BAB II

TINJAUAN PUSTAKA
A. Elektroforesis
Elektroforesis adalah metode pemisahan berdasarkan perbedaan
mobilitas analit menunjukkan dalam medan listrik diterapkan. metode
elektroforetik dapat diterapkan untuk pemisahan dari suatu sampel dengan
variety luas, termasuk protein, asam nukleat, asam amino dan karbohidrat.
pemisahan dapat dilakukan pada analisis serta skala preparatif. keuntungan
utama atas metode khromatografi cair adalah efisiensi yang lebih tinggi
dari pemisahan elektroforesis. hal ini terutama berlaku bagi molekul besar.
(Andreas Manz, et.al, 2!"
Elektroforesis adalah pergerakan partikel bermuatan listrik atau
molekul dalam medium konduktif di ba#ah pengaruh medan listrik
diterapkan. media konduktif biasanya buffer berair, juga disebut sebagai
elektrolit atau run penyangga. campuran analit dimasukkan ke dalam
medium yang mengandung jangka penyangga dan medan listrik
diterapkan. $alam contoh yang ditunjukkan pada gambar 2.! campuran
analit mengandung molekul bermuatan negatif. berdasarkan atas
permohonan dari medan listrik, anion mulai bergerak menuju elektroda
positif (anoda". perbedaan muatan dan ukuran menyebabkan mobilitas
yang berbeda dan dengan demikian pemisahan komponen sampel yang
berbeda. sama, ion bermuatan positif bergerak menuju katoda dalam
medan listrik diterapkan.(Andreas Manz, et.al, 2!"
(Gambar. 2.1. Prinsip Pemisahan Elektroforesis (Andreas Manz, et.al,2010)
%emisahan elektroforesis dapat dilakukan dalam larutan bebas atau dalam
larutan yang mengandung matriks non&konduktif seperti agarosa atau
poliakrilamid gel. gratis pemisahan berbasis solusi, capilaries bore sempit
digunakan. pemisahan ion analit terjadi karena perbedaan dalam mobilitas,
perbedaan yaitu di tuntut untuk rasio ukuran. dua analit hanya dapat dipisahkan
jika mereka memiliki biaya yang berbeda untuk rasio ukuran. pemisahan analit
dalam gel juga didasarkan pada perbedaan dalam mobilitas. tambahan, gel
memiliki efek pemisahan. compoundes besar terbelakang lebih dari senya#a yang
lebih kecil. ini berarti bah#a dalam elektroforesis gel dua senya#a dengan biaya
dua rasio ukuran yang sama dapat dipisahkan selama mereka berbeda dalam
ukuran. (Andreas Manz, et.al, 2!".
Jenis- Jenis Elektroforesis
Elektroforesis gel ialah elektroforesis yang menggunakan gel
sebagai fase diam untuk memisahkan molekul&molekul. A#alnya
elektoforesis gel dilakukan dengan medium gel kanji (sebagai fase diam"
untuk memisahkan biomolekul yang lebih besar seperti protein&protein.
'emudian elektroforesis gel berkembang dengan menjadikan agarosa dan
poliakrilamida sebagai gel media.
Elektroforesis kertas adalah jenis elektroforesis yang terdiri dari
kertas sebagai fase diam dan partikel bermuatan yang terlarut sebagai fase
gerak, terutama ialah ion&ion kompleks. %emisahan ini terjadi akibat
adanya gradasi konsentrasi sepanjang sistem pemisahan. %ergerakan
partikel dalam kertas tergantung pada muatan atau valensi zat terlarut, luas
penampang, tegangan yang digunakan, konsentrasi elektrolit, kekuatan
ion, p(, viskositas, dan adsorpsivitas zat terlarut.
Elektroforesis Gel (GE)
Elektroforesi gel merupakan salah satu teknik utama dalam biologi
molekular. %rinsip dasar teknik ini adalah bah#a $)A, *)A, atau protein dapat
dipisahkan oleh medan listrik. $alam hal ini, molekul&molekul tersebut
dipisahkan berdasarkan laju perpindahannya oleh gaya gerak listrik di dalam
matriks gel. +aju perpindahan tersebut bergantung pada ukuran molekul
bersangkutan. Elektroforesis gel biasanya dilakukan untuk tujuan analisis, namun
dapat pula digunakan sebagai teknik preparatif untuk memurnikan molekul
sebelum digunakan dalam metode&metode lain seperti spektrometer massa, %,*,
kloning, sekuensing $)A, atau immunoblottin! yang merupakan metode&metode
karakterisasi lebih lanjut.
-el yang digunakan biasanya merupakan polimer bertautan silang
("rosslinked" yang porositasnya dapat diatur sesuai dengan kebutuhan. .ntuk
memisahkan protein atau asam nukleat berukuran kecil ($)A, *)A, atau
oligonukleotida", gel yang digunakan biasanya merupakan gel poliakrilamida,
dibuat dengan konsentrasi berbeda&beda antara akrilamida dan zat yang
memungkinkan pertautan silang ("rosslinker", menghasilkan jaringan
poliakrilamida dengan ukuran rongga berbeda&beda. .ntuk memisahkan asam
nukleat yang lebih besar (lebih besar dari beberapa ratus basa", gel yang
digunakan adalah agarosa (dari ekstrak rumput laut" yang sudah dimurnikan.
$alam proses elektroforesis, sampel molekul ditempatkan ke dalam sumur
(#ell" pada gel yang ditempatkan di dalam larutan penyangga, dan listrik dialirkan
kepadanya. Molekul&molekul sampel tersebut akan bergerak di dalam matriks gel
ke arah salah satu kutub listrik sesuai dengan muatannya. $alam hal asam nukleat,
arah pergerakan adalah menuju elektrodapositif, disebabkan oleh muatan negatif
alami pada rangka gula&fosfat yang dimilikinya. .ntuk menjaga agar laju
perpindahan asam nukleat benar&benar hanya berdasarkan ukuran (yaitu
panjangnya", zat seperti natrium hidroksida atau formamida digunakan untuk
menjaga agar asam nukleat berbentuk lurus. /ementara itu, protein didenaturasi
dengan deterjen (misalnya natrium dodesil sulfat, /$/" untuk membuat protein
tersebut berbentuk lurus dan bermuatan negatif.
/etelah proses elektroforesis selesai, dilakukan proses pe#arnaan
(stainin!" agar molekul sampel yang telah terpisah dapat dilihat. Etidium bromida,
perak, atau pe#arna 0biru ,oomassie0 ($oomassie blue" dapat digunakan untuk
keperluan ini. 1ika molekul sampel berpendar dalam sinar ultraviolet (misalnya
setelah 0di#arnai0 dengan etidium bromida", gel difoto di ba#ah sinar ultraviolet.
1ika molekul sampel mengandung atom radioaktif, autoradiogram gel tersebut
dibuat.
%ita&pita (band" pada lajur&lajur (lane" yang berbeda pada gel akan tampak
setelah proses pe#arnaan2 satu lajur merupakan arah pergerakan sampel dari
0sumur0 gel. %ita&pita yang berjarak sama dari sumur gel pada akhir elektroforesis
mengandung molekul&molekul yang bergerak di dalam gel selama elektroforesis
dengan kecepatan yang sama, yang biasanya berarti bah#a molekul&molekul
tersebut berukuran sama. 0Marka0 atau penanda (marker" yang merupakan
campuran molekul dengan ukuran berbeda&beda dapat digunakan untuk
menentukan ukuran molekul dalam pita sampel dengan meng&elektroforesis marka
tersebut pada lajur di gel yang paralel dengan sampel. %ita&pita pada lajur marka
tersebut dapat dibandingkan dengan pita sampel untuk menentukan ukurannya.
1arak pita dari sumur gel berbanding terbalik terhadap logaritma ukuran molekul.
$)A dapat ditentukan ukurannya dengan melakukan migrasi didalam gel
agarose atau gel poliakrilamid. Migrasi $)A didalam gel ini biasa disebut dengan
elektroforesis. .ntuk dapat divisualisasikan, maka $)A yang ada di gel harus
di#arnai dengan ethidium bromida kemudian dilihat diatas sinar .3.
$)A merupakan molekul bermuatan negatif, sehingga bila diletakkan di
medan listrik, $)A akan bergerak (migrasi" dari kutub negatif ke kutub positif.
%ergerakan kecepatannya tergantung dari 4
a. .kuran molekul $)A
b. 'erapatan media gel yang dilalui $)A
c. Arus listrik yang diberikan
/ebelum dilakukan elektroforesis, suspensi $)A harus dicampur dengan
penyangga muatan per#arna loading buffer (dye", yang berfungsi untuk 4
!. Menambah densitas, sehingga $)A berada dibagian ba#ah dari sumur
2. %er#arna untuk memudahkan meletakkan contoh $)A kedalam
sumur.
5. $apat bergerak ke arah anoda dengan laju yang dapat diperkirakan.
Manfaat elektroforesis gel antara lain untuk mengetahui ukuran fragmen
$)A dari produk %,*, memisahkan produk $)A dari hasil digesti yang berbeda
ukuran, kemudian di&se6uencing, dan juga untuk pemurnian atau purifikasi $)A.
Elektroforesis dapat diaplikasikan untuk berbagai macam kegiatan sebagai berikut.
a. Membandingkan gen homolog dari sspesies yang berbeda,
mengetahui susunan sekuens berbagai genom
b. $)A 7ingerprinting
c. Mendeteksi kelainan genetik.
d. Mendeteksi lokasi dan jumlah m*)A dalam sel atau jaringan
tertentu
e. Mengetahui aktivitas gen selama perkembangan berbagai tipe sel
organisme atau percobaan perlakuan gen
f. Mempelajari evolusi tingkat molecular
g. Mengetahui variasi genetik yang ada di alam
h. Menentukan atau mengidentifikasi berat molekul $)A, *)A, dan
protein tertentu.
i. Mengidentifikasi persamaan dan perbedaan genetik antar individu
j. Mengetahui jumlah fragmen $)A yang diklon dalam rekombinan
$)A plasmid
k. Menganalisa fragmen $)A yang diamplifikasi le#at %,*
$alam elektroforesis gel, pemisahan terjadi dalam media hidrogel elektrik
non&konduktif seperti agarosa atau poliakrilamid (%A" yang berisi, buffer
elektrolit. pori&pori fungsi gel molekuler saringan, yang menghambat molekul
bermigrasi menurut ukuran mereka. /elanjutnya, gel bertindak sebagai media
pendukung anticonvective, yang dapat meminimalkan difusi dari molekul sampel,
dan dengan demikian mengurangi pelebaran pita. karenanya, nomor plat tinggi
dan resolusi tinggi dapat dicapai, terutama untuk molekul berat molekul tinggi
seperti $)A atau protein.a jumlah yang sangat besar senya#a karenanya dapat
dipisahkan dalam bentuk tunggal .. sebagai E87 ditekan dalam elctroporesis gel,
hanya analit dengan muatan bersih dapat dipisahkan. senya#a netral tidak
bermigrasi melalui gel ba#ah pengaruh medan listrik diterapkan. elektroforesis
gel adalah agak lambat dan tenaga kerja & metode intensif, yang tidak mudah
otomatis.
B. SDS-PAGE
/$/&%A-E merupakan suatu teknik elektroforesis yang menggunakan
polyacrylamide sebagai bahan pemisah. /$/&%A-E banyak digunakan dalam
praktikum biologi molekuler, genetik, biokimia, dan biomedik. /$/&%A-E
biasanya digunakan untuk memisahkan protein berdasarkan sifat
electrophoretic mobility (pemisahan komponen atau molekul bermuatan
berdasarkan perbedaan tingkat migrasi dan berat molekulnya (9M" dalam
sebuah medan listrik". %rotein yang dipisahkan dengan /$/&%A-E dapat
dikarakterisasi berdasarkan berat molekulnya dengan satuan 'ilo $alton
(k$a". /atu dalton sama dengan satu hidrogen molekul
/$/&%A-E merupakan teknik purifikasi skala kecil yang menghasilkan
pemisahan suatu protein berdasarkan berat molekulnya dalam band (pita"
spesifik yang tampak pada gel polyacrylamide. :eknik purifikasi dalam skala
besar kita dapatkan degnan menggunakan chromatography.
-el acrylamide alam /$/&%A-E diletakkan diantara dua plat kaca. Ada dua
macam gel yang digunakan, yaitu main atai separating gel dan stacking gel.
Main gel merupakan gel yang komposisinya paling banyak dan terletak
dibagian ba#ah alat. Main gel berfungsi untuk memisahkan protein
berdasarkan berat molekulnya. /tacking gel terletak pada bagian atas,
digunakan untuk mencetak sumuran (sekat pemisah untuk penempatan
sempel". %rotein tertarik ke bagian ba#ah oleh arus listrik. %rotein yang
memiliki berat molekul paling kecil bergerak cepat sehingga tertarik sampai
bagian ba#ah gel, sedangkan protein yang memiliki berat molekul paling
besar akan berada pada bagian atas dari gel. %rotein marker digunakan sebagai
standart untuk menentukan berat molekul dari sampel.
/ejumlah mode pemisahan yang mungkin. $alam gel native elektroforesis
dibebankan analit dibedakan menurut mobilitas jelas mereka, dan ukuran. natrium
dedocylsulfate&poliakrilamida gel elektroforesis (/$/&%A-E" analit diperlakukan
sedemikian rupa sehingga mereka semua menunjukkan muatan yang sama untuk
si;e rasio. maka mereka hanya dipisahkan oleh perbedaan ukuran mereka.
C. Proses Elektroforesis SDS-PAGE
-ambar 2.5 Elektroforesis -el (-E"
Gel Media
Elektroforesis -el poliakrilamida termasuk salah satu elektroforesis yang
umum digunakan selain elektroforesis gel Agarosa dan memiliki kelebihan yaitu 4
mudah atau cepat pengerjaanya, murah harganya, pemisahan suatu makromolekul
biologic, biaya pemisahan yang sangat besar.
Menurut /tenesh dalam :itra#ani (!<<=" teknik elektroforesis dapat
dibedakan menjadi dua cara, yaitu 4 elektroforesis larutan (moving boundary
electrophoresis" dan elektroforesis daerah (zone electrophoresis". %ada teknik
elektroforesis larutan, larutan penyangga yang mengandung makro&molekul
ditempatkan dalam suatu kamar tertutup dan dialiri arus listrik. 'ecepatan migrasi
dari makro&molekul diukur dengan jalan melihat terjadinya pemisahan dari
molekul (terlihat seperti pita" di dalam pelarut. /edangkan teknik elektroforesis
daerah adalah menggunakan suatu bahan padat yang berfungsi sebagai media
penunjang yang berisi (diberi" larutan penyangga. Media penunjang yang biasa
dipakai adalah gel agarose, gel pati, gel poliakrilamida dan kertas sellulose
poliasetat. Adapaun menurut /argent > -eorge (!<?@" elektroforesis daerah
disebut sebagai elektroforesis gel dengan dua buah model yaitu horizontal dan
vertikal. Metode yang biasa digunakan adalah model horizontal, karena
mempunyai beberapa keuntungan yaitu peralatan yang digunakan sangat
sederhana, relatif murah dan pemisahan untuk enzim tertentu dapat menghasilkan
pemisahan yang lebih baik.
-el yang digunakan dalam elektroforesis ada 5 macam4
!. -el poliakrilamida denaturasi, berfungsi dalam penanda oligonukleotida
dan menganalisis pemanjangan primer.
2. -el alkalin agarosa, berfungsi untuk memisahkan rantai $)A yang
berukuran besar.
5. -el agarosa formaldehid denaturasi, berfungsi untuk menyediakan sistem
elektroforesis *)A pada .kuran /tandar ($avis dkk. !<<A4 !@!".
-el agarosa merupakan turunan desulfonated agar&agar, suatu senya#a
yang dapat diisolasi dari membran sel ganggang. untuk persiapan gel, agarosa
dilarutkan dalam buffer yang dipilih, dipanaskan sampai titik didih dan dituangkan
ke dalam tangki elektroforesis. pada pendinginan gelasi terjadi. pori&pori di
agarosa gel cukup besar mulai dari !@ nm konsentrasi !B (! mg m+&!" sampai
@ nm 7.)$/ konsentrasi ,!=B (!,= mgCm+&!". pori&pori besar hanya
terbatas untuk protein berat molekul yang sangat tinggi atau asam nukleat. untuk
sebagian analit, agarosa gel nonrestrictive.
-el %oliakrilamida disiapkan oleh co&polimerisasi akrilamida dan agen
cross&linking, )) metilen & bisacrylamide dalam buffer elektroforesis dipilih.
ukuran pori dan sifat pengayakan maka molekul %A gel tergantung pada
konsentrasi total serta tingkat silang ,B
%ergerakan $)A pada elektroforesis dipengaruhi oleh beberapa faktor
sebagaberikut4
!. .kuran molekul $)A.
Molekul $)A kecil akan melintasi gel lebih cepat karena ruang gerak yang
tersedia untuk melintasi gel lebih banyak.
2. 'onsentrasi gel.
'onsentrasi agarosa yang semakin tinggi menyebabkan molekul&molekul
$)A sukar mele#ati gel. 'onsentrasi gel tinggi mempermudah $)A
berukuran kecil mele#ati gel, sedangkan konsentrasi gel rendah
mempermudah molekul $)A berukuran besar untuk melintasi gel.
5. 9entuk Molekul
Molekul yang berbentuk supercoil atau elips akan bergerak lebih cepat
mele#ati gel.
A. $ensitas muatan
Molekul dengan densitas tinggi akan lebih cepat bergerak dibandingkan
molekul dengan densitas yang rendah. $ensitas merupakan jumlah muatan
per unit volume molekul.
@. %ori&pori gel.
%ori&pori yang lebih besar akan mempermudah pergerakan $)A mele#ati
gel, sedangkan pori&pori yang lebih kecil akan lebih sulit dilalui oleh
molekul $)A.
=. 3oltase.
3oltase tinggi akan menyebabkan cepatnya pergerakan molekul $)A. (al
tersebut dikarenakan oleh tingginya muatan positif yang ditimbulkan.
?. +arutan buffer.
9uffer dengan kadar ion tinggi akan menaikkan konduktansi listrik
sehingga migrasi $)A akan lebih cepat.
Aliran Elektroforentik.
/ifat alamiah ion&ion selalu bergerak menuju kutub listrik yang berla#anan, kation
akan bergerak menuju katoda (kutub listrik negatif", sebaliknya anion akan
bergerak menuju anoda (kutub listrik positif". Akan tetapi, molekul netral tidak
akan bergerak. Aliran ion&ion menuju kutub listrik yang berla#anan ini disebut
aliran elektroforetik yang diperlihatkan dalam gambar 2. Aliran elektroforetik
inilah yang merupakan dasar pemisahan dalam elektroforesa klasik (/umar
(endayana, %h.$, 2=".
-ambar 2.A. pengaruh medan listrik terhadap ion&ion (aliran
elektroforetik" (sumber4 +. :hompson, et.al (!<<?""
Aliran elektroosmotik.
$alam elektroforesik kapiler, pipa kapiler yang terbuat dari gelas menggantikan
media kertas atau lempeng silika gel pada elektroforesis klasik. $i sini, latutan
buffer dipakai sebagai pengisis pipa kapiler. 9ila permukaan pipa kapiler tersebut
berkontak dengan larutan dalam air maka permukaan gelas akan dilapisi anion
(/i8
&
" yang berasal dari reaksi hidrolisis silika dengan air sehingga permukaan
pipa kapiler tersebut bermuatan negatif. Akibatnya kation&kation yang berasal dari
buffer menutupi lapisan negatif pipa kapiler dan merupakan lapisan kedua pada
permukaan pipa kapiler. 'alau arus listrik searah bertegangan tinggi dialirkan
diantara ujung&ujung pipa kapiler maka kation&kation yang melapisi permukaan
pipa kapiler tersebut akan bergerak menuju katoda (kutub negatif". Aliran lapisan
kation yang cepat ke katoda ini dikenal dengan aliran elektrostatik. Aliran
elektroosmotik diilustrasikan dalam gambar 5(/umar (endayana, %h.$, 2=".
-ambar 2.@. %engaruh medan listrik terhadap ion&ion (aliran
elektroosmotik" (sumber4 +. :hompson, et.al (!<<?""
'arena cepatnya aliran elektroosmotik maka aliran elektroosmotik akan
lebih dominan dibandingkan dengan aliran elektroforetik. $engan demikian secara
keseluruhan aliran menuju ke satu arah yaitu ke katoda. 1adi dalam kenyataannya
semua molekul baik yang bermuatan maupun netral akan terba#a ke katoda.
:entunnya ion positif (kation" bergerak menuju katoda paling cepat karena aliran
elektroforetiknya searah dengan aliran elektroosmotik. Molekul netral menepati
urutan tercepat kedua dan ion negatif (anion" paling lambat karena aliran
elektroforentiknya berla#anan dengan aliran elektroosmotik(/umar (endayana,
%h.$, 2=".
-erakan ion&ion atau molekul menuju katoda dalam eksperimen
elektroforesis kapiler diperhatikan dalam gambar 5. .ntuk lebih memahami
konsep gerakan ion&ion atau molekul netral ke katoda dapat digunakan suatu
analogi. Aliran elektroosrnotik dapat dianalogikan sebagai aliran sungai yang
deras. Don positif (kation" dapat dianalogikan sebagai ikan yang sedang berenang
ke hilir sedangkan ion negatif (anion" dapat dianalogikan sebagai ikan yang
sedang berenang ke hulu, dan molekul netral dapat dianalogikan sebagai ikan
mati. 9ila air sungai mengalir dengan deras maka semua ikatan yang ada dalam
sungai akan menuju ke hilir.
'ecepatan ion&ion atau molekul bermuatan (solut" menuju katoda
dipengaruhi oleh medan listrik yang dapat di formulasi sebagai berikut
3 E
ef
E F
eo
E
3 menyatakan kecepatan solut menuju katoda,
ef
adalah mobilitas elektroforetik,
eo
adalah mobilitas elektroosmotik, dan E adalah tegangan listrik(/umar
(endayana, %h.$, 2=".
-ambar 2.= %engaruh aliran elektroosmotik dalam elektroforesis
kapiler (sumber4 +. :hompson, et.al (!<<?"
7. Instr!entasi Elektroforesis
!. Elektroforesis -el
/ebuah ruang elektroforesis dengan #aduk penyangga dan thermostat
pendingin dan komponen utama yang diperlukan untuk elektroforesis gel.
pemisahan dapat dilakukan secara vertikal atau horizontal. catu daya memberikan
tegangan typi ;allally 2&@ 3 dengan arus listrik cof A Artikel 9aru !.
elektroda dicelupkan ke dalam #aduk penyangga di setiap sisi gel. untuk sebagian
pemisahan biomolekuler, p( /ochen bah#a analit bermuatan negatif. sehingga
analit bermigrasi ke arah pada anoda. /eluruh instrumen dalam kotak isolasi untuk
melindungi pengguna dari tegangan tinggi .
*uang elektroforesis mengandung matriks gel direndam dalam buffer
elektrolit. gel vertikal dapat dipolimerisasi dalam tabung kaca atau %erspe; dengan
,@ sampai ! cm id dan 5 sampai ! cm panjangnya. alternatif gel dapat berperan
sebagai lempengan persegi panjang tipis di mana beberapa sampel dapat
dijalankan secara paralel. gel slab dapat dipolimerisasi pada foil lembam untuk
pemisahan horizontal atau dituangkan ke dalam tangki vertikal. ketebalan gel slab
adalah sekitar !&5 mm. minigel yang memiliki panjang dan lebar sekitar Gcm ; G
cm, tapi gel lebih besar hingga A ; 2 cm juga umumnya digunakan.
.ntuk pemisahan vertical,/ampel dilarutkan dalam gliserol atau sukrosa
solusi kepadatan tinggi untuk mencegah mereka dari pencampuran dengan
penyangga di upper reservoir. sumur sampel dalam gela slab dibuat selama
pengecoran dengan menggunakan sisir atau pembentuk yang tepat. karena bentuk
dari sampel sumur, bergerak analit dalam bentuk pita yang sempit dan lebar
:ermostat diperlukan untuk kontrol tempratur. ruang dikontrol
temperatrue memastikan lebih direproduksi separatios $an karena mereka
membantu untuk mengusir panas dan melindungi analit sensitif dari degradasi
termal. %emisahan dapat memnggunakan #aktu beberapa jam. setelah selesai gel
dihapus dari pemegangnya. %ita analit daripada divisualisasikan, biasanya dengan
pe#arnaan.
-ambar 2.? 9entuk Hbentuk Elektroforesis -el2 a. bentuk tabung2 b. bentuk
horizontal2 c. bentuk vertical (Andreas Manz, et.al, 2!".
Visualisasi Dan Deteksi
9entuk %ita dipisahkan yang paling sering divisualisasikan dengan
pe#arnaan dengan #arna, pe#arna fluorescent atau dengan perak. pe#arna dan
commomly digunakan adalah coomassie brilian biru. gel direndam dalam larutan
alkohol asam ini temperatur tinggi pe#arna dan dibiarkan selama beberapa jam,
pe#arna 'elebihan ini kemudian dihapus oleh jumlah mencuci langkah. $eteksi
batas untuk protein berkisar sekitar ! ng ke !. pe#arnaan perak lebih sensitif
dengan batas deteksi, ! ng. proses pe#arnaan ini mirip dengan protografhy.
Metode Gel Elektroforesis
A. /odium $odecyl /ulfate H %olyacrylamide -el Elektrforesis (/$/ H %A-E"
%rinsip pemisahan /$/I%A-E semata&mata didasarkan pada perbedaan
ukuran protein dan berat molekul. protein yang benar&benar didenaturasi dengan
adanya deterjen anionik natrium dedocyl asetat (/$/". %reparasi sampel biasanya
melibatkan pemanasan protein pada temperature <@

,. dengan adanya /$/ yang

berbih dan agen tiol&reducing seperti mercapto etanol. (asilnya lengkap
diperoleh terjadi pada struktur sekunder dan tersier. Molekul melintang melalui
jembtan yaitu sulfide dan ikatan /$/ dengan asam amino
9. Dsoelektrik 7ocussing (DE7"
Dsoelektrik 7ocussing (DE7" memungkinkan pemisahan analit z#itterionic
seperti protein atau peptida menurut ke titik isoelektrik mereka. ief diterapkan
untuk pemisahan dan pemurnian protein peptida dan asam amino pada analitis
serta skala preparatif. -el agarose dan %A keduanya digunakan pada metode DE7.
,. $ua $imensi -el Elektroforesis (2$&-E"
%ada 2$&-E, dua metode elektroforesis dikombinasikan dengan gel
tunggal. 9agian yang satu akan terpisah yang dibentuk dengan satu dimensi,
berikutnya yang lain akan terpisah sama dengan yang pertama. $engan metode
ini, pencampuran seribu protein atau asam nukleat dapat dipisahkan dengan
resolusi yang tinggi. (asil fingerprint dapat dibandingkan dengan database
elektronik. (asilnya bisa, bagaimanapun, sulit untuk mereproduksi dan metode ini
secara teknis menantang membutuhkan pengalaman personil dalam operasi.