Prospektif Genomik dalam mengungkapkan penyebaran, reassortment, dan evolusi dari virus H5N1

Andi Aisyiah Alwie (1106005282) Corry Oktaviani S (1106007842) Mega Larasati A (116012060) Widya Setyaningtyas (1106014892)

Apa itu virus H5N1 ? Sejarah Penyebaran Virus H5N1 Mekanisme Penyebaran Virus H5N1 Inter-host Transmission of HPAI H5N1 Inter-subtype Reassortment of HPAI H5N1 Metode Analisis Filogenetik Virus

Virus H5N1
Virus H5N1 adalah subtipe dari virus influenza A yaitu virus yang inangnya adalah burung yang hidup di air (aquatic bird).

Virus RNA Laju mutasi tinggi Produk antigenic drift Memiliki 8 fragmen RNA yang tersegmentasi PB2, PB1, PA, HA, NP, NA, MP, dan NS.

Virus H5N1
Antigenetic shift Peristiwa antigenic shift disebabkan oleh adanya akumulasi mutasi pada genom RNA virus tersebut Antigenetic drift peristiwa antigenic drift disebabkan karena terjadinya persilangan genom antara virus dengan tipe yang berbeda pada waktu yang sama disebut dengan reassortment.

Berdasarkan tingkat virulensi dari virus influenza, terbagi menjadi : - A Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) dan - A Low Pathogenic Avian Influenza (LPAI).

Sejarah Penyebaran Virus H5N1

Pertama kali diisolasi pada tahun 1996 Guandong China Dalam beberapa tahun terakhir virus HPAI telah merebak hampir di 63 negara meliputi benua Asia, Eropa dan Afrika. FAO membuat nomenklatur untuk penentuan clade dan genotype berdasarkan analisis filogenetik dari viral gen HA, misalnya Clade 2.2.2, 2.2.3 clade dan lain-lain.

Sebanyak 13 node berbeda berhasil diidentifikasi: I: Gs / GD, II: X-series, III: clades 1, 2, 8, 9; IV: Clade 1, V: Vietnam, Thailand, Malaysia (VTM) +prekursor, VI:VTM, VII: Indonesia + prekursor, VIII: Clade 2.1 (Indonesia), IX: Clade 2.2 (Qinghai keturunan), X: Clade 2.3; XI: clades 2.3.1, 2.3.2, XII: Clade 2.3.3, 2.3.4, XIII: Clade 2.3.4 (Fujian-like).

 Pada akhir tahun 2003 dan awal tahun 2004, infeksi yang disebabkan oleh virus HPAI H5N1 dilaporkan mewabah di beberapa negara tetangga di Asia. Tahun 2005, wabah influenza H5N1 dilaporkan telah menyebar ke Tibet, Kazakhstan, Mongolia, Siberia, Turki, Romania, Kroasia, Inggris dan Ukraina. Februari 2006 pertama kalinya virus HPAI H5N1 dilaporkan mewabah di benua Afrika

Mekanisme Penyebaran Virus H5N1

The poultry transmission model Perdagangan ilegal burung domestik yang dilakukan oleh manusia adalah agen utama dalam penyebaran virus ke Afrika dan Eropa. The bird migration model Inang alami untuk patogen virus H5N1. Berdasarkan analisis filogenetik dari urutan genom virus bahwa burung liar terlibat dalam penyebaran virus HPAI H5N1 dari China selatan ke Afrika sejalan dengan jalur terbang migrasi.

Inter-host Transmission of HPAI H5N1

Penyebaran ke Manusia Penyebaran ke Babi Penyebaran ke Mamalia lain

Inter-Subtype Reassortment of HPAI H5N1

Reassortment adalah penyilangan materi genetik antara genom virus yang berbeda tipe dalam waktu yang bersamaan.

Metode Analisis Filogenetik Virus

1. 2. 3. 4. 5. 6. PhyML dan RaxML Proteotyping Multi Dimensional Scaling (MDS) Principal Co-Ordinate Analysis (PCOORD) FluGenome (GiRaf dan FluRaf) Algoritma genotip kuantitatif

1. PhyML dan RaxML

Metode ini digunakan untuk mempelajari evolusi dari virus influenza tipe A, tetapi masih sulit untuk menggunakan metode ini karena tidak bisa menganalisis genom genom virus dalam skala yang besar

2. Proteotyping
Metode tersebut telah diajukan untuk mempelajari evolusi dari virus influenza tipe A. Metode proteotyping mirip dengan metode genotyping di tingkat DNA yaitu dapat membaca variasi asam amino dari virus.

3. Multi Dimensional Scaling (MDS)

Sebuah pendekatan alternatif digunakan untuk analisis filogenetik virus yaitu menggunakan teknik reduksi dimensi yang disebut multidimensional scaling (MDS), yang dapat disesuaikan dengan jumlah sekuen yang sangat besar dalam waktu yang singkat.

4. Principal Co-Ordinate Analysis (PCOORD)

Metode yang setara dengan MDS. PCOORD telah digunakan untuk mempelajari keragaman filogenetik virus influenza A dan perangkat lunak yang mendukungnya telah digunakan untuk menganalisis variasi dari urutan sekuen HBV dan HCV.

5. FluGenome (GiRaf dan FluRaf)

Metode berdasarkan pohon filogenetik tetapi menggunakan metode yang berbeda untuk menentukan perbedaan topologi antara pohon-pohon yang dibangun menggunakan setiap segmen genomik.

6. Algoritma genotip kuantitatif

Algoritma genotip kuantitatif dikembangkan oleh Wan et al. (2007) tidak berbasis pada analisis filogenetik.

Kesimpulan
Dari semua metode -metode tersebut memiliki kekurangan masing masing. Sampai saat ini belum ditemukan metode efektif untuk menganilisis sekuensing virus H5N1 sehingga belum ditemukan cara efektif untuk mencegah penyebaran virus H5N1. Hubungan phylogenomic dan phylogeographic akan dikombinasikan dengan keberagaman vektor inang, perilaku dan ekologi virus H5NI yang menjadi alat yang lebih efektif dalam melacak asal-usul, transmisi, dan reassortment evolusi virus H5N1