Protein & Asam amino

Oleh

Nursal Asbiran

Staf Pengajar
Fakultas Kedokteran Unbrah
Protein
Protein mempunyai peran ganda penting
 Sitoskeleton : Kerangka, bentuk dan keutuhan
sel
 Kontraksi otot : aktin , miosin

 Transpor oksigen: hemoglobin, mioglobin

 Mengusir benda asing : Antibodi

 Katalisis reaksi (Enzim) , hasilkan energi .

 Replikasi dan transcrip gene (DNA).

 Reseptor berbagai hormon
 Molekular medik, Protein tertentu yang
berperan fisiologi spesifik . Defisiensi
akan menyebabkan penyakit.
 Sequensing asam amino pada suatu
protein
Komponen protein
Pemecahan atau hidrolisis protein
menghasil ratusan sampai ribuan
asam amino.
Namun hanya terdapat 20 macam
asam amino utama yang
membangun protein
 Asam amino
 Sebagai unit monomer menbangun rantai poliptida
protein

 Sbgn besar protein mgdg 20 macam asam amino

tetapi dalam proporsi beragam

 Bbrp protein khusus mgdg asam amino yg

diturunkan dari 20 asam amino utama
AA turunan ini memberikan fungsi yg sangat spesfik
kpd protein, sehingga meningkatkan keragaman
biologinya.
 Jenis, Urutan dan hubungan ruang
dari asam amino turut menentukan
struktur dan fungsi protein kompleks
 Protein kompleks selain terditi dari
Asam amino juga mengandung heme,
karbohidrat, lipid, asam nukleat dll
 Sifat asam amino
 Kode genetik menetukan kespesifikan AA
 Dari 300 macam AA hanya 20 monomer
utk membentuk polipeptida (protein)
 Kode genetik 3 huruf yg jumlahnya terbatas
dpt mengakomodasi sintesis 20 AA
 Semua protein mengandung 20 AA dalam
proporsi beragam
 AA tambahan terdapat
dalam protein khusus
 Hasil modifikasi suatu AA yang
membangun protein.
 Modifikasi mencakup
 Derivatisasi terminal N, terminal C
 Derivatisasi rantai samping AA yg terikat
peptida internal .
AA tambahan membentuk berbagai macam
protein khusus.
Contoh
Modifikasi terjadi melalui :
Hidroksilasi
Prolin 4 OH prolin
Lisin 5 OH lisin
Metilasi, formilasi, asetilasi,fosforilasi
Adanya AA tambahan memperluas
keragaman biologis protein
Hanya AA asam L α amino
terdapat di alam
 AA mengandung gugus fungsional:
amino dan karboksil
 AA dalam protein bisa dextrorotasinal dan
levoratasional pada pH = 7, namun tetap
punya konfigurasi absolut sama
 Dalam tubuh terdapat 2 macam AA bebas
D- serin pada bgn otak depan forebrain
D-aspartat dalam otak dan saraf perifer
Muatan asam amino
 R-COOH dan R-NH3+ adalah pasangan bersifat
asam, keduanya asam lemah, tapi R-COOH
lebih dominan
 Pada plasma pH 7.4 dan intrasel pH 7.1 hampir
semua R-COOH dalam bentuk R-COO~
 R-COO~ dan R-NH2 merupakan basa kunjugat
 AA adalah zwitter ion
 Pada pH isoelektrik (pI) AA tidak bermuatan
netto
Muatan Asam amino
(contoh: aspartat)
 pH <1 , MUATAN NET = +1
HOOC CHNH3+ CH2 COOH
. pH ~ 3, muatan net = 0
-OOC CHNH3+ CH2 COOH

. pH 6 – 8. muatan net = -1
-OOC CHNH3+ CH2 COO-

. pH 11, muatan net= -2

-OOC CHNH2 CH2 COO-
Kelarutan dan titik leleh
 AA mempunyai gugus bermuatan, mudah
larut
 Larut dalam pelarut polar spt air dan etanol,
tidak larut dalam pelarut nonpolar spt
benzen, heksan, eter
 Titik lebur tinggi (besar dari 200 oC),
sehingga perlu energi yg banyak utk
menghancurkan gaya ionik yg menjaga
kestabilannya
Pemisahan AA berdasar
polaritas gugus
 Apakah gugus yg melekat pada C alfa
polar atau tidak
AA terikat atau bebas
(bukan bagian dari protein)
 Mempunyai peranan dl proses
metabolism:
ornitin, sitrulin, arginin dl pbtk ureum
tiroksin dl pbtk hormon tiroid
glutamat dl biosintesis GABA
Klassifikasi AA berdasar kelarutan

HIDROFOBIK HIDROFILIK
alanin Arginin histidin
isoleusin Asparagin lisin
leusin Aspartan serin
metionin Sistein treonin
fenilalanin Glutamat
prolin Glutamin
triptopan Glisin
Tirosin
valin
Gugus R menentukan
sifat AA
 Glisin adalah AA paling kecil, dapat
diakomodasi pada struktur 3 dimensi protein
yg tidak bisa dimasuki AA lain, Ia terdapat
pada regio tempat peptida melipat tajam
 Gugus R bermuatan pada AA asam atau
alkalis penting utk menstabilkan protein
spesifik mlli interaksi ionik atau pbtk
garam,contoh: putus atau terbentuknya
kembali ikatan garam terjadi menyertai
oksigenasi atau deoksigenasi
 AA dg R muatan positif atau negatif punya fungsi dl
pemancaran muatan- charge relay- yaitu
mentransmisikan muatan listrik dl jarak cukup jauh
- saat katalisis enzimatik,
- transportasi elektron pd mitokondria saat respirasi
 Ggs alkohol primer pd serin,
 Gugus -SH pd sistein adalah nukleofilik, berfungsi
saat katalisis.
 Ggs alkohol sekunder pada treonin juga nukleofil,
tapi tak aktif pd katalisis
 Gggs –OH pd serin, tirosin, treonin , berperan
dalam pengaturan aktifitas enzim yg dependen
terhadap fosforilasi aminoasil -OH
 AA tak menyerap cahaya, jadi tak
berwarna, tak menyerap UV dg pjg gel
diatas 240 nm, kecuali AA aromatik spt
triptopan, fenilalanin, tirosin,histidin
 Triptopan menyerap UV 250 – 290 nm.
 Triptopan memberi kontribusi pd
sebagian protein menyerap UV pada
280 nm
Tehnik pemisahan asam
amino
 Kromatografi
AA disekat antara fase diam dan fase
mobil. Pemisahan terjadi tergantung
pada kecendrungan molekul dl
campuran utk bergabung lebih pada
salah satu fase
Kromatografi kertas
Kromatografi lapisan tipis(TLC).
 Elektroforesa voltase tinggi (HVE)
Pemisahan AA, polipeptida dan senyawa
amfolit:
Tergantung pada muatan netto, pH
media- dengan arus searah
Fase diam:
kertas, serbuk selulosa, gel polakrilamid,
agarosa.
 Pemisahan tergantung pada :
kekuatan medan listrik
muatan netto amfolit
berat molekul yang sama, tapi bobot yg ringan
bermigrasi lebih dulu
Utk visualisasi elektroforegram diproses dengan :
- larutan ninhidrin (AA dan Peptida),
- etil bromida (oligomer nukleotida)
Lalu diperiksa dengan sinar UV.
Gugus fungsionil
menentukan reaksi kimia AA
 Setiap gugus fungsionil (karboksilat,
amino dan yg terdapat pada R)
berpartisipasi dl reaksi kimia khas
 Ionisasi,pbtk ester amida, serya anhidrida
asam untuk ggs karboksilat
 Ionisasi, asilasi, esterifikasi ggs amino
 Oksidasi serta alkilasi ggs –SH
 Esterifikasi ggs –OH, dll
Rx AA terpenting adalah
pbtk ikatan peptida
 Pada prinsipnya pbtk ik. Peptida
adalah pengeluaran 1 mol air antara
gugus karboksilat AA pertama dg ggs
amino AA berikutnya.
 Ggs karboksil diaktifkan oleh ATP
membentuk adenosiladenilat
 ASAM AMINO
H H
I i
R - C - COOH R – C - COO-
I i
NH2 NH3 +
 Ikatan peptida
R R
NH2 – C - H + NH2 - C – H
COOH COOH
R
NH2 – C – H R
CO _ NH _ C _H
COOH