A.

Perangkat Lunak yang Digunakan

ChemBioDraw
Digunakan untuk menggambar struktur ligan baik ligan uji atau ligan untuk
memvalidasi program.
HyperChem
Digunakan untuk optimasi geometri dan analisis sifat molekul dari ligan yang telah
digambar.
SwissPDBViewer (free: http://www.expasy.org)
Digunakan untuk memisahkan atau mengekstrak ligan atau molekul di dalam
kantung aktif reseptor atau enzim yang tidak ingin diikut sertakan dalam proses
docking
Ligand Explorer Viewer (online: http://www.pdb.org/pdb/explore)
Digunakan untuk melihat interaksi antara ligan dengan enzim yang terkristal
Q-Site Finder (online)
Digunakan untuk analisis volume kantung aktif reseptor atau enzim
Autodock (free: http://autodocks.scrips.edu)
Digunakan untuk proses docking ligan ke dalam kantung aktif reseptor atau enzim
OpenBabel (free: http://openbabel.org)
Digunakan untuk mengubah format data selama proses docking dilakukan
B. Metode Docking
1. Persiapan Ligan
Mencari sumber yang valid untuk gambar struktur ligan uji yang akan digunakan
selama proses docking
Menggambar ligan uji (2D) menggunakan ChemBioDraw gambar disimpan dalam
format cdx (misal: ligan1.cdx) buat bentuk 3D, disimpan dalam format c3d (misal:
ligan1.c3d)
Gambar ligan 2D (ligan1.cdx) diubah formatnya menggunakan OpenBabel format
menjadi HIN (misal: ligan1.HIN) [Format HIN digunakan pada saat mengoptimasi
dengan HyperChem]
Gambar dengan format ligan1.HIN dioptimasi geometri dan analisis sifat molekul
dengan HyperChem
Hasil optimasi disimpan dengan nama baru tetap dengan format HIN (misal:
ligan1H.HIN)
Ligan yang telah dioptimasi (ligan1H.HIN) diubah formatnya menjadi pdb
(ligan1H.pdb) dengan OpenBabel [Format pdb digunakan pada saat proses docking].
2. Persiapan Reseptor atau Enzim
Mencari reseptor atau enzim yang akan digunakan dalam proses docking di situs
www.pdb.org unduh reseptor atau enzim dengan format pdb (misal: 1o86.pdb)
yang akan digunakan
Analisis interaksi ligan dengan reseptor atau enzim yang terkristal menggunakan
Ligand Explorer Viewer amati interaksi apa saja yang terjadi dan molekul apa saja
yang terlibat [fungsinya agar pada saat mengekstrak atau menghilangkan molekul
dari reseptor atau enzim, tidak menghilangkan molekul yang memiliki peran pada
reseptor atau ligan tersebut]
Analisis kantung aktif reseptor atau enzim dengan Q-site Finder ketahui daerah
kantung aktif serta volume kantung aktif
Mengekstraksi ligan atau molekul dari reseptor atau enzim yang diunduh (1o86.pdb)
disimpan kembali dengan nama baru (misal: res.pdb)
3. Proses Docking
Setiap proses docking dibuat dalam 1 folder docking pada drive D: (nama folder
misal: dock1 [artinya folder docking pertama]) berisi file ligan1H.pdb ; res.pdb ;
autodock4 ; autogrid4
Langkah selanjutnya ada pada file word: TUTORIAL DOCKING AutoDock4.2
#Sebelum proses docking dilakukan lakukan Proses Validasi terlebih dahulu
Proses Validasi
1. Ekstrak ligan yang terkristal dalam reseptor atau enzim yang digunakan menggunakan
SwissPDBViewer [Jika pada reseptor sudah terdapat ligan yang memiliki efek yang diteliti]
simpan dalam bentuk pdb dengan nama baru (misal: kaptoril.pdb)
2. Kaptopril hasil ekstrak (kaptopril.pdb) diubah menjadi format HIN dan pdb (misal: kaptopril.HIN
dan kaptopril.pdb) dengan OpenBabel kaptopril.HIN di add hydrogen tanpa dioptimasi
kemudian disimpan dalam format HIN
3. Gambar Kaptopril menggunakan ChemBioDraw kemudian tahap selanjutnya seperti persiapan
ligan sampai didapat kaptopril hasil gambar dengan format HIN (misal: kapH.HIN)
4. Kemudian kedua data (kaptopril.HIN dan kapH.HIN) di overlay dengan menggunakan
HyperChem lihat nilai RMSD (Root Mean Standard Deviation) [parameter validasi untuk
tahap overlay]
5. Validasi proses docking dilakukan dengan mendocking kaptopril yang diekstrak kaptopril.pdb
kedalam res.pdb [validasi dilakukan sebanyak 15 kali (ini pada saat skripsi umumnya lebih
banyak bahkan sampai ratusan data)]
6. Analisis data hasil validasi berdasarkan parameter kemiripan asam amino dan interaksi yang
terjadi
#pada saat proses docking sebelumnya harus dilakukan tahap orientasi grid terlebih dahulu untuk
menemukan tempat docking yang paling mendekati tepat baik koordinat doking maupun ukuran
besar atau kecilnya gridbox

Pesan: teh rima ini aku bikin sendiri jadi maaf ya kalau bahasanya ada yang kurang dimengerti