Kendala yang dihadapi dalam pengobatan malaria adalah kesulitan mendapatkan diagnosis dini, keterlambatan dalam mendapatkan pengobatan,

tidak tepatnya regimen dan dosis, dan resistensi terhadap obat antimalaria. Selain itu, keterlambatan diagnosis juga dsebabkan karena manifestasi klinis malaria terkadang tidak khas dan menyerupai penyakit infeksi lain sehingga diagnosis tidak terpikirkan atau terlambat diagnosis.

Pencegahan malaria juga dihambat oleh keterlambatan diagnosa oleh para dokter yang sudah tidak familiar lagi dengan malaria, berkembangnya nyamuk Anopheles yang menjadi resisten dan strain Plasmodia yang resisten.

Pengobatan yang tepat juga dapat memperlambat perkembangan resistensi obat, dan di bidang transmisi rendah dapat mengganggu transmisi malaria dengan mengurangi jumlah gametosit yang dapat ditularkan ke host nyamuk. http://translate.google.co.id/translate?hl=id&langpair=en|id&u=http://malaria.wellcome.ac.uk/doc _WTD023887.html&ei=WeuoUIWCDMPTrQff9YGoDw