap (complete media), kemudian dipindahkan ke
media sederhana (simple minimum media)
 MUTAGEN
Mutagen : bahan atau agen, baik kimia maupun fisik
(radiasi) g dapat menyebabkan terjadinya mutasi.
Mutagen dapat meningkatkan kecepatan mutasi 10
sampai 1000 kali
Yang tergolong mutagen adalah :
 Asam nitrat

 Senyawa analog basa seperti :

 2 –aminopurin, 5 bromourasil, benzapiren

pada asap
 Aflatoksin dari jamur Aspergillus flavus
(merupakan frameshift mutagen yang
efektif)
 Rekombinasi
 Terjadi pertukaran materi genetik
 Melalui:
1. Transformasi
2. Transduksi
3. Konjugasi

Transfeksi: transformasi dg donor DNA berasal

dari bakteriofag
 Transformasi
 Syarat sel bakteri dapat mengalami
transformasi  bersifat kompeten
 Contoh bakteri yang dapat mengalami
transformasi:
 S. pneumoniae
 H. influenzae

 Beberapa spesies Bacillus

Transformasi
 TRANSFORMASI
 Sel resipien akan mengambil DNA terlarut yang
dilepaskan oleh sel donor.
 Umumnya, pelepasan DNA sel donor oleh karena sel
donor mengalami lisis
 Transformasi hanya terjadi pada bakteri yang mampu
mengambil DNA
 Pertama kali ditemukan oleh Frederick Griffith
(1928) pada galur Streptococcus pneumoniae
 Transformasi secara alamiah terjadi pada beberapa
bakteri, misalnya :
 Haemophillus sp., Bacillus sp., Acinetobacter sp., beberapa
Streptococcus dan Staphylococcus
 TRANSFORMASI
 Transformasi berlangsung baik apabila sel
donor dan sel resipien sangat dekat
hubungannya
 Sel kompeten : sel resipien yang dalam
keadaan fisiologis mampu mengambil DNA
donor
 Pengambilan DNA donor terjadi bila dinding sel
resipien menjadi permiabel terhadap molekul
DNA yang besar.
 Selanjutnya dimanfaatkan dalam rekayasa genetika.
Misalnya dengan penambahan ion kalsium Ca ++ akan
mengubah E. coli menjadi kompeten untuk transformasi
 Transduksi
 Transfer gen dengan perantaraan Bakteriofaga
 sbg pembawa DNA donor
 Bakteriofaga  Transducing phage
 Umum terjadi pada:
 Staphylococcus
 Salmonella
Transduksi
 TRANSDUKSI
 Transduksi : DNA bakteri dipindahkan dari sel donor
ke sel resipien melalui perantara virus yang
menginfeksi bakteri (bakteriofaga atau faga)

 Banyak dijumpai pada bakteri baik Gram positif maupun

negatif . Pertama kali ditemukan pada :Salmonella,
kemudian pada E.coli, Proteus, Shigella, Vibrio serta
Pseudomonas. Pada Gram positif, bisa terjadi pada
Staphylococcus, dan Bacillus.

 Transduksi bisa terjadi secara :

 Terbatas (restricted transduction)
 Tak terbatas (generalized transduction)
 Konjugasi
 Transfer gen antar bakteri  memerlukan
kontak langsung
 Pili sex berperan  bakteri mempunyai
plasmid F (bakteri F+)
 Materi yang ditransfer:
 Plasmid
 Bagian dari gen DNA sel donor
Konjugasi
Animasi konjugasi
 KONJUGASI
 Konjugasi : pemindahan materi genetik yang terjadi karena
adanya faktor fertilitas (fertility factor) yang dimiliki oleh salah
satu galur

 Galur mutan yang memiliki faktor fertilitas disebut dengan F+

(sebagai donor) , sedangkan yang tidak memiliki disebut F-
(sebagai resipien)

 Apabila faktor F melekat pada kromosom maka dapat terjadi

peristiwa High Frequency of Recombinantion (HFR)
 Bila terjadi konjugasi antara sel HFR dengan sel F-, maka
sel F- mendapatkan gen baru, namun dalam hal ini tetap
menjadi sel F- karena tidak menerima faktor F lengkap
selama konjugasi
 KONJUGASI YANG DIPERANTARAI
PLASMID
 Banyak plasmid yang membawa gen yang menyandi proses
konjugasi, disebut Conjugative plasmid.
 Plasmid adalah : elemen genetik (DNA) berbentuk sirkuler, dapat
mengadakan replikasi secara otonom dan berada di luar
kromosom (ekstra-kromosomal)
 Pada umumnya terdapat pada bakteri, tetapi bisa ditemukan pada
mikroorganisme eukariotik seperti Saccharomyces cereviceae.
 Ukurannya bervariasi antara 1 sampai lebih dari 1000 kilo
pasangan basa
 Banyak plasmid yang dapat dipindahkan dari sel bakteri ke sel
bakteri yang lain (transmissible) melalui konjugasi, tetapi ada
yang non-transmissible (hanya dapat dipindahkan dengan proses
transduksi)
 Materi Genetik Ekstra-
kromosom
 Plasmid:
 DNA rantai ganda, umumnya berbentuk lingkaran
 Replikasi independen
 Sebagai pembawa sifat, e.g. resistensi terhadap antibiotik,
produksi toksin
 Transposon:
 Rantai DNA pendek  dp menyisipkan diri pada
kromosom  mutasi
 Tdk mampu bereplikasi
Plasmid
 Macam-macam Plasmid
 Plasmid konjugatif
 Ditransfer dengan cara konjugasi
 F plasmid
 Plasmid non-konjugatif
 Ditransfer dengan cara transduksi atau transformasi
 R plasmid
 Pembawa sifat resistensi terhadap antibiotik
 Vir-plasmid
 REKAYASA GENETIKA
 Antara tahun 1970 dan 1980, aplikasi praktis mikroorganisme
berkembang dengan pesat dengan tumbuhnya teknik rekayasa
untuk membuat DNA rekombinan
 Dengan teknik rekayasa, transfer gen bisa terjadi antara
spesies yang sama sekali berbeda
 Teknik rekayasa dikenal dengan istilah recombinant DNA
sekarang secara luas mempunyai arti sebagai setiap manipulasi
gen baik di dalam spesies tertentu maupun diantara spesies
yang berbeda
 Istilah rekayasa genetik (genetic engineering atau recombinant
DNA technology) dapat diartikan sebagai manipulasi gen di
laboratorium
 Contoh rekayasa genetika
 Suatu gen dari hewan vertebrata termasuk
manusia dapat disisipkan ke dalam DNA
bakteri
 Gen dari virus ke dalam sel ragi
 Pada umumnya resipien dapat
mengekspresikan gen tersebut untuk menyandi
produk komersial
 Misal : Bakteri yang membawa gen menyandi
insulin untuk terapi diabetes
 Aplikasi rekayasa genetika
 Melalui rekayasa genetika,
 Dapat dipanen sejumlah besar gen yang diinginkan
 Dari klon sel yang diperoleh kemudian digunakan untuk
berbagai tujuan:
 Gen tersebut dapat disisipkan ke dalam vektor lain
untuk dimasukkan ke dalam sel tertentu, misal sel
tumbuhan atau sel hewan sehingga dapat diperoleh
spesies tanaman yang tahan terhadap hama atau
 diperoleh galur bakteri yang dimanfaatkan untuk
membersihkan polusi minyak di permukaan air

 Gen yang diinginkan diekspresikan sebagai produk gen

yang berupa protein, yang kemudian dapat dipanen dan
digunakan untuk berbagai keperluan, misal hormon
pertumbuhan
APLIKASI REKAYASA GENETIK
 Untuk keperluan pengobatan
 Gen sintetis diikatkan pada gen β-galaktosidase (lacZ)
dalam vektor plasmid, kemudian diinsersikan ke dalam E.
coli agar memproduksi dan mensekresikan polipeptida
yang digunakan untuk membuat insulin manusia
 Sel dapat direkayasa untuk memproduksi protein
permukaan suatu patogen, sehingga dapat digunakan
sebagai vaksin
 Virus hewan dapat direkayasa agar membawa gen protein
permukaan suatu patogen. Jika virus digunakan sebagai
vaksin, hospes akan membentuk kekebalan terhadap
patogen
 Aplikasi rekayasa genetik
 Untuk penelitian dasar dan aplikasi medis
 Teknik DNA rekombinan dapat digunakan untuk meningkatkan
pengetahuan tentang DNA untuk genetic fingerprinting pada
kasus-kasus kriminal dan sebagai terapi pada penyakit genetik
dengan cara mengganti gen yang rusak atau hilang
 Untuk menentukan urutan basa nukleotida dalam suatu gen
 Untuk menentukan lokasi gen dalam sel, serta mencari gen
mutan yang bertanggung jawab pada penyakit keturunan pada
manusia dengan menggunakan metode Southern blotting
 PCR dapat digunakan untuk meningkatkan jumlah DNA sampel
sampai kadar yang dapat dideteksi, sehingga dapat dilakukan
sequencing dari gen, diagnosis penyakit genetik atau deteksi
virus
 Pelacak DNA dapat digunakan untuk identifikasi secara cepat
terhadap patogen yang ada di dalam jaringan atau makanan
TERIMA KASIH...