METABOLISME NUKLEOTIDA

PURIN DAN PIRIMIDIN

Siti Maryam
Nukleotida


Merupakan prekursor / dasar untuk asam
nukleat, RNA dan DNA

Struktur terdiri dari
Basa
Gula
phosphat
Nukleotida berbeda dengan nukleosida karena
nukleosida tdk mempunyai gugus fosfat

Sehingga kita sering menuliskan nukleotida
sebagai
Nukleosida monofosfat
Nukleosida difosfat
Nukleosida trifosfat
Tergantung pada jumlah fosfat yg dimiliki

Deoksiribonukleotida ditulis dng tambahan d
menunjukkan adanya gugus hidroksil pd atom C
nomer 2
Terdiri dari 2 golongan :
Ribonukleotida
Deoksiribonukleotida
Jenis nukleotida :
Nama tergantung pada basanya
Jumlah fosfat yang dimiliki

Adenin AMP, ADP, ATP, dAMP, dADP, dATP
Guanin GMP, GDP, GTP, dGMP, dGDP, dGTP
Sitosin CMP, CDP, CTP, dCTP, dCDP, dCTP
Timin TMP, TDP, TTP, -
Urasil UMP, UDP, UTP, dUMP, dUDP, dUTP
Nukleotida mengikat basa nitrogennya pada
atom C no. 1, dgn ikatan glikosida
Gugus fosfat terikat pada gugus hidroksil atom C
no. 5
Kedua kondisi diatas, menyebabkan nukleotida
mempunyai sifat sifat:
Gugus phosphat bertindak sbg asam kuat
(pKa= 1)
Gugus amina dr basa purin dan pirimidine,
dpt di protonasi
Nukleotida mampu menyerap sinar uv
dapat diukur konsentrasinya

Kegunaan Biomedis
Sebagai sumber energi (ATP dll)
Bagian dari koenzim
Sebagai regulator dan 2
nd
messenger
(cAMP dan cGMP)
Sebagai penyusun RNA dan DNA
Semua sel dalam tubuh dapat mensin-
tesa purin dan pirimidin.
Asam nukleat dari makanan akan di-
katabolisme menjadi asam urat (purin)
dan -alanin atau -amino isobutirat
(pirimidin) dan CO
2
, NH
3
.

Tidak ada
purin atau pirimidin dari makanan yang
digabung dgn asam nukleat jaringan.

NUKLEOSIDA
Nukleosida yang lain
Nukleotida
Nukleotida yang lain
Basa
Nukleosida
Nukleotida
Polinukleotida
Terikat dgn 3-5 fosfodiester
DNA double stranded anti paralel
De novo sintesa Purin nukleotida
Basa purin disintesa dalam bentuk
nukleotida
Ribosa 5-fosfat dengan ATP akan membentuk
5-fosforibosil 1-pirofosfat (PRPP)
Enzim yg mengkatalisa :
PRPP sintase
Terjadi dalam banyak jaringan
PRPP berfungsi : juga dlm sintesa pirimidin,
NAD dan NADP
Dipengaruhi oleh : Di dan Tri fosfat,
2,3 DP Gliserat

Pembentukan IMP
1.PRPP + glutamin 5-fosforibosilamin (PRA)
(glutamin-PRPP amidotransferase).
2.Gugus amino asilasi oleh glisin
glisinamid ribonukleotida (GAR) (GAR sintase)
3.Gugus formil dari 10-formiltetrahidrofolat pada
N-7 menjadi Formilglisinamid ribonukleotida
(FGAR) ( GAR transformilase)
4.Amida diubah menjadi amidin, memerlukan
ATP, glutamin sebagai sumber N
formilglisinamidin ribonukleotida (FGAM)
(FGAM sintase)
5.Penutupan cincin (5), memerlukan ATP
aminoimidazol ribonukleotida (AIR) (AIR sintase)
6.Pengikatan CO
2
pada C-5, yang akan
membentuk C-6, karboksiimidazol ribonukleotida
(CAIR) (AIR karboksilase). Tidak memerlukan
biotin. CO
2
mula-mula diikatkan pada N-3,
kemudian dipindah terikat pada C-5. Perlu ATP
7 dan 8. Aspartat berkondensasi dengan karboksilat
yang baru terbentuk menjadi suatu amida,
aminoimidazol suksinilokarboksamida ribonukletida
(SAICAR) (SAICAR sintase).
Fumarat dipecah oleh enzim adenilosuksinat liase
dan menghasilkan amino-imidazol karboksamida
ribonukleotida (AICAR)
9.Menyerupai tahap ketiga, 10-formiltetrahidrofolat
menyerahkan gugus formil (-CH=O) pada gugus
amino (N-3) dari aminoimidazol karboksamida
ribonukleotida. (AICAR transformilase)
10.Nitrogen dari amida berkondensasi dengan
gugus formil, dan menutup cincin (6 sudut) purin.
(IMP siklohidrolase)
Mulai tahap ke 1 hingga ke 10 memerlukan
5 ATP, selain itu pembentukan PRPP juga
memerlukan ATP. (Untuk mengubah glutamat
Menjadi glutamin juga perlu ATP)
+
Purine Nucleotide Synthesis
OH
H
H
CH
2
OH
OH
H H
O

O
2-
O
3
P
-D-Ribose-5-Phosphate (R5P)
O
H
H
CH
2
OH
OH
H H
O

O
2-
O
3
P
5-Phosphoribosyl--pyrophosphate (PRPP)
P
O
O
O P
O
O
O
ATP
AMP
Ribose
Phosphate
Pyrophosphokinase
H
NH
2
H
CH
2
OH
OH
H H
O

O
2-
O
3
P
-5-Phosphoribosylamine (PRA)
Amidophosphoribosyl
Transferase
Glutamine
+ H
2
O
Glutamate
+ PP
i
H
NH
H
CH
2
OH
OH
H H
O
O
2-
O
3
P
C O
H
2
C NH
2
Glycinamide Ribotide (GAR)
GAR Synthetase
Glycine
+ ATP
ADP
+ P
i
H
2
C
C
NH
O
CH
H
N
O
Ribose-5-Phosphate
Formylglycinamide ribotide (FGAR)
H
2
C
C
NH
O
CH
H
N
HN
Ribose-5-Phosphate
Formylglycinamidine ribotide (FGAM)
THF N
10
-Formyl-THF
GAR Transformylase
ATP +
Glutamine +
H
2
O
ADP +
Glutamate + P
i
FGAM
Synthetase
HC
C
N
CH
N
H
2
N
Ribose-5-Phosphate
4
5
5-Aminoimidazole Ribotide (AIR)
ATP
ADP + P
i
AIR
Synthetase
C
C
N
CH
N
H
2
N
OOC
Ribose-5-Phosphate
4
5
Carboxyamidoimidazole Ribotide (CAIR)
ATP
+HCO
3
ADP + P
i
AIR
Car boxylase
Aspartate
+ ATP
ADP
+ P
i
SAICAR Synthetase
Adenylosuccinate
Lyase
Fumarate
C
C
N
CH
N
NH
Ribose-5-Phosphate
4
5
5-Formaminoimidazole-4-carboxamide
ribotide (FAICAR)
C
H
2
N
O
C
H
O
C
C
N
CH
N
H
2
N
Ribose-5-Phosphate
4
5
5-Aminoimidazole-4-carboxamide
ribotide (AICAR)
C
H
2
N
O
C
C
N
CH
N
H
2
N
C
N
H
O
HC
COO
CH
2
COO
Ribose-5-Phosphate
4
5
5-Aminoimidazole-4-(N-succinylocarboxamide)
ribotide (SAICAR)
THF
AICAR
Transformylase
N
10
-Formyl-
THF
Inosine Monophosphate (IMP)
HN
HC
N
C
C
C
N
CH
N
O
4
5
H H
CH2
OH
OH
H H
O
O
2-
O
3
P
IMP
Cyclohydrolase
H
2
O
PRPP + Gln
PRA
GAR
FGAR FGAM AIR
CAIR
SAICAR
AICAR
FAICAR IMP
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
2, 4, 5, 6, dan 7
perlu ATP
Ringkasan de novo sintesa purin nukleotida
Pembentukan AMP dan GMP
IMP dapat diubah menjadi AMP atau GMP
GMP. IMP dioksidasi menjadi XMP
(xanthosine) memerlukan NAD
+
(IMP dehidrogenase)
O pada 2 diganti N (glutamin). Perlu ATP
(GMP sintetase)
AMP.IMP dpt N (aspartat) mengganti O pd
pos. 6. (adenilosuksinat sintase)Perlu
GTP. Fumarat lepas. (adenilosuksinat
liase)

IMP Conversion to AMP
IMP Conversion to GMP

NAD
+

Inosin 5-monofosfat
(IMP)
adenilosuksina
t
Guanosin 5-monofosfat
(GMP)
Santosin 5-monofosfat
(XMP)
GTP
NADH + H
+

GDP + P
i

ATP
ADP + P
i

Gln
Glu
IMP dehidrogenase
GMP sintetase
adenilosuksinat
sintetase
Asp
Adenosin 5-monofosfat
(AMP)
adenilosuksinase
fumarat
Mekanisme kontrol pada de novo
sintesa purin nukleotida
Fase pertama : thd amidotransferase
(oleh inhibitor-inhibitor dan atau PRPP)
Pengaturan kadar ATP dan GTP
(ATP diperlukan dlm sintesa GMP
GTP diperlukan dlm sintesa AMP)
Ada beberapa feedback inhibition

Feedback
Inhibition in
Purine Nucleotide
Biosynthesis

PRPP
IMP
XMP
5-fosforibosilamin
adenilosuksinat
GMP
AMP
GDP
GTP
ADP
ATP






Katabolisme dan salvage purin nukleotida
Dalam usus : asam nukleat oleh ribonuklease atau
deoksiribonuklease polinukleotida nukleotida
(fosfodiesterase) nukleosida (nukleosidase) :
basa pur / pir + ribosa (lumen usus)
basa pur / pir + Ribose 1-fosfat (dR 1-P)
(dlm sel: nukleosid fosforilase)
Basa Pur / Pir dipecah (usus, hepar)
salvage nukleotida
R 1-P (dR 1-P) R 5-P (dR 5-P)
R 5-P PRPP
MHP Shunt

Asam nukleat
Guanosin
nuklease
Asam Urat
P
i

NH
4
+

nuklease
Nukleotida guanin
Adenosin
IMP
Inosin
Guanin Hiposantin
Santin
santin oksidase
Ribosa 1-P
P
i
NH
4
+

NH
4
+
P
i

P
i

P
i

Ribosa 1-P
guanase
santin oksidase
purin nukleosida
fosforilase
purin nukleosida
fosforilase
nukleosidase
nukleosidase
adenosin
deaminase
nukleosidase AMP deaminase
Allopurinol menghambat
Xanthine oksidase dan
Xanthine dehidrogenase
Santin (Xanthine) oksidase : pd
mammalia adalah enzim ekstra
selluler.
Mungkin suatu perubahan
bentuk dari santin (xanthine)
dehidrogenase
(enzim intra selluler)
Daur salvage (daur penyelamatan
daur ulang):
Adenin
Guanin
Hiposantin
Nukleotida
Adenin + PRPP
AMP + PPi
Hiposantin + PRPP
IMP + PPi
Guanin + PRPP
GMP + P
Pi
Adeninfosforibosiltransferase (APRT)
Hiposantin-guanin fosforibosiltransferase (HGPRT)
NUKLEOTIDA PIRIMIDIN
Pirimidin
De novo sintesa Pirimidin
nukleotida
Lebih sederhana dari sintesa purin
PRPP ditambahkan setelah cincin
pirimidin terbentuk.
Cincin pirimidin berasal dari :
Bikarbonat ( C-2 ), Amida glutamin ( N-3 ),
aspartat ( C-4, C-5, C-6 dan N-1 )
Ada 6 tahap
PIRIMIDIN

N
N
Amina glutamin
Aspartat
HCO
3
-
Ada 6 tahap dalam sintesis nukleotida
pirimidin. Lima dari enam proses
berlangsung dalam sitosol dan satu
berlangsung dalam mitokondria.

Glutamin + CO
2
+ 2ATP
2ADP
Karbamoil fosfat
Glutamat
P
i

Aspartat
P
i

N-karbamoil aspartat
Dihidroorotat
Orotat
NAD
+

PRPP PP
i

Orotidin 5-monofosfat
(OMP)
NADH + H
+

Uridin 5-monofosfat
(UMP)
CO
2

1
2
3
4
5 6
Enzim yang mengkatalisis reaksi adalah :
1) karbamoil fosfat sintase II, 2) aspartat
karbamoil transferase, 3) dihidroorotase,
4) dihidroorotat dehidrogenase, 5) orotat
fosforibosiltransferase, 6) OMP
dekarboksilase.
Pembentukan CTP
UMP + ATP UDP + ADP (uridilat kinase)
UDP + ATP UTP + ADP (nukleosida difosfat
kinase)
UTP + ATP CTP (CTP sintase)
CTP sintase dihambat oleh CTP (feeback inhibition)

CTP juga dapat menghambat secara parsial
Aspartat transkarbamoilase (ATCase)

Kadar CTP terkontrol sesuai dengan kebutuhan
TAHAP II
Pemb UTP dari UMP
ATP ADP ATP ADP
UMP UDP UTP
Pembentukan CTP dari UTP
oleh CTP sintetase

Pembentukan CTP dari UTP
oleh CTP sintetase

N
N
O
OH
HO
O P

Gln Glu
ATP ADP + P
i

O
O
H
P P
Uri di n 5'-tri fosfat (UTP) Si ti di n 5'-tri fosfat (CTP)
P P
O
P O
HO
OH
O
N
N
NH
2
UMP UDP
(ATP ADP)
UDP UTP
(ATP ADP)
Mekanisme kontrol pada de novo
sintesa pirimidin nukleotida
Pada manusia :
terutama pada CPSII
Dihambat oleh : UTP (UMP)
Diaktivasi oleh : PRPP
OMP dekarboksilase : dihambat oleh
UMP dan CMP (pada keadaan normal
tidak penting)
Pengendalian sintesis nukleotida
pirimidin
CO
2
+ Gln
Karb-Asp + P
i

UMP
Asp
ATP ADP
Karb-P + Glu
UDP
UTP
dUDP
CTP
CDP dCDP
ATP
Gln
bakteri
mamalia


Kontrol sintesa
Pirimidin di E. Coli
Pembentukan deoksiribonukleotida

Pembentukan deoksiribonukleotida
De novo sintesa dan sebagian besar jalur
salvage melibatkan nukleotida (kecuali
timin, sedikit sekali lewat jalur salvage
BDP direduksi pd pos. 2 ribosa dBDP
Enzim : nukleosida difosfat reduktase
tioredoksin (thioredoxin)
Tioredoksin teroksidasi + NADPH
HS-T-SH + NADP

Katabolisme pirimidin nukleotida
Tahapan awal = purin
CMP dan UMP -alanin + CO
2
+ NH
3

dTMP -amino isobutirat + CO
2
+ NH
3
Hasil katabolisme bisa masuk ke TCA
Cycle
-alanin Asetil-KoA
-amino isobutirat Suksinil-KoA
Pada bakteri : -alanin KoA
Jalur degradasi nukleotida
pirimidin

Sitidin
nuklease
RNA
CMP UMP
Uridin
P
i

P
i

NH
4
+

NH
4
+

Deoksiuridin
DNA
dCMP dTMP
NH
4
+

NH
4
+

nuklease
deoksisitidin
P
i

deoksitimidin
P
i

Deoksiribosa 1-P
Deoksiribosa 1-P
ribosa 1-P
Urasil
Timin
dUMP
P
i

Degradasi Urasil dan Timin

Urasil
dihidrourasil
-ureidopropionat
-alanin
NADPH + H
+

NADP
+

CO
2
+ NH
4
+

Timin
dihidrotimin
-ureidoisobutirat
-aminoisobutirat
NADPH + H
+

NADP
+

CO
2
+ NH
4
+

KELAINAN METABOLISME PIRIMIDIN
Hasil akhir metabolisme pirimidin larut
dalam air, tidak banyak kelainan yang
disebabkannya.
Ada dua penyakit bawaan
(mempengaruhi sintesa pirimidin)
eksresi asam orotat (orotat aciduria).
Kelainan ini disebabkan karena
kekurangan enzim yang mempunyai dua
fungsi sebagai :
Orotat fosforibosil transferase
OMP dekarboksilase

Gejala dan tanda-tanda :
hambatan pertumbuhan (retarded growth)
anemia berat hipokhromik
sumsum tulang megaloblastik
(megaloblastic bone marrow).
Leukopeni juga sering dijumpai.

Kelainan ini bisa diobati dengan uridin dan atau
sitidin. Uridin &/ sitidin UMP (nukleosida
kinase). UMP akan menghambat CPS II, dengan
demikian mengurangi pembentukan asam
orotat.