INTRODUCTION

Segmen virus keempat encode hemagglutinin (HA), yang merupakan permukaan yang penting glikoprotein dan antigen utama virus. HA adalah bertanggung jawab untuk memasang virion ke asam inang sialic reseptor pada epitel pernapasan dan merupakan penentu yang penting patogenisitas. Nukleoprotein (NP), dikodekan oleh kelima segmen, mengikat dan encapsidates RNA virus di terinfeksi inti sel. Segmen keenam mengkodekan lain yang penting permukaan-terkena glikoprotein, neuraminidase (NA). itu peran utama dari protein ini adalah untuk rilis baru diproduksi virus partikel dengan membelah residu asam sialat pada sel inang memfasilitasi infeksi lebih lanjut. Mutasi di segmen NA (misalnya: H275Y) juga dikaitkan dengan penurunan antivirus kerentanan terhadap kelas obat inhibitor NA (oseltamivir, zanamivir). Segmen virus ketujuh mengkodekan dua yang berbeda protein M1 dan M2 dengan menggunakan frame bacaan alternatif dan adamantane kelas obat menargetkan saluran proton dalam permukaan virus. Segmen virus akhir mengkodekan dua nonstruktural protein NS1 dan NS2 karena alternatif splicing peristiwa Jika sebuah host terinfeksi oleh dua subtipe yang berbeda dari AI virus, adalah mungkin bahwa baru dirakit virus partikel akan dibuat dari segmen yang asal dicampur, beberapa

berasal dari satu subtipe dan beberapa datang dari yang lain. Ini reassortment genetik memainkan peran penting dalam asal-usul baru muncul patogen manusia dan hewan dibuktikan dengan munculnya baru-baru asal babiinfluenza A (H1N1) 2009 virus [6] Dengan kemajuan terbaru dalam teknologi sequencing dan penurunan terkait dalam biaya, virologists semakin banyak menggunakan sequencing untuk tujuan epidemiologis [10-12]. AI urutan sumber data, seperti Virus Influenza NCBI Sumber Daya (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/FLU/FLU. html) [13] dan Inisiatif Global Influenza Berbagi Semua Data (GISAID, http://platform.gisaid.org/) database [14], telah memberikan platform data untuk penyimpanan dan distribusi informasi genomik virus dalam ilmiah masyarakat [12]. Analisis filogenetik telah memainkan peran yang semakin penting dalam studi epidemiologi Virus AI. Analisis berdasarkan segmen genomik parsial, terutama didasarkan pada HA epitop utama dan NA, atau urutan seluruh genom telah memicu pengkajian kembali dari asal-usul, pola sirkulasi global, dan reassortment evolusi virus AI [7-9,15]. Hal ini telah menyebabkan mendalam wawasan pola global sirkulasi virus dan strategi meningkatkan kesehatan global yang didasarkan pada perlindungan gangguan transmisi [12]. Dalam tulisan ini, kita telah meninjau peran genom virus

urutan dalam mengungkap mekanisme yang luas dan sirkulasi virus H5N1 antara kehidupan liar populasi. Kami juga mengkaji transmisi antar-host dan antar-subtipe virus H5N1 reassortment. Akhirnya, kita telah menyoroti keterbatasan teknis dalam yang ada analitis metode yang menghambat urutan genom dari memainkan peran yang lebih besar dalam penelitian virologi dan kegunaan urutan genom dalam molekul epidemiologi analisis HPAI H5N1.

STUDI KASUS: VIRUS H5N1 HPAI DARI Danau Qinghai Dari wabah H5N1 pertama di antara unggas air populasi pada tahun 2005 di Danau Qinghai, empat isolat sequencing. Analisis filogenetik menunjukkan bahwa lima dari delapan segmen genomik (M, PA, PB1, PB2, dan NS) adalah terkait erat dengan Hong Kong mengisolasi (A / peregrine falcon/HK/D0028/04). Hal ini menunjukkan bahwa virus mungkin dibuat dari reassortants yang berasal dari burung musim dingin, tungau di Asia Tenggara [19]. Studi lain yang independen menunjukkan bahwa gen HA dan NA dari Qinghai isolat dan lainnya H5N1 virus dari unggas di Fujian, Guangdong, Hunan dan provinsi Yunnan dari tahun 2005 yang mirip dengan H5N1 virus A/Chicken/Shantou/4231/2003, sedangkan gen internal adalah terkait erat dengan virus H5N1 dari

unggas dijelaskan di Cina selatan selama tahun 2005 (misalnya A/Chicken/Shantou/810/2005). Hal ini mengindikasikan bahwa virus mungkin dikirimkan ke Danau Qinghai dari unggas di Cina selatan melalui pengenalan tunggal. Setelah tahun 2005 keluar istirahat, Kilpatrick et al. (2006) terintegrasi hubungan filogenetik virus yang diidentifikasi urutan, gerakan burung migran, perdagangan unggas dan burung liar untuk menentukan jalur pengantar peristiwa, dan menemukan bahwa faktor penting adalah sinergis penyebaran burung H5N1 oleh unggas dan liar [40]. berdasarkan ini, Kilpatrick et al. (2006) menyatakan bahwa yang paling efektif Strategi untuk mencegah H5N1 dari peredaran belahan lintas akan menjadi kontrol lebih ketat atau larangan langsung pada ilegal perdagangan burung unggas dan liar [40]. Pada tahun 2006, tiga virus (BHGs/QH/F/06; GBHGull / QH/3/06, Swan/QH/01/06) diisolasi dari tiga yang berbeda spesies burung liar (bar berkepala angsa, cokelat besar berkepala camar dan angsa whooper) masing-masing dari Danau Qinghai. Hasil dari kedua analisis filogenetik virus ini dan ekologi host 'menyarankan bahwa virus H5N1 mungkin diangkut melintasi spesies inang yang berbeda dan menyebar ke dalam atau keluar dari Danau Qinghai melalui migrasi mereka [41]. Mengapa virus H5N1 muncul kembali pada tahun 2006 di Qinghai? Yang ditularkan virus ini dari luar atau mereka muncul lagi dari ceruk lokal? Untuk menjawab pertanyaan ini, Wang et al. (2008) melakukan analisis filogenetik lebih lanjut dari H5N1 virus yang diisolasi dari daerah ini pada 2005 dan

2006. Hasilnya menunjukkan bahwa Qinghai virus AI dari tahun 2006 (QH06) kemungkinan besar berasal dari jalur terbang dari migrasi burung selain langsung dari kasus Qinghai dari tahun 2005 (QH05) [42]. Mereka berspekulasi bahwa AI QH05 regangan dapat melakukan perjalanan melintasi Flyways menyebar ke Rusia, dan kemudian transfer ke daerah Mediterania dan Eropa, kemudian kembali ke Qinghai Lake melalui migrasi burung liar. Pergeseran genetik selama tahun intervensi memunculkan QH06 reintroduksi pada tahun 2006. Yang penting, virus H5N1 juga terdeteksi dan genetis ditandai dari Provinsi Qinghai pada tahun 2007 dan menunjukkan bahwa dua urutan ditemukan lebih dekat terkait dengan virus H5N1 dari Mesir, Togo, Ghana, dan Nigeria pada tahun 2007. Oleh karena itu, burung migran menjabat sebagai vektor adalah penjelasan yang paling pelit untuk menyebarkan strain H5N1 melalui Flyways mereka tumpang tindih [39]. Tidak ada virus yang diisolasi pada tahun 2008 di Danau Qinghai, tetapi dalam kedua 2009 dan 2010, virus H5N1 yang lagi dijelaskan dalam Qinghai air wildfowl. Analisis filogenetik Urutan HA mengungkapkan bahwa mereka yang paling erat kaitannya dengan clade 2.3.2 virus dari burung liar di Hong Kong dan Jepang tahun 2007-2008 [43]. Hal ini menunjukkan bahwa 2009 dan 2.010 Qinghai strain berbeda dari virus QH05 dari clade 2.2 [43]. Mereka juga menemukan erat berhubungan dengan

diidentifikasi dari Mongolia dan Uvs Nuur Danau pada tahun 2009 [43 45]. Sekali lagi, hal ini menunjukkan bahwa virus yang paling dalam Qinghai Lake wilayah dapat ditularkan oleh unggas liar sepanjang jalur terbang migrasi [45]. The virus HPAI digambarkan selama tahun 2009 dan 2010 milik clade 2.3.2 dan pembelahan situs HA dalam virus itu PQRERRRKRG, namun dalam clade 2.2, sebuah penambahan residu lisin (dan akibat peningkatan dalam charge) digambarkan: PQRERRRKKRG [43,45]. The NA gen dari isolat 2009 dan 2010 memiliki penghapusan 20 asam amino pada residu 49-68 di wilayah tangkai. Tak satu pun dari substitusi asam amino dalam protein terdeteksi NA adalah sebelumnya diketahui terkait dengan pemberian menurun kerentanan terhadap adamantane atau kelas NAI anti-virals. Tidak seperti masa lalu strain Danau Qinghai dari clade 2.2, Qinghai Strain H5N1 dari 2009 tidak memiliki substitusi E627K dalam protein PB1 dan selanjutnya NS1 memiliki penghapusan 5 asam amino pada residu 80-84, yang umumnya diamati pada virus HPAI H5N1 yang beredar di Asia Tenggara [43]. Ini penelaahan terhadap virus H5N1 pada burung liar dijelaskan sampai saat ini di Danau Qinghai menunjukkan bahwa mereka kebanyakan diedarkan oleh burung liar melalui jalur terbang Asia Tengah, dan bahwa pathotype HPAI masih ada di danau dan masih mengalami evolusi

Virus patogenik avian influenza HPAI atau H5N1 pertama kali di isolasi di Guangdong, China pada tahun 1996. Dalam beberapa tahun terakhir virus HPAI telah merebak hampir di 63 negara meliputi benua Asia, Eropa dan Afrika. Burung burung liar merupakan inang alami bagi semua subtype dari virus avian influenza (AI) virus. Virus HPAI H5N1 ini diidentifikasi dari 120 spesies burung liar dari sekitar 30 negara. Virus ini telah menyebabkan 553 kasus manusia yang terinfeksi virus ini dan sekitar 323 orang meninggal akibat virus ini. Virus ini juga menyebabkan kematian pada hewan mamalia seperti babi, harimau, singa, kucing, anjing dan hewan lainnya. Virus ini menyebabkan kerugian dalam bidang peternakan, konservasi burung-burung liar dan kesehatan dunia. Genom dari virus H5N1 tersusun atas 8 fragmen RNA. Tiga fragmen RNA mengkode protein PB2, PB1 dan PA yang merupakan protein utama dari polimerase virus. Fragmen keempat mengkode hemaglutinin (HA) yang merupakan antigen utama virus H5N1. HA menempelkan virion ke inang yang akan diinfeksinya yaitu melalui reseptor yang terdapat pada sel sel epitel pernapasan. Fragmen kelima mengkode nucleoprotein (NP) yang akan menginfeksi inti sel dari sel inang. Fragmen keenam mengkode neuraminidase (NA). Protein ini akan membuat partikel virus yang lain jika menginfeksi inang. Fragmen ketujuh mengkode dua protein yaitu M1 dan M2. Fragmen kedelapan mengkode protein N1 dan N2. Jika inang terinfeksi oleh dua subtype virus yang berbeda dari virus A1, akan menciptakan partikel subtype virus yang baru karena kedua subtipe virus tersebut berasosiasi. Analisis filogenetik merupakan salah satu cara untuk mempelajari fragmen fragmen virus H5NI. Analisis filogenetik ini sangat penting untuk dipelajari terutama yang berhubungan dengan ilmu virologi dan epidemiologi karena untuk mengetahui bagaimana virus H5N1 berevolusi dan membentuk partikel partikel virus yang baru yang bisa menginfeksi inang lain seperti manusia dan hewan mamalia lainnya yang menimbulkan banyak kerugian dan menyebabkan menurunnya kesehatan global.