STRUKTUR PROTEIN &

STABILITASNYA
Karakter 20 asam amino standar
 PDI

2 molekul sistein dapat bereaksi membentuk

ikatan/jembatan disulfida  ikatan silang
(cross link)
Asam amino merupakan molekul amfoter

• Memiliki pK1, pK2 dan pKR

• Pada pI: semua molekul berbentuk zwitter ion
• Pada pH netral atau > pI: dominan bentuk anion
• Pada pH < pI: dominan bentuk kation
Kenaikan pH
Pembentukan ikatan peptida:

Gugus peptida

Ikatan peptida
• Unit asam amino dalam rantai polipeptida= residu
• Konsensus :
– ujung amino = residu asam amino awal
– ujung karboksil = residu asam amino akhir
1. Ikatan peptida berkarakter parsial ganda akibat
adanya delokalisasi elektron dari oksigen gugus
COO- ke ikatan C-N
2. Gugus amidanya planar, dan berada dalam
konfigurasi Trans.
3. Rotasi hanya dapat terjadi pada dua ikatan yang
dekat C di setiap residu asam amino.
Empat tingkat organisasi dalam protein
 Empat tingkat organisasi dalam protein
Struktur primer: menunjukkan jumlah, jenis dan
urutan asam amino dalam protein

Struktur sekunder:
• menunjukkan pembentukan konformasi khas (-

heliks, -sheet, -turn dan random coil) dalam rantai

polipeptida molekul protein.
• terjadi akibat pembentukan ikatan H antara gugus

karboksil dan gugus amino pada residu asam amino

tertentu, dan pembatasan rotasi bidang peptida
di sekitar atom C
-Heliks  -Sheet
 Sheet antiparalel
 Sheet paralel
Struktur tersier:
Menunjukkan pembentukan lipatan (folding
polypeptide), yang disebabkan oleh adanya interaksi
antar gugus pada R.
Jenis interaksi tersebut meliputi: ikatan H, ikatan
elektrostatik, interaksi hidrofobik antar rantai samping
non polar, interaksi dipol-dipol, dan pembentukan ikatan
disulfida (ikatan kovalen).

Struktur kuartener:
Menunjukkan penggabungan 1 rantai polipeptida /
subunit penyusun protein.
Contoh protein yang memiliki beberapa rantai
polipeptida adalah Hemoglobin.
Komponen molekul protein
 Hubungan Struktur dan Fungsi Protein

NCGFRTWDAVCKL
YNFRDWDVAQDSC
CGFRDTYMTWQD

Fungsional protien ditentukan : konformasi struktur

Ketepatan konformasi struktur ditentukan :
• urutan asam amino pd struktur primer
• protein helper : chaperon dan protein disulfida isomerase
Pembentukan struktur tersier:
ditentukan oleh urutan aa

melibatkan foldase dan chaperon

Foldase : enzim yang berperan dalam mengkalisis

proses pelipatan rantai polipeptida

Chaperon : protein yang berperan dalam proses

pelipatan rantai polipeptida,
• Struktur protein yang native (tersier atau
kuarterner) mutlak diperlukan untuk fungsi.
Perubahan struktur native menjadi innative karena
misfolding, dapat menyebabkan terjadinya
perubahan fungsi molekul protein.
• Pada manusia perubahan ini dapat memicu
timbulnya beragam penyakit. Contoh :
- Maple sirup urine disease: misfolding komplek enzim
-ketoacid dehidrogenase
- Sariawan dan pendarahan gusi: misfolding protein
kolagen
- Sickle Cell Anemia: misfolding hemoglobin
HELPER PROTEINS

(slide no 20)
Protein structure example: hemoglobin
• Hb transports oxygen from the lungs to the rest of the body (i.e. muscles)
• Oxygen binding/release is controlled by conformational changes.

Hemoglobin structure
 Protein Folding
Proteins fold to their Native Structure

Folded proteins are only marginally stable!!

 ~0.4 kJ•mol-1 required to unfold (cf. ~20/H-bond)

Protein fold is . . .
 specified by sequence
 reversible reaction: denature ↔ (fold)/renature
even single mutations can cause changes
 Recent discovery that amyloid diseases (eg.
Alzheimer) are due to unstable protein folding
Progressive Folding of Proteins
From Disordered to Native State

Protein Folding Funnel

 Active protein conformation
Active conformation of protein is the native state
Unfolded / denatured state
– high temperature
– high pressure
– high concentrations urea (8 M)
Equilibrium between two forms:

Denatured states Native state