Kuliah Biokimia

Enzim
 Kuliah Biokimia Post UTS
• Yg dibahas
– Enzim
– Metabolisme
• Metabolisme Karbohidrat
– Anabolisme karbohidrat
– Katabolisme karbohidrat
• Metab. Nitrogen, Protein, dan asam nukleat
– Metabolisme nitrogen
– Metabolisme protein
– Metabolisme asam nukleat
• Metab. Lemak:
– Katabolisme lemak
– Anabolisme lemak
• Integrasi Metabolisme
 Enzim dlm kehdpan sehari2
• Kita mengenal dari perubahan2 kimia yg dibikinnya
– Nasi dan sayur di atas meja menjadi basi
– Membikin tape (dari singkong dan beras ketan), dan
membikin tempe, dan kecap (dari kedelai)
– Mengiris kentang, apel menjadi berwarna cokelat
– Pisang mentah menjadi masak, ada perubahan warna,
perubahan tekstur dan rasa.
– Mengunyah nasi, ada perubahan rasa manis.
• Pertanyaannya: enzim apakah yg melakukan
perubahan2 tsb ? (PR)
 Enzim
• Definisi enzim dan Fungsi enzim dalam sistem biologi
• Komponen enzim,
• Spesifisitas substrat,
• Koenzim,
• Klasifikasi enzim,
• Regulasi aktivitas enzimatik,
• Persamaan konstanta Michaelis - Menten,
• Analisis data kinetik,
• Inhibisi,
• Pengaruh konsentrasi substrat-enzim, pH, temperatur,
inhibitor
 Definisi
• Enzim
– Protein
– Yg berperan sebagai biokatalisator untuk reaksi biologis yg
spesifik,
– Yg hanya aktif pada keadaan alami (native protein).
• Biokatalisator = zat yg mengubah reaktan (=substrat)
menjadi produk reaksi. (ttp tdk ikut sbg produk reaksi)
• Enzim yang mengalami denaturasi tidak dapat aktif
karena denaturasi menyebabkan protein berubah
susunan kuartenernya menjadi susunan primer.
 3.13 Amino acids can be linked by
peptide bonds
• Cells link amino acids together by dehydration
synthesis
• The bonds between amino acid monomers are
called peptide bonds

Carboxyl Amino PEPTIDE

group group BOND

Dehydration
synthesis

Amino acid Amino acid Dipeptide

Figure 3.13
 3.14 Overview: A protein’s specific
shape determines its function
• A protein, such as lysozyme, consists of
polypeptide chains folded into a unique shape
– The shape determines the protein’s function
– A protein loses its specific function when its
polypeptides unravel

Figure 3.14A Figure 3.14B

3.15 A protein’s primary structure is
its amino acid sequence
3.16 Secondary structure is polypeptide coiling or
folding produced by hydrogen bonding

Primary
structure
Amino acid

Secondary Hydrogen
structure bond

Pleated sheet
Alpha helix
Figure 3.15, 16
3.17 Tertiary structure is the overall
shape of a polypeptide
3.18 Quaternary structure is the relationship among
multiple polypeptides of a protein

Tertiary
structure
Polypeptide
(single subunit
of transthyretin)

Quaternary
structure
Transthyretin, with four
identical polypeptide subunits
Figure 3.17, 18
 Pauling contributed to our
understanding of the chemistry
• ofcontributions
Pauling made important life to our
understanding of protein structure and function

Figure 3.19
 Reaksi Kimia dalam sel
• Reaksi Kimia:
– Perubahan substrat (reaktan) menjadi produk
– Setiap reaksi memerlukan energi aktivasi = energi awal
untuk menjalankan reaksi
• Setiap reaksi kimia memerlukan energi aktivasi
• Sebagian besar reaksi kimia dalam sel dikatalisis
oleh enzim. Enzim berperan untuk merendahkan
energi aktivasi
 Reaksi endergonik
• Reaksi endergonik = reaksi yg memerlukan energi (ATP)
• Contoh dlm metabolisme glikolisis memerlukan ATP (=reaksi endergonik)
: glu + ATP  glu 6 P + ADP
• ATP  Energi + ADP + P (reaksi eksergonik)
• Reaksi ini disamping memerlukan ATP juga memerlukan enzim
posforilase
• Reaksi ini bisa berlangsung tanpa enzim, tapi sulit terlaksana krn butuh
energi aktivasi
• Enzim = protein yg berfungsi sbg biokatalisator (utk mempercepat reaksi
kimia dg merendahkan energi aktivasi, dan enzim tsb tdk menjadi produk
reaksi
Enzim mempercepat reaksi dg cara
menurunkan energi aktivasi
 Struktur Utama Enzim
• Enzim = protein native, mempunyai fitur sbb:
– Sifat enzim = sifat protein. A.l. Tidak tahan panas, tidak tahan lingkungan
ekstrim (pH asam, pH basa)
• Kalau kena panas enzim mengalami denaturasi (perubahan struktur protein); juga
mengalami koagulasi (penggumpalan).
– Lingkungan yg cocok utk bekerjanya enzim = pH (+) netral, suhu kamar
(suhu optimum).
• (Catatan: ada bakteri yg hdp di tempat ekstrim, karena mempunyai enzim yg tahan
panas, atau tahan pH ekstrim.
• Protein enzim = Apoenzim
• Enzim seringkali bekerja dibantu oleh non protein = koenzim
• Ada 2 macam koenzim, yaitu ion an-organik berupa logam2), dan
gugus prostetik (senyawa organik)
• Apoenzim + koenzim = holoenzim
 Macam2 koenzim
• Koenzim dapat berupa ion logam,
– seperti ion Mg++ untuk enzim polimerase,
– ion Ca++ untuk enzim amilase.
• Koenzim dapat pula berupa molekul (organik) kecil.
Vitamin pada umumnya berkedudukan untuk
koenzim (gugus prostetik) untuk reaksi tertentu.
– Piridoksin (vitamin B6) untuk reaksi aminasi dan deaminasi
– NAD, dan NADP = gugus prostetik untuk reaksi redoks.
– Vitamin C = gugus prostetik utk reaksi pembentukan
kolagen.
 Bagian2 spesifik Protein enzim
• Bagian interior
– sisi aktif (active site =tapak aktif) enzim, ialah bagian
interior enzim yang berkedudukan sebagai tempat
katalitiknya enzim.
– Sisi aktif adalah tempat berlangsungnya perubahan
substrat menjadi produk
• Bagian eksterior, bersifat hidrofilik. Pd bag ini
terdapat sisi pengaturan untuk aktivasi
(pengaktivan) atau deaktivasi (penonaktivan enzim)
– Pengaturan biasanya dilakukan dg cara posforilasi/
defosforilasi enzim
 Hubungan enzim dg substrat
• Enzim itu bekerja scr spesifik.
• Satu enzim hanya untuk satu reaksi
• Satu enzim hanya untuk reaksi satu substrat.
Contoh2nya :
– Enzim amilase hanya untuk substrat amilum, tdk bisa
untuk reaksi hidrolisis protein
– Enzim protease, hanya untuk protein
– Lipase hanya untuk lipid
• Hubungan spesifik antara substrat dg enzimnya
diterangkan dengan dua hipotesis
 Contoh Amilase
• Contohnya : enzim amilase hanya cocok untuk reaksi
katalitik dengan substrat amilum tetapi tidak cocok untuk
substrat selulose.
• Meskipun kedua substrat tersusun oleh unit monomer
glukosa.
• Enzim amilase mengkatalisis reaksi hidrolisis pada molekul
amilum sehingga menyebabkan amilum terpotong-potong
ikatan glikosidanya menjadi molekul yang lebih sederhana,
– seperti maltosa (disakarida),
– dan glukosa (monosakarida)
 Dua Hipotesis ttng spesifiknya enzim

• Hipotesis kunci – gembok. Substrat diibaratkan

kunci, enzim diibaratkan gembok. Tiap kunci
hanya untuk “membuka” satu gembok.
– Di dalam sel terdapat ratusan ribu reaksi yg hrs
dikatilisis oleh ratusan ribu enzim.
• Hipotesis atau teori kecocokan yang ter-
induksi atau terpicu (induced fit theory).
Hipotesis Kunci dan Gembok
Hipotesis Induced Fit
 Pengatur enzim
• Pengatur positif enzim = aktivator = zat yg
mengaktifkan kerja enzim
• Pengatur negatif enzim = inhibitor = zat yg
menghambat kerja anzim
 Cara bekerja pengatur enzim
• (1) Pengatur alosterik = pengatur kerja enzim yg bekerja di
bagian eksterior
– Aktivator alosterik = aktivator yg mengaktifkan sisi aktif enzim
melalui bagian eksterior enzim
– Inhibitor alosterik = penghambat sisi aktif enzim yg bekerjanya
melalui bagian eksterior enzim
• (2) Pengatur umpan balik = pengatur yg berasal dari
produk akhir metabolisme yg mempengaruhi enzim untuk
reaksi awal metabolisme
– Aktivator umpan balik = produk akhir metab. Yg mengaktifkan
enzim reaksi awal metabolisme
– Inhibitor umpan balik.
 (3) Inhibitor kompetitif
• Inhibitor kompetitif = pengatur negatif yg
menghambat kerja enzim dg cara
berkompetisi dengan substrat alamiahnya.
• Contoh : sianida inhibitor reaksi oksidasi yg
melibatkan oksigen. Krn itu sianida
menghalang2i reaksi pengangkutan O2 dlm sel
darah merah, dan menghalang2i reaksi
respirasi oksidatif di dalam mitokondria.
 Pengaturan enzim secara alosterik
• Pengaturan dengan cara mempengaruhi
bagian enzim di luar sisi aktifnya sehingga
konformasi kuartener enzim tsb komplemen
terhadap suatu substrat khusus.
• Penghambatan
Umpan balik
adalah
penghambatan
thd awal reaksi &
penghambatnya
berasal dari
produk akhir
suatu jalur
metabolisme
Contents
 Analisa Kinetika reaksi enzimatis
• Reaksi Enzim dapat dianalisis bila enzim itu dapat diisolasi
cukup murni, dan direaksikan dengan substrat secara in vitro
• (catatan: ada 2 macam reaksi pengujian, yaitu:
– Reaksi invitro = reaksi yg berlangsung di dlm tabung reaksi
– Reaksi in vivo = reaksi yg berlangsung di dalam sel.)
• Substrat kromogenik = substrat tak berwarna tapi jika
menghasilkan produk akan berwarna.
• Dengan serial konsentrasi substrat, enzim akan
menunjukkan respon kecepatan reaksi menurut kurva
lengkung
 Kinetika enzim
• Analisa kinetika enzim adalah analisa aktivitas
kecepatan reaksi, percepatan dan penghambatan
reaksi dsb.
• Kecepatan reaksi = kecepatan perubahan substrat
menjadi produk reaksi
• Satuan kecepatan reaksi = perubahan konsentrasi
substrat menjadi produk per satuan waktu (cgs).
• Satuan konsentrasi substrat/produk = mol, N, M, %
v/v atau % w/v.
• Waktu reaksi detik, menit, jam.
Mengapa analisa kinetika harus dg enzim yg
sdh dimurnikan
• Di dalam sel terdapat ribuan macam enzim
• Kalau sel diekstrak  kita dapatkan crude
extract yg berisi ratusan / ribuan enzim tsb
• Kalau crude extract dianalisa kinetikanya 
hasilnya terdapat banyak gangguan (“noise”)
• Dg pemurnian enzim, maka analisa kinetika
bisa dilakukan lebih cermat
 Analisa kinetika enzim scr in vitro
• Analisa in vitro = berlangsung di dlm tabung reaksi
• Analisa in vivo = berlangsung di dlm sel hidup
Kurva lengkung reaksi enzim
v = (Vmax[S])/(Km+[S])
 garis v = {Vm.[S]}/Km+[S]
• V = Kecepatan reaksi (mM per menit)
• Km = konstanta Michaelis ~ konsentrasi substrat pada
saat kecepatan reaksi = ½ Vmax
• Vm atau Vmax = kecepatan reaksi maksimal, ialah saat
penambahan substrat tidak menambah kecepatan
reaksi.
• Nilai Vmax juga menyatakan nilai titik jenuh suatu
reaksi karena penambahan konsentrasi substrat
ternyata tidak menaikkan kecepatan reaksi.
• [S] = konsentrasi substrat (mM)
Jika data v jadi 1/v respon kini berupa garis lurus
1/V = (1/Vm) + (Km/Vm)(1/S))
garis 1/v = (1/Vm) + (Km/Vm)(1/S).
• nilai kemiringan (Slope) = Km/Vm
• titik singgung sumbu X (= 1/[S]) dengan garis
kurva adalah (- 1/Km)
• titik singgung sumbu Y (=1/v) dengan garis
kurva adalah 1/Vmax
 Faktor-faktor yang berpengaruh terhadap
aktivitas enzim
• Konsentrasi substrat. Semakin banyak substrat akan
mempercepat kecepatan reaksi. Tetapi pada konsentrasi
maksimum kecepatan reaksi enzim tak dapat
ditingkatkan. Keadaan ini disebut konsentrasi substrat
telah jenuh, yaitu tidak menambah kecepatan reaksi.
(lihat gambar persamaan V = (VmS/KmS)
• Suhu dan pH. Enzim hanya dapat bekerja pada suhu dan
pH yang optimum, suhu terlalu rendah (misalnya suhu
almari es) atau terlalu tinggi (ke titik didih air)
menyebabkan enzim mengalami kerusakan (denaturasi)
dan tak dapat melaksanakan tugasnya.
Pengaruh suhu dan pH thd enzim
 Penghambatan enzim.
• Penghambatan enzim secara kompetitif
• Penghambatan enzim secara non kompetitif
 Penghambatan kompetitif
• Penghambat (inhibitor) meniru struktur substrat aslinya,
• Terjadi kompetisi (perlombaan) antara substrat dengan inhibitor
untuk mencapai sisi aktif enzim tersebut.
• Inhibitor punya afinitas lebih tinggi dibanding substrat.
• Contoh penghambat kompetitif adalah racun sianida (terdapat
pada singkong dan rebung bambu) yang kompetitif terhadap
oksigen pada reaksi rantai respirasi (pernafasan)
• Persamaan matematis penghambatan kompetitif adalah dengan
memasukkan variabel penghambat a ke dalam variabel Km
pada persamaan normal v = (Vmax[S])/(Km+[S]), sehingga reaksi
penghambatan sekarang adalah
v = (Vmax[S])/(Km.a + [S])
a = 1 + ([I]/Ki)
 Penghambatan non kompetitif
• Penghambat tidak kompetitif terhadap substrat.
• Penghambatan tidak dipengaruhi oleh konsentrasi
substrat.
• Persamaan matematiknya adalah dengan
memasukkan nilai penghambatan a kepada
persamaan normalnya menjadi v = (Vmax[S])/(Km +
[S] .a)
a = 1 + ([I]/Ki)
 Macam enzim dan fungsinya
• Enzim diberi nama menurut tata namanya yang disusun oleh para ahli yang
bergabung dalam Komisi enzim Internasional (Enzyme Comission
International).
1. enzim oksido-reduktase, mengkatalisis reaksi oksidasi - reduksi
2. enzim transferase, mengkatalisis reaksi pemindahan gugus kimia (AX + B
 BX + A)
3. enzim hidrolase, untuk reaksi pemecahan molekul polimer atau molekul
besar menjadi monomer (misal amilum dihidrolisis oleh amilase, Protein
oleh protease, Lipida oleh lipase).
4. Enzim liase, mengkatalisis reaksi pemecahan C-C, C-N, dan C-O.
5. enzim isomerase, mengkatalisis reaksi isomerasi
6. enzim ligase, mengkatalisis reaksi penggabungan dua molekul, diikuti
dengan hidrolisis ikatan kimia berenergi tinggi (ATP)
 Reaksi Oksidasi-Reduksi
• Reaksi oksidasi = reaksi pelepasan elektron
• Reaksi reduksi = reaksi pengikatan elektron
• Di alam, reaksi oksidasi berpasangan dengan reaksi
reduksi (Reaksi REDOKS, singkatan dari reduksi-
oksidasi).
• Contoh reaksi : AH + B  A + BH
– Di sini ada 2 reaksi yaitu : A melepas elektron (e-) dan ion
hidrogen (H+); sedangkan B mengikat elektron (e-) dan ion
hidrogen (H+)
– Reaksi 1 (reaksi oksidasi) : AH  (A) + (e-) + (H+)
– Reaksi 2 (reaksi reduksi) : B + (e-) + (H+)  BH
 Reaksi Transferase
• Reaksi Transferasi itu reaksi yg mirip oksidasi-
reduksi. Bedanya kalau redoks adalah reaksi
pelepasan dan pengikatan elektron. Sedangkan
transferasi adalah reaksi pelepasan gugus organik
yang berpasangan dengan reaksi pengikatan gugus
organik.
• Contohnya enzim amino tranferase
• Substrat asam amino melepas gugus amoniak
menjadi senyawa karbon. Pelepasan tsb diikuti
dengan pengikatan amoniak oleh senyawa lain
 Contoh reaksi deaminasi glisin
• Glisin + H20  asam asetat + amoniak
• 2HNCH2-CH2-COO- + H2O  CH3-CH2-COO-
+ NH2OH
Di dlm reaksi ini terjadi 2 reaksi
Reaksi 1 pelepasan gugus Amina dari glisin
Reaksi 2 pengikatan gugus amina dengan gugus
hidroksil membentuk amoniak.
 Hidrolase
• Reaksi Hidrolisis (Hidro = air; lysis = pecah) adalah
reaksi pemecahan polimer menjadi monomer sambil
membebaskan air;
– Protease = menghidrolisis protein menjadi asam amino dan
air
– Amilase = menghidrolisis amilum (tepung pati) menjadi
glukosa dan air
– Lipase = menghidrolisis lipid (lemak) menjadi asam lemak
(lipid acid), gliserol dan air
– Nuklease = menghidrolisis DNA/RNA menjadi nukleotida
dan air.
• Penamaan enzim hidrolase, tergantung pada
nama substrat + ase
– Substrat Selulosa (cellulose) – enzimnya selulase
(cellulase)
– Substrat Lactose (gula susu) (golongan beta
galactose) – enzimnya lactase (beta
galaktosidase).
• Senyawa isomer = kelompok senyawa yang
rumus kimia sama tetapi rumus bangunnya
berbeda
• Isomerasi = perubahan rumus bangun/ susunan
konformasi ruang.
• Contohnya glukosa (C6H12O6) dan galaktosa
(C6H12O6)
• Enzim isomerase = enzim yang mengkatalisis
reaksi isomerasi atau perubahan isomer.
Latihan soal kinetika enzim: Isi titik2 ini, (nilai
Km = 1 mM)
Jawaban
 Latihan: Jelaskan apakah ini
• Protein • Aktivator alosterik
• Biokatalisator • Inhibitor kompetitif
• Reaksi kimia • Inhibitor umpan balik
• Protein natif • Apoenzim
• Protein terdenaturasi • Koenzim
• Hipotesis kunci gembok • Holoenzim
• Hipotesis kecocokan • Sianida
terinduksi
 Jelaskan apakah ini
• Protein • Aktivator alosterik
• Biokatalisator • Inhibitorkompetitif
• Reaksi kimia • Inhibitor umpan balik
• Protein natif • Apoenzim
• Protein terdenaturasi • Koenzim
• Hipotesis kunci gembok • Holoenzim
• Hipotesis kecocokan
terinduksi