Retno Dwi Wulandari Genetika Medik UWKS

Struktur asam nukleat

Pada manusia dan organisme2 lain, asam nukleat merupakan pembawa informasi genetik 2 macam asam nukleat : DNA (deoxyribonucleic acid)

RNA (ribonucleic acid)

Keduanya tersusun atas : Adenin (A) Basa nitrogen : purin Guanin (G) Thymin (T) pyrimidin Cytosin (C) Uracil (U) Sugar Phosphat

DNA
Basa nitrogen : A, G, T, C Sugar : deoxyribose Phosphat Tiap unit basa dengan sugar dan phosphat disebut 1 nukleotida

DNA
Molekul DNA tdd 2 rantai nukleotida yg membentuk double helix, dg arah berlawanan Ke dua rantai berikatan dg ikatan hidrogen antara A-T (2 ) dan G-C (3) Bila satu pita 5-ATGC-3 , maka pasangan komplementernya adl. 5GCAT-3 dan bukan 5-TACG-3 Chargaffs rule : A:T = 1:1 G:C = 1:1

Sambungan............... Panjang DNA dinyatakan dalam bp (base pair = pasangan basa), dimana : 1 000 bp = 1 kb 1 000 000 bp = 1 Mb Total panjang (per haploid genom) kromosom manusia adl. 3 000 Mb = 3 x 109 bp, bila diregangkan = 1 meter Diperkirakan DNA mengandung 60 000 70 000 gen strukturil, dg tiap2 gen hanya ada 1 copy per haploid genom Single copy gen dg regulatory sequence 70% total DNA ( uk. 1 gen = 30 kb) 30% DNA : repetitive

Type DNA
Single copy Repetitive DNA : Tandem repeats Microsatellites Minisatellites Macrosatellites Interspersed repeats

%
70 30 (10)

(20)

Short interspersed repeat (SINES) Long interspersed repeats (LINES)

Microsatellites < 1 kb

Minisatellites : 1 30 kb

A, AC, AAAN, AAN dan Memiliki pola spesifik AG untuk tiap individu shg dapat digunakan untuk >> AC : 10 60 repeats identifikasi forensik 20-120 bp dan ditemukan tiap 30 kb

Macrosatellites : bbrp Mb Ditemukan pada ujung telomer pada lengan kromosom dan pada sentromer

Interspersed repeats : single copy

SINES : < 500 bp Alu repeat : 300 bp, tiap 510 kb : Cutting site restriksi Alu I utk enzim LINES : 1.5 5 kb
Kpn LINE family : 500 bp 10 kb : Cutting site utk enzim Kpn I Bbrp memiliki kemampuan utk bereplikasi dan menyisipkan copynya ke lokasi baru. Hal ini menyebabkan gangguan pada gen penyakit genetik (mis : hemophilia)

Spesific pada manusia Utk uji forensik

RNA
1. 2. 3. 4. 5. Single stranded Type : mRNA : nukleus dan sitoplasma tRNA : sitoplasma rRNA : ribosom dan nukleolus hnRNA : nukleus smRNA : nukleus

Fungsi asam nukleat

2 fungsi utama : sintesa protein transmisi informasi dari 1 generasi ke generasi lain Protein : terdiri dari asam-amino asam-amino contoh : enzim hormon reseptor

Sambungan............

Semua protein dikode di DNA dan unit DNA yg mengkode utk 1 protein adl : GEN GEN : Bervariasi ukurannya ; Small : globin (alpha globin : 850 bp) Medium : 15-45 kb Large : dystrophin (Jumlah asam amino dlm 1 protein : 3700 Uk. Gen 2 400 000 bp Juml. Coding region : 80)

Tiap 3 bp DNA (triplet) mengkode 1 asam amino, dengan tiap basa pada triplet adl 1 di antara 4 nukleotida : AGTC Kemungkinan terbt 43 = 64 kombinasi kodon. Convention : tiap kodon merupakan mRNA, shg kodon DNA adl komplementernya Contoh mRNA 5-AUG-3 DNA template 5-CAT-3 Semua aa, kec methionin dan tryptophan dikode o/ lebih dari 1 kodon degenerasi kodon Kodon terminasi : UAA UAG UGA Kodon pemula : AUG

TRANSKRIPSI
Fase I sintesa protein Di dalam nukleus 2 rantai DNA berpisah pada area gen yang akan ditranskripsi. 1 rantai merupakan template (cetakan) dan dibaca dari 5 3 DNA template : antisense strand Hasil transkripsi : mRNA dg sekuen yg komplementer dg DNA, di bawah pengaruh enzim RNA polimerase II Initial mRNA (heterogenous RNA = hn RNA) merupakan hasil transkripsi komplet gen (exon, intron, flanking sequence) 5 mRNA diberi cap (methyl guanilate) 5 untranslated region atau leader berawal dari cap sampai dengan awal protein-coding sequence 3 dari untranslated region (trailer) berawal dari protein translasi stop kodon s/d polyadenilic tail (poly A tail)

Sambungan................ Poly A tail tdd 100-200 A (adenin), tidak dikode oleh DNA, tetapi ditambahkan secara enzimatik untuk membantu di dalam transport menuju sitoplasma Sebelum masuk sitoplasma, IVS di remove melalui proses splicing Jadi, initial mRNA mungkin 2-3 kali panjang mRNA definitif (mature) Sekuen2 di sekitar intron/exon merupakan recoqnition site untuk enzim splicing. Intron dimulai pada GT (5) dan akhir pada AG (3). Mutasi pada basa yang berdekatan dengan batas exon/intron dapat menyebabkan kelainan genetik

Sambungan..........

Upstream dari gen : promoter, tempat melekat enzim RNA polimerase II yaitu pada TATA box (5-TATA-3) 80% gen hanya berekspresi pada waktu dan tempat tertentu, contoh : hormon insulin 20% : house keeping gene berekspresi di semua jaringan Housekeeping genes dan tissue-specific genes memiliki : CpG island pada ujung 5 dg panjang 1 kb, yg kaya akan pasangan dinukleotida 5-CG-3. Pada umunya CpG mengalami methylasi, kecuali pada CpG island ini

GEN

TRANSLASI
Di sitoplasma Tiap2 molekul mRNA melekat pada 1 atau lebih ribosom. Ribosom bergerak sepanjang mRNA dari 5 3. Tiap2 kodon dikenali oleh tRNA yg komplementer thd mRNA. tRNA yg membawa asam amino menambahkan asam amino2 tsb ke protein yg sedang terbentuk (growing protein) sampai menemui stop kodon (UAA, UAG, UGA) Rata2 protein tdd 300 aa yg dikode oleh 900 bp DNA. Gen manusia lebih besar (d/p 900 bp) ok ada ivs (intervening sequence) serta adanya modifikasi post-translasi pada produk awal protein Ivs/intron = 50 bp s/d >10 000 bp dan fungsinya blm diketahui

10

REPLIKASI

REPLIKASI DNA
Replikasi DNA harus terjadi/berlangsung secara akurat. 2 untai DNA berpisah pada sejumlah titik (s/d 100 per kromosom) dan tiap2 untai bertindak sebagai cetakan dan untai baru terbentuk dari nukleotida2 bebas. Nukleotida2 ini saling berikatan dg bantuan enzim DNA polimerase III dan melekat pada ke untai cetakan melalui ikatan hidrogen Replikasi berlangsung pada ke dua arah dari masing2 titik awal sampai 2 untai DNA yg baru terbentuk. Replikasi spt ini disebut semi conservative

11

REPLIKASI

Gbr. Replikasi semiconservative dan conservative

12

MUTASI
Secara luas, mutasi DNA dibagi 2 :

1.

Length mutation : mutasi panjang ada tambahan/kehilangan materi genetik Point mutation : mutasi titik ada perubahan pada kode genetik tidak ada tambahan/kehilangan materi genetik

2.

Essential Medical genetics-Connor

Length mutation Delesi :

1 nukleotida s/d bbrp Mb (delesi kromosom) Delesi yg luas disebabkan oleh : chromosomal breakage unequal crossing over Dapat menyebabkan hilangnya banyak gen2 yg berdekatan (contiguous gene disorder) hilangnya seluruh bagian gen tidak terjadi transkripsi Small deletion : 1-5 nukleotida Delesi >3 atau <3 bp mengakibatkan frameshift mutation

13

Frameshift mutation

Duplikasi dan Insersi

Dapat menyebabkan gangguan pada reading frame Pada beberapa px dengan single gene disorder insersi repeat elemen dari tempat lain (jauh) atau insersi nukleotida (pada umumnya 1) dapat mengganggu gen

14

Gbr. Delesi dan insersi

Trinucleotide repeat amplification

Trinucleotide repeat terletak di dalam atau di antara gen-gen stabil Trinucleotide repeat ini merupakan tandem repeat Bila jumlah repeat >> dan ada pada 1 gen kelainan gen tunggal (single gen disorder) Repeat yang >> tidak stabil arti :............... Contoh : myotonic dystrophy : juml repeat 50- > 1000 x (normal : 5 35 x) fragile X syndrome

15

Point mutation
1 basa nukleotida digantikan 1 basa nukleotida yang berbeda Ada 2 macam : Transisi : purin <--> purin (A <-> G) pyrimidin <-> pyrimidin (T <-> C) Tranversi : purin <-> pyrimidin (A <-> T) (G <-> C) 25% tidak mengakibatkan perubahan pada asam amino Silent mutation 70% menyebabkan perubahan pada asam amino Missense mutation 5% menyebabkan perubahan menjadi stop kodon Nonsense mutation

Sambungan............... Pada umumnya mutasi terjadi secara spontan, dg tingkat mutasi sebesar 1 basa per 109 1010 Frekuensi mutasi menunjukkan : 1. Ketepatan replikasi DNA 2. Mekanisme koreksi the error yg terjadi selama replikasi Tingkat mutasi meningkat seiring dg : exposure thd bahan kimia mutagen, yg tergantung konsentrasi dan durasinya Contoh : sickle cell anemia point mutation dimana asam amino ke 6 pada beta globin berubah : glutamic acid valin

16

Missense mutation

Nonsense mutation

17

MUTASI
Adalah : perubahan dalam sekuen nukleotida atau susunan DNA Dapat diklasifikasikan menjadi 3 kategori : 1. Mutasi genom 2. Mutasi kromosom 3. Mutasi gen

Mutasi genom
Adalah mutasi yg mempengaruhi jumlah kromosom dlm sel Penyebab : non disjunction Contoh : aneuploidykesalahan pemisahan kromosom selama mitosis atau meiosis Menyebabkan perubahan pada dosis gen sehingga juga merubah tingkat ekspresi ratusan gen Kecepatan : 1 per 25-50 pembelahan sel (meiosis). Jumlah ini termasuk rendah ok efeknya parah, sehingga terjadi abortus spontan setelah konsepsi dan tidak terdeteksi Juga umum ditemukan pada sel-sel kanker

18

Mutasi kromosom
Adalah mutasi yg merubah struktur kromosom, spt delesi, duplikasi, inversi dan translokasi yg terjadi secara spontan Kecepatan : 1 per 1700 pembelahan sel Mutasi ini tidak compatible with survival atau reproduksi normal Juga ditemukan pada sel-sel kanker Mutasi pada kromosom mungkin tidak mempengaruhi bagian yg penting pada genom dan tidak mempengaruhi fenotip

Mutasi gen
Adalah mutasi yang menyebabkan perubahan pada sekuen DNA yg bervariasi dari 1 nukleotida tunggal s/d beberapa ribu bp, tetapi bahkan tidak terlihat melalui analisa sitogenik Termasuk di dalamnya : substitusi pasangan basa insersi delesi Penyebab : Kesalahan pada proses normal replikasi DNA Kegagalan dalam perbaikan kerusakan DNA Yg terjadi secara spontan atau diinduksi oleh bahan kimia atau fisika yg disebut mutagen (ok meningkatkan frekuensi terjadinya mutasi) Mutasi pada gen dapat menyebabkan pengaruh yg besar tergantung : 1. Gen yang berubah 2. Pengaruh perubahan gen terhadap ekspresi gen

19

Sambungan............... Perubahan 1 nukleotida pada coding sequence pada gen mengakibatkan : Hilangnya seluruh ekspresi gen Terbentuknya protein varian dengan sifat berbeda Mutasi gen mungkin tidak menimbulkan efek oleh karena : Mutasi tidak merubah urutan asam amino dari protein Perubahan pada urutan asam amino tidak merubah sifat2 fungsional polipeptida Jadi : tidak semua mutasi memiliki konsekuensi klinis

Sambungan................ Ke tiga macam mutasi (mutasi genom, mutasi kromosom dan mutasi gen) terjadi pada frekuensi yg cukup besar pada sel2 berbeda Bila mutasi terjadi pada sel-sel germline diwariskan ke generasi selanjutnya Bila mutasi terjadi pada sel-sel somatis, menyebabkan mosaisime sel-sel somatis (contoh : beberapa kanker) tidak diwariskan

20

Kesalahan pada replikasi DNA

Bila terjadi kesalahan, dikoreksi oleh enzim yg mula2 mengenali pita mana (dari hasil replikasi) yg mengandung basa yg salah kemudian digantikan oleh basa komplementer yg benar proofreading Replikasi DNA harus akurat, meskipun mutasi terjadi per jutaan bp, bila >> intolerable punah

Sambungan....................

Melalui aturan2 ketat pada pasangan basa (A-T ; G-C) Mekanisme proofreading Enzim DNA polimerase men-duplikasi double helix, dapat melakukan kesalahan pada 1 nukleotida per 10 juta bp (pd kecepatan replikasi 20 bp/dtk) Checking tambahan mengkoreksi s/d 99,9% thd kesalahan replikasi dapat

21

Mutasi karena kerusakan DNA

Selain mutasi yg disebabkan karena kesalahan replikasi, dapat juga ok proses kimia yg terjadi secara spontan, seperti : Depurinasi Demethylasi Deaminasi melalui reaksi dengan mutagen kimiawi di lingkungan atau terpapar sinar u.v atau radiasi ion Mutasi oleh karena kerusakan DNA permanen

deamination

22

Tipe-tipe mutasi dan perkiraaan frekuensinya

Jenis mutasi
Mutasi genom

mekanisme
Missegregrasi chromosomes

Frek.
10-2/cell div

Exmp.
Aneuploidy

Mut. kromosom Chr.rearragement 6x10-4/cell div

Translokasi

Mutasi gen

Mutasi base pair

Point 10-10/bp/cell div -5 -6 10 10 /locus/generation mutation

Tipe-2 mutasi pada penyakit genetik manusia

Substitusi nukleotida (mutasi titik)
- Mutasi2 missense (substitusi asam amino) - Mutasi2 nonsense (premature stop codon) - Mutasi2 pada proses RNA (merusak konsensus splice site, dll) - Mutasi2 regulator yg mempengaruhi aspek2 pd ekspresi gen

Delesi dan insersi

- Insersi atau delesi sejumlah kecil basa
Bila bukan kelipatan 3 frameshift Bila kelipatan 3 loss or gain codon, asam amino pada produk translasi

- Delesi gen yg lbh besar, inversi, fusion, duplikasi - Insersi L1 atau Alu elemen mengganggu transkripsi atau mengganggu coding sequence - Expansion trinucleotide repeat sequences

23

Substitusi nukleotida (mutasi titik)

Substitusi 1 nukleotida pada sekuen DNA merubah kode pada triplet perubahan pada asam amino : missense mutation Contoh : hemoglobinopathy Missense mutation + 50% dari mutasi2 penyebab penyakit genetik pada manusia Substitusi basa, terjadi pada : Dalam coding sequence Di luar coding sequence Efek : Produk gen Mengganggu proses transkripsi

Mutasi terminasi rantai (nonsense mutation)

Mutasi yg menghasilkan kodon terminasi translasi berhenti secara dini Mutasi yg merusak kodon terminasi translasi berlanjut + 12% dari mutasi yang menyebabkan penyakit genetik pada manusia Pada umumnya nonsense mutation tidak memilik efek pada transkripsi, tetapi mRNA yg membawa mutasi ini tidak stabil protein hasil translasi dengan segera didegradasi dalam sel

24

Mutasi splicing RNA

Mekanisme normal dimana intron dipotong dari mRNA initial dan exon di splice untuk membentuk mRNA mature, tergantung dari sekuen nukleotida yang berlokasi di dekat atau di batas intron/exon (acceptor site) dan exon/intron (donor site) Ada 2 macam mutasi splicing : 1. Mutasi yg mempengaruhi basa2 pada donor site atau acceptor site yang mengganggu (bahkan splicing normal mRNA) 2. Substitusi basa pada intron, tidak mempengaruhi sekuen2 pada donor/acceptor site itu sendiri tetapi menyebabkan munculnya donor/acceptor site alternatif yang bersaing dengan normal site selama proses RNA

Mutasi hotspots
Perubahan nukleotida : Transisi Transversi Dimana secara random, transversi 2x lebih sering daripada transisi, tetapi transisi lebih banyak menjadi penyebab penyakit genetik Modifikasi DNA pada genom manusia methylasi pada cytosin terutama bila lokasinya 5 dari guanin (5-CG-3) Deaminasi spontan pada CG menyebabkan perubahan CT atau GA (transisi) Lebih dari 30% substitusi nukleotida disebabkan oleh proses ini, dg kecepatan 25x lebih besar d/p mutasi titik yg lain Jadi, CG doublet merupakan hotspot untuk mutasi pada genom manusia

25

kepustakaan

26