PENGENALAN VIRUS DAN METODE DETEKSI

SARS-COV-2

Lokakarya bagi Tenaga Puskesmas

RDT Antigen SARS-CoV2
10 – 11 Februari 2021
 POKOK BAHASAN

• Klasifikasi Coronavirus dan struktur SARS-CoV-2

• Cara penularan, gejala umum, faktor risiko dan terapi SARS-
CoV-2
• Metode deteksi SARS-CoV-2
 TUJUAN
• Memahami perbedaan Coronavirus dan SARS-CoV-2.
• Mengenali struktur SARS-CoV-2 dan materi genetiknya.
• Memahami cara penularan, gejala pada manusia, faktor risiko infeksi
SARS-CoV-2.
• Memahami jenis-jenis metode deteksi SARS-CoV-2 dan memilih metode
pemeriksaan yang sesuai.
 CORONAVIRUS
• Menyebabkan infeksi pernafasan
• Anggota keluarga Coronaviridae
• Memiliki positive sense single stranded RNA
• Ukuran total genom 26 hingga 32 kilobasa
 KLASIFIKASI CORONAVIRUS
Alphacoronavirus
Dapat menginfeksi manusia dan hewan mammalia, seperti kelelawar, kucing
dan anjing.
HCoV-229E dan HCoV-NL63.

Betacoronavirus
Dapat menginfeksi manusia dan hewan mammalia seperti kelelawar, sapi,
unta dan rodensia.
HKU1, HCoV-OC43, SARS-CoV, MERS-CoV, SARS-CoV-2.

Deltacoronavirus
Ditemukan pada unggas dan babi, contohnya: spesies Bulbul CoV-HKU11.

Gammacoronavirus
Ditemukan pada unggas dan babi, contohnya: spesies Beluga whale CoV-
SW1.
Sejumlah 25% virus penyebab common cold pada manusia disebabkan oleh
Coronavirus, diantaranya adalah strain HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-
HKU1 dan HCoV-OC43
 SARS COV2
• Pertama kali ditemukan di Wuhan, provinsi Hubei China pada akhir tahun
2019
• Penyebab awal penularan virus ini ke manusia belum diketahui secara
pasti, namun diduga terjadi di pasar hewan di Wuhan
• COVID 19 adalah penyakit yang disebabkan oleh Coronavirus 2019, virus
yang menyebabkan penyakit COVID19 disebut SARS CoV 2
• Pada tanggal 30 Januari 2020, WHO mendeklarasi COVID-19 sebagai
PHEIC (Public Health Emergency of International Concern) dan pada
tanggal 11 Maret 2020 status tersebut meningkat menjadi pandemi
 SARS COV2

• Belum diketahui inang perantara yang pertama kali menularkan virus ini pada manusia.
• Beberapa penelitian menunjukkan dugaan hewan perantara penularan SARS-CoV-2 dari kelelawar ke
manusia melalui hewan ular atau terenggiling
 GENOM SARS COV2

• Envelop (E) : asam amino mirip 93%

• Membran (M) : asam amino mirip 92%
• Nucleocapsid (N) : asam amino mirip 93%
• Spike (S) : asam amino mirip 81%, dengan RBS mirip 73%
(Rehman, S et.al. 2020 ; Li, X. et al 2020)
ANALISIS SEKUENS GENETIK SARS COV2

Analisis genotype SARS COV2 di Indonesia

 TRANSMISI SARS COV2
• Kontak langsung: jarak dekat (kurang dari 1 meter) melalui sekresi
droplet pernafasan, misalnya air liur.
• Penularan melalui udara (airborne transmission): Penyebaran melalui
udara dapat terjadi bila melakukan prosedur yang menimbulkan
aerosol,ruang yang tertutup dengan ventilasi yang buruk.
• Penularan melalui lingkungan (fomite transmission) : menyentuh
permukaan yang terkontaminasi lalu memindahkan ke hidung/mulut/mata.
Virus di lingkungan yang terkontaminasi dapat bertahan 2 jam sampai 9
hari. Lama virus bertahan di lingkungan bergantung dari jenis permukaan
materi.
• Kemungkinan lain: Beberapa penelitian menemukan SARS-CoV-2
terdeteksi di feses dan urin, namun belum dapat dipastikan bahwa SARS-
CoV-2 dapat menular melalui feses dan urin.
 GEJALA
• Masa inkubasi SARS-CoV-2 mulai dari 2 sampai 14 hari. Sejak awal infeksi, virus sudah
dapat ditularkan ke orang lain. Gejala COVID-19 beragam mulai dari asimptomatis (tanpa
gejala), ringan, berat hingga menimbulkan kematian.
• Gejala yang umum di antaranya adalah:
• Demam
• Batuk kering
• Kesulitan bernafas
• Pusing
• Pneumonia
• Kasus yang lebih parah ditandai dengan pneumonia, kerusakan alveolar dan infiltrasi
pada paru-paru
• Meskipun tanpa gejala, orang yang terinfeksi SARS-CoV-2 tetap dapat berpotensi
menularkan (infeksius) bila ada transmisi droplet dalam jarak kontak yang cukup dekat
 FAKTOR RISIKO
• Beberapa faktor risiko yang berhubungan dengan
tingkat keparahan penyakit COVID-19 di antaranya
adalah:
• Usia
• Kondisi komorbid: diabetes, hipetensi, penyakit
kardiovaskular
• Immunodefisiensi
• Tidak ada perbedaan faktor resiko antara laki-laki dan
perempuan
• Tidak ada perbedaan ekspresi ACE2 pada ras.
Ekspresi ACE2 diketahui meningkat pada perokok
sehingga meningkatkan predisposisi infeksi SARS-
CoV-2
GAMBARAN PERKEMBANGAN INFEKSI SARS COV2
METODE DETEKSI SARS-COV-2
 DETEKSI ANTIBODI
• Sampel deteksi cepat antibodi : serum atau darah (whole blood🡪antibodi IgG dan/atau
IgM.
• Metode : Rapid test Ab, Chemiluminescence Immunoassay (CLIA), ELISA, Netralisasi*

• Kelebihan penggunaan deteksi cepat antara lain :

• Waktu singkat 15-30 menit
• Cara pengerjaan mudah dan relatif murah
• Tidak memerlukan fasilitas laboratorium khusus

• Kelemahan metode ini antara lain :

• Sensitifitas dan spesifisitas metode ini bervariasi tergantung masing-masing kit
• Memiliki resiko reaksi silang dengan Coronavirus lain
• Memiliki resiko negatif palsu (false-negative) yang tinggi
• Memerlukan tenaga /teknisi terlatih untuk menganalisis/membaca hasil
* Memerlukan virus aktif sehingga harus dilakukan di fasilitas lab BSL3, staff terlatih dan
terampil dan waktu relatif lama
 DETEKSI MOLEKULER
• mendeteksi materi genetik atau asam nukleat virus.
• Metode : nucleic acid amplification tests (NAAT) misal PCR, TCM,
Isothermal
Kelebihan NAAT
• Sensitif dan spesifik
• Waktu pengerjaan relatif cepat
• Dapat mendeteksi virus sejak awal masa infeksi/inkubasi
Kelemahan NAAT
• Perlu tahapan persiapan sampel
• Kualitas spesimen sangat krusial
• Memerlukan fasilitas laboratorium minimal BSL-2
• Memerlukan staf yang sudah terlatih
 KULTUR VIRUS
• Memperbanyak propagasi virus.
• Propagasi SARS-CoV-2 dapat dilakukan dengan media
kultur sel Vero.
• Kelemahan metode ini adalah :
• Memerlukan waktu yang lama, kurang lebih 5-10 hari
• Virus dalam sampel klinis harus hidup (viable)
• Harus dilakukan di fasilitas laboratorium minimum BSL-
3.
• Dilakukan oleh staf yang sudah terlatih.
• Resiko kontaminasi tinggi.
• Metode kultur virus lebih banyak digunakan dalam
penelitian, dan tidak digunakan untuk diagnosis.
Ogando, etal.2020
 DETEKSI ANTIGEN
• mendeteksi keberadaan protein virus (antigen) yang diekspresikan oleh
virus COVID-19 dalam sampel dari saluran pernapasan seseorang.
• Biasanya dalam bentuk RDT Ag (Rapid Diagnostik Test Antigen) 🡺 prinsip
Lateralflow Immunokromatografi (umumnya bentuk kaset).
• Waktu Pendeteksian Lebih Cepat 10 – 30 Menit
• Antigen yang terdeteksi hanya diekspresikan jika virus bereplikasi secara
aktif 🡺 infeksi akut atau dini (Ct values ≤25 atau 5 -7 hari saat sakit)
• Faktor yang mempengaruhi hasil RDT antigen : waktu mulai sakit,
konsentrasi virus dalam spesimen, kualitas spesimen yang dikumpulkan
dan prosesnya, dan formulasi yang tepat dari reagen di alat uji.
• Syarat Minimal WHO : sensitivitas ≥80% dan spesifisitas ≥97%
HAL-HAL YANG MENJADI PERTIMBANGAN
PEMILIHAN METODE

• Kondisi sebaran COVID di negara/ area tersebut

• Tujuan pemeriksaan
• Jumlah sampel yang akan diperiksa
• Jenis sampel harus sesuai dengan metode
• Waktu
• Fasilitas lab dan kapasitas SDM
• Logistik
Thank you
Terimakasih