Patofisiologi Tetralogi fallot adalah kelainan daerah konotrunkal yang paling sering dijumpai.

Cacatnya disebabkan oleh pemisahan konus yang tidak merata, karena pergeseran letak sekat trunkus dan konus ke depan. Sehingga pergeseran itu menimbulkan empat perubahan kardiovaskuler, yaitu :

stenosis infundibularis pulmonalis. cacat yang besar pada septum interventrikularis. overriding aorta ( aorta yang keluar langsung di atas sekat yang cacat). hipertrofi dinding ventrikel karena tekanan sisi kanan yang lebih tinggi. Karena adanya VSD yang besar dan stenosis pulmonal maka akan terjadi

perubahan hemodinamik. Stenosis pulmonal yang terjadi itu menyebabkan darah yang berasal dari vena cava superior dan inferior seluruhnya akan tertampung dalam ventrikel kanan. Kemudian masuk ke aorta tanpa membebani ventrikel kiri, sehingga timbul hipertrofi ventrikel kanan sedangkan ventrikel kiri relatif kecil. VSD tersebut menyebabkan terjadinya shunt kanan ke kiri sehingga timbul sianosis. Stenosis pulmonal menyebabkan aliran darah ke pulmo jadi menurun sehingga terjadi hipoksemia yang dikompensasi dengan polisitemia yang ditandai dengan peningkatan hemoglobin dan hematrokit. Hematrokit yang meningkat menyebabkan peningkatan viskositas darah sehingga meningkatkan resiko terjadinya tromobosis, terutama trombosis otak. Pasien sianosis dengan kadar hemoglobin yang tidak meningkat menunjukkan adanya anemia relatif. Hal ini dapat diakibatkan karena defisiensi Fe. Anemia relatif pada pasien dapat memicu terjadinya serangan sianosis (kulit menjadi berwaran biru keungu-unguan) dan sesak.