Estructura del ADN

Estructura ARN/Comparacin con ADN

FUNCIONES DE LOS ACIDOS NUCLICOS

Replicacin: 1 ADN Transcripcin: ADN

2 ADN ARNm

Traduccin: ARNm/ARNr/ARNt Protenas

Mutaciones Bacterianas
Definicin: cambio heredable en la secuencia de nucletidos del genoma de un organismo Pueden ser:
Inducidas o Espontneas

Se expresan raramente Se favorecen cuando se dan ventajas selectivas

Mutaciones Bacterianas: Tipos

Puntual:
Transicin: purina por purina o pirimidina por pirimidina (Ej.: A por G o C por T) Transversin: purina por pirimidina o viceversa

Insercin/Deleccin Inversin

Intercambio gentico y recombinacin

Unidireccional: De donante a receptor Puede ser entre especies distintas Mecanismos:
1. Transformacin 2. Conjugacin 3. Transduccin

Transformacin
Definicin: Transferencia de genes por incorporacin ADN exgeno Factores que influyen:
Tamao, concentracin y estado del ADN Estado de Competencia del receptor (Bacillus, Haemophilus, Neisseria, Streptococcus)

Transformacin
Pasos
- Adsorcin del ADN - Penetracin - Recombinacin

Caractersticas transformadas
Antgenos - Capacidad fermentacin - Resistencia antimicrobianos
-

Conjugacin
Definicin: transferencia gentica entre dos bacterias que requiere contacto fsico celular Bacterias que intervienen:
Donante Receptor
Recipient

Donor

Plsmidos

Definicin: Elemento gentico extracromosmico capaz de replicarse de forma autnoma

Caractersticas de los Plsmidos

Replicacin autnoma Estabilidad Incompatibilidad Transferencia:
Plsmidos conjugativos Plsmidos no conjugativos

Integracin (Episomas) Confieren distintas propiedades fenotpicas

Conjugacin en Gramnegativos

Conjugacin en Gramnegativos
1. Formacin de pares efectivos 2. Transferencia de ADN
Origen de transferencia Replicacin cadenas ADN
F+ F+ F+ F+ F+ FF+ F-

Conjugacin: Importancia
Bacterias Gram Resistencia antimicrobianos Diseminacin rpida

Bacterias Gram +
Produccin de factores de adherencia Resistencia antimicrobianos

Elementos Genticos Transponibles

Definicin: Segmentos de ADN capaces de mudarse de una localizacin a otra Propiedades
Movimiento al azar No poseen autorreplicacin Transposicin mediante recombinacin especfica Transposasa

Tipos de Elementos Transponibles

Secuencias de Insercin (IS): Elementos que
portan slo los genes de transposicin
Transposasa
GFEDCBA

ABCDEFG

Transposones (Tn): Elementos que portan otros

genes adems de los de transposicin (IMPORTANTES en R)

Transduccin
Definicin: Transferencia de genes bacterianos a travs de un bacterifago Importancia
Comn en bacterias Gram+ Conversin lisognica

Estructura Fago
Cabeza

Collar contrctil Fibras

Cola

Placa basal

Infeccin bacteriana por Fagos

1. Adsorcin 2. Unin Irreversible 3. Contraccin del collar 4. Inyeccin del ADN

Ciclo Ltico de Multiplicacin del Fago

Eclipse Acumulacin intracelular Lisis y liberacin

Ciclo Lisognico de Multiplicacin del Fago

Integracin (Profago) Replicacin simultnea

Transduccin Generalizada
Ciclos lticos
Cualquier gen del donante tiene la misma probabilidad de ser transferido

La transformacin bacteriana en Streptococcus pneumoniae (Griffith 1928)

Rugosa

Muerte por neumona

Cepa resistente

Lisa

No muere

Muere

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Cul es el Principio transformante?

Principio Rugosa Lisa

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Colin MacLeod

El elemento transformante es el DNA (1944)

Maclyn McCarty

Oswald Avery

Slo DNA produce transformacin

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Experimento de Alfred Hershey y Martha Chase con fagos (1952)

Tema 6: Estructura y replicacin del material gentico

Bacterifago T4

El DNA es el material infeccioso

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Componentes de los cidos nucleicos

adenina

timina guanina citosina

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Reglas de Chargaff

1. Proporcin de purinas = Proporcin de pirimidinas A+G=C+T 2. 3. A=T G=C

28

1953. Ao culminante: J. Watson y F. Crick resuelven la estructura tridimensional del DNA (Nature 171: 737737738)
Watson y yo hemos encontrado el secreto de la vida

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1953. Ao culminante:

Dos lneas de evidencia: Reglas de Chargaff Fotografas de difraccin de rayos X

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Significado reglas de Chargaff

Complementariedad de las bases

31

Difraccin de rayos X

Hemoglobina Linus Pauling

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Tema 6: Estructura y replicacin X material Interpretacin del patrn difraccin de rayos deldel DNA gentico

Rosalind E. Franklin

Crick
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Modelo en metal del DNA

J. Watson y F. Crick Concluyen: La estructura del DNA es una doble

hlice, formada por cadenas orientadas en direcciones opuestas (antiparalelas). La estructura se mantiene gracias a enlaces de hidrgeno entre las bases nitrogenadas que se encuentran orientadas hacia el interior de las cadenas
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Desnaturalizacin del DNA

Separacin de las dos hebras por calor Una mayor proporcin G-C tiene una mayor temperatura de desnaturalizacin (fusin)
100 Porcentaje G + C 80 60 40 20 70 80 90 100 110
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Temperatura de fusin (desnaturalizacin)

La estructura del DNA suministra una explicacin asombrosamente simple del fenmeno de la herencia
La estructura explica: La naturaleza de la secuencia lineal de los genes (informacin digital cuaternaria en secuencias unidimensionales de monmeros A,T,G,C) El mecanismo de replicacin exacta de los genes La naturaleza qumica de las mutaciones Por qu la mutacin, la recombinacin y la expresin gnica son fenmenos separables a nivel molecular
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Esencial a la relacin ntima entre estructura molecular y funcin gentica del DNA es el concepto de molde
La complementariedad de las bases nitrogenadas permite que la secuencia de una cadena sencilla de DNA acte como un molde para la formacin de una copia complementaria de DNA (replicacin) o de mRNA (transcripcin)
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Y ahora las declaraciones de Watson y Crick sobre el ADN. Esto es para m la prueba verdadera de la existencia de Dios Salvador Dal

Antes pensbamos que nuestro futuro estaba en las estrellas. Ahora sabemos que est en nuestros genes. James Watson

38

Replicacin del DNA

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25 de Abril 1953

It has not escaped our notice that the specific pairing we have postulated immediately suggests a possible copying mechanism for the genetic material.

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Posibles modelos de replicacin

Tema 6: Estructura y replicacin del material gentico

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Replicacin del DNA

Tema 6: Estructura y replicacin del material gentico

Semiconservativa: una cadena sirve de molde para una nueva cadena El experimento de M. Meselson y F. Stahl (1958) demuestra que la replicacin es semiconservativa

Mathew Meselson

Frank Stahl
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Tema 6: Estructura y replicacin del material gentico

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Replicacin del DNA

Enzimas que sintetizan (replican) el DNA E. coli DNA polimerasa I (rellena huecos y repara) DNA polimerasa II y III (funcin principal en la sntesis) Aade bases en ambas cadenas en la direccin 5 p 3 Requiere un 3 OH final Eucariotas 5 polimerasas E y F principal en replicacin H, I y K exonucleasas Correccin de pruebas: actividad 3 p 5 exonucleotdica. Sustituye bases mal emparejadas (10-5) por correctas (10-7); mecanismos de reparacin adicionales la
reducen hasta 10-10
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Las polimerasas conocidas aaden nucletidos solamente en la direccin 5 p 3

Tema 6: Estructura y replicacin del material gentico

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Tema 6: Estructura y replicacin del material gentico

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Por qu no hay una enzima que polimerice en la direccin 3 -> 5?

No funcionara la correccin de errores por falta de un trifosfato que suministre la energa de enlace covalente azcar-fosfato

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ADICIN 5 3

48

Tema 6: Estructura y replicacin del material gentico

P P P
5

P P + H2O P P P P P P P P P P P

OH

OH

OH OH

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Tema 6: Estructura y replicacin del material gentico

ADICIN 3 5 (HIPOTTICA)

50

P P
OH
51

P P + H2O P P P P P P P P

ADICIN 3 5 (HIPOTTICA)
P P P P

OH OH

P P
OH

P P P P

P P

P P

P P

P P

Tema 6: Estructura y replicacin del material gentico

CORRECCIN DE ERRORES

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P P P
5

P P + H2O P P P P P P P P P P P

OH

ADICIN 5 3
53

OH

OH OH

ADICIN 3 5 (HIPOTTICA)

OH
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Tema 6: Estructura y replicacin del material gentico

OH

P P

P P

P P

P P

Replicacin del DNA (2)

Tema 6: Estructura y replicacin del material gentico

Replicacin: continua (cadena adelantada, cebador slo inicio) y discontinua (cadena retrasada) Discontinua Cebador (pequeo RNA 2-60 nucletidos aadido por enzima primasa o RNA pol que provee 3 OH. Fragmento de Okazaki por DNA pol III (1500 bp en procariotas y 150 en eucariotas) Pol I elimina cebador 3 -> 5 y llena huecos (gap) Ligacin (DNA ligasa, enlace fosfodister)
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56

Tema 6: Estructura y replicacin del material gentico

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Replicacin del DNA (3)

El replisoma: complejo enzimtico de la replicacin que coordina la sntesis de las dos cadenas, maquinaria molecular Dmero de la DNA pol III (ncleos catalticos) Primosoma: formado por dos enzimas Primasa Helicasa (desenrolla el DNA) Protena de unin a cadena sencilla, ssb (Unin Y, estabiliza el DNA de cadena sencilla) Topoisomerasas tipo I (rotura una cadena) y II (rotura de dos cadenas) junto a DNA ligasa -> Relajacin del superenrollamiento
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El replisoma: una maquinaria de replicacin extraordinaria

59

60

DNA pol III + abrazadera beta -> Enzima procesiva

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El replisoma: una

Tema 6: Estructura y replicacin del material gentico maquinaria de replicacin extraordinaria

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Topoisomerasas

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Replicacin del DNA (4)

Tema 6: Estructura y replicacin del material entico

Origen de replicacin: Secuencia reconocida (Ori C en E. coli) por protenas iniciadoras. Varios orgenes en eucariotas La replicacin es bidireccional

Horquilla replicacin

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En el DNA nuclear de eucariotas hay muchos orgenes de replicacin (~500 en levaduras y 60000 en mamferos). Cada unidad de replicacin es un replicn. La replicacin es bidireccional

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EXPRESIN GNICA

OBJETIVOS

Al finalizar el estudiante podr:

Conocer

las diversas fases de la expresin gnica. Conocer los factores de transcripcin y su rol en la expresin gnica. Entender la regulacin de la expresin gnica y las molculas envueltas. Entender la relacin entre los factores de transcripcin y los procesos de transduccin de seales.

EXPRESIN GNICA

Transcripcin

Iniciacin Extension Terminacin Iniciacin Extensin Terminacin

Traduccin

CICLO DE TRANSCRIPCIN

Sntesis de RNA mensajero

Iniciacin
RNA

polimerasa localiza y se une al cromosoma.

Complejo pre-iniciador Complejo abierto

Extensin
Razn

de 20 a 30 nucleotidos/segundo

Terminacin
RNA

polimerasa se disocia del DNA

FACTORES DE TRANSCRIPCIN

Sistema de regulacin de genes

Procariotas Seales del ambiente

Temperatura Concentracin de nutrientes

Eucariotas Regulacin gentica

Factores de transcripcin 30% genoma humano

REGIONES PROMOTORAS

Regin del DNA que regula la expresin del gen. Clasificacin

De acuerdo a su funcin Promotores fuertes

Producto es abundante Producto es raro o no abundante

Promotores dbiles

El nivel de expresin varia de clula a clula, depende de:

las secuencias reguladoras Concentracin de los factores de transcripcin.

REGIONES PROMOTORAS

Promotor de la Pol I

Regin que precede a los codones del gen. 100 pares de bases antes del codn inicial. core region sobrelapa el codn inicial del gen. Regin que precede a los codones del gen. Posee secuencias conservadas TATA Box

Promotor de la Pol II

TATAAAA 30 pb al frente de la secuencia iniciadora (TAC) Equivale al Pribnow box de los procariotas

Regin Iniciadora

REGIONES PROMOTORAS

Promotor de la Pol III

Dos

tipos
A Box B Box 15 pb a partir del terminal 5.

tRNA

5S

rRNA

C Box Centro de la regin codificadora

REGIONES PROMOTORAS

FACTORES DE TRANSCRIPCIN
Factor

Generales

No. subunida des

Funcin

GTFs Altamente conservados TATA Box Binding Protein TFIID Tabla 15-1 Asignada

TFIIA TFIIB TFIID TBP TFIIE TFIIF TFIIH Pol II

TOTAL

3 1 12 1 2 2 9 12
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Estabiliza unin de TBP y TFIIB Selecciona sitio de iniciacin Recluta la polimerasa II Interacciona con factores de regulacin Reconoce el TATA Box Recluta TFIIH Une Pol II y TFIIB Desenrrolla el DNA del promotor Cataliza la sntesis de RNA

FACTORES DE RNA POL II INICIACIN

Formacin del complejo preiniciador

TFIID
Se

(TBP + TAFs)
unen al TATA Box

TFIIA
Estabiliza

el complejo TFIID-TATA Box Evita la unin de represores

TFIIB
Se

une al TBP y DNA al frente y despus del TATA box

Determina el tamao entre el TATA box y la secuencia iniciadora.

FACTORES DE RNA POL II

RNA polimerasa II - TFIIF

Estabiliza la interaccin de la RNA Polimerasa II con el TFIIB y TBP El TFIIF previene que la RNA Polimerasa II se una a lugares no promotores Estabiliza el complejo protena y DNA TFIIH Helicasa 5- 3 y 3 - 5 Adenosina trifosfatasa dependiente de DNA Actividad de kinasa Reparar el DNA

TFIIE y TFIIH

INICIACIN (CONT)

Hay tres sistemas clsicos de transcripcin

RNA Pol I RNA Pol II RNA Pol III Requieren del uso de TBP aunque carecen de TATA Box en su promotor. Promotores de genes snRNA (small nuclear RNA)

Existen sistemas auxiliares de transcripcin

INICIACIN (CONT)

TRANSCRIPCIN - EXTENSIN
Comienza con el proceso de limpieza del promotor promoter clearence Asociado a cambios estructurales en la RNA polimerasa Regulado por factores de extensin Reaccin general

(NMP)n

+ NTP (NMP)n+1 + PP

Proceso estable

TRANSCRIPCIN TERMINACIN

Mediada por factores de terminacin

Interaccionan con la RNA polimerasa Polimerasa posee tres opciones

ELEMENTOS DE REGULACIN

Promotores proximales

Protenas reguladoras TATA box RNA Pol II CCAAT box Herpes Virus GGGCGG house keeping genes

ELEMENTOS REGULADORES IDENTIFICACION

Identificacion de Secuencias reguladoras del Promotor -Delecion o Mutacion -Gen Reportero - CAT -CCAAT -GCGCG -TATA

ENHANCERS

Responden a estrs celular Aumenta la razn de iniciacin del promotor. Localizacin

Al principio En el medio Al final

Funcionan en cualquier orientacin No se encuentran asociados a todos los genes. Responsable de un efecto sinergstico

ENHANCERS

Niveles de regulacin

Regulacin de la expresin gnica

Genes constitutivos y genes regulados No todos los genes se expresan simultneamente ni al mismo nivel Genes constitutivos: se expresan al mismo nivel independientemente de las condiciones ambientales Genes regulados: se expresan a distintos niveles (o no se expresan) dependiendo de las condiciones

Expresin gnica en procariotas: ARNs policistrnicos

Regulacin de la expresin gnica en procariotas El opern

Regulacin de la expresin de los genes estructurales

Opern lac: control negativo inducible lac:

Opern lac: control negativo inducible lac:

Opern lac: control positivo inducible lac:

Opern trp: control negativo reprimible trp:

Niveles de regulacin en eucariotas

Regulacin de la expresin gnica en eucariotas Genes monocistrnicos

La iniciacin de la transcripcin en eucariotas requiere: Factores de transcripcin generales que se unen al promotor Factores de transcripcin reguladores activadores (mayoritariamente) o represores, que se unen a secuencias intensificadoras o silenciadoras que pueden actuar a gran distancia y en cualquier orientacin. Estas controlan la estructura de la cromatina y la tasa de transcripcin reguladores

Regulacin de la expresin gnica en eucariotas

hlice-vueltahlice Dominios proteicos clsicos de unin a ADN

cremallera de leu

Regulacin de la expresin gnica en eucariotas

Regulacin a nivel transcripcional. 1.Seleccin del gen que se transcribe 2.Modificacin de la tasa de expresin 3. Uso de promotores alternativos

Niveles de regulacin en eucariotas

Regulacin post-transcripcional post-

Modificacin del extremo 3: Poliadenilacin y uso de secuencias de trmino alternativas Splicing alternativo Edicin del RNA

Regulacin post-transcripcional postProcesamiento (splicing) alternativo

Regulacin post-transcripcional postProcesamiento (splicing) alternativo

Regulacin post-transcripcional postEdicin del ARN

Regulacin transcripcional y post-transcripcional mltiple post-

Niveles de regulacin en eucariotas

Regulacin traduccional y post-traduccional post-

Silenciamiento de ARN Velocidad de sntesis de protenas Velocidad de degradacinse protenas Modificaciones postraduccionales Destino diferencial

Regulacin traduccional y post-traduccional postsiARN

Regulacin epigentica (heredable) Metilacin de citosina en islas CpG e Imprinting

Regulacin epigentica (heredable) AcetilacinAcetilacin-desacetilacin de histonas

Exclusin allica (expresin selectiva de uno de los alelos)

Algunos genes expresan slo el alelo paterno o slo el alelo materno, pero no ambos. El otro alelo es reprimido 1.Exclusin allica independiente del origen cromosmico (al azar) a) Exclusin allica por Inactivacin del cromosoma X b) Exclusin allica por reordenamiento programado del DNA (ej. inmunoglobulinas) c) Exclusin allica por mecanismos desconocidos (ej. receptores olfativos) 2.Exclusin allica dependiente del origen cromosmico: imprinting genmico (impronta)

Hay grandeza en esta concepcin de la vida,... Hay grandeza en esta concepcin de la vida,... que mientras este planeta ha ido girando que mientras este planeta ha ido girando segn la constante ley de la gravitacin, se han segn la constante ley de la gravitacin, se han desarrollado y se estn desarrollando, a partir desarrollado y se estn desarrollando, a partir de una molcula helicoidal asombrosa, de un comienzo tan sencillo, infinidad de infinidad de formas cada vez ms bellas y formas cada vez ms bellas y maravillosas maravillosas Charles Darwin Charles Darwin

Tema 6: Estructura y replicacin del material gentico

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