Replikasi DNA

Replikasi : proses perbanyakan bahan genetik (genom : DNA dan RNA)

Proses yg mengawali pertumbuhan sel
Replikasi akan diikuti oleh pembentukan sel-sel anakan yg membawa duplikat bhn genetik hasil
replikasi.
Komposisi bahan genetik sel anakan sangat identik dengan komposisi genetik sel induk. ungsi
replikasi ini merupakan !ungsi genotipik.
Kesalahan dlm replikasi bhn genetik dpt mengakibatkan perubahan pd si!at sel-sel anakan
Perbedaan struktural molekul bahan genetik (DNA) menyebabkan perbedaan mekanisme replikasi
pada prokariot dan eukariot
Replikasi pd prokariot dimulai dari satu situs awal replikasi ("R#) dan berlangsung ke dua arah
menu$u daerah terminasi
Replikasi pd eukariot dimulai dari banyak "R#% bergerak ke dua arah
Ada & hipotesis mengenai replikasi DNA yaitu semikonser'ati!% konser'ati! dan dispersi!
(ipotesis semikonser'ati! : setiap molekul untai ganda DNA anakan terdiri atas satu untai-tunggal
DNA induk dan satu untai tunggal DNA hasil sintesis baru.
Konser'ati! : DNA untai ganda induk tetap bergabung sedangkan kedua untaian DNA anakan terdiri
atas molekul hasil sintesis baru.
Dispersi! : molekul DNA induk mengalami !ragmentasi sehingga DNA anakan terdiri atas )ampuran
molekul lama (induk) dan molekul hasil sintesis baru
Di antara ketiga )ara replikasi DNA yang diusulkan tersebut% hanya )ara semikonser'ati! yang dapat
dibuktikan kebenarannya melalui per)obaan yang dikenal dengan nama sentri!ugasi seimbang dalam
tingkat kerapatan atau e*uilibrium density-gradient )entri!ugation.
Per)obaan ini dilaporkan hasilnya pada tahun +,-. oleh /.0. /eselson dan .1. 0tahl.

/odel replikasi semikonser'ati! memberikan gambaran bahwa untaian DNA induk berperan sbg
)etakan (template) bagi pembentukan untaian DNA baru
Dg dmk.% salah satu bagian yg sangat penting dlm proses replikasi DNA adalah denaturasi awal
untaian DNA yg mrpk proses en2imatis
Denaturasi awal ter$adi pd bagian DNA yg disebut "R#.
3ntaian DNA membuka membentuk struktur yg disebut garpu replikasi (repli)ation !ork)
4arpu replikasi akan bergerak sehingga molekul DNA induk membuka se)ara bertahap
/asing-masing untaian DNA yang sudah terpisah% ber!ungsi sebagai )etakan untuk penempelan
nukleotida-nukleotida yg akan menyusun molekul DNA baru.
0ekuens basa nitrogen DNA baru sesuai dengan sekuens basa )etakan DNA komplementernya
Replikasi bahan genetik memerlukan beberapa komponen utama yaitu :
+. DNA )etakan
5. /olekul deoksi ribonukleotida : dA6P% d66P% d76P% dan d46P
&. 8n2im DNA polimerase : en2im utama yg mengkatalisa polimerisasi nukleotida men$adi untaian
DNA
9. 8n2im primase : mengkatalisis sintesis primer untuk memulai replikasi DNA
-. 8n2im helikase : pembuka ikatan untaian DNA induk. Dibantu oleh en2im girase
:. Protein 00; (single strand binding protein) : menstabilkan untaian DNA yg sudah terbuka
<. 8n2im DNA ligase : menyambung !ragmen-!ragmen DNA
Replikasi DNA berlangsung dlm tahapan : +) denaturasi (pemisahan) untaian DNA induk= 5).
peng>awal>an (inisiasi) sintesis DNA= &). Peman$angan untaian DNA= 9). ?igasi !ragmen DNA= -)
peng>akhir>an (terminasi) sintesis DNA
0intesis untaian DNA yg baru akan dimulai segera setelah ke dua untaian DNA induk terpisah
membentuk garpu replikasi.
Pemisahan dilakukan oleh en2im DNA helikase.
Kedua untaian DNA induk men$adi )etakan dlm orientasi -@-P ke arah &@-"(
Aadi% ada dua untaian DNA )etakan yg orientasinya berlawanan
4arpu replikasi akan membuka se)ara bertahap
0intesis untaian DNA baru yang searah dg pembukaan garpu replikasi akan dpt dilakukan dilakukan
tanpa terputus (kontinyu) : untaian DNA awal (leading strand)
0ebaliknya% tahap demi tahap (diskontinyu) : untaian DNA lambat (lagging strand)
/ekanisme replikasi DNA berlangsung se)ara semidiskontinyu karena ada perbedaan mekanisme dlm
proses sintesis kedua untaian DNA
ragmen-!ragmen DNA hasil replikasi diskontinyu (!ragmen "ka2aki) akan disambung (ligasi) dengan
en2im DNA ligase
0intesis untaian DNA yg baru akan dimulai segera setelah ke dua untaian DNA induk terpisah
membentuk garpu replikasi.
Pemisahan dilakukan oleh en2im DNA helikase.
Kedua untaian DNA induk men$adi )etakan dlm orientasi -@-P ke arah &@-"(
Aadi% ada dua untaian DNA )etakan yg orientasinya berlawanan
4arpu replikasi akan membuka se)ara bertahap
0intesis untaian DNA baru yang searah dg pembukaan garpu replikasi akan dpt dilakukan dilakukan
tanpa terputus (kontinyu) : untaian DNA awal (leading strand)
0ebaliknya% tahap demi tahap (diskontinyu) : untaian DNA lambat (lagging strand)
/ekanisme replikasi DNA berlangsung se)ara semidiskontinyu karena ada perbedaan mekanisme dlm
proses sintesis kedua untaian DNA
ragmen-!ragmen DNA hasil replikasi diskontinyu (!ragmen "ka2aki) akan disambung (ligasi) dengan
en2im DNA ligase
Polimerisasi DNA hanya dpt dimulai $ika tersedia molekul primer : molekul yg digunakan untuk
mengawali proses polimerisasi untai DNA
Primer : molekul DNA% RNA atau protein spesi!ik
Pada transkripsi : tidak diperlukan primer.
Dlm replikasi DNA in 'i'o% primer berupa molekul RNA berukuran +B-+5 nukleotida
#n 'itro% misal pada Polymerase 7hain Rea)tion (P7R) : diperlukan DNA sebagai molekul primer
ungsi primer : menyediakan u$ung &@-"( yg akan digunakan untuk menempelkan molekul DNA
pertama dlm proses polimerisasi
0intesis RNA primer dilakukan oleh kompleks protein yg disebut primosom (primaseCbbrp protein
lain)
Diperlukan lebih dari + primer untuk proses sintesis pada untaian DNA lambat (lagging strand)
Pd. prokariot% polimerisasi dikatalisis DNA polimerase ###
Dissosiasi en2im ini dari DNA )etakan ter$adi saat bertemu dengan u$ung -@-P RNA primer yg
menempel pd bagian lain
RNA primer pd !ragmen "ka2aki% didegradasi oleh akti'itas eksonuklease yg ada pd en2im DNA
polimerase #.
;agian RNA yg terdegradasi% diisi oleh molekul DNA% meskipun antar !ragmen masih ada )elah (takik
D ni)k)
7elah terbentuk karena belum ada ikatan !os!odiester antara u$ung &@-"( pd nukleotida terakhir yg
disintesis oleh DNA polimerase # dengan u$ung -@-P !ragmen DNA yg ada didekatnya
6akik ini akan disambung oleh DNA ligase dengan menggunakan NAD atau A6P sebagai sumber
energi
Pada untai DNA awal (leading strand) : hanya diperlukan satu molekul primer pd titik awal replikasi
3ntaian DNA baru disintesis dengan akti'itas DNA polimerase ### se)ara kontinyu.
Replikasi dapat berlangsung ke dua arah yg berlawanan : replikasi dua arah (bidire)tional
repli)ation)
Replikasi 5 arah ter$adi pada prokariot maupun eukariot
Replikasi pada plasmid )ol8+ : satu arah
Proses pemisahan untaian DNA dilakukan oleh en2im DNA helikase
Pd. 8. )oli : heli)ase rep.% DNA helikase #% DNA helikase ## dan protein Dna;
0elain helikase% en2im lain yg berperan dlm pemisahan untaian DNA adalah en2im DNA girase.
DNA girase adalah salah satu en2im topoisomerase : suatu en2im yg dpt mengubah topologi
molekul DNA yakni dengan memutus ikatan hidrogen
Protein 00b men$aga agar bagian DNA yg sudah terpisah tidak berikatan lagi sehingga dpt
digunakan sebagai )etakan
Protein ini mempunyai si!at kooperati!% artinya pengikatan satu molekul protein pd untai tunggal
DNA akan meningkatkan kekuatan ikat (a!!inity) molekul yg lain beberapa ribu kali.

Pd. 8. )oli sisi terminasi di)irikan oleh urutan basa DNA sepan$ang 5& pb yg berikatan pd suatu
protein spesi!ik yg disebut protein 6us (terminus utili2ation substan)e).
Ada : sisi terminasi : 6erA% 6er;% 6er7% 6erD% 6er8 dan 6er
3rutan konsensus sisi terminal ini adalah : AA66A46A646646AA76AAAN6
3rutan basa DNA ini diperlukan untuk menghentikan garpu replikasi
0ekuens ter berikatan dengan protein 6us sehingga menghentikan akti'itas en2im helikase
Pada saat men$elang akhir replikasi% kedua untai ganda DNA hasil replikasi masih saling berlilitan
sebagai dua )in)in yang disebut )atenane sehingga harus diuraikan (proses de)atenation)
0alah satu )iri genom eukariot adalah strukturnya yang linier% berbeda dengan prokariot yang berupa
DNA lingkar
Pd prokariot : terminasi replikasi ter$adi $ika kedua garpu replikasi bertemu pada sisi terminasi
Pd eukariot : terminasi pd u$ung kromosom menggunakan akti'itas en2im telomerase yang me-
replikasi telomer