Estructura Poblacional

Clase 9
 Significancia de FST
• Dos Formas
– Permutaciones
• Requiere Programa
– Chi-Cuadrado χ = 2 NFST (a − 1)
2
• No muy bueno
• Multi-loci: se suman χ2 y ν ν = (a − 1)(n − 1)
entre loci

• N: tamaño población
• n: número sub-poblaciones
• a: número de alelos
 Genes uni-paternales
• Se puede estudiar estructura poblacional
para genes maternales y paternos
– Flujo semilla vs. Polen
– Dispersión mitocondrial
• Cuentan con menor Ne (½Ne)
– Fst(m) tiende a ser menor que nuclear Fst(n)
• Aquellos casos dónde hay mucho flujo
– Fst(m) tiende a ser mayor que nuclear Fst(n)
• Flujo es mayor por polen o gametos masculinos
Alelos con relación Filogenética
• Vs: varianza entre
poblaciones
• Vt: varianza total

• Se requieren: VS
N ST = 1−
– Estimativas de π Vt
– Tasa de mutación
entre alelos

• Raro! No-software
 AMOVA
• Análisis molecular de Varianza
– Estudia variación genética entre poblaciones
– Técnica basada en permutaciones
• Pocos supuestos
– Útil para varios tipos de marcadores
• Secuencias
• Co-dominantes
• Dominantes
• Fácil de interpretar porque se basa en
ANDEVA
 AMOVA
• Estructura herárquica
– Diversidad entre grupos de poblaciones
– Diversidad entre poblaciones dentro de
grupos
– Diversidad entre individuos dentro de
poblaciones
• Difiere de ANDEVA porque prueba de
hipótesis es mediante permutaciones
 AMOVA
• Crear vectores booleanos que indique
presencia ausencia de marcador en grupos
• Calcular diferencias entre vectores (Distancia
Euclidiana) (δ ij)
 AMOVA
3. Se calculan distancias entre todos los grupos jerárquicos y se crea
una matriz de distancias al cuadrado (δ2ij) que refleje estructura de
población
4. Matriz provee diferentes componentes de las SSD
SSDTotal
SSDEntre regiones
SSDEntre poblaciones

Modelo
X jig = X + a g + big + c jig

σ a2 : Varianza Grupos; σ b2 : Varianza sub - población dentro de grupo

σ c2 : Varianza efecto individual dentro de población
 Estadísticas phi de AMOVA
σ a2 Correlación entre haplotipos de una
φCT = 2 región en relación con haplotipos de la
σ a + σ b2 + σ c2 población total (análogo a FRT)

σ a2 + σ b2 Correlación de haplotipos sacados de

φST = 2 sub-población relativo a los sacados
σ a + σ b2 + σ c2 de toda la población (análogo a FST)

Correlación entre haplotipos de

σ 2
individuos en sub-población con
φSC = 2 b

σ b + σ c2 respecto a toda la población

(análogo a FSR)

http://www.bioss.ac.uk/smart/unix/mamova/slides/frames.htm
 Weir & Cocherham
• Desarrollan su estimativa
σ G2
(θ) de FST mediante un F = 1− 2
marco de ANDEVA. σ G + σ I2 + σ P2
Consideran:
σ P2
– Todas poblaciones
θ= 2
originan de una ancestral y
se mide su diferenciación
σ G + σ I2 + σ P2
– Poblaciones representan
factores aleatorios
θ Se relaciona con FST así:
(muestras aleatorias)
– Modelo jerárquico con 2n − 1 σ2 1
θ =[ ][ ]−
Grupos, Poblaciones e 2(n − 1) p / 1 − p 2(n − 1)
Individuos:

n: tamaño muestra promedio

 Estructura Genética
Estudios Empíricos: Eanes & Koehn (1978, Evolution)
Estructura Genética
 Estructura Genética
Estimativas de diferenciación genética con marcadores
maternales y bi-parentales para varias especies de
plantas. El Mousadik and Petit (1996) & Ennos (1994).
FSt
Especies Bi-parental Maternales

Argonia spinosa 0.25 0.60

Eucalyptus nitens 0.30 0.62
Fagus sylvatica 0.05 0.83
Hordeum spontaneum 0.49 0.74
Quercus petraea 0.03 0.92
Pinus contorta 0.09 0.72
Pinus radiata 0.13 0.83
Pseudotsuga menziesii 0.24 0.73
 Software para cálculo de Estadísticas F
y similares
• Estadísticas F:
– FSTAT
• http://www2.unil.ch/popgen/softwares/fstat.htm
– GenAlEx
• http://www.anu.edu.au/BoZo/GenAlEx/
• Estadísticas Theta:
– TFPGA
• http://www.marksgeneticsoftware.net/
– GDA
• http://hydrodictyon.eeb.uconn.edu/people/plewis/software.php
• AMOVA
– Arlequin
• http://anthropologie.unige.ch/arlequin/
– GenAlEx
– WinAmova
• http://iubio.bio.indiana.edu/soft/biology/ibmpc/
• Estadística RST
– Microsat
• http://hpgl.stanford.edu/projects/microsat/
– RstCalc
• http://www.biology.ed.ac.uk/research/institutes/evolution/software/rst/rst.html (pop-up’s)
• Estadísticas F para loci dominantes
– Hickory (Bayesiano)
• http://hydrodictyon.eeb.uconn.edu/people/plewis/software.php