L/O/G/O

Mikrobiologi
Wirda Anggraini, S.Farm., M.Farm., Apt.
 Schedule
Wee Topic Lecturer
k
Kontrak perkuliahan, Pedahuluan, dan Bu Wirda
1
Bakteri
2 Bakteri Lanjutan Bu Wirda

3 Virus Bu Wirda

Pewarnaan Kuman, Sterilisasi dan Bu Wirda

4
Desinfeksi
Fungi Pak Alif
5

Hubungan Host dan Parasit Pak Alif

6

7 Flora Normal Pak Alif

8 UTS
PERATURAN PERKULIAHAN

• Toleransi keterlambatan 15 menit, sanksi

terlambat : mahasiswa diminta membuat resume
tentang perkuliahan di hari tersebut, dan
dikumpulkan dalam 1x24 jam.
• Dilarang Titip Absen pada kuliah sesuai jadwal,
sanksi : pengurangan 10% dari NTS/ NAS
 Assessments
Komponen Range Bobot Bobot
1. Kuis 0 – 15 %  10
2. Tugas 0 – 15 %  20
3. Ujian Tengah 25 – 35 %  35
Semester (UTS)
4. Ujian Akhir 30 – 40 %  35
Semester (UAS)
Total    100
 Deskripsi Mata Kuliah
Mata kuliah mikrobiologi- imunologi membahas
tentang mikrobiologi (morfologi, klasifikasi,
pewarnaan), kultur mikroba, host-parasit relationship,
genetika mikroba, pengendaian infeksi, bakteriologi,
virologi, mikologi, helmintologi, protozoologi,
imunologi, imunogenetika, imunitas (alami, spesifik),
antigen,antibodi, interaksi Ag-Ab, imunodiagnostik,
imunoterapi,imunologi pada infeksi mikroba.
 Tujuan Pembelajaran
Setelah mempelajari mata kuiah ini mahasiswa
mampu memahami tentang konsep dasar
mikrobiologi dan aplikasinya di bidang kefarmasian
dengan benar.Mahasiswa diharapkan dapat memiliki
pengetahuan dan mengerti komponen sistem imun,
menjelaskan proses fisiologi terjadinyanya sistem
imun, interaksi Ag-Ab, mekanisme pertahanan tubuh
terhadap penyakit infeksi melalui sistem imun,
dantanggap terhadap permasalahan yang terjadi
yang disebabkan oleh respon imun secara benar.
REFERENCES
• Tortora GJ, Funke BR, Case CL, 2013, Microbiology an
Introduction, 11th edition, Benjamin Cummings,
SanFrancisco, USA
• Denyer SP, Hodges NA, Gorman SP, 2011, Hugo
andRussell’s: Pharmaceutical Microbiology, 8th
edition,Blackwell Science Ltd., Blackwell Publishing
Company, USA
• Pratiwi ST, 2008, Mikrobiologi Farmasi, Erlangga,
Jakarta
• Radji M, 2013, Buku Ajar Mikrobiologi Panduan
Mahasiswa Farmasi dan Kedokteran, Penerbit Buku
Kedokteran EGC, Jakarta
 WHAT DO YOU
MICROBIOLOGY?
KNOW ABOUT
WHAT IS THAT?
MICROBIOLOGY?

THEN… WHAT IS
THE ROLE of
PHARMACIST in
PHARMACEUTICAL
MICROBIOLOGY?
Pengertian

Mikrobiologi merupakan ilmu yang mempelajari

tentang mikroorganisme. Sedangkan mikroorganisme
merupakan organisme yang berukuran sangat kecil
sehingga diperlukan bantuan untuk dapat melihatnya.
Contents

1 Sejarah mikrobiologi

2 Klasifikasi mikroorganisme

3 Bakteri

4
Sejarah Mikrobiologi
Penemuan Animalculus

• Leeuwenhoek (1633-1723)
– Mikroskop sederhana, perbesarannya antara 50-300 kali.
– Dunia mikroba yang disebut sebagai “animalculus” atau
hewan kecil.
– Animalculus adalah jenis-jenis mikroba yang sekarang
diketahui sebagai protozoa, algae, dan bakteri.
Teori

Abiogenesis Biogenesis

• Makhluk hidup • Makhluk hidup

berasal dari berasal dari
makhluk tak makhluk hidup
hidup (benda lain
mati) • Animalculus
berasal dari
animalculus lain
Fransisco Redi (1665)

Larva berkembang biak dalam daging

busuk, namun tidak akan terjadi apabila
daging disimpan dalam tempat tertutup 
larva tidak secara spontan berkembang
dari daging.
Lazzaro Spallanzani

Memanaskan
Memanaskan larutan
larutan kaldu
kaldu dalam
dalam botol.
botol.
Pada
Pada botol
botol yang
yang tertutup
tertutup rapat
rapat tidak
tidak
memungkinkan
memungkinkan oksigen
oksigen masuk,
masuk, dimana
dimana
Oksigen
Oksigen ini
ini yang
yang sangat
sangat dibutuhkan
dibutuhkan
Mikroorganisme
Mikroorganisme sehingga
sehingga mikroorganisme
mikroorganisme
Akan
Akan mati
mati dalam
dalam kondisi
kondisi kekurangan
kekurangan oksigen
oksigen
The Golden Age of Microbiology
(1857-1914)

Microbiology established
as a science

Louis Pasteur
• Wine fermentation (yeasts and bacteria)
• Pasteurization
Louis Pasteur (1822-1895)

Mikroorganisme yang ada pada air kaldu

bukan berasal dari cairan (benda tak
hidup), melainkan dari mikroorganisme
yang terdapat di udara. Menunjukkan
bahwa mikroorganisme berasal dari
udara.
Pre-Pasteur:
Ignaz Semmelweis (1840s)
hand disinfection and
puerperal fever

Based on Pasteur’s
and Semmelweis’ findings:
Joseph Lister (1860s) –
antiseptic surgery (phenol)
Robert Koch
• Work on anthrax
proves the germ
theory of disease
• Procedures become
Koch's postulates
• Development of pure
culture technique
• Nobel Prize in 1905
Klasifikasi Organisme
Klasifikasi
Klasifikasi

M.o
Arkea
Prokariotik

Fungi Eukariotik
Bakteri

Protozoa Algae
Perbedaan
Perbedaan
Perbedaan
Arkea
 Sel Eukariot
• Sitoplasma
Substansi di dalam plasma dan di luar inti

• Sitosol
Bagian cair sitoplasma

• Sitoskeleton
Microfilament, intermediate filament, microtubule

• Aliran sitoplasma
Pergerakan sitoplasma ke seluruh sel
Sel Eukariot (Organela)
Struktur khusus dalam sitoplasma
• Terikat membran
 Inti: mengandung kromosom (DNA)
 Retikulum endoplasmik (RE): sistem transport, ribosom
 Kompleks Golgi: pembentukan membran dan sekresi
protein
 Lisosom: enzim pencernaan
 Vakuola: membawa makanan ke dalam sel dan
menimbun cadangan makanan
 Mitokondria: respirasi seluler (ATP)
 Khloroplas: Fotosinthesis (70S ribosom)
 Peroksisom: Oksidasi asam lemak; menguraikan H2O2
Sel Eukariot (Organela)
• Tidak terikat membran
 Ribosom: Sintesis protein (translasi)
 Sentrosom: Terdiri dari serat-serat protein dan sentriol
 Sentriol: Pembentukan spindle mitosis
Flagela dan Cilia eukariot
• Flagella eukariot bergelombang; prokariot berotasi
• Flagela: beberapa dan panjang (untuk pergerakan)
• Cilia: banyak dan pendek (untuk pergerakan dan
memindahkan substansi sepanjang permukaan sel)
Fungi
• Fungi = Mycota = Cendawan
• Termasuk organisme eukariotik
• Mycology (Mikologi):
Myco = fungus (jamur)
-logy = ilmu
Ilmu yang mempelajari fungi
• Umumnya multiseluler, kecuali ragi
 Protozoa
Uniseluler eukariotik, Kemoheterotrof.
Grup besar dan bervariasi. Beberapa
patogenik.
Ditemukan di tanah dan air, dan sebagai
microbiota normal dalam hewan.
Trophozoite: bentuk vegetatif (makan dan
bertumbuh).
Reproduksi asexual melalui pembelahan
(fission), budding, atau schizogony (multiple
fission).
Reproduksi sexual melalui konjugasi.
Beberapa protozoa dapat menghasilkan
bentuk cyst yang melindungi sel selama
kondisi lingkungan yang merugikan.
Bakteri
Definisi

Bakteri merupakan mikroorganisme kelas

prokariotik, berbentuk uniselular walaupun
ada beberapa spesies berbentuk multiseluler
rantai, serta memiliki berbagai jenis bentuk,
habitat, produk metabolisme, patogenitas dan
karakteristik yang berbeda.
Morfologi
Struktur utama bakteri
1. Dinding sel
2. Bagian internal yang
mengandung :
• Membran sel
• Inclusion body
• Ribosom
• Nukleoid (DNA)
3. Bagian eksternal
• Kapsul
• Flagela
• Fili
Ukuran dan Bentuk
• Ukuran rata-rata: 0.2-2.0 μm x 2-8 μm (1μm = 10-6 m)
• Uniseluler; sebagian besar membiak dengan
pembelahan biner
• Ada 3 bentuk dasar: bulat, batang, dan spiral
Bentuk Sel
Bentuk Sel Spiral
• Batang tidak lurus,
punya 1 atau lebih
lengkungan
• Ada 3 tipe:
 Seperti koma
(vibrio)
 Bentuk heliks,
kaku (spirila)
 Heliks, fleksibel
(spiroketa)
 Bentuk Lain
• Bentuk tak umum (Prokaryotes)
 Seperti bintang (genus Stella)
 Segi empat, pipih (Archaea halofilik, misal: Haloarcula)
 Segitiga

• Sel bakteri umumnya monomorfik (bentuk tunggal)

• Beberapa pleomorfik: punya beberapa bentuk,
misal: Rhizobium corynebacterium (tergantung kondisi
lingkungan tertentu)
 Dinding Sel
• Komposisi
Tersusun oleh peptidoglikan (murein)
• Fungsi dinding sel:
 Melindungi struktur dalam
 Memberi bentuk sel
 Memberi kekakuan sel
 Berperan dalam pembelahan sel
 Kekebalan terhadap efek buruk lingkungan, termasuk lisis osmotik
karena perubahan tekanan air
 Tempat pelekatan flagela
• Secara medis:
 dinding sel berperan dalam menimbulkan penyakit
 tempat aksi antibiotik serta pembeda tipe-tipe bakteri
Membran Plasma (Sitoplasma)

• Tersusun dari fosfolipid bilayer

• Mengandung protein membran:
 Protein periferal
 Protein integral
 Protein transmembran
• Bersifat permeabel selektif.
 Membran Plasma (Sitoplasma)
Fungsi membran plasma:
• Membawa enzim-enzim untuk reaksi metabolik:
pemecahan nutrien, produksi energi, fotosintesis
• Permeabilitas selektif memungkinkan perpindahan
beberapa molekul melewatinya
• Pigmen-pigmen fotosinthetik pada lipatan-lipatan
disebut kromatofor atau tilakoid
• Kerusakan membran oleh alkohol, ammonium
kuaterner (detergen) dan antibiotika polimiksin
menyebabkan keluarnya isi sel
Perpindahan Melewati Membran
Plasma (Sitoplasma)
• Osmosis (selalu melibatkan air)
Pergerakan air melewati membran permeabel selektif dari
suatu area dengan konsentrasi air tinggi ke konsentrasi rendah
• Tekanan osmotik
Tekanan diperlukan untuk menghentikan perpindahan air
melalui membran.
Pegerakan Melalui Membran Plasma
(Sitoplasma)
• Dari konsentrasi tinggi ke rendah:
• Tipe transport molekul melalui membran:
 pasif (tidak memerlukan energi ataupun protein tertentu)
Pergerakan suatu solute dari area dengan konsentrasi tinggi
ke konsentrasi rendah (ion-ion berpindah hingga
kesetimbangan tercapai
 aktif (memerlukan suatu protein transporter dan atau ATP)
Nukleoid

• Mengandung DNA kromosom bakteri (suatu DNA untai ganda

sirkuler yang panjang, mengandung semua informasi genetik
yang dibutuhkan oleh sel).
Plasmid
• DNA ekstrakromosomal, umumnya untai ganda sirkular.
• Mengandung materi genetik tambahan, membawa gen dari
beberapa hingga ratusan gen.
• Informasi genetik yang dibawa pada umumnya tidak diperlukan
sel tetapi bisa bermanfaat pada situasi tertentu.
• Beberapa plasmid dapat mengkode enzim untuk degradasi
antibiotika.
• Resistensi terhadap antibiotika dapat disebarkan dari satu
bakteri ke lainnya melalui transfer plasmid.
• Penting pada teknologi genetika dan pathogenesis bakteri
(khususnya di bidang resistensi antibiotika)
Ribosom
• Terdiri dari ribosomal RNA dan ribosomal protein
• Tempat sintesis protein (rRNA) – terapung bebas, tidak terikat
pada retikulum endoplasma.
• Ribosom prokariot: 70S, tersusun dari subunit besar (50S) dan
kecil (30S)
• Perbedaan pada ribosom prokariotik dan eukariotik,
→ target antibiotika tertentu yang lebih mudah mengikat ribosom
70S sehingga mencegah sintesis protein, sedangkan sel inang
eukariotik tidak.
Kapsul
• Bentuk dan ketebalannya teratur di sekeliling sel
• Melekat kuat pada dinding sel
• Fungsi:
 Berperan dalam sifat virulensi bakteri  melindungi sel dari
fagositosis
 Berperan dalam penempelan dan kolonisasi sel pada jaringan
inang atau pada berbagai permukaan di lingkungan alaminya
 Streptococcus mutans - enamel pada gigi menyebabkan
carries gigi.
 Klebseilla pneumoniae – melekat pada saluran pernafasan
 Sebagai cadangan makanan
 Pelindung terhadap kekeringan dan terhadap kehilangan
nutrien dari sel
Flagella
• Merupakan alat gerak sel bentuk
batang dan spiral
• Bentuk seperti benang panjang
• Terletak di sebelah luar dinding sel
• Terdiri dari 3 bagian
 Filament : tersusun dari rantai
flagelin
 hook : protein, tempat
melekatnya filament
 basal body: bagian flagela
yang menancap pada dinding
dan membran sel
Susunan dan Jumlah Flagela
• Hampir semua bakteri bentuk
spiral adalah motil
• Sekitar 1/2 dari sel bentuk batang
adalah motil
• Hampir semua sel bentuk bulat
adalah non-motil
• Jumlah dan susunan flagel 
khas untuk masing-masing
bakteri.
• Atrikha : tanpa flagel
• Ada 4 susunan:
Identifikasi Bakteri

• Melihat bentuk, ukuran,

Mikroskop pergerakan dan karakteristik sel
secara langsung

• Pewarnaan bakteri gram positif

Pewarnaan • Pewarnaan bakteri gram
negatif
• Menggunakan zat warna
gentian, larutan iodine, alkohol
dan safranin
Klasifikasi Bakteri
Kelengkapan Bakteri
- Bentuk dan ukuran sel
- Dinding sel
- Membran sitoplasma
- Sitoplasma
- Nukleoid
- Plasmid
- Flagella
- Fimbriae
- Fili
- Kapsul
- Biofilm
(Sporula)
 Contoh
Gambar sel-sel S. aureus (1000 X)

Warna sel : ungu

Sel termasuk gram : positif
(+)
Bentuk : coccus
Gambar sel-sel Bacillus subtilis
(1000 X)

Warna sel : ungu

Sel termasuk gram :
positif
Bentuk : basil
Gambar sel-sel Escherichia coli
(1000 X)

Warna sel : merah

Sel termasuk gram :
negatif (-)
Bentuk : cocobasil
Bakteri (lanjutan)
Microbial Mechanisms of
Pathogenecity

• Phatogenicity  the ability to cause

disease
• Virulance  the degree or extent of
pathogenecity
• How?
Gain Access
Adhere
Penetrate
Damage
Mekanisme Infeksi
Portals of Entry
• Mucous membranes
• Skin
• Parenteral route

 Preferred portal of entry

Salmonella typhi (swallowed)
Streptococci (inhaled)
Adherence
• Adhesins/ligands bind to receptors on host
cells  Glycoprotein or lipoprotein
– Glycocalyx: Streptococcus mutans
– Fimbriae: Escherichia coli
• Receptor: Sugar (mannose)
Adherence

Figure 15.1
Adherence

Figure 15.1
Adherence

Figure 15.1
How Bacteria Pathogens Penetrate Host
Defence

• Most pathogens must penetrate tissue to

cause disease
Capsules
– Glycocalyx material  increase virulence of the
species
– Prevent phagocytic cell from adhering to the
bacterium
– Example:
 Streptococcus pneumoniae
 Haemophilus influenzae
 Bacillus anthracis
Cell Wall Components
– Streptococcus pyogenes
M protein (heat and acid resistant protein)
Found in cell surface and Fimbriae
Prevent activation of the complement and evade
phagocytosis by WBC (neutrophils)
– Neisseria gonorrhoeae
Use Fimbriae and Opa protein (outer membrane protein)
to attach the host cella
– Mycobacterium tuberculosis
Mycolic acid (waxy lipid)
Resists digestion of phagocytosis and can even multiply
inside phagocytes
Enzymes
– Coagulase: Coagulates fibrinogen (plasma
protein) in blood
Staphylococcus
– Kinases: Break down fibrin and digest clots
Streptococcus , Staphylococcus
– Hyaluronidase: Hydrolyzes hyaluronic acid
Streptococcus
– Collagenase: Hydrolyzes collagen
Clostridium
– IgA proteases: Destroy IgA antibodies
Neisseria gonorrhoeae, N.meningitidis
 Mekanisme Infeksi

Examples Route
Salmonella sp., Shigella sp., Yersinia enterocolitica, ETEC, Vibrio sp., Ingestion
Campylobacter sp., Clostridium botulinum, Bacillus cereus, Listeria sp.,
Brucella sp.
Mycobacterium sp., Nocardia sp., Mycoplasma pneumoniae, Legionella Inhalation
sp., Bordetella, Chlamydia psittaci, Chlamydia pneumoniae,
Streptococcus sp.
Clostridium tetani Trauma
S. aureus, Pseudomonas sp. Needle stick
Rickettsia, Ehrlichia, Coxiella, Francisella, and Borrelia spp., Yersinia Arthropod bite
pestis
Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Treponema pallidum Sexual
transmission
How Bacteria Pathogens Penetrate Host
Defence

• Using the host’s nutrients

• Direcr damage
• toxin
Using the Host’s Nutrients:
Siderophores
• Use host’s iron
Iron tightly bound to iron-transport proteins
(IrTP), such as lactoferrin, ferritin,
hemoglobin
In order to obtain, pathogens:
Release siderophores (secreted protein)
Produce toxin

Figure 15.3
Direct Damage
• Excreting enzymes and by their own motility.
Penetration can itself damage the host cells.
• Induction host cells to engulf by a process
phagocytosis (E.coli, Salmonella, Shigella)
• Disrupt host cell by reverse phagocytosis
• Most damage by Toxins
The Production of Toxins
• Toxin: poisonous subtances that are
produced by certain microorganisms.
• Toxigenicity: the capacity of
microorganisms to produce a toxin
Exotoxins and Endotoxins

Figure 15.4
 Exotoxins and Endotoxins
• Eksotoksin
toksin yang dilepaskan secara ekstraseluler saat organisme
bertumbuh. Eksotoksin dapat beredar dari pusat infeksi ke
bagian tubuh yang jauh dan menyebabkan kerusakan.
Contoh: Neurotoxin (botulinum toxin, tetanus toxin), Enterotoxin
(cholera toxin), Cytotoxin

• Endotoksin
toksin lipopolisakarida yang dihasilkan oleh bakteri Gram
negative. Nama endotoxin didasarkan pada fakta bahwa toksin
ini umumnya terikat dan dilepaskan dari sel hanya saat sel lisis.
The Growth of
Microbial Culture
Fase Pertumbuhan Bakteri
Generation Time
• The time required for a cell to divide (and
its population to double)
• Most of bacteria have a generation time of
1-3 hours, others require more than 24
hours per generation
• E. coli have a generation time of 20
minutes (<7 hours: ± 20 generation 
220 : > 1.000.000 cell; in 24 hours??
Calculation Generation Time
Faktor Pengaruh
Bakteri Berdasarkan Suhu
Metode Pengukuran Bakteri

• Pengukuran Langsung
 Plate Count, Mikroskop
• Pengukuran Tak Langsung
 Filtrasi, Turbidity
Plate Count
Plate Count
Mikroskop
Filtrasi
Digunkan untuk
bakteri dalam
jumlah sangat
kecil
Sering digunkan
untuk deteksi
dalam perhitungan
bakteri coliform
Turbidity

Sebagai biakan
bakteri dalam
media cair
Instument:
spectrophotometer
or colonimeter
Parameter:
Absorbansi
L/O/G/O

Thank You!