ANALISIS ASAM AMINO DAN PROTEIN

Nama : Moch. Agung Gunandar NPM I. : 1306446401

ABSTRAK

Analisis kimia yang berhubungan dengan pro ein dikelompokan men!adi dua berdasarkan molekulnya" yai u analis polipep ida #pro ein$ dan analisis asam amino. %erdasarkan keperluanya" erdiri dari analisis kuali a i& " analisis kuan i a i&" dan analisis s ruk ur inggi pro ein. %anyak me ode un uk mengiden i&ikasi keberadaan sua u pro ein" dian aranya me ode u!i 'arna" u!i endapan" dan u!i komposisi" sedangkan un uk mengu!i keberadaan asam amino bebas" biasanya dilakukan u!i ninhidrin. (n uk menge ahui kadar pro ein" dapa menggunakan me ode k!eldahl" spek roskopi" dan me ode dumas. Pemilihan me ode analisis kuan i a i& ersebu didasari oleh keadaan sampel dan kebu uhan analisis. Menge ahui kadar pro ein idaklah cukup" pro ein yang dihasilkan oleh sua u makhluk hidup harus dike ahui s ruk urnya" baik primer" sekunder" ersier bahkan kuar ener agar menge ahui mekanisme ker!a pro ein ersebu . )arena kebanyakan pro ein ber&ungsi berdasarkan s ruk urnya yang epa .

Kata Kunci Analisis pro ein" asam amino" s ruk ur pro ein" analisis" polipep ida

II.

ANALISIS KUALTITATIF Identifikasi Asam Amino Be as !. U"i Nin#id$in (!i ninhidrin didasarkan pada pemben ukan senya'a ber'arna ungu hasil reaksi an ara asam amino bebas dengan ninhidrin eroksidasi. .

Identifikasi Po%i&e&tida atau P$otein !. Identifikasi 'a$na a. Reaksi Biu$et *idasarkan pada pemben ukan senya'a kompleks ber'arna ungu ika an pep ida dalam pro ein dengan +u,- pada suasana basa.

. Reaksi Mi%on .irosin dengan pereaksi Millon akan men!adi irosin erni rasi yang dengan ion /g ,- akan memben uk senya'a merah.

c. Reaksi (o&kins)*o%e Gugus ryp o&an dalam pro ein akan berkondensasi dengan aldehid dalam pereaksi /opkins 0 +ole dalam suasana asam kua memben uk cincin ber'arna ungu.

d. Reaksi +anto&$otein Ni rasi dari gugus ben1en pada pro ein dengan /N23 peka akan menghasilkan senya'a ber'arna kuning" dan dengan Na2/ memben uk garam yang ber'arna !ingga.

e. Reaksi Saco,uc#i Pada dasarnya" reaksi ini memberikan hasil yang posi i& apabila ada gugus guanidin. Menghasilkan pro ein arginin yang merupakan asam amino alami. Pro ein yang mengandung arginin dapa menghasilkan 'arna merah.

f.

Reaksi Lie e$man

3ika /+l peka di ambahkan pada pro ein #pada an$" kemudian dididihkan" dan di ambah beberapa e es laru an sukrosa" maka 'arna 4iole akan erliha !ika pro ein mengandung rip o&an. ,. Reaksi Ac$ee)Rosen#eim (!i ini dapa digunakan un uk mengiden i&ikasi &ormaldehid dalam susu. Pro ein yang mengandung rip o&an pada susu memberikan hasil posi i& #di un!ukkan dengan cincin ber'arna ungu$ adanya &ormaldehid #mempunyai gugus aldehid$ apabila u!i ini !ika di ambah asam #/+l$ dan dipanaskan. #. Reaksi &)DAB E#$%ic# 5hrlich menyarankan digunakannya p6*A% #p6dime il6aminoben1aldehid$ sebagai aldehid un uk u!i rip o&an. i. Reaksi Dia-o E#$%ic#

Pada penambahan laru an pro ein yang mengandung his idin a au irosin dan laru an dibua basa dengan N/42/ er!adi 'arna merah hingga orange. /is idin akan memberikan 'arna merah hingga orange7 irosin memberikan 'arna orange erang. ". Reaksi U"i Su%fu$

Pro ein dalam suasana basa kua akan bereaksi dengan imbal ase a menghasilkan senya'a imbal sul&ide yang ber'arna hi am dan mudah diiden i&ikasi k. Reaksi o%e# Nat$ium Nit$o&$usida Gugus 08/ pada sis ein !ika direaksikan dengan na rium ni roprusida akan memben uk kompleks ber'arna merah. %eberapa pro ein yang memberikan hasil nega i& erhadap u!i ini" ernya a men!adi posi i& se elah dipanaskan sampai mengalami koagulasi a au dena urasi. /al ini menun!ukkan proses ersebu menghasilkan gugus 08/ bebas. 9eaksi: :;e3-#+N$3N+<,6 - N/3 - 98/ N/4- - :;e,- #+N$=N289<,6 )ompleks ber'arna merah

.. Identifikasi Enda&an a. Penam a#an Lo,am e$at Pada p/ yang lebih besar daripada p/ iso elek rik" maka pro ein akan melepas /- nya dan dapa mengika ion6ion logam sehingga akan mengendap.

. De#id$asi o%e# /a$am Adanya garam ne ral dalam laru an pro ein akan menarik air dari man el air pro ein hingga pro ein kehilangan air" kemudian menggumpal dan mengendap.

c. Denatu$asi P$otein Pro ein dalam suasana asam dan dengan adanya pemanasan akan mengendap" endapan ini adalah pro ein yang elah berubah si&a nya.

0. 'este$n B%ottin, .eknik 'es ern blo " elah sering digunakan un uk menganalisis pro ein spesi&ik pada sampel. >es ern blo menggunakan gel elek ro&oresis un uk memisahkan pro ein berdasarkan pan!ang polipep ida. Pro ein ersebu akan di rans&er ke ni roselulosa a au P?*; dan diberi an ibody spesi&ik un uk iden i&ikasi pro ein arge #%urne e" 1@A1$.

III.

ANALISIS KUANTITATIF !. Metode K"e%da#% Prinsip ker!a dari me ode )!eldahl yai u sampel yang diduga mengandung pro ein dan komponen organic dalam sampel dides ruksi dengan menggunakan asam sul&a dan ka alis. /asil des ruksi dine ralkan dengan menggunakan laru an alkali dan melalui des ilasi. *es ila di ampung dalam laru an asam bora . 8elan!u nya ion6 ion bora yang erben uk di i rasi dengan menggunakan laru an /+l.

Keuntun,an dan Ke$u,ian )eun ungan : Me ode )!eldahl digunakan secara luas di seluruh dunia dan masih merupakan me ode s andar dibanding me ode lain. 8i&a nya yang uni4ersal" presisi inggi dan reprodusibili as baik membua me ode ini banyak digunakan un uk pene apan kadar pro ein. )erugian : Me ode ini idak memberikan pengukuran pro ein sesungguhnya" karena idak semua ni rogen dalam makanan bersumber dari pro ein. Pro ein yang berbeda memerlukan &ak or koreksi yang berbeda karena susunan residu asam amino yang berbeda. Penggunaan asam sul&a pada suhu inggi berbahaya" demikian !uga beberapa ka alis. .eknik ini membu uhkan 'ak u lama.

.. Metode S&ekt$osko&i U1)1IS 8e!umlah me ode elah di emukan un uk pengukuran kadar pro ein berdasarkan spek roskopi (?6 4isible. Me ode ini berdasarkan kemampuan pro ein menyerap #a au membaurkan$ cahaya di daerah (?64isible. A au secara kimia'i a au &isik memodi&ikasi pro ein un uk membua nya menyerap #a au membaurkan$ cahaya di daerah (?64isible. Prinsip dasar di balik masing6masing u!i ini serupa. Per ama6 ama" semua serapan kur4a kalibrasi #a au urbidi as$ 4s kadar pro ein disiapkan menggunakan sa u seri laru an pro ein yang sudah dike ahui kadarnya. 8erapan #a au urbidi as$ laru an yang dianalisis kemudan diukur pada pan!ang gelombang yang sama" dan kadar pro ein di en ukan dari kur4a kalibrasi. Perbedaan u ama pengu!ian ini adalah gugus &ungsi yang berperan un uk absorbsi a au pembiasan radiasi elek romagne ik" misalnya ika an pep ida" ran ai samping aroma is" gugus in i dan agrega pro ein. Se"um%a# metode U1)2isi e untuk &eneta&an kada$ &$otein se a,i e$ikut 3 a. Pen,uku$an %an,sun, &ada .45nm. .ryp ophan dan yrosine mengabsorbsi kua cahaya u4 pada ,A0 nm. )andungan ryp ophan dan yrosine berbagai pro ein umumnya kons an sehingga serapan laru an pro ein pada ,A0 nm dapa digunakan un uk menen ukan kadarnya. )eun ungan me ode ini karena sederhana un uk dilakukan" non6des ruk i&" dan idak dibu uhkan reagen khusus. )erugian u ama : asam nuklea !uga mengabsorbi kua pada ,A0 nm dan sehingga mengganggu pengukuran pro ein !ika ada dalam kadar yang bermakna. Namun demikian" me ode ini elah berkembang un uk menga asi masalah ini" an ara lain dengan pengukuran serapan pada dua pan!ang gelombang yang berbeda. . Metode Biu$et >arna 4iole akan erben uk bila ion cupri #+u,-$ berin eraksi dengan ika an pep ida dalam suasana basa. 9eagen biure " yang mengandung semua bahan kimia yang diperlukan un uk analisis sudah ersedia di pasaran. 9eagen ini dicampurkan dengan laru an pro ein" didiamkan 1=630 meni " kemudian diukur serapannya pada =40 nm. )eun ungan u ama dari eknik ini adalah idak adanya gangguan dari senya'a yang menyerap pada pan!ang gelombang yang lebih rendah. .eknik ini kurang sensi i& erhadap !enis pro ein karena absorpsi yang er!adi meliba kan ika an pep ida yang ada di semua pro ein" bukan pada gugus samping spesi&ik. c. Metode Lo6$7 Me ode Bo'ry mengkombinasikan pereaksi biure dengan pereaksi lain #;olin6+iocal eau phenol$ yang bereaksi dengan residu yrosine dan ryp ophan dalam pro ein. 9eaksi ini menghasilkan 'arna kebiruan yang bisa dibaca di an ara =00 6 C=0 nm" ergan ung sensi i4i as yang dibu uhkan. Akan muncul puncak kecil di seki ar =00 nm yang dapa digunakan un uk menen ukan pro ein dengan konsen rasi inggi dan sebuah puncak besar di seki ar C=0 nm yang dapa digunakan un uk menen ukan kadar pro ein dengan konsen rasi rendah. Me ode ini lebih sensi i& un uk pro ein dengan konsen rasi rendah dibanding me ode biure . d. Metode &en,ikatan &e6a$na Pe'arna dengan mua an nega i& #anionik$ di ambahkan dalam !umlah berlebih pada laru an pro ein yang p/ nya elah disesuaikan sehingga pro ein men!adi bermua an posi i& #misalnya dibua di ba'ah i ik isoelek rik$. Pro ein memben uk kompleks ak laru dengan pe'arna karena in eraksi elek ros a ik an ar molekul" api masih ersisa pe'arna ak erika yang laru . Pe'arna anionik berika an dengan gugus ka ionik dari residu asam amino basa #his idine" arganine dan lysine$ dan pada gugus asam amino bebas di u!ung. 3umlah pe'arna ak erika yang ersisa se elah kompleks pro ein6pe'arna dipisahkan #misalnya dengan sen ri&ugasi$ di en ukan dengan pengukuran serapan. 3umlah pro ein yang ada di laru an a'al berhubungan dengan !umlah pe'arna yang erika .

:Pe'arna erika < D :Pe'arnaa'al< 6 :Pe'arnabebas< e. Metode Tu$ imet$i Molekul pro ein yang umumnya laru a dapa dibua mengendap dengan penambahan senya'a kimia er en u" seper i asam rikloroase a . Pengendapan pro ein menyebabkan laru an men!adi keruh" sehingga konsen rasi pro ein dapa di en ukan dengan mengukur dera!a kekeruhan # urbidi as$. f. Metode B$adfo$d Assa7

Me ode yang paling sering digunakan" karena kemudahannya" sensi i4i asnya dan ke ahanannya erhadap in er&erensi. .ahapan analisnya yai u #1$ sampel diberi reagen #*oomasie B%ue /.85 laru an asam$ #,$ mengukur absorbansi pada =@= nm. +oomasie %lue dalam kondisi asam ber'arna merah6cokla dan men!adi 'arna biru ke ika berika an dengan pro ein. Namun me ode ini memiliki kekurangan" reagen cenderung menempel pada 'adah kaca dan plas ik. Keuntun,an dan ke$u,ian )eun ungan me ode ini dian aranya" eknik (?64isible merupakan eknik yang cepa dan sederhana" ser a sensi i& erhadap pro ein dengan konsen rasi rendah. namun" ada kerugianya !uga" sebagian besar eknik (?64isible memerlukan laru an yang encer dan !ernih" ser a idak mengandung senya'a kon aminan yang dapa mengabsorpsi a au meman ulkan cahaya pada pan!ang gelombang di mana pro ein akan dianalisis. )arena diperlukan laru an !ernih" maka makanan harus mengalami se!umlah ahap preparasi sampel sebelum dianalisis" seper i homogenisasi" eks raksi pelaru " sen ri&ugasi" &il rasi" dsb. yang dapa menyi a 'ak u dan enaga. 8elain i u" kadang6kadang suli un uk secara kuan i a i& mengeks raksi pro ein dari !enis makanan er en u" eru ama bila makanan ersebu elah mengalami proses dimana pro ein men!adi agrega a au erika secara ko4alen dengan senya'a lain. )elemahan lain adalah" serapan ergan ung pada !enis pro ein #karena pro ein yang berbeda mempunyai sekuensEuru an asam amino yang berbeda pula$. 0. Metode Dumas Te$modifikasi Akhir6akhir ini" eknik ins rumen o omas is elah berkembang dengan kemampuan penen uan kadar pro ein dalam sampel dengan cepa . .eknik ini berdasarkan me ode yang dikembangkan oleh *umas lebih dari 1"= abad yang lalu" dan mulai berkompe isi dengan me ode )!eldahl sebagai me ode s andar penen uan kadar pro ein karena lebih cepa . 8ampel dengan massa er en u dipanaskan dalam angas pada suhu inggi #seki ar @00 o+$ dengan adanya oksigen. +ara ini akan melepaskan +2," /,2 dan N,. Gas +2, dan /,2 dipisahkan dengan mele'a kan gas pada kolom khusus un uk menyerapnya. )andungan ni rogen kemudian dihi ung dengan mele'a kan sisa gas melalui kolom dengan de ec or konduk i4i as ermal pada u!ungnya. )olom ini akan memban u memisahkan ni rogen dari sisa +2, dan /,2. Ala dikalibrasi dengan senya'a analis yang murni dan elah dike ahui !umlah ni rogennya" seper i 5*.A #D @"=@ FN$. *engan demikian sinyal dari de ek or dapa dikon4ersi men!adi kadar ni rogen. *engan me ode )!eldahl diperlukan kon4ersi ni rogen dalam sampel men!adi kadar pro ein" ergan ung susunan asam amino pro ein. )eun ungan analisis ini dian aranya yai u !auh lebih cepa dari pada me ode )!eldahl #di ba'ah 4 meni per pengukuran" dibandingkan dengan 16, !am pada )!eldahl$. Me ode ini idak menggunakan senya'a kimia a au ka alis oksik. %anyak sampel dapa diukur secara o oma is dan mudah digunakan. Namun" erdapa kerugian" mahal" idak memberikan ukuran pro ein sesungguhnya" karena idak semua ni rogen dalam makanan berasal dari pro ein. Pro ein yang berbeda membu uhkan &ak or koreksi yang berbeda karena susunan asam amino yang berbeda. (kuran sampel yang kecil menyuli kan mendapa kan sampel yang represen a i&.

I1.

ANALISIS STRUKTUR PROTEIN !. Sodium Dideoc7% Su%&#ate 9 Po%7ac$i%amide /e% E%ect$o&o#o$esis :SDS PA/E; 8*86Page dapa digunakan un uk mengukur bera molekul #Mr$ pro ein. Prosedurnya yai u #1$ mencampurkan sampel dengan laru an berisi bu&&er # ris$ " 8*8 dan 6mercap oe hanol #,$ elek ro&oresis gel #3$ memberi pe'arna #+oomasie %lue$. 8*8 mendena urasi pro ein" memu us ika an disul&ida" dan menambah mua an nega i& pada pro ein. 6mercap oe hanol memban u mendena urasi pro ein #memecah ika an disul&ida$. Pro ein dengan Mr kecil bergerak lebih cepa #Molecular sie4ing$. .. S&ekt$osko&i *D Me ode ini mengukur perbedaan penyerapan le& 6handed polari1ed dan ligh righ 6handed polari1ed ligh . ;ungsinya yai u menen ukan karak eris ik s ruk ur sekunder dan s ruk ur ersier" menun!ukkan perbandingan kon&ormasi" menen ukan apakah in eraksi pro ein6pro ein a au pro ein6ligan mengubah kon&ormasi pro ein 0. S&ekt$osko&i NMR )e ika di empa kan dalam medan magne " in i NM9 ak i& menyerap radiasi elek romagne ik pada &rekuensi karak eris ik iso op. ;rekuensi energi" resonansi penyerapan" dan in ensi as sinyal yang sebanding dengan kekua an medan magne . NM9 mende eksi pergeseran kimia in i a om karena pergerakan akiba adanya lingkungan berarus lis rik dideka nya. Menen ukan !arak an ara pasangan er en u a om berdasarkan shi& <. K$ista%o,$afi +)$a7 Me ode un uk menen ukan s ruk ur a om dan molekul dari kris al" di mana a om kris al menyebarkan berkas sinar6G. Mengukur sudu dan in ensi as dari kris al erdi&raksi" crys allographer bisa menghasilkan gambar iga dimensi dari kepada an elek ron dalam kris al. *ari kerapa an elek ron" posisi ra a6ra a a om dalam kris al dapa di en ukan" ser a ika an kimia mereka" gangguan dan berbagai in&ormasi lain. 8. Mo%ecu%a$ Mode%in, Data ase :MMDB; Me ode ini cocok un uk perhi ungan" seper i pemodelan homologi dan perbandingan s ruk ur. (n uk menge ahui uru an dan s ruk ur pro ein ersebu . Memahami &ungsi biologis dengan menganalisis mekanisme ker!a pro ein =. P$otein Data Bank Pro ein *a a %ank #P*%$ memberikan in&ormasi mengenai koordina a om" uru an lebih dari C0.000 pro ein. P*% mengin egrasikan da a s ruk ural dengan in&ormasi en ang aksonomi" &ungsi biologis" s ruk ur pro ein domain. *a a yang diolah berasal dari analisis menggunakan cara NM9 dan H6ray crys allography.

1.

KESIMPULAN %anyak sekali me ode un uk menganalisis pro ein" e api semua me ode ersebu memiliki keunggulan dan kekurangan" sua u me ode dikembangkan un uk menu upi kekurangan me ode lainya. %anyak &ak or un uk memilih sua u me ode" dian aranya" keadaan sampel dan kebu uhan analisis. ;ak or keadaan sampel berkenaan dengan adanya 1a pengganggu dan pelaru " sedangkan kebu uhan analisis bergan ung pada penggunaan da a ersebu " karena hasil analisis dibu uhkan dengan berbagai ingka keakura an. 8emakin akura hasil analisis" maka semakin mahal biaya analisnya.

1I.

DAFTAR PUSTAKA 8M)N 13 %andung" #,00@$ IJns ruksi )er!a Analisis )uali a i& Pro einK %andung" .im Pembimbing Prak ikum Herowati, Rina (2011) Analisis Protein [online] available on : rinaherowati.files.wor !ress."o#$2011$10$2%analisis%!rotein&.! f #1A mare ,014$