Enzim

Tri Rini Nuringtyas

• Semua reaksi kimia memerlukan suatu input energi agar
reaksi itu dapat berjalan.

• Energi tersebut digunakan untuk melemahkan ikatan

kimia molekul substrat.

• Sebagai contoh untuk menyalakan lilin , kita

membutuhkan suatu energi awal yaitu korek.

• Energi awal ini disebut energi aktivasi karena energi

ini berfungsi mengaktifkan reaktan dan memicu reaksi
kimia
Enzim

Dlm system biologi  reaksi kimia

selalu memerlukan katalis.

Tanpa katalis  reaksi sangat

lama shg diperlukan  Enzim yg
berfungsi sbg biokatalisator
• Enzim tidak ikut bereaksi dgn substrat atau
produknya

• Aktifitas dapat dikontrol sesuai dengan kebutuhan

organisme itu sendiri

Contoh :
▫ enzim yg mengkatalisis reaksi pertama pada suatu siklus
biosintesis biasanya di hambat oleh produk
akhirnya(feedback inhibition)

▫ bbrp enzim disintesis dlm btk tidak aktif. Dan akan

diaktifkan oleh kondisi dan waktu yang sesuai (enzim
allosterik) . prekursor yg tidak aktif disebut  zymogen
Bagian-bagian enzim

Holoenzim
Apoenzim/ apoprotein
Gugus prostetik
Koenzim
Kofaktor
Bagian-bagian enzim (lanjutan)
• Seperti halnya protein lain, enzim memiliki BM antara
12,000 – 1 juta kd
• Beberapa enzim tidak membutuhkan molekul kimiawi
lain untuk aktifitasnya, beberapa membutuhkan 
kofaktor / koenzim
• Kofaktor  ion-ion inorganik yg dibutuhkan enzim
untuk melakukan fungsinya
• Koenzim  molekul organik (komplek) yang
dibutuhkan enziim untuk melakukan fungsinya
• Fungsi koenzim adalah sebagai karier sementara dari
gugus fungsional yg berperan dalam reaksi ensimatis
tersebut
• Apoenzyme
• Holoenzyme
• Prosthetic group
• Koenzim atau kofaktor yang terikat sangat kuat
bahkan terikat dengan ikatan kovalen dengan
enzim  gugus prostetik

• Enzim aktif lengkap dengan semua

komponennya  holoenzim

• Bagian yang terdiri dari protein saja pada suatu

enzim  Apoenzim / apoprotein
•.
2. Enzymes are classified by the reactions they
catalyze

Many enzymes have been named:

1. By adding the suffix “-ase” to their substrate ex:
urease
2. For their sources ex: trypsin
3. By the reaction which is catalized
4. By the Nomenclature Committee of IUBMB
ex: ATP:glucose phosphotransferase (E.C. 2.7.1.1.)
Klasifikasi enzim
Tiga sifat utama enzim :

• Kemampuan katalitik / kemampuan

dalam mempercepat reaksi
• Spesifisitas
• Kemampuan untuk diatur (regulasi)
Bagaimana enzim bekerja
• Reaksi tanpa enzim:
▫ Lambat
▫ Membutuhkan suhu yang tinggi
▫ Tekanan yang tinggi

• Reaksi enzimatis
▫ Enzim memberikan suatu lingkungan yg spesifik
di dalam sisi aktifnya, sehingga reaksi secara
energetik dapat lebih mudah terjadi
• Perbedaan antara energi reaktan (fase awal) dgn
energi produk (fase akhir)  selisih energi bebas
standar (ΔGº)

Agar reaksi berjalan

spontan, bagaimanakah
nilai ΔGº
How Enzymes Work
1. Enzymes affect reaction rates, not equilibria.
2. A few principles explain the catalytic power and
specificity of enzymes.
4. Weak interactions between enzyme and substrate
are optimized in the transition state.
5. Binding energy contributes to reaction specificity
and catalysis.
6. Specific catalytic groups contribute to catalysis.
1. Enzymes affect reaction rates, not equilibria

: Standard free energy change

: Biochemical standard free-energy change

: Activation energy
Ground state: Substrate (S) ; Product (P)
Transition state
Reaction intermediates (ES or EP)
Catalysts enhance reaction rates by lowering activation
energies.
Reaction coordinate diagram for a chemical reaction
• Enzim  mempercepat reaksi tetapi tidak mengubah
keseimbangan reaksi atau ΔGº

• Kesetimbangan reaksi antara Reaktan dan produk

mencerminkan perbedaan energi bebas pada fase awal

• Kecepatan reaksi tergantung energi aktifasi ΔGº≠

•  suatu pasokan energi dibutuhkan untuk mengawali
suatu reaksi

• Energi aktifasi untuk reaksi yg dikatalis dengan ensim

lebih rendah dr reaksi tanpa ensim

•
Reaction coordinate diagram comparing enzyme-catalyzed and
uncatalyzed reactions
A few principles explain the catalytic power and specificity
of enzymes
Enzymes are extraordinary catalysts:
1. The rate enhancements that the enzymes bring about are in
the range of 5 to 17 orders of magnitude.
2. Enzymes are very specific.

The source of energy for the lowering of activation energy:

1. The rearrangements of covalent bonds during an enzyme-
catalyzed reaction.
2. The noncovalent interactions between enzyme and substrate.
 E + S ↔ ES ↔ EP ↔ E + P

• Kekuatan enzim dlm mengkatalisis suatu reaksi 

kemampuan enzim membawa substrat bersama-sama
pd orientasi yang tepat untuk terjadinya suatu reaksi

• Substrat terikat pd  sisi aktif yi cekukan pd protein

yg berisi asam amino yg penting untuk tjdnya suatu
reaksi kimia
Gambar sisi aktif ensim dan asam amino yang
terlibat
Karakteristik sisi aktif enzim
• merupakan bagian kecil dari enzim (Mengapa
enzim harus memiliki ukuran besar?)

• sisi aktif merupakan suatu cekukan yang bersifat

3 dimensi.  memberikan lingkungan mikro yg
sesuai utk terjadinya suatu reaksi kimia

• substrat terikat pada sisi aktif dengan interaksi /

ikatan yang lemah.

• Spesifitas enzim dipengaruhi oleh asam amino

yg menyusun sisi aktif suatu enzim
• Sisi aktif mempunyai 2 bagian yg penting:
▫ Bagian yang mengenal substrat dan kemudian
mengikatnya
▫ Bagian yang mengkatalisis reaksi, setelah substrat
diikat oleh enzim

• Asam amino yang membentuk kedua bagian

tersebut tidak harus berdekatan dalam urutan
secara linear, tetapi dalam konformasi 3D
mereka berdekatan
A few principles explain the catalytic power and specificity
of enzymes

: binding energy ; derived from enzyme-substrate interaction.

A major source of free energy used by enzymes to lower the activation

energies of reactions.

How enzymes use noncovalent binding energy?

1. Catalytic power of enzymes is derived from the free energy released in forming
many weak interactions with their substrates. This binding energy contributes
to specificity and to catalysis.
2. Weak interactions are optimized in the reaction transition state. Enzyme active
sites are complementary not to the substrates but to the transition states.
Teori untuk menjelaskan kerja enzim:

• Lock and Key analogy -

Enzim memiliki struktur sisi spesifik yang cocok dengan
substrat.
Mampu menerangkan spesifitas ensim ttp tidak dapat
menerangkan stabilitas fase transisi ensim

• Induced Fit theory

mempertimbangkan fleksibilitas protein, sehingga
pengikatan suatu substrat pada enzim menyebabkan sisi
aktif mengubah konformasinya sehingga cocok dgn
substratnya.  dpt menerangkan fase transisi ES komplek
 Lock and key model

Induced Fit model

• Michael Polani (1921), Haldane (1930), and
Linus Pauling (1946)

proposed the modern notion of enzymatic

catalysis: in order to catalyze reactions, an
enzyme must be complementary to the reaction
transition state
An imaginary enzyme (stickase) designed to catalyze
breakage of a metal stick
Specific catalytic groups contribute to catalysis

1. General acid-base catalysis

Proton transfers mediated by molecules other than water.
Amino acid side-chains in the active site of an enzyme can act as proton
donors or acceptors.

2. Covalent catalysis
A transient covalent bond is formed between the enzyme and the
substrate.
Amino acid side-chains and functional groups of coenzymes can serve as
nucleophiles in the formation of covalent bonds.

3. Metal ion catalysis

Ionic interactions between enzyme-bound metal and substrate.
Mediate oxidation-reduction reactions.
Amino acids in general acid-base catalysis
Covalent and general acid-base catalysis
Faktor-faktor yg mempengaruhi
kerja enzim
• pH  setiap enzim mempunyai pH optimum utk
bekerja.
contoh : pepsin  pH 2, amylase  pH 7.0
• Temperatur  setiap kenaikan suhu 10˚C
(sampai 40˚C), kecepatan reaksi naik 2 x lipatnya
dan reaksi terhambat dan berhenti pada 60˚C.
Mengapa?
• [S] dan atau [E]
Kinetika Reaksi Enzimatis

K1 K2
E+S ES E+P
K-1
K1 : kecepatan konstan pembentukan ES komplek
K2 : kecepatan konstan konfersi ES komplek ke P
K-1 : kecepatan konstan pemecahan ES komplek ke E
bebas

Enzim sangat efisien dalam mengkatalis suatu reaksi,

steady state (keseimbangan reaksi) segera dapat tercapai
apabila : Kecepatan pembentukan ES komplek sama
dengan kecepatan pemecahannya
K-1 + K2
= Km  konstanta Michaelis
K1
Vmax [S]
V=  Persamaan Michaelis-Menten
Km + [S]
• Ketika kondisi diatur sehingga [S] = Km maka

Vmax [S]
V= dan V = Vmax / 2
• [S] + [S]
Lineweaver-Burk double reciprocal plot

Y=mx + b
Penghambatan Reaksi Enzimatis

• Kerja enzim dapat dihambat secara reversible atau

irreversible
• Irreversible  pembentukan atau pemecahan ikatan kovalen
dalam enzim
• Reversible  suatu senyawa dapat terikat dan kemudian dpt
lepas kembali

Reversible inhibitor ini dpt dibagi :

▫ competitive
▫ non-competitive
▫ un-competitive
penghambatan competitive

• inhibitor bersaing dgn

substrat untuk terikat pd
sisi aktif
• Biasanya inhibitor berupa
senyawa yg menyerupai
substratnya, & mengikat
enzim membentuk
komplek EI
• krn terikat scr reversible
 penghambatan nya
bias, yaitu ketika
ditambah substrat maka
penghambatan berkurang
penghambatan non-competitive

• inhibitor terikat pada sisi lain

dari enzim (bkn sisi aktif)
• jadi tidak memblok
pembtkan enzim-substrat
komplek
• Enzim mjd tidak aktif ketika
inhibitor terikat walau enzim
mengikat substrat
• Inhibitor mengurangi
konsentrasi enzim yg aktif,
sehingga mempengaruhi
Vmax –nya
Penghambatan un-competitive

• Terikat pd sisi selain sisi

aktif enzim
• Berbeda dgn non-
competitive  inhibitor
ini hanya terikat pd ES
komplek
• Sehingga tidak terikat pd
enzim bebas
• Vmax berubah, dan Km
juga berubah
Enzim allosterik
• Enzim allosterik mengalami perubahan konformasi  sebagai
respon terhadap pengikatan modulator efektor

• Allosterik enzim biasanya lebih komplek dari non allosterik

enzim, memiliki sub unit lebih dari satu

• Memiliki satu atau lebih sisi allosterik / regulator untuk

mengikat modulator.
• Seperti halnya substrat, setiap regulator memiliki sisi
pengikatan yang berbeda
• Untuk enzim homotropik  sisi aktif dan sisi regulator sama