Definisi Biokimia, Sel dan

Fungsi Organel

Dr. Ir. M.Fadjar, M.Sc.

Tim Pengajar Biokimia
PS BUDIDAYA PERAIRAN &
PSDKU AKUAKULTUR
FPIK UB
 BIOKIMIA ????

• BIOKIMIA: suatu ilmu yang mempelajari ten-

tang kumpulan molekul/senyawa pada jasad
hidup yang saling berinteraksi untuk menam-
pakkan ciri hidup.

• CIRI HIDUP :
1. Sangat terorganisir, kompleks, tiap-tiap komponen
berfungsi spesifik
2. Mampu mengekstrak energi dari lingkungan
sekelilingnya
3. Mampu mereplikasi diri dengan tepat dan terencana.
 Organisasi Molekuler Sel Hidup
JASAD HIDUP

ORGAN

SEL Ikatan
Non- kovalen
Ikatan
ORGANEL Kovalen
SUPRAMOLEKUL

Makro- Asam
Protein Polisakarida Lipida
molekul Nukleat
Ikatan
Kovalen
Satuan Mono- Asam Gula As.Lemak/
Penyusun Nukleotida Amino Sederhana Gliserol

SENYAWA ANTARA

SENYAWA DASAR
CO2, H2O, N2, PO4, Na dll
 RUANG LINGKUP
BIOKIMIA AKUAKULTUR
GROWTH
• AQUACULTURE PRODUCTION
• CAUSE OF VARIATION GROWTH:
– FISH:
• Species
• Sexes
• Health
• History (age, weight, body composition)
– ENVIRONMENT
• Husbandry
– Stocking density Stress
– Handling Fasility system, Fertlizer
– Feeding Methods Digestives enzym
• Water quality
– Temperature
– Oxygen
– Metabolites
– FEED
• Feed Composition
• Feed Formulation (ingredients)
• Feeding Level
• Feed Type (physical aspect)
 Peran biokimia dalam akuakultur

 Pengetahuan tentang ilmu biokimia dapat diaplikasikan

dalam memahami pertumbuhan, perkembangan, dan
reproduksi ikan atau hewan akuatik lainnya.
 Pertumbuhan, perkembangan, dan reproduksi ikan atau
hewan akuatik lainnya sangat ditentukan oleh adanya
keseimbangan asupan nutrisi pakan dan kebutuhan
metabolisme tubuh.
 Asupan nutrisi pakan yg kurang berdampak pada tidak
terpenuhinya kebutuhan metabolisme tubuh, sebaliknya
asupan nutrisi pakan yg berlebih menyebabkan
ketersedian nutrien melebihi kebutuhan metabolisme
sehingga tidak efisien.
Sejarah dan Teori Sel

 Robert Hooke (Inggris): mikroskop sederhana

 sayatan gabus.
 Antonie van Leeuwenhoek: mikroskop
sederhana  benda aneh pada air
rendaman jerami.
 J,B. Lamarck: setiap benda hidup adalah
kumpulan sel.
 Henri Dutrochet: di dalam setiap sel bergerak
cairan yang kompleks. Sel tersebut
merupakan bagian fundamental organisme.
Gambar

a. Mikroskop Robert Hooke yang

digunakan untuk mengamati
sayatan tipis gabus.

b. Penampang melintang sayatan

tipis gabus yang diamati Hooke.

a b
Sel ????
• Kumpulan materi paling
sederhana yang dapat
hidup dan merupakan unit
penyusun semua makhluk
hidup
• Organisme hidup yang
paling kecil adalah sel
tunggal,
• Sel adalah unit fungsional
dari organisme multiselular
 Sejarah dan Teori Sel

Mathias Schleiden dan Organisme

T.Schwan: uniseluler
semua kehidupan
tersusun atas sel.
Teori: sel sebagai unit
struktural (penyusun) tubuh
organisme.

Berdasarkan jumlah selnya,organisme

dibedakan atas uniseluler (tersusun
atas satu sel) dan multiseluler
(tersusun atas banyak sel).
Organisme
multiseluler
 Sejarah dan Teori Sel

 Max Schultze: protoplasma merupakan struktur

dasar organisme.
 Felix Dujardin: bagian sel hidup yg terpenting
adalah cairan protoplasma.
 J. Purkinje: protoplasma adalah cairan hidup yang
terdapat di dalam sel hidup.
Teori: sel merupakan unit (kesatuan) fungsional.

 Rudolf Virchow: omnis cellula e cellula setiap sel

berasal dari sel sebelumnya.
Teori: sel merupakan unit pertumbuhan.
 Akibat perkembangan teknologi:
Teori : sel merupakan unit hereditas.
Ukuran sell
 Type Organisme
• Organisme Monoselular/Uniselular
– Bacteria, Protista, dll.

• Organisme Multiselular
– Tanaman
– Hewan
• Otot, kulit, syaraf, hati, pencernakan, tulang,
darah, sistem imun/kekebalan, paru-paru ,dll.
Sel Prokariotik
 Sel prokariotik tidak memiliki nukleus. Materi genetiknya
(DNA) terkonsentrasi pada suatu daerah yang disebut
nukleoid, tetapi tidak ada membran yang memisahkan
daerah ini dari bagian sel lainnya.
 Membran plasma memisahkan daerah dalam sel dengan
lingkungan luar
 Contoh: sel Archaebacteria,
sel bakteri, sel beberapa
jenis Cyanobacteria.

Sel bakteri
 Sel Eukariotik
• Perbedaan utama antara sel eukariotik dengan
sel prokariotik adalah sel eukariotik memiliki
nukleus sesungguhnya yang dibungkus oleh
membran nukleus.
• DNA pada sel eukariotik tersusun atas satu atau
lebih molekul linear yang disebut kromosom. Sel hewan
• Semua materi genetik pada eukariotik
disimpan di dalam nukleus, dan terpisah
dari sitoplasma oleh membran nukleus.
• Contoh: sel hewan dan sel tumbuhan
 Struktur Umum Sel
Sel hidup mempunyai tiga bagian pokok:
1. membran sel,
2. sitoplasma, dan
3. organel-organel.
Jaringan ????

sekumpulan sel yang

memiliki bentuk dan fungsi
yang sama
Perbedaan sel tumbuhan, hewan dan bakteri

Source: http://www.biologi-sel.com
Struktur Sel Hewan

(www.uvm.edu, 2011)
Struktur Sel Tumbuhan

(www.micro.magnet.fsu.edu, 2011)
 Bagian-bagian sel dan fungsi (cont.)

 Sitoplasma

• Bagian sel yang terbungkus membran sel

(bagian non-nukleus)
• Pada sitoplasma terdapat sitoskeleton,
berbagai organel dan sitosol.
Bagian-bagian sel dan fungsi (cont.)

 Inti sel

• tempat terjadinya replikasi

senyawa genetik (DNA).

• tempat sintesa NAD (nicotinamide

adenin dinucleotide).

• terdapat enzim yang akan

mengkatabolisasi glikogen menjadi
glukosa, membentuk piruvat dan
senyawa-senyawa lainnya.
 Nukleus

Nukleus: organel yang mengendalikan seluruh kegiatan sel.

Nukleus mengandung informasi genetik berupa DNA.

Bagian penting dari nukleus:

• Membran inti terdiri atas dua lapis yang berfungsi sebagai
pembungkus sekaligus sebagai pelindung inti. Pada bagian
ini terdapat pori-pori yang memungkinkan terjadinya
pertukaran zat dengan sitoplasma.
• Nukleoplasma merupakan cairan inti berbentuk gel yang
kaya akan ion-ion, protein, enzim, nukleotida, dan benang-
benang kromatin.
• Nukleolus tersusun atas kumpulan gen-gen yang
memberikan kode RNA ribosom.
Nukleus
 Bagian-bagian sel dan fungsi (cont.)

 Cytosol atau plasma sel

• larutan media yang terletak di dalam sel di

antara organel-organel.

• merupakan gudang karbohidrat, yaitu

glikogen pada hewan dan pati pada tanaman.

• terdapat enzim yang akan mengkatabolisasi

glikogen menjadi glukosa, membentuk
piruvat dan senyawa-senyawa lainnya.
Sitoplasma

 Sitoplasma adalah bahan yang menyerupai gel yang

terletak di dalam membran sel dan di luar nukleus.
 Sitoplasma terdiri atas sitosol dan organel-organel.
 Di dalam sitosol terdapat sitoskeleton yang
mempertahankan bentuk sel, menjaga kekuatan mekanis,
dan mengorganisasikan
pergerakan sel dan juga
pergerakan kromosom
pada pembelahan sel.

Sitoplasm
a
 Bagian-bagian sel dan fungsi

 Membran sel
• Sistem membran berbentuk
kantong pipih yg bertumpuk
• Konstruksi : protein – lipid
• Fungsi: mengatur transportasi
zat dari dan ke dalam sel,
memisahkan bagian dalam sel
dari lingkungan ekstraselular &
membatasi kompartemen
internal yg terdiri dari inti sel
dan organel-organel sitoplasmik
• Zat-zat yang bisa melalui
membran: air, oksigen, CO2,
asam nukleat, dan vitamin
Membran Sel
Lipid pada membran sel disebut fosfolipid.
Fosfolipid terdiri atas:
o ekor hidrokarbon,bersifat hidrofobik (tahan air).
o kepala (polar), bersifat hidrofilik (suka air).

Protein pada membran sel dibedakan:

protein integral yangterlihat menembus membran
protein periferal yang berada di permukaan membran.

Pada membran sel, terdapat karbohidrat yang berikatan

dengan protein disebut glikoprotein
atau karbohidrat yang berikatan dengan kepala
fosfolipid disebut glikolipid.
Membran Sel
Transpor Zat
Berdasarkan ukuran zat yang ditransportasikan, transpor zat melalui
membran sel dibedakan:
• transpor mikromolekul
• transpor makromolekul
Transpor
mikromolekul
Transpor Zat

Transpor
makromolekul
Transpor Mikromolekul
Difusi sederhana: Gerakan acak suatu molekul dari daerah yang
memiliki konsentrasi lebih tinggi ke daerah yang konsentrasinya
lebih rendah.

Proses difusi bergantung pada

faktor:
• temperatur
• ukuran molekul
• perbedaan konsentrasi
antara kedua larutan

Senyawa atau molekul

seperti H2O, CO2,
O2, dan molekul kecil
tidak bemuatan dapat
dengan mudah melewati
membran.
Transpor Mikromolekul
Difusi sederhana: Gerakan acak suatu molekul dari daerah yang
memiliki konsentrasi lebih tinggi ke daerah yang konsentrasinya
lebih rendah dengan bantuan protein transpor.

Molekul-molekul yang dapat melewati membran melalui difusi

difasilitasi antara lain: glukosa, urea, gliserol.

Protein transpor dapat mengangkut molekul-molekul dengan beberapa

cara:
a. memiliki situs pengikatan yang spesifk terhadap molekul-molekul
tertentu

b. memberikan suatu saluran hidroflik melintasi membran yang bersifat

selektif untuk zat terlarut tertentu. Protein ini juga berfungsi
sebagai saluran yang akan membuka dan menutup apabila ada
rangsangan kimiawi maupun listrik
Transpor Mikromolekul

Situs pengikatan spesifk

Saluran hidroflik yang

selektif
Transpor Mkromolekul

Eksositosis: pengeluaran zat dari dalam sel dengan cara

menggabungkan vesikula dengan membran sel

Eksositosis digunakan untuk sekresi protein seperti

hormon (insulin), serum protein, matriks ekstraselular
(kolagen).
Transpor Mikromolekul

Osmosis : Gerakan molekul pelarut (biasanya air pada sistem

biologi) melalui membran semipermeabel dari larutan dengan
konsentrasi air yang tinggi dan konsentrasi larutan yang rendah,
ke konsentrasi air yang rendah dan konsentrasi larutan yang
tinggi.
Transpor Mikromolekul

Transpor aktif :transpor yang membutuhkan energi

untuk keluar dan masuknya ion atau molekul zat
melalui membran sel.

Transpor ini berjalan melawan gradien konsentrasi dan

dipengaruhi oleh muatan listrik di dalam dan luar sel.
• Muatan listrik: Na+, K+, dan Cl-
• Sumber energi: ATP atau ADP

Contoh: transpor glukosa melalui membran sel.

Transpor Mikromolekul

ENDOSITOSIS : Pemasukan zat ke dalam sel dengan cara

membentuk vesikula baru dari membran plasma.

Endositosis terbagi menjadi dua:

fagositosis: molekul yang dimasukkan berupa senyawa
padat.
pinositosis: molekul yang dimasukkan berupa larutan.

Mekanismenya:
Sebagian kecil luas membran plasma terbenam ke dalam
membentuk kantong. Begitu kantong ini semakin dalam,
kantong ini terjepit, membentuk vesikula yang berisi materi
yang telah terdapat di luar selnya.
Transpor Mikromolekul

Mekanisme transpor aktif.

a) Protein transpor mengikat zat terlarut di situs pengikatannya.
b) Protein transpor menggunakan energi untuk berubah bentuk.
c) Setelah berubah bentuk, protein dapat melepaskan zat yang diangkut ke
salah satu sisi membran.
d) Fosfor yang terikat di protein tersebut terlepas sehingga protein kembali ke
bentuk semula.
Transpor Mikromolekul

Fagositosis Pinositosis
 Bagian-bagian sel dan fungsi (cont.)

 Lisosom

• mensekresi berbagai jenis enzim pencerna,

seperti enzim yang akan menghidrolisa
protein, polisakarida dan lipid sel
• menghancurkan organel yg rusak
 Ribosom

• mengandung asam ribonukleat yang berfungsi

mensintesa protein sel
 Lisosom

Organel sel berbentuk kantong agak bulat dan

dibatasi oleh sistem membran tunggal.

Fungsinya:
• mencerna materi yang diambil
secara endositosis.
• penghancuran struktur-struktur
yang tidak dikehendaki
dalam sel.
• pembebasan enzim ke luar sel.
• penghancuran diri sel dengan cara
membebaskan semua isi
lisosom dalam sel.
 Ribosom
Organel kecil yang tersusun atas RNA ribosom (rRNA) dan beberapa
protein. Terdiri atas dua subunit yang bekerja sama
dalam mentranslasi mRNA ke dalam rantai polipeptida
selama proses sintesis protein.
Letak ribosom: bebas di dalam sitoplasma dan
melekat di retikulum endoplasma.

Elektromikrograf
yang
menunjukkan RE
dan ribosom

riboso
m
 Bagian-bagian sel dan fungsi (cont.)

 Mitokondria

• merupakan pabrik energi sel (sintesa ATP:

Adenosin Tri Phosphat).

• mengandung berbagai enzim yang akan

mengkatalisis zat makanan organik oleh
molekul oksigen untuk menghasilkan
karbondioksida dan air serta energi kimia.
Mitokondria

Tempat berlangsungnya respirasi

aerobik dalam sel.

Organel ini terdiri atas:

 Membran luar
 Membran dalam, berlekuk-lekuk
disebut krista, berfungsi untuk
memperluas permukaan.
 Matriks, kaya akan enzim-enzim
pernapasan (sitokrom) dan
senyawa DNA, RNA, serta protein.
 Bagian-bagian sel dan fungsi (cont.)

 Plastida

3 macam :

• Leukoplas : tempat penyimpan; elaioplas :

minyak, amiloplas : amilum, aleuroplas : protein
• Kromoplas : plastida, pigmennya bukan utk
fotosintesis (xantofil & karoten)
• Kloroplas: plastida, pigmennya utk fotosintesis
(Klorofil)
 Bagian-bagian sel dan fungsi (cont.)

 Chloroplasts

• tempat berlangsungnya proses fotosintesis

(thylacoid vesicle) dan fiksasi
karbondioksida, CO2 (stroma)
Pigmen Fotosintetik

Klorofil: pigmen hijau, terutama menyerap sinar merah, biru,

ungu, dan memantulkan sinar hijau, kecuali jika tertutup
oleh pigmen warna lainnya.
Klorofl untuk fotosintesis adalah klorofl a dan b.

Karotenoid: pigmen berwarna kuning, oranye, merah, atau

cokelat, menyerap sinar gelombang antara ungu-biru.
Fungsi lainnya: melindungi klorofl pada saat sinar terlalu
kuat dan oksidasi oleh oksigen yang dihasilkan dalam proses
fotosintesis.
 Bagian-bagian sel dan fungsi (cont.)

 Retikulum endoplasmik (RE)

• Retikulum endoplasmik kasar

Permukaan membran dipenuhi oleh ribosom yang
terlibat dalam biosintesa protein.

• Retikulum endoplasmik halus

Tidak dilengkapi ribosom, berperan di dalam
biosintesa lipid dan tempat menyimpan enzim
yang belum aktif seperti zymogen (prekusor
enzim).
Retikulum Endoplasma (RE)

 RE: organel berkantung yang

berperan dalam proses
perakitan dan pemrosesan,
serta transportasi senyawa
kimia yang digunakan di
dalam dan di luar sel.
 RE berhubungan dengan
dua-lapis selubung inti,
sebagai saluran yang
menghubungkan nukleus
dengan sitoplasma.
 RE memiliki dua bentuk:
1. RE kasar: memiliki ribosom
pada permukaannya
2. RE halus : tidak memiliki
ribosom pada
permukaannya
 Bagian-bagian sel dan fungsi (cont.)
 Golgi komplek

• Menerima protein hasil sintesa dari RE untuk

diteruskan ke membran plasma atau ke
organel lain.

 Peroksisome

• menghasilkan enzim yang memecah asam

lemak dan asam amino.
 Badan Golgi

Organel dengan membran berlekuk-lekuk yang mengkonsentrasi dan

membungkus protein untuk dikeluarkan ke sel.
Berperan juga dalam menambahkan pengarahan (jalur) bagi
perjalanan akhir protein yang sudah dikemas.

Fungsinya:
1. Mengangkat dan mengubah
materi yang ada di dalamya
secara kimia.
2. Menghasilkan lilin dan lendir.
3. Transpor lemak.
4. Sekresi protein, karbohidrat,
lemak, dan glikoprotein.
5. Membentuk lisosom.
6. Membentuk enzim
pencernaan
yang belum aktif (zimogen).
Terima Kasih