siRNA adalah RNA double stranded yang terdiri dari 21-23 pasangan basa yang mampu membentuk komplement

dengan target sekuen spesifik mRNA. RNA ini bisa mengakibatkan penguraian mRNA yang dinamakan interferensi RNA (RNA interference) yang biasanya disingkat dengan RNAi. Gangguan ini mengakibatkan mRNA tidak bisa berubah menjadi suatu protein. Prinsipnya sama dengan gangguan produksi suatu protein oleh antisense RNA. Namun, berbeda dengan antisense RNA, siRNA adalah benang ganda yang relatif lebih stabil sehingga dalam aplikasinya siRNA bisa diintroduksikan baik dengan injeksi langsung maupun dengan mengkloningnya ke vektor seperti plasmid. SiRNA berasosiasi dengan molekul helikase dan nuclease membentuk kompleks dengan RISC (RNAinducing silencing compleks) inducing yang akan melepaskan komplemen siRNA membentuk ss-siRNA dan kemudian kompleks ini akan dapat berkomplement dengan mRNA target, sehingga akan memotong mRNA target. Selanjutnya potongan-potongan mRNA akan didegradasi oleh enzim RNase (Kitabwalla dan Ruprecht, 2002). Prinsipnya adalah setiap produk gen (DNA) akan menghasilkan mRNA yang selanjutnya akan diproses menjadi protein yang akan berfungsi untuk replikasi dan perkembangbiakan suatu agen penyakit. Jika RNA yang akan berikatan dengan mRNA bisa dirancang, otomatis proses mRNA menjadi protein akan terganggu. Akibatnya, protein tidak akan terbentuk sehingga agen penyebab penyakit tidak bisa berkembang biak.