Pengantar Biokimia

BIOKIMIA PRODI FARMASI 2009/2010 1
B I O K I M I A B I O K I M I A B I O K I M I A B I O K I M I A
b y
Puji Puji Puji Puji Ardiningsih Ardiningsih Ardiningsih Ardiningsih
PROGRAM STUDI FARMASI
FAD 182, 2 SKS
PENGANTAR BIOKIMIA
SUB POKOK BAHASAN
1. RUANG LINGKUP BIOKIMIA
2. MATRIKS KEHIDUPAN
3. SEL DAN BIOENERGITIKA
4. IKATAN DAN BIOMOLEKUL
B I O K I M I A
Mempelajari STRUKTUR, ORGANISASI,
dan FUNGSI LIVING MATTER dalam
bentuk molekuler (kehidupan dalam
tingkat molekuler)
B I O K I M I A, mempelajari B A G A I M A N A?
STRUKTUR KIMIA komponen benda hidup & interaksinya membentuk
struktur supramolekuler, sel, jaringan multiseluler & organisme
EKSTRAK ENERGI dr lingkungan untuk mempertahankan kehidupan
MENYIMPAN & MENTRANSMISIKAN INFORMASI untuk
pertumbuhan & replikasi
PERUBAHAN KIMIA selama proses reproduksi, penuaan, kematian
sel/organisme
KONTROL REAKSI-REAKSI kimia dalam sel
PRINSIP AREA BIOKIMIA
Struktur kimia komponen benda hidup
berkaitan dg fungsi biologisnya
Metabolisme
Genetika molekular
Gbr.Interweaving of the historical traditions of biochemistry, cell biology, and genetics
Biokimia sebagai Interdisiplin & Disiplin Ilmu
AN INTERDISCIPLINARY SCIENCE
Organic chemistry
Biophysics
Medical
Nutrition
Microbiology
Cell Biology
Physiology
Genetics
A DISTINCT DISCIPLINE
Structure & Reaction biomolecules (Enzyme)
Elucidation of metabolic pathways & their control
KEGUNAAN BIOKIMIA
Agriculture
Medicine
Nutrition
Clinical Chemistry
Pharmacology
Toxicology
APLIKASI BIOKIMIA DALAM BIDANG MEDIS
ELEMEN KIMIA UTAMA BENDA HIDUP
OKSIGEN
HIDROGEN
NITROGEN
KARBON
BIOMOLEKUL adalah SENYAWA KARBON.
Kemampuan atom C membentuk ikatan kovalen yang stabil, dengan
berbagai jenis struktur rantai linier, bercabang, siklik dan kombinasinya
untuk membentuk kerangka berbagai variasi molekul organik
Gambar 2 & tabel 1
Gbr: Composition of the universe, the earth's crust, and the human body.
Tabel. 1 Elemen yang ditemukan dalam organisme
BIOMOLEKUL UTAMA SEL
PROTEIN , polipeptida : enzim, struktural sel, transport,
nutrien, kontraktil.
KARBOHIDRAT, polisakarida : penyimpan bahan bakar &
struktural luar sel
LIPID : struktural membran & bahan bakar kaya energi
ASAM NUKLEAT atau polinukleotida : penyimpanan, transmisi,
translasi informasi genetik
KARAKTERISTIK BIOMOLEKUL ORGANIK
Bentuk & ukuran spesifik; susunan tetrahedral
(109,5
o
)
Kebebasan rotasi ikatan tunggal C (kecuali ada
gugus besar/bermuatan)
Panjang ikatan khas, rata-rata panjang ikatan
tunggal C-C 0,154 nm & C=C 0,134nm
Asimetrik
Konformasi tiga dimensi
biomolekul penting dalam
biokimia. Contoh: Reaksi enzim &
substrat, pengikatan hormon
dengan reseptor
Gugus fungsional biomolekul
menentukan sifat reaktivitas
kimiawi molekul (distribusi
elektron & geometris atom
tetangga)
PROTEIN : 20 asam amino
ASAM NUKLEAT: 8 nukleotida (4 macam pembentuk
DNA & 4 jenis lainnya RNA)
KARBOHIDRAT: glukosa
LIPID: gliserol dengan asam lemak. (glikolipid,
glikoprotein
UNIT PEMBENTUK MAKROMOLEKUL
UNIT PEMBENTUK MAKROMOLEKUL
Gambar. Tingkatan struktural dalam organisasi molekular sel
S E L
Unit struktural dan fungsional organisme hidup
Sel bakteri 1-2 m, organisme tingkat tinggi (5-10
kali) ukuran sel bakteri
MENGAPA ukuran sel berukuran KECIL ?
Nisbah optimum luas permukaan terhadap volume.
Fig: How the surface/volume ratio depends on size.
Bagimana ukuran sel kedua jenis
Binatang ini?
PROKARIOT
1.Uniseluler, bakteri
2.Sel terkecil dan sederhana, 0.2 - 5m
3.Kompartemensasi internal tidak ada
4.Reproduksi aseksual
EUKARIOT
1.Multiseluler, tumb, hewan,fungi alga,
2.10-50 m
3.Kompartemensasi, dg beberapa organel
4.Inti sel terbentuk dengan baik, dikelilingi membran dan
struktur internal
Fig. Distribution of biomolecules in a cell
AIR
SENYAWA BERLIMPAH DALAM SISTEM HIDUP (70%)
MEDIUM TRANSPORT NUTRIEN & ENERGI KIMIA
REAKSI ENZIMATIS METABOLISME
Struktur & fungsi sel beradaptasi dengan sifat fisik & kimia Air. Air
& produk ionisasinya mempengaruhi sifat penting komponen sel
AIR DALAM PROSES BIOLOGI
1. STRUKTUR DAN SIFAT AIR
Mengapa Panas penguapan, titik didih, titik lebur AIR lebih
tinggi dari pada senyawa lain ?
Interaksi elektrosatik (ikatan hidrogen)
Dua molekul air tertarik satu sama lain oleh gaya elektrostatik
diantara muatan
atom O dari satu molekul air dengan

muatan
+
atom H dari molekul air lain. Gbr 7
SIFAT AIR & BEBERAPA SENYAWA LAIN DENGAN
BERAT MOLEKUL RENDAH
2. AIR SEBAGAI PELARUT
Pelarut istimewa karena potensial membentuk ikatan H & sifat
dipolar molekul air
Kelompok senyawa yang larut dalam Air:
a. Senyawa dg gugus POLAR
Molekul yang memiliki gugus fungsional yang dapat membentuk
ikatan H dengan air (hidroksil, amina, sulfidril, ester, keton) atau
molekul yang mempunyai ikatan H internal seperti -helix protein
yang larut dalam air.
b.Senyawa IONIK
NaCl, molekul dipolar air tertarik kuat kepada ion Na
+
& Cl
-
, dan
menarik keluar dari kristal membentuk hidrat ion
Na
+
& Cl
-
dalam larutan.
c. MOLEKUL AMFIPATIK
Senyawa yang mempunyai
gugus hidrofilik & hidrofobik.
Contoh asam lemak
Senyawa ini terdispersi
dalam air membentuk misel,
gugus hidrofilik (kepala polar)
berinteraksi dengan molekul
air & gugus hidrofobik (ekor
nonpolar) sembunyi di dalam
struktur
Molekul amfipatik merupakan
dasar membran bilayer
biologi.
Molekul amfipatik,dg kepala hidrofilik
yang terikat pada ekor hidrofobik
Gbr.Molekul amfipatik, yang mempunyai kepala hidrofilik yang terikat
pada ekor hidrofobik
Phospholipids and membrane Phospholipids and membrane
structure. structure.
Solut mempengaruhi sistem larutan berair
Titik beku, titik didih, tekanan uap, osmotik
KESEIMBANGAN IONIK
Air adalah molekul essensial netral, yang hanya
sedikit cenderung terdisosiasi:
H
2
O + H
2
O <=> H
3
O
+
+ OH
-
Berperan sebagai asam (proton donor) dan basa
(proton acceptor) yang dikenal autoionisasi air.
Autoionisasi air disederhanakan seperti sbb:
H
2
O <=> H
+
+ OH
GBR.SKALA PH & RANGE PH
BIOLOGIS
Buffer Buffer Buffer Buffer Biologi Biologi Biologi Biologi Penting Penting Penting Penting
1.SISTEM FOSFAT . Cairan intraseluler terdiri pasangan asam-basa konjugat,
H
2
PO
4
-
(donor proton) & HPO
4
2-
(akseptor proton)
H
2
PO
4
-
<=> H
+
+ HPO
4
2-
Efektivitas sistem buffer ini mendekati pH 6.86, kapasitas buffernya efektif
dalam cairan intraseluler (pH 6.9-7.4)
2. SISTEM BIKARBONAT DALAM PLASMA DARAH
H
2
CO
3
<=> H
+
+ HCO
3
-
donor proton akseptor proton
pH plasma darah dipertahankan pada 7.4
Asidosis (penderita DM) pH darah 6.8 (5.10
-8
M) menyebabkan kematian.
Mekanisme molekuler ???. Aktivitas katalitik enzim
INTERAKSI NON KOVALEN
Interaksi non kovalen penting dalam sistem biologi
Makromolekul yang berpartisipasi dalam struktural & matriks
fungsional hidup melibatkan ikatan kovalen & non kovalen.
CONTOH:
Protein, struktur primer terdiri dari polimer as. amino yang terikat
secara kovalen, namun folding dalam konformasi molekular spesifik
(struktur tiga dimensi ) melalui ikatan non kovalen Gbr1
DNA: terdiri 2 intertwined rantai polinukleotida. Atom-atom dalam
setiap nukleotida terikat secara covalent. Namun dua rantai
polinukleotida berinteraksi melalui ikatan Hidrogen noncovalen
GBR Empat tingkatan struktur protein
1. Interaksi muatan-muatan
2. Interaksi Dipole
3. Ikatan Hidrogen
4. Gaya Vanderwals
Sifat interaksi nonkovalen
BIOENERGITIKA : bagian biokimia yang berkaitan
dg transformasi, penggunaan energi oleh sel hidup.
Sel hidup membutuhkan energi untuk mensintesa
senyawa-senyawa baru, kerja mekanik, transport
kimia, & menghasilkan panas
Sel sebagai model pengembangan alat pengubah
energi
PERUBAHAN ENERGI BEBAS, PANAS, ENTROPI DLM REAKSI
KIMIA PADA SUHU & TEKANAN TETAP MERUPAKAN KONDISI
DALAM SISTEM BIOLOGI
G = H- T S
G = perubahan energi bebas pada sistem yang sedang bereaksi
H = perubahan dalam kandungan panas sistem / Entalpi
S = perubahan dalam entropi semesta
T = suhu absolut
BERSAMAAN PENINGKATAN ENTROPI SEMESTA SELAMA
REAKSI, TERDAPAT PENURUNAN ENERGI BEBAS SISTEM
SEHINGGA G SISTEM YANG BEREAKSI BERTANDA NEGATIF
CIRI PENTING PERUBAHAN ENTROPI SISTEM BIOLOGIS
ORGANISME HIDUP TIDAK MENGALAMI PENINGKATAN ENTROPI.
Organisme mempertahankan keteraturan internal dengan mengekstrak
energi bebas dari nutrien yang berasal dari lingkungan &
mengembalikan- nya ke lingkungan dalam bentuk yang kurang berguna
(terutama dalam bentuk panas)
CONTOH
Seekor lalat (sistem) mempertahankan strukturnya yang kompleks ketika
melangsungkan metabolisme nutrien.
Namun lingkungan organisme hidup mengalami peningkatan entropi
(berasal dari pembebasan panas & ketidakteraturan lain/oksidasi
glukosa)
C
6
H
12
O
6
+ 6 O
2
6 CO
2
+ 6 H
2
O
SEL MEMBUTUHKAN ENERGI BEBAS
SEL HIDUP TIDAK DAPAT MEMANFAATKAN ENERGI PANAS
SECARA BERARTI, PANAS HANYA DIGUNAKAN UNTUK
MEMPERTAHANKAN SUHU OPTIMUM UNTUK AKTIVITASNYA.
BENTUK ENERGI YANG BERGUNA ADALAH ENERGI BEBAS
YANG DAPAT MELAKUKAN KERJA PADA SUHU DAN TEKANAN
TETAP
SENYAWA FOSFAT BERENERGI TINGGI : SUMBER ENERGI BEBAS
DALAM SISTEM BIOLOGI
ATP (Adenosin Trifosfat)
PEMBAWA ENERGI KIMIA UTAMA DIANTARA AKTIVITAS SEL PENGHASIL
ENERGI & AKTIVITAS SEL YANG MEMBUTUHKAN ENERGI.
SEL MEMPEROLEH ENERGI BEBAS DALAM BENTUK KIMIA DARI
KATABOLISME NUTRIEN GBR 3.1
FUNGSI ENERGI
MENSINTESA BIOMOLEKUL DARI MOLEKUL PEMULA YANG LEBIH KECIL
MENJALANKAN KERJA MEKANIK/PERGERAKAN
MELAKUKAN TRANSPORT BIOMOLEKUL/ION MELALUI MEMBRAN MENUJU
DAERAH KONSENTRASI TINGGI
GAMBAR 3.1 SIKLUS ATP DALAM SEL
CO
2
ATP
Oksidasi Biosintesa transport aktif Kontraksi emindahan
molekul (osmosis ) otot informasi genetik
nutrien
O
2
ADP + Pi
ATP SEBAGAI SENYAWA FOSFAT
BERENERGI TINGGI
ATP + H
2
O ADP + Pi, G
o
= -7,3 Kkal/mol
atau -31 KJ/mol
Glukosa-6-P + H
2
O Glukosa + HPO
4
2-
, G
o
= -3,3
Kkal/mol
MENGAPA ATP MEMILIKI ENERGI BEBAS
HIDROLISIS BAKU YANG TINGGI ?
1. DERAJAT IONISASI ATP & PRODUK HIDROLISISNYA.
Pada pH=7, ATP mengion sempurna sebagai ATP
4-
.
ATP
4-
+ H
2
O ADP
3-
+ HPO
4
2-
+ H
+
Pada keadaan baku ATP
4-
, ADP
3-
& HPO
4
2-
pada konsentrasi
1,0M, namun pada pH 7 (pH baku perhitungan G
o
) konsentrasi
H
+
hanya 10
-7
M jauh lebih kecil dari 1M, sehingga
kesetimbangan hidrolisis ATP cenderung jauh ke kanan.
* HPO
4
-
(ortofosfat ) atau P
i
2. GAYA TOLAK MENOLAK DIANTARA PRODUK HIDROLISIS
Pada pH 7, molekul ATP memiliki empat muatan negatif (tolak menolak). Produk
hidrolisis (ADP
3-
& HPO
4
2-
) sedikit cenderung bergabung & bereaksi membentuk
ATP kembali. Sebaliknya untuk produk hidrolisis glukosa-6-P
3. STABILISASI RESONANSI /TAUTOMERISASI PRODUK HIDROLISIS
Nilai G
o
hidrolisis ATP bersifat sangat negatif karena produk ADP
3-
& HPO
4
2-
merupakan hibrid resonansi (bentuk stabil dengan elektron tertentu yang
memiliki jauh lebih sedikit energi dibandingkan dalam molekul ATP) Gbr 3.3. Ion
Ortofosfat HPO
4
2
meningkatkan entropi sistem & favorit
Gbr. stabilisasi Resonansi orthophosphate, HPO42- (Pi).
ATP BERFUNGSI MENGAKTIFKAN TRANSPORT AKTIF
MEMBRAN
ATP digunakan untuk melakukan KERJA KONSENTRASI yaitu
kerja untuk mengangkut ion/molekul melalui membran ke dalam
ruang lain dengan konsentrasi yang lebih tinggi
Contoh. Transport 1 mol glukosa dari medium dengan konsentrasi
1 mM menuju kompartemen lain dengan konsentrasi 100mM.
G = 2,303 RT log C2/C1
G = 2,30 (1,98)(298) log 0,1/0,001
= 2720 kkal/mol
= 2,72 kkal/mol
Contoh lain gradien terbesar di dalam tubuh adalah membran plasma
sel parietal pada dinding lambung,. Konsentrasi HCl lambung 0,1 M
(pH 1) & konsentrasi H
+
dalam sel 10
-7
(pH 7).
ATP BERFUNGSI MENGAKTIFKAN TRANSPORT AKTIF MEMBRAN

Pengantar Biokimia

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Pengantar Biokimia

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

BIOKIMIA PRODI FARMASI 2009/2010 1

atom O dari satu molekul air dengan

Anda mungkin juga menyukai