Biologia Molecular

PRINCIPIOS DE BIOLOGA MOLECULAR
10/14/09
Taller de Introduccin a la Bioinformtica
Eucariontes y procariontes
Ncleo Membrana celular Pared celular
Citosol
Organelos
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ADN
2
Principales grupos de organismos

Eucariontes
Animales Ciliados Euglena Sulfolobulus Microsporidia Diplomonads Plantas Fungi
Arqueobacteria
Bacteria
E coli
Thermococcus Methanobacterium Halococcus
Flavobacterias
B. subtilis Thermotoga Methanococcus jannaschii
Bacterias sulfurosas verdes Borrelia burgdorferi
Halobacterium
Origen de la vida y ltimo ancestro comn Evolucin prebitica

3
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Molculas y macromolculas
Agua Iones Oxgeno Carbono Compuestos nitrogenados cidos nucleicos (ADN y ARN) Polipptidos (protenas) Lpidos (grasas) Carbohidratos (azcares)
10/14/09
Individuo Sistema
Interaccin entre los niveles de complejidad
rgano Tejidos Clula Molculas
10/14/09
LOS ACIDOS NUCLEICOS ADN ARN
10/14/09
Para que la clula funcione
10/14/09
CLASES DE ACIDOS NUCLEICOS ADN

Acido Desoxirribonuclico RNA Acido Ribonuclico
Similitudes y diferencias en estructura AMBOS IMPLICADOS EN LA TRASFERENCIA DE INFORMACION Funciones especficas y lugares especficos
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Dogma central de la Biologa Molecular

ADN ARNm Polip
1
ADN
Transcripcin
2
ARNm
Traduccin
Protenas
Replicacin
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10
ESTRUCTURA
DE LOS ACIDOS NUCLEICOS
ARN y ADN
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11
Unidad fundamental : NUCLEOTIDO

Tanto ADN como ARN
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12
PENTOSAS
ARN ADN
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13
BASES NITROGENADAS
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14
Estructura de los cidos nucleicos

H C N
6 1 2 3 5 4
N C C
7 8 9
CH
HC
Purinas
N H H C
N 3 HC
2
4 5 6 1
CH CH
Pirimidinas
ADN
ARNm
Polip
N H
Desoxirribonucletidos (ADN)
OH HO P O O
4
Ribonucletidos (ARN)
OH HO P O O
4
CH2
1
Base
H
2
CH2
1
Base
H
2
H
3
H OH
H
3
H OH
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OH
15
Nucletidos
Desoxirribonucletidos (ADN)
N1
6
Ribonucletidos (ARN) Base nitrogenada

OH HO P
N1
6
H C
N
5 C 7 8 CH 9
H C
N
5 C 7 8 CH 9
Purinas
HC2 3 4 C N
HC2 3 4 C N 5
OH HO P O O CH2
4 5
O H
2 1
O CH2
4
O H
2 1
H H
3
Fosfato
OH H
H C
Azcar Pentosa
5 CH
H H
3
OH OH
H C
N 3
N3
5 CH
Pirimidinas
OH HO P O O CH2
4 5
2 HC 1 6 CH N
2 HC 1 6 CH N
O H
2 1
OH HO P O H O CH2
4 5
O H
2 1
H H
3
H H
3
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Taller OH H
de Introduccin a la Bioinformtica
OH OH
16
Purinas
NH2 C N
6 1 2 3 5 4
Pirimidinas
O N C C
7 8 9
C HN 3 CH
4 5 6 1
CH CH
Adenina (A)
HC
Uralicio (U)
O
N H
N H
O C HN
6 1 2 3 5 4
O N
7 8
C CH
Guanina (G)
H2N
Timina (T)
O
HN 3 HC
2
4 5 6 1
C CH
CH3
N H
N H
NH2
ADN ARN
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Citocina (C)
N HC
4 3 2 1 5 6
CH CH
Ambos
N H
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Bases nitrogenadas
ADN Timina (T) Citocina (C) Guanina (G) ARN Uracilo (U) Citocina (C) Guanina (G)
Adenina (A)
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Adenina (A)
18
EL ADN
Acido Desoxirribonuclico
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19
1869 : nuclena, extrada del ncleo de clulas blancas DNA: deoxirribosa, ncleo celular, cido
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20
Principio transformante
Frederick Griffit, (1923)Transformacin 1928: informacin gentica de bacterias muertas se transmita a clulas vivas
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21
Oswald Avery
1944 (Avery, MacLeod, McCarty): DNA puro, no sensible a enzimas diferentes a DNAasas
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ROSALIND FRANKLIN
Difraccin de rayos X
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Forma de helice
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LA DOBLE HELICE
Watson y Crick , 1953, modelo doble hlice
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ADN: Acido desoxirribonucleico, material gentico de todas las clulas.
ADN Vida
Cromosoma: estructuras celulares formadas por DNA y protenas, encargadas de transmitir los caracteres hereditarios de una clula a otra Gen: Unidad hereditaria- Segmento de ADN que codifica para una protena
Cada cromosoma puede tener cientos de miles de genes (hombre aprox. 100.000).
Genoma: Conjunto de genes contenidos en una clula.

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Cromosomas
1800, muchos bilogos comenzaron a usar el microscopio para documentar la apariencia de las componentes de la clula. Se examinaron una gran variedad de clulas de diferente organismos y se encontraron dentro de sus ncleos ciertas manchas coloreadas que representaban cuerpos bien definidos.
Estos pequeos cuerpos fueron llamados cromosomas ( que significan cuerpos coloreados).
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Los 23 pares de cromosomas humanos
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28
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29
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30
Composicin cromosmica en varias especies

Homo sapiens (human) Mus musculus (house mouse) Zea mays(corn or maize) Drosophila melanogaster (fruit fly) Xenopus laevis (South African clawed frog) Caenorhabditis elegans (microscopic roundworm) Saccharomyces cerevisiae (budding yeast) Canis familiaris (domestic dog) Arabidopsis thaliana (plant in the mustard family) Muntiacus reevesi (the Chinese muntjac, a deer) Muntiacus muntjac (its Indian cousin) Myrmecia pilosula (an ant) Equisetum arvense (field horsetail, a plant)
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46 40 20 8 36 12 32 78 10 23 6 2 216
31
El genoma humano (cont.)

El genoma humano consiste de entre 20,000 y 25,000 genes (oct 2004). Inicialmente se penso que eran 100,000 genes. La distribucin de los genes en los cromosomas codificados hasta el presente es como sigue: Cromosoma 1 tiene 3141 genes Cromosoma 3 tiene 1585 genes Cromosoma 17 tiene 1266 genes Cromosoma 11 tiene 1611 genes Cromosoma 12 tiene 1400 genes Cromosoma 15 tiene Cromosoma 8 tiene 793 genes Cromosoma 4 tiene Cromosoma 2 tiene Cromsoma X tiene
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Gene
Cromosoma
Funcin Astma Inteligencia Cancer de mamas Cancer de mamas Producir Telomerasa relacionada con la inmortalidad Memoria Cncer pulmonar Para el crecimiento de tumores Enfermedades del corazn y alzheimer Masculinalidad Homsexualidad Cistofibrosis
ADBR2 5 IGF2R BRCA1 BRCA2 TEP1 CREB TP53 P53 APOE SRY Xq28 CTFR 10/14/09 6 17 13 14 2 17 17 19 Y X 7
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ESTRUCTURA DEL ADN

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34
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35
Estructura de la doble hlice
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36
G_________C A----------------T
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37
O O P O O 5 CH O 2
4
C
H 2 H H
1
HH 3 O
O O P O O 5 CH O 2
4
A
H 2 H H
1
ADN
HH 3 O
O O P O O 5 CH O 2
4
G
H 2 H H
1
5 C-A-G-T-G-C-C 3
HH 3 O
5 T
1
3 3
38
O O P O O 5 CH O 2
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HH H H Taller 2 3 OH H
Estructura del DNA
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39
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40
Estructuras alternas
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41
10/14/09
42
FUNCION DEL ADN
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43
Es el almacn de la informacin biolgica

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44
Material gentico Informacin de la herencia Trascripcin de genes Protenas

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45
Funciones
Transmisores de la informacin gentica (Genotipo). Transmisores de la informacin necesaria para la sntesis de protenas (Fenotipo).
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46
Funcionamiento celular
10/14/09
47
Significado reglas de Chargaff
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Complementariedad dealas bases Taller de Introduccin la

Bioinformtica
48
Antiparalelas Complementarias
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Doble hlice, formada La estructura se mantiene gracias por cadenas orientadas a enlaces de hidrgeno entre las en direcciones opuestas bases nitrogenadas que se (antiparalelas). encuentran orientadas hacia el 49 Taller de Introduccin a la interior de las cadenas Bioinformtica
REPLICACION DEL DNA
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50
Replicacin
ADN
ARNm
Polipptido
Replicacin
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ADN polimerasa
51
Qu es replicacin del DNA?

PROCESO QUE GARANTIZA LA DUPLICACION DEL DNA, PARA DAR ORIGEN A LAS NUEVAS CELULAS.
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52
10/14/09
53
Antiparalelas Complementarias
10/14/09
Doble hlice, formada La estructura se mantiene gracias por cadenas orientadas a enlaces de hidrgeno entre las en direcciones opuestas bases nitrogenadas que se (antiparalelas). encuentran orientadas hacia el 54 Taller de Introduccin a la interior de las cadenas Bioinformtica
Replicacin del DNA
Semiconservativa
Hebras parentales (moldes) Hebras Hijas
Complementarias
Replicacin Transcripcin
55
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Los 23 pares de cromosomas humanos
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56
Centrmero
Cromtidas Hermanas
Padre
Cromosomas Homlogos
Madr e
Semiconservativa
Semiconservativa: una cadena sirve de molde para una nueva cadena
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58
La complementariedad de las bases nitrogenadas permite que la secuencia de una cadena sencilla de DNA acte como un molde para la formacin de una copia complementaria de DNA (replicacin) o de mRNA (transcripcin)
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59
Replicacin siempre en sentido 5 ------3

3 5 3
AGCTTAGCCTAAGCTTAGCCTAAGCTTAGCCTAAGCTTAGCCT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII TCGAATCGGATTCGAATCGGATTCGAATCGGATTCGAATCGGA
5 3 5
ADN
Separacin de las cadenas

AGCTTAGCCTAAGCTTAGCCTAAGCTTAGCCTAAGCTTAGCCT
Templado 1
TCGAATCGGATTCGAATCGGATTCGAATCGGATTCGAATCGGA
3 5 3 5 3
Templado 2
ADN ARNm Polip
Replicacin
3 5 3 5
AGCTTAGCCTAAGCTTAGCCTAAGCTTAGCCTAAGCTTAGCCT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII UCGAATCGGATTCGAATCGGATTCGAATCGGATTCGAATCGGA
AGCTTAGCCTAAGCTTAGCCTAAGCTTAGCCTAAGCTTAGCCU IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII TCGAATCGGATTCGAATCGGATTCGAATCGGATTCGAATCGGA
10/14/09
60
Actividad enzimtica
Helicasas (separa las cadenas) DNA polimerasas (coloca nucletidos) Primasas Primes o Cebadores (ribonucletidos) Topoisomerasas (desenredar)
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61
Helicasas
Rompen puentes de H
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62
Primers o Cebadores
Primasas
10/14/09
63
DNA polimerasas
10/14/09
64
DNA Polimerasas Enzimas que sintetizan (replican) el DNA

E. coli
DNA polimerasa I (rellena huecos y repara) DNA polimerasa II y III (funcin principal en la sntesis) Aade nucletidos en ambas cadenas en la direccin 5 3 Requiere un 3 OH final
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65
Eucariotas
5 polimerasas
y principal en replicacin , y exonucleasas
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66
10/14/09
67
10/14/09
68
10/14/09
69
Las polimerasas conocidas aaden nucletidos solamente en la direccin 5 3
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70
10/14/09
71
Origen de replicacin: Secuencia reconocida (Ori C en E. coli) por protenas iniciadoras. Varios orgenes en eucariotas La replicacin es bidireccional
10/14/09
72
Sitios de origen de la replicacin
Genoma circular 1 sitio origen de la replicacin

10/14/09
Genoma lineal varios sitios origen de la replicacin

73
Origenes de replicacin
Horquilla replicacin
La replicacin es bidireccional
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74
RNA
10/14/09
75
ADN
ARNm
Polipptido
Replicacin
10/14/09
ADN polimerasa
76
RNA
Almacenamiento y transferencia informacin
Transporte de informacin Sntesis de protenas

10/14/09
77
10/14/09
78
O O P O O 5 CH O 2
4
C
H 2 H OH
1
HH 3 O
C A G U G C C A P 3 3 3 3 3 3 3 5 5 5 5 5 5 5 G 5 C-A-G-U-G-C-C 3
ADN ARNm Polip
O O P O O 5 CH O 2
4
RNA
HH 3 O
H 2 H OH
OH
O O P O O 5 CH O 2
4
HH 3 O
H 2 H OH
O O P O O 5 CH O 2
U
1
10/14/09
HH H H Taller 2 3 OH OH
79
Tipos de RNA
mRNAs
Lleva la informacin del DNA a los ribosomas
rRNAs
Hace parte de los ribosomas, Ayuda en la Unin de aa
tRNAs
Lleva los aa a la cadena peptdica
Todos participan en la traduccin

10/14/09
80
Descubrimiento
10/14/09
81
10/14/09
82
Puede ser bicatenario o monocatenario La mayora es una hebra simple, con diversas conformaciones.
10/14/09
83
10/14/09
84
10/14/09
85
10/14/09
86
Codn
10/14/09
87
RNA ribosomal
rRNA
Procariontes
23S (2900 bases) 16S (1500 bases)
5S (120 bases)
Protenas (31)
50S
Protenas (21)
70S 30S
Eucariontes
28S (4800 bases)
28S 5S (120 bases) 5.8S Protenas (50)
60S
Protenas (33)
18S (1900 bases)

10/14/09
80S 40S
88
10/14/09
89
10/14/09
90
Estructura tRNA
Aminocido
A C
Tallo aceptor
Asa D
Asa TCG
Asa variable Asa anticodn

G G C
Anticodn
5
Codn
10/14/09
91
TRANSCRIPCION DEL DNA
10/14/09
92
Transcripcin
Transcripcin
ADN
ARNm
Polipptido
10/14/09
93
Transcripcin
3 5 3
5 3 5
ADN (Gen) Cadena codificante

3 5 3
ARNm Polip
Transcripcin
3 5
AGCTTAGCCTAAGCTTAGCCTAAGCTTAGCCTAAGCTTAGCCT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII UCGAAUCGGAUUCGAAUCGGAUUCGAAUCGGAUUCGAAUCGGA UCGAAUCGGAUUCGAAUCGGAUUCGAAUCGGAUUCGAAUCGGA
ADN
RNA m
10/14/09
94
Componentes
En sentido 5 3
RNA polimerasa
Promotor
10/14/09
95
10/14/09
96
10/14/09
97
TRADUCCION DEL RNAm
10/14/09
98
Traduccin
ARN m ARN t Ribosomas
Traduccin
ADN
ARNm
Polipptido
10/14/09
99
Qu es la traduccin?
La decodificacin de un cdigo gentico, para que se ensamblen aa, deacuerdo a un orden que esta dado en la informacin del DNA.
10/14/09
100
EL RNAm transporta la informacin del DNA en un cdigo gentico de tres letras. AUG GUA EL RNAt lee ese cdigo gentico
10/14/09
101
RNA m RNAt
Cdigo Decodificador
10/14/09
102
Codn: Tripleta de nucletidos del RNAm que se traduce en un aminocido
Anticodn: Tripleta de nucletidos del RNAt , complementario al codn.
10/14/09
103
Cdigo gentico
Cdigo: sistema de smbolos que equipara informacin en un lenguaje con informacin en otro lenguaje
10/14/09
104
Hebra de RNAm producto de la transcripcin
10/14/09
105
Codn
5-AUGUGUUUACGAAUUUGA-3
ADN ARNm Polip
AUG
UGU
UUA
CGA
AUU
UGA
mRNA
1a
2a
3a
64 codones 20 aa
Polipptido
Met
Cys
Leu
Arg
Ile
10/14/09
106
De la unin especfica de un codn y un anticodn es que depende el aa y el orden en que se coloque en la cadena polipeptdica.
10/14/09
107
10/14/09
108
Transcripcin
3 5 3
5 3 5
ADN (Gen) Cadena codificante

3 5 3
ARNm Polip
Transcripcin
3 5
AGCTTAGCCTAAGCTTAGCCTAAGCTTAGCCTAAGCTTAGCCT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII UCGAAUCGGAUUCGAAUCGGAUUCGAAUCGGAUUCGAAUCGGA
ADN
RNA m
10/14/09
109
Codones de iniciacin- Codones de parada
64 codones posibles 61 especifican aa

Codon de Iniciacin: AUG , GUG Metionina
Tres son codones de terminacin

UAA UGA UAG
10/14/09
110
10/14/09
El cdigo gentico es degenerado
111
MARCO DE LECTURA
Secuencia de codones que transcurre desde un codn de incio hasta un cdon de terminacin.
10/14/09
112
MARCO DE LECTURA
10/14/09
113
Cambio de marco de lectura

123 123 123 123 123 123 123 123
5 GCU Ala UGU Cys UUA Leu CGA Arg AUU Ile UGA 3 mRNA Polipptido
--G
CUU Leu
GUU Val
UAC Tyr
GAA Glu
UUU Phe
GA ---
mRNA Polipptido
10/14/09
114
MARCO DE LECTURA
10/14/09
115
Caractersticas del Cdigo Gentico

Universal Codones:61 codifican para aa, 3 de terminacin (UAA, UAG, UGA), 1 de iniciacin (AUG / GUG).
10/14/09
116
Codones poco comunes
10/14/09
117
Aminocido
A C
Tallo aceptor
Asa D
Asa TCG
Asa variable
Asa anticodn
3
Anticodn (RNAt)
5
Codn (RNAm)
10/14/09
118
10/14/09
119

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Principales grupos de organismos

Thermococcus Methanobacterium Halococcus

B. subtilis Thermotoga Methanococcus jannaschii

Bacterias sulfurosas verdes Borrelia burgdorferi

Origen de la vida y ltimo ancestro comn Evolucin prebitica

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Interaccin entre los niveles de complejidad

rgano Tejidos Clula Molculas

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Ribonucletidos (ARN) Base nitrogenada

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Genoma: Conjunto de genes contenidos en una clula.

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Los 23 pares de cromosomas humanos

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Composicin cromosmica en varias especies

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El genoma humano (cont.)

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ESTRUCTURA DEL ADN

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Estructura de la doble hlice

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Es el almacn de la informacin biolgica

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