Landasan Teori DNA DNA (deoxyribonucleic acid) atau asam deoksiribosa nukleat (ADN) merupakan tempat penyimpanan informasi

genetik. Informasi genetik tersebut disusun dalam bentuk kodon yang berupa tiga pasang basa nukleotida dan menentukan bentuk, struktur, maupun fisiologi suatu jasad. DNA memiliki dua fungsi yang sangat penting, yaitu sebagai autokatalis dan heterokatalis. DNA berfungsi sebagai autokatalis karena DNA mampu mensintesis dirinya sendiri edangkan sebagai heterokatalis karena DNA mampu mensintesis molekul kimia!i lainnya seperti "NA, protein dan lain#lain.

Struktur DNA $ada tahun %&'(, )rances *rick dan +ames ,atson menemukan model molekul DNA sebagai suatu struktur heliks beruntai ganda, atau yang lebih dikenal dengan heliks ganda ,atson#*rick. -erdasarkan atas foto difraksi sinar . yang dibuat oleh "osalind )ranklin dan /aurice ,ilkins. -erdasarkan atas data yang diperoleh ,atson dan *rick membuat struktrur DNA yang disebut untai ganda ( double helix). 0ntai ganda DNA tersusun oleh dua rantai polinukleotida yang terpilin. 1edua rantai tersebut mempunyai orientasi yang berla!anan, yaitu rantai yang satu mempunyai orientasi '2 ke (2 sedangkan

yang lainnya dari (2 ke '2. 1edua rantai tersebut berikatan dengan adanya ikatan hidrogen antara basa adenin dengan timin sebanyak dua ikatan dan antara guanin dan sitosin sebanyak tiga ikatan. pesifisitas pasangan basa tersebut disebut sebagai komplementaritas. piral tersebut mempunyai diameter -erdasarkan penemuan ,atson dan *rick, diambil suatu kesimpulan, yaitu deretan polinukleotida DNA mempunyai bentuk spiral teratur. kira#kira 34 5, dan lebar yang tetap. piral tersebut juga membuat satu putaran lengkap setiap (6 5 dan tiap putaran lengkapnya terdiri dari %4 nukleotida. piral tersebut berbentuk duplex dan mengandung dua deret polinukleotida. truktur DNA yang dikemukan ,atson dan *rick adalah struktur DNA yang paling umum ada di alam dan dapat dikelompokkan pada tipe -. /olekul DNA tipe - mempunyai lekukan besar dan lekukan kecil. Dibandingkan dengan tipe A, lekukan besar pada tipe lebih mudah mengikat protein tertentu karena lekukan besar pada tipe A lebih dalam. -entuk 7ipe A lebih menyerupai konformasi bagian untai ganda molekul "NA. elain tipe A dan -, DNA juga memiliki tipe lain, yaitu tipe 8. 7ipe tersebut tidak la9im pada untai ganda, karena arah rotasinya ke kiri DNA merupakan makromolekul polinukleotida yang tersusun atas polimer nukleotida yang berulang#ulang, tersusun rangkap, membentuk DNA haliks ganda dan berpilin ke kanan. etiap nukleotida terdiri dari tiga gugus molekul, yaitu : # ;ula ' karbon (3# deoksiribosa) # basa nitrogen yang terdiri golongan purin yaitu adenin (Adenin < A) dan guanin (guanini < ;), serta golongan pirimidin, yaitu sitosin (cytosine < *) dan timin (thymine < 7) # gugus fosfat -erikut susunan struktur kimia komponen penyusun DNA : -aik purin ataupun pirimidin yang berkaitan dengan deoksiribosa membentuk suatu molekul yang dinamakan nukleosida atau deoksiribonukleosida yang merupakan prekursor elementer untuk sintesis DNA. $rekursor merupakan suatu unsur a!al pembentukan senya!a deoksiribonukleosida yang berkaitan dengan gugus fosfat.DNA tersusun dari empat jenis monomer nukleotida. 1eempat basa nitrogen nukleotida di dalam DNA tidak berjumlah sama rata.Akan tetapi, pada setiap molekul DNA, jumlah adenin (A) selalu sama dengan jumlah timin (7).Demikian pula jumlah guanin (;) dengan sitisin(*) selalu sama.)enomena ini dinamakan ketentuan *hargaff.Adenin (A) selalu berpasangan dengan timin (7) dan membentuk dua ikatan hidrogen (A<7), sedagkan sitosin (*) selalu berpasangan dengan guanin (;) dan membentuk ( ikatan hirogen (* < ;).

tabilitas DNA heliks ganda ditentukan oleh susunan basa dan ikatan hidrogen yang terbentuk sepanjang rantai tersebut.karean perubahan jumlah hidrogen ini, tidak mengehrankan bah!a ikatan *<; memerlukan tenaga yang lebih besar untuk memisahkannya. DNA merupakan makromolekul yang struktur primernya adalah polinukleotida rantai rangkap berpilin. turktur ini diibaratkan sebagai sebuah tangga.Anak tangganya adalah susunan basa nitrogen, dengan ikatan A#7 dan ;#*.1edua =tulang punggung tangganya adalah gula ribosa.Antara mononukleotida satu dengan yang lainnya berhubungan secara kimia melalui ikatan fosfodiester. DNA heliks ganda yang panjangnya juga memiliki suatu polaritas. $olaritas heliks ganda berla!anan orientasi satu sama lain.1edua rantai polinukleotida DNA yang membentuk heliks ganda berjajar secara antipararel. ;enom adalah komplemen lengkap gen#gen atau materi genetik suatu organisme dan terorganisasi menjadi kromosom. DNA genom adalah semua gen#gen dan semua sekuens DNA (urutan polinukleotida) yang fungsional maupun non#fungsional dalam inti suatu organisme. DNA genom meliputi gen dan intergen. DNA terdapat dalam sel prokariot maupun eukariot. >okasi yang paling banyak mengandung DNA terdapat pada bagian aktifitas genetik utama sel. el prokariot, aktifitas genetiknya terjadi di seluruh sel sehingga DNA tidak mempunyai tempat yang spesifik dalam sel. ebaliknya, karena aktifitas pada sel eukariot terjadi di dalam inti, maka sebagian besar DNA terdapat dalam inti sel. DNA pada sel prokariot berbentuk lingkaran dan hanya ada satu unit. ?leh karena itu, prokariot bersifat monoploid karena hanya ada satu bahan genetik utama. DNA pada sel prokariot juga tidak dikemas dalam struktur yang jelas karena sel prokariot tidak memiliki inti sel. DNA pada sel eukariot berbentuk linear dan memiliki protein histon. 0kuran DNA eukariot juga lebih besar dibandingkan DNA prokariot dan DNA eukariot lebih ber@ariasi. el prokariot memiliki pula bahan genetik tambahan yang disebut DNA plasmid. Dalam keadaan normal, kehadiran plasmid pada umumnya tidak diperlukan oleh sel. +ika sel prokariot memba!a plasmid, maka genom sel tersebut meliputi satu kesatuan gen yang ada pada bahan genetik utamanya dan gen yang ada pada plasmid tersebut. el eukariot memiliki DNA di dalam kromosom, yaitu di inti sel dan ada -eberapa sel eukariot memiliki DNA di luar kromosom, yaitu DNA pada mitokondria dan kloroplas. DNA nukleus berbentuk linear dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular, replikasinya berlangsung secara independen dan tidak bergantung pada replikasi kromosom, serta tidak

berasosiasi dengan protein histon. ?rganisasi gen mitokondria lebih mirip organisasi gen pada bakteri. elain itu, DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya me!ariskan sifat#sifat yang berasal dari garis ibu. Aal ini sangat berbeda dengan DNA nukleus yang memiliki pola pe!arisan sifat dari kedua orangtua. Replikasi DNA "eplikasi adalah peristi!a sintesis DNA. aat suatu sel membelah secara mitosis, tiap# tiap sel hasila pembelahan mengandung DNA penuh dan identik seperti induknya.Dengan demikian, DNA harus secara tepat direplikasi sebelum pembelahan dimulai."eplikasi DNA dapat terjadi dengan adanya sintesis rantai nukleotida baru dari rantai nukleotida lama.$roses komplementasi pasangan basa menghasilkan suatu molekul DNA baru yang sama dengan molekul DNA lama sebagai cetakan.1emungkinan terjadinya replikasi dapat melalui tiga model. /odel pertama adalah model konser@atif, yaitu dua rantai DNA lama tetap tidak berubah, berfungsi sebagai cetakan untuk dua dua rantai DNA baru. /odel kedua disebut model semikonser@atif, yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai baru disintesis dengan prinsip komplementasi pada masing#masing rantai DNA lama tersebut./odel ketiga adalah model dispersif, yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama digunakan sebgai cetakan untuk sintesis rantai DNA baru. -erikut adalah gambaran replikasi yang terjadi terhadap DNA : Dari ketiga model replikasi tersebut, model semikonser@atif merupakan model yang tepat untuk proses replikasi DNA."eplikasi DNA semikonser@atif ini berlaku bagi organisme prokariot maupun eukariot.$erbedaan replikasi antara organisme prokariot dengan eukariot adalah dalam hal jenis dan jumlah en9im yang terlibat, serta kecepatan dan kompleksitas replkasi DNA.$ada organisme eukariot, peristi!a replikasi terjadi sebelum pembelahan mitosis, tepatnya pada fase sintsis dalam siklus pembelahan sel. Isolasi DNA DNA terdapat pada seluruh jaringan dan cairan tubuh. ?leh karena itu DNA genom dapat diisolasi dari semua bahan biologis yang mengandung sel berinti, seperti darah, semen, rambut, tulang, liur dan lain#lain. -ahan yang paling sering digunakan untuk tujuan isolasi DNA adalah darah dan rambut beserta akarnya, karena kedua bahan tersebut relatif mudah diperoleh. DNA dari sel prokariot maupun eukariot dapat diperoleh dengan cara mengisolasi DNA yang terdapat di dalam sel. Isolasi DNA adalah teknik yang dilakukan untuk

memisahkan DNA dari 9at yang lain di dalam sel. )ungsi dari pengisolasian DNA adalah mendapatkan DNA murni dari dalam sel yang akan digunakan untuk penganalisisan genotip suatu organisme. DNA yang diisolasi dari sel manusia disebut DNA genom manusia. DNA manusia dapat diisolasi melalui darah. Darah adalah modifikasi jaringan dengan matriks cair yang disebut plasma. Darah manusia terdiri atas plasma darah, globulus lemak, substansi kimia (karbohidrat, protein dan hormon), dan gas (oksigen, nitrogen dan karbon dioksida). $lasma darah terdiri atas eritrosit (sel darah merah), leukosit (sel darah putih) dan trombosit (platelet). $lasma darah mengisi lebih dari setengah @olume darah yang terdiri atas &4 B air dan %4 B garam#garaman, protein, dan substansi C substansi lain yang terangkut darah. 1omponen darah yang diisolasi yaitu sel darah putih. 0ntuk mengisolasi DNA dari darah dan sumsum tulang, sel darah merah yang tidak mengandung DNA genom harus dilisiskan dahulu agar dapat dipisahkan dari sel darah putih. el#sel darah putih yang sudah dipisahkan kemudian dilisiskan dengan bantuan bahan penga!et DNA yaitu, deterjen anionik yang dapat melarutkan komponen seluler. -ahan penga!et DNA juga dapat mengurangi akti@itas Dnase yang terdapat di dalam sel. -ila perlu dapat ditambahkan "nase untuk menyingkirkan kontaminasi "NA. elanjutnya dengan presiitasi garam, DNA genom dipisahkan dari protein plasma dan inti. Akhirnya DNA genom diisolasi dengan presipitasi dengan alkohol dan pelarutan kembali endapan yang terbentuk dari larutan dapar yang mengandung suatu bahan penga!et DNA. Aasil isolasi DNA dikatakan baikapabila didapatkan DNA yang murni dan utuh. DNA juga dapat diisolasi dari tumbuhan dan khamir, pada tumbuhan misalnya ba!ang merah (Allium cepa) dan pada pisang (Musa sp.) sedangkan pada khamir misalnya Candida parapsilosis DNA genom yang diisolasi dapat digunakan untuk identifikasi DNA suatu organisme, baik dengan metode $*" (polymerase chain reaction) atau menggunakan en9im endonuklease restriksi (DDNA fingerprintingD). Aasil pemeriksaan dari kedua teknik tersebut kemudian dapat digunakan untuk diagnosis penyakit infeksi yang disebabkan oleh @irus atau bakteri, mendeteksi adanya mutasi gen yang menimbulkan penyakit keganasan, penyakit herediter, menentukan jenis kelamin prenatal serta sebagai alat bantu forensik dalam bidang kedokteran. >angkah#langkah yang harus diikuti dengan jaringan apapun adalah: %. $engumpulanEpanen sel#sel (cell harvest) 3. $emecahan sel#sel (cell lysis) (. $encernaan protein agar asam nucleat dilepaskan (protein digestion)

6. $engendapanan DNA (DNA precipation) Elektroforesis Flektroforesis adalah teknik yang digunakan untuk memisahkan dan memurnikan suatu makromolekul khususnya protein dan asam nukleat berdasarkan perbedaan ukuran. Flektroforesis merupakan metode yang paling banyak dipakai saat ini dalam percobaan biokimia dan biologi molekuler. Flektroforesis gel agarosa adalah teknik paling baik yang pernah dibuat dan secara rutin digunakan di laboratorium klinis untuk analisis protein dan DNA pada berbagai cairan biologis (serum, urin, * )). 7eknik ini merupakan teknik yang menggunakan prinsip elektroforesis 9ona. eperti yang diketahui, molekul protein bermigrasi pada medium padatEgel yang direndam dengan suatu larutan penyangga di ba!ah pengaruh medan listrik. /igrasi ini tergantung pada muatan listrik, titik isoelektrik bersih dan massa molekul protein. $rinsip kerja elektroforesis gel dimulai saat makromolekul yang bermuatan listrik ditempatkan pada medium berisi tenaga listrik. /olekul#molekul tersebut akan bermigrasi menuju kutub positif atau kutub negatif berdasarkan muatan yang terkandung di dalamnya (/agdeldin, 34%3). /olekul#molekul yang bermuatan negatif (anion) akan bergerak menuju kutub positif (anoda), sedangkan molekul#molekul yang bermuatan positif (kation) akan bergerak menuju kutub negatif (katoda). Flektroforesis digunakan untuk menyediakan informasi mengenai ukuran, konfirmasi dan muatan dari protein dan asam nukleat. Flektroforesis dalam skala besar memungkinkan untuk digunakan sebagai metode pemisahan yang dapat digunakan untuk menentukan komponen dari protein atau asam nukleat setiap indi@idu. Flektroforesis gel memisahkan makromolekul berdasaran laju perpindahannya mele!ati suatu gel di ba!ah pengaruh medan listrik. Flektroforesis gel memisahkan suatu campuran molekul DNA menjadi pita#pita yang masing#masing terdiri atas molekul DNA dengan panjang yang sama.

Ada tiga jenis gel yang dapat digunakan dalam elektroforesis DNA, yaitu: %. ;el poliakrilamida denaturasi, berfungsi untuk memurnikan penanda oligonukleotida dan menganalisis hasil ekstensi primer. 3. ;el alkalin agarosa, berfungsi untuk memisahkan rantai DNA yang berukuran besar. (. ;el agarose formaldehid denaturasi, berfungsi untuk menyediakan sistem elektroforesis yang digunakan untuk fraksi "NA pada ukuran standar. -iasanya, gel agarosa digunakan untuk memisahkan fragmen DNA yang lebih besar (lebih dari 344 bp) dan gel poliakrilamida digunakan untuk fragmen kecil (kurang dari 344 bp). +arak antara dua fragmen DNA yang berbeda ukuran dapat ditentukan berdasarkan konsentrasi matriks agarose. /obilitasEpergerakan DNA relatif tergantung pada faktor#faktor tertentu, terutama pada konsentrasi agarosa dalam gel, kekuatan arus yang digunakan, kekuatan ionik dari larutan buffer, dan konformasi fragmen DNA itu sendiri. /olekul DNA bermigrasi melalui pori#pori kecil yang terbentuk dalam padatan gel agarosa. ecara umum, molekul yang lebih kecil bergerak lebih cepat dan bermigrasi lebih jauh dari molekul kecil karena memiliki gesekan yang lebih rendah saat bergerak menuju elektroda positif. 1onsentrasi yang rendah pada gel agarosa memberikan resolusi yang lebih baik untuk fragmen besar, dengan memberikan pemisahan yang lebih besar antara band yang secara ukuran tidak terlalu jauh berbeda. 1onsentrasi gel yang lebih tinggi, di sisi lain, dapat mengurangi kecepatan migrasi fragmen panjang yang sementara itu dapat memfasilitasi pemisahan yang lebih baik pada fragmen DNA kecil. Namun, fragmen yang lebih besar dapat bermigrasi secara lebih cepat daripada fragmen yang lebih kecil, karena tegangan pada gel yang ditingkatkan. elain itu, DNA memiliki muatan yang konsisten untuk rasio massa, sehingga ukuran molekul DNA merupakan faktor utama yang mempengaruhi migrasi melalui matriks gel. 7erlepas dari kenyataan bah!a penerapan tegangan tinggi dapat meningkatkan kecepatan migrasi fragmen DNA, tetapi juga dapat menurunkan resolusi pemisahan (di atas sekitar ' sampai G HEcm). 0ntuk alasan itu, resolusi terbaik dari fragmen yang lebih besar dari 3 kb dicapai dengan menerapkan tidak lebih dari ' HEcm pada gel. Flektroforesis gel memiliki beberapa komponen yang terdiri dari: %. *omb: digunakan untuk membentuk !ell pada gel agarose.

3. 7ray: digunakan untuk sebagai cetakan gel agarose. (. *hamber: digunakan sebagai !adah gel agarose. 6. umber listrik: digunakan untuk memberi arus saat proses elektroforesis

Dalam elektroforesis juga digunakan bahan#bahan sepert Ftidium -romida yang bersifat karsinogenik dan -rom )enol -lue. Aal tersebut karena Ftidium -romida dapat meningkatkan daya fluoresensi dari DNA sehingga dapat terlihat jelas, sedangkan -rom )enol -lue berfungsi sebagai pe!arna untuk memantau kecepatan molekul DNA pada gel. /anfaat elektroforesis gel antara lain untuk mengetahui ukuran fragmen DNA dari produk $*", memisahkan produk DNA dari hasil digesti yang berbeda ukuran, lalu dapat diseIuencing, dan juga untuk pemurnian atau purifikasi DNA. Flektroforesis dapat diaplikasikan untuk berbagai macam kegiatan, antara lain membandingkan gen homolog dari spesies yang berbeda, mengetahui susunan sekuens berbagai genom, DNA finger printing, mengetahui ada atau tidaknya gen#gen penyebab kelainan genetik atau penyakit tertentu, mendeteksi lokasi dan jumlah m"NA dalam sel atau jaringan tertentu, mengetahui akti@itas gen selama perkembangan berbagai tipe sel organisme atau akti@itas gen sebelum dan sesudah diberi perlakuan tertentu, mempelajari e@olusi di tingkat molekular, mengetahui @ariasi genetik dalam populasi natural di alam, menentukan atau mengidentifikasi berat molekul fragmen DNA, "NA, protein dan akti@itas en9imatik, menganalisa fragmen DNA yang diamplifikasi melalui $*", mengidentifikasi persamaan dan perbedaan genetik antar indi@idu, dan menentukan jumlah fragmen DNA yang diklon dalam rekombinan plasmid DNA. Namun disamping itu, elektroforesis gel juga memiliki kekurangan yaitu pada deteksi atau identifikasi amplikon. $enggunaan elektroforesis gel ini dirasakan kurang efisien karena lama pengerjaannya dan terbatasnya jumlah sampel yang dapat diperiksa. Disamping itu, kadang kadang hasil $*" dalam gel muncul pita yang tidak berbentuk (ghost atau smeary bands) atau pita yang terlampau banyak sehingga hasilnya sulit diinterpretasikan. Polymerase Chain Reaction (PCR

"eaksi berantai polimerase atau lebih umum dikenal sebagai $*" ($olymerase *hain "eaction) merupakan suatu teknik atau metode perbanyakan (replikasi) DNA secara en9imatik tanpa menggunakan organisme. Dengan teknik ini, DNA dapat dihasilkan dalam jumlah besar dengan !aktu relatif singkat sehingga memudahkan berbagai teknik lain yang menggunakan DNA. 7eknik ini dirintis oleh 1ary /ullis pada tahun %&G( dan ia memperoleh hadiah Nobel pada tahun %&&6 berkat temuannya tersebut. $enerapan $*" banyak dilakukan di bidang biokimia dan biologi molekular karena relatif murah dan hanya memerlukan jumlah sampel yang kecil. $olymerase *hain "eaction ($*"), merupakan suatu proses sintesis en9imatik untuk mengamplifikasi nukleotida secara in @itro. /etode $*" dapat meningkatkan jumlah urutan DNA ribuan bahkan jutaan kali dari jumlah semula. etiap urutan basa nukleotida yang diamplifikasi akan menjadi dua kali jumlahnya. 1unci utama pengembangan $*" adalah menemukan bagaimana cara amplifikasi hanya pada urutan DNA target dan meminimalkan amplifikasi urutan non#target. $ada dasarnya reaksi $*" adalah tiruan dari proses replikasi DNA in @i@o, yaitu dengan adanya pembukaan rantai DNA (denaturasi) utas ganda, penempelan primer (annealing) dan perpanjangan rantai DNA baru (extension) oleh DNA polimerase dari arah terminal '2 ke (2. Aanya saja pada teknik $*" tidak menggunakan en9im ligase dan primer "NA. ecara singkat, teknik $*" dilakukan dengan cara mencampurkan sampel DNA dengan primer oligonukleotida, deoksiribonukleotida trifosfat (dN7$), en9im termostabil 7aI DNA polimerase dalam larutan DNA yang sesuai, kemudian menaikkan dan menurunkan suhu campuran secara berulang beberapa puluh siklus sampai diperoleh jumlah sekuens DNA yang diinginkan. $*" juga didasarkan pada amplifikasi en9imatik fragmen DNA dengan menggunakan dua oligonukleotida primer yaitu komplementer dengan ujung '2dari dua untaian skuen target. ?ligonukleotida ini digunakan sebagai primer (primer $*") untuk memungkikan DNA template dikopi oleh DNA polimerase. 0ntuk mendukung terjadinya annealing primer ini pada template pertama kali diperlukan untuk memisahkan untaian DNA substrat melalui pemanasan. Aampir semua aplikasi $*" menggunakan DNA polimerase yang tahan terhadap panas, seperti polimerase 7aI. A!alnya en9im diisolasi dari bakteri AIuaticus 7hermus. DNA polimerase en9imatis ini merakit sebuah untai DNA baru dari pembangunan blok DNA,

nukleotida , dengan menggunakan DNA beruntai tunggal sebagai template dan oligonukleotida DNA (juga disebut primer DNA ), yang dibutuhkan untuk inisiasi sintesis DNA. ebagian besar metode $*" menggunakan siklus termal , yaitu, bergantian pemanasan dan pendinginan sampel $*" untuk serangkaian langkah pasti suhu. >angkah#langkah siklus termal yang diperlukan pertama yang secara fisik memisahkan dua helai dalam heliks ganda DNA pada suhu tinggi dalam proses yang disebut DNA leleh . $ada suhu yang lebih rendah, masing#masing untai kemudian digunakan sebagai template dalam sintesis DNA oleh polimerase DNA untuk selektif memperkuat DNA target. di ba!ah kondisi spesifik siklus termal. Prinsip Kerja ecara prinsip, $*" merupakan proses yang diulang#ulang antara 34C(4 kali siklus. etiap siklus terdiri atas tiga tahap. -erikut adalah tiga tahap bekerjanya $*" dalam satu siklus:

elekti@itas hasil $*" dari

penggunaan primer yang komplementer ke !ilayah yang ditargetkan untuk amplifikasi DNA

7ahap peleburan (melting) atau denaturasi. $ada tahap ini (berlangsung pada suhu tinggi, &6C&J K*) ikatan hidrogen DNA terputus (denaturasi) dan DNA menjadi berberkas tunggal. -iasanya pada tahap a!al $*" tahap ini dilakukan agak lama (sampai ' menit) untuk memastikan semua berkas DNA terpisah. $emisahan ini menyebabkan DNA tidak stabil dan siap menjadi templat (LpatokanM) bagi primer. Durasi tahap ini %C3 menit.

7ahap penempelan atau annealing. $rimer menempel pada bagian DNA templat yang komplementer urutan basanya. Ini dilakukan pada suhu antara 6'CJ4 K*. $enempelan ini bersifat spesifik. uhu yang tidak tepat menyebabkan tidak terjadinya penempelan atau primer menempel di sembarang tempat. Durasi tahap ini %C3 menit.

7ahap pemanjangan atau elongasi. uhu untuk proses ini tergantung dari jenis DNA polimerase yang dipakai. Dengan 7aI#polimerase, proses ini biasanya dilakukan pada suhu NJ K*. Durasi tahap ini biasanya % menit. >epas tahap (, siklus diulang kembali mulai tahap %. Akibat denaturasi dan renaturasi,

beberapa berkas baru (ber!arna hijau) menjadi templat bagi primer lain. Akhirnya terdapat berkas DNA yang panjangnya dibatasi oleh primer yang dipakai. +umlah DNA yang dihasilkan berlimpah karena penambahan terjadi secara ksponensial

$ada tahap denaturasi, pasangan untai DNA templat dipisahkan satu sama lain sehingga menjadi untai tunggal. $ada tahap selanjutnya, masing#masing untai tunggal akan ditempeli oleh primer. +adi, ada dua buah primer yang masing#masing menempel pada untai tunggal DNA templat. -iasanya, kedua primer tersebut dinamakan primer maju (for!ard primer) dan primer mundur(re@erse primer). etelah menempel pada untai DNA templat, primer mengalami polimerisasi mulai dari tempat penempelannya hingga ujung '2 DNA templat (ingat polimerisasi DNA selalu berjalan dari ujung '2 ke (2 atau berarti dari ujung (2 ke '2 untai templatnya). Dengan demikian, pada akhir putaran reaksi pertama akan diperoleh dua pasang untai DNA jika DNA templat a!alnya berupa sepasang untai DNA.

$asangan#pasangan untai DNA yang diperoleh pada suatu akhir putaran reaksi akan menjadi templat pada putaran reaksi berikutnya. -egitu seterusnya hingga pada putaran yang ke n diharapkan akan diperoleh fragmen DNA pendek sebanyak 3n C 3n. )ragmen DNA pendek yang dimaksudkan adalah fragmen yang ukurannya sama dengan jarak antara kedua tempat penempelan primer. )ragmen pendek inilah yang merupakan urutan target yang memang dikehendaki untuk digandakan (diamplifikasi).

Daftar Pustaka -irren, -., F. >ai. %&&(. Pulsed field ge electrophoresis: a practical guide . Academic $ress, Inc., an Diego. *ampbell, N.A., +. -. "eece O >. ;. /itchell. 3443. !"#"$!% &d 'e(). Frlangga : +akarta. Da@is, >., /. 1uehl, O +. -attey. %&&6. asic methods: Molecular biology *nd ed. Appleton O >ange, Nor!ola. )airbanks, D.+., ,.". Andersen. %&&&. $enetics: +he continuity of life. -rooksE*ole $ublishing *ompany, Ne! Pork. +ean, )rancois ;iot. 34%4. Agarose ;el Flectrophoresis C Aplications in *linical *hemistry. ,ournal of Medical iochemistry *-.-/ *0 1.2% 1lug, ,. ., /.". *ummings. %&&6. Concept of genetics 3th ed. /errill $ublishing *o. : *olumbus, ?hio.

>ee, .H., -ahaman, A.". 34%4. /odified gel preparation for distinct DNA fragment analysis in agarose gel electrophoresis. +ropical iomedicine *41*2: 5).(5)3 1*-.-2%. /agdeldin, ameh. 34%3. $el &lectrophoresis ( Principles and asics . In7ech $ublisher : "ijeka, *roatia. "ussell, $.+. %&&6. 6undamentals of genetics. Aarper *ollins *ollege $ublishers, Ne! Pork. 7arigan, imson. 34%%. $enggunaan $olymerase *hain "eaction Fn9yme >inked orbent Assay ($*"#F>? A) untuk Deteksi Agen $enyakit. ?ligonucelotide

7A8+A9"A :ol% *.; No%.; +h%*-..% *ampbell, A. N., +. -. "eece O >. ;. /itchell. 3443. iologi% Fd.ke#' jilid %. terj dari iology% 'th ed, oleh >estari, ". jakarta: erlangga *ampbell, A. N., +. -. "eece O >. ;. /itchell. 344(. iologi% Fd.ke#' jilid 3. terj dari iology% 'th ed, oleh >estari, ". +akarta: erlangga 7ri!ibo!o, P. 344'. iologi Mole'ular. +akarta: Frlangga