Sumber nutrisi Dibandingkan dengan pupuk kimia, pada pertanian organic terdapat banyak dari sumber nutrisi dalam

bentuk tidak terlalut. Aktivitas biologi tanah yang tinggi memiliki peran penting dalam mineralisasi nutrisi tersebut sehingga dapat tersedia bagi tanaman. Penggunaan dari setiap input nutrisi sebelumnya harus mendapat persetujuan dari badan sertifikasi organik. Daftar dari input nutrisi yang diizinkan terlampir pada Lampiran 2. Juga terdapat acuan daftar Pemasok input produk dari pertanian organik yang disusun oleh AGWEST. Material input tersebut tidak digunakan untuk mendukung suatu sistem manajemen yang buruk.

Nitrogen (N) : adalah nutrisi tanaman yang paling penting untuk tingginya hasil panen, tetapi mudah tercuci pada hampir semua jenis tanah khususnya pada tanah berpasir. Sumber yang diterima termasuk kompos, darah kering, dan berbagai merek pupuk khusus organik seperti Complete organic, Organic 2000, Dynamic Lifter, Blood and Bone, Fish emulsion, dan sumber protein lainnya. Beberapa jenis dari produk tersebut dapat memiliki tingkat mineralisasi tanah yang rendah (ketersediaan bagi tanaman) daripada sumber konvensional dari unsur N, jadi selama periode tumbuh tanaman harus dipastikan cukup tersedianya unsur N demi keseimbangan pertumbuhan tanpa menyebabkan penyerapan N yang berlebihan. Penyerapan unsur yang berlebih diyakini dapat meningkatkan kerentanan pada tanaman terhadap serangan hama dan penyakit.

Fosfor (P) : pada pertanian organik sedikir bentuk terlarut dari fosfor adalah berupa batuan fosfat dan guano. Berbagai formula pupuk organik yang menggabungkan batuan fosfat atau guano telah diizinkan untuk digunakan secara terbatas. Segala sumber dari fosfor dilarang mengandung kadar kadmiun tinggi. Di lain waktu pada aplikasi batuan fosfat untuk menjadi nutrisi tersedia bagi tanaman membutuhkan pengaplikasian yang baik sebelum menanam. Efektivitas dari batuan fosfat ini ditingkatkan oleh pengaplikasian dalam bentuk serbuk, sehingga dapat terdistribusi secara baik pada tanah.

Potasium (K) sumber unsur yang diperbolehkan pada pertanian organik adalah serbuk batuan, serbuk besi, abu pohon, langbeinite (K-mag) dan potassium sulfat. Kompos juga dapat menghasilkan pasokan unsur K yang baik. Berbagai jenis pupuk K yang diperbolehkan telah tersedia. Tanah dengan bahan organik tinggi dan berhumus dapat mengurangi kehilangan potassium dari efek pencucian.

Kalsium (Ca) : sumber Ca yang dapat diterima pada pertanian organik adalah batuan kapur, dolomite dan gypsum. Kalsium nitrat tidak diperbolehkan.

Magnesium (Mg): sumber Mg adalah dolomite, K-mag dan magnesium sulfat. Peran dari kalsium dan proporsinya pada magnesium dan kation lainnya sangatlah penting pada proses biologi tanah dan ketersediaan nutrisi dengan cara meningkatkan jumlah dari petani organik (lihat Albrecht lampiran 3).

Melacak suplemen elemen mineral: sama seperti nutrisi lainnya, ini mungkin diterapkan hanya untuk menunjukkan defisiensi tanah. Secara umum kemunculan sulfat secara alami diperbolehkan. Elemen khelat diperbolehkan kecuali EDTA khelat.

Manajemen penyiangan Penggunaan dari herbrisida sintetis dilarang pada pertanian organik. Pertanian organik tidak bertujuan untuk mengendalikan gulma secara total. Pada situasi tertentu, gulma dapat dikelola untuk menghasilkan keuntungan, contoh: mendorong pertumbuhan serangga yang bermanfaat bagi tanaman, jamur tanah, dan meningkatkan keragaman spesies, dan pada tanah ringan dapat membatu mengurangi tingkat pencucian nutrisi, khususnya bagi unsur N pada kondisi basah. Akan tetapi, manajemen penyiangan selalu menjadi aspek tersulit pada produksi sayuran organik. Kontrol gulma membutuhkan pendekatan yang terintegrasi. Penyiapan lahan untuk mengurangi beban gulma sebelum menanam sangatlah penting untuk meminimalisir masalah gulma. Menanam sayuran pada lahan yang banyak gulma harus dihindari.