BIOSEL 2010 1

ASAM NUKLEAT DAN SINTESIS

PROTEIN
BIOSEL 2010 2
STRUKTUR ASAM NUKLEAT
Asam nukleat terdiri atas: Gula 5 karbon
(pentosa): Deoksiribosa (DNA) atau
ribosa (RNA); Basa nitrogen; dan osfat
BIOSEL 2010 3
H
H H
H
H
OH
OH
OH CH
2
O
1
2
3
4
5
STRUKTUR ASAM NUKLEAT
Deoksiribosa
Gula pentosa
BIOSEL 2010 4
OH
H H
H
H
OH
OH
OH CH
2
O
1
2
3
4
5
Ribosa
BIOSEL 2010 5
N
N
N
N
1
2
3
4
5
6
7
8
9
NH
2
H
N
N
N
N
1
2
3
4
5
6
7
8
9
NH
2
H
O
H
Adenin Guanin
Basa nitrogen
Purin
BIOSEL 2010 6
N
N
3
2
1
6
5
4
NH
2
H
O
Sitosin
N
N
3
2
1
6
5
4
H
O
CH
3
H
Thymin
O
Pirimidin
BIOSEL 2010 7
Urasil
N
N
3
2
1
6
5
4
O

H
O
H
H
BIOSEL 2010 8
Nukleosida adalah struktur yang terbentuk
oleh adanya ikatan antara gula pentosa dan
basa nitrogen dengan ikatan glikosidik
Basa akan selalu terikat pada posisi 1 dari
pentosa
Titik ikatan pada basa adalah
posisi-1 (N-1) pada Pirimidin
dan posisi-9 (N9) pada Purin
BIOSEL 2006 9
10
DNA: adalah sebuah polinukleotida
Terbentuk ketika 5 fosfat dari satu
nukleotida berikatan dengan 3 -OH dari
nukleotida yang lain, dengan cara
menghilangkan gugus -OH dari posisi 3
Ikatan 3 - 5 disebut ikatan posphodiester
BIOSEL 2010
11
P
O
-
O
P
O
-
O
-
O
H
H H
H
H
O
O CH
2
O
2
3
4
5
H
H H
H
H
OH
O CH
2
O
2
3
4
5
N
N
3
2
1
6
5
4
NH
2
O
N
N
N
N
1
2
3
4
5
6
7
8
9
NH
2
12
Pada umumnya DNA adalah double helix
Kedua rantai yang terpisah saling memilin,
searah jarum jam (right-handed), dan
terdapat 10 bp/putaran
Ikatan gula dan fosfat berada diluar dan
basa-basa bertumpuk satu dengan lainnya di
bagian tengah
Dua pita dalam double helix membentuk
major dan minor grooves
BIOSEL 2010
13
Kedua pita DNA dihubungkan secara non-
kovalen oleh ikatan hidrogen antara dua basa
dari dua pita yang berlawanana
Kedua pita tersusun antiparallel
Kedua pita bersifat komplimen
Ikatan hidrogen bersifat khusus/unik
BIOSEL 2010
BIOSEL 2010 14
H
N
N
N
N
1
2
3
4
5
6
7
8
9
NH

15
N
N
N
N
1
2
3
4
5
6
7
8
9
N

H
O
H
H
H
16
17
Sekuen basa pada DNA mengkode
informasi genetik
BIOSEL 2010
18
Gen adalah segmen DNA yang mengkode
sebuah protein tertentu / segmen DNA yang
dapat ditranskripsi
SINTESIS PROTEIN
BIOSEL 2010
19
3
3
5
5
Template/antisense/noncoding strand
Nontemplate/sense/coding strand
DNA
BIOSEL 2010
20
Sekuen DNA selalu ditulis 5 - 3
Sekuen DNA biasanya adalah dari
Nontemplate/coding/sense strand
BIOSEL 2010
21
mRNA protein
Sifat
translasi
transkripsi
ekspresi
BIOSEL 2010
22
Kode genetika: 4
3
= 64 kodons
Hanya 20 asam amino, sehingga 1 asam
dikodekan oleh lebih dari satu kodon; dikenal
dengan Degenerasi/redundansi
Kodon berbeda yang mengkode Asam
amino yang sama disebut sinonim
Variasi kodon tersebut terjadi pada basa
ketiga. Gejala ini disebut Wobble position
Valin: GUU, GUC, GUA, GUG
BIOSEL 2010
23
Dari ke 64 kodon tsb, hanya 61 yang
mengkode AA.
1 start kodon = Metionin (AUG)
3 termination kodon UAG, UGA, UAA
BIOSEL 2010
24
ORF (Open Reading Frame) adalah satu set
kodon yang berjalan berturutan, yang
dimulai dengan start kodon dan diakhiri
dengan stop kodon
BIOSEL 2010
25
Promoter
Termination
sequence
coding
sequence
Promoter initiates transcription; affects
when, where, and how much gene product
is produced.
Termination sequence marks end of gene
BIOSEL 2010
BIOSEL 2010 26
TRANSKRIPSI
Adalah proses sintesis RNA dari sekuen
DNA sebuah gen oleh ensim RNA polymerase
RNA diproduksi dengan menggunakan
template/anti-sense/non-coding strand
RNA merupakan copy dari non-
template/sense/coding strand
27
mRNA PROCESSING
Hasil proses transkripsi sebuah gen
yang mengkode protein adalah sebuah
pre-mRNA
Pre-mRNA (pada eukariotik) terdiri
dari intron dan exon
28
mRNA PROCESSING
1. Langkah pertama: Splicing, yaitu
menghilangkan sekuen non-coding
(intron), sehingga menghasilkan mRNA
tanpa intron
2. Langkah kedua: 5Capping, yaitu
menambahkan 7-methylguanosin (GTP
+ CH3), pada ujung 5 untuk
menghindari degradasi exonuklease
pada ujung 5
29
mRNA PROCESSING
3. Langkah ketiga: 3 Polyadenilatin,
yaitu menambahkan 250 Adenin
pada ujung 3, sehingga membentuk
ekor poli-A, untuk menghindari
degradasi exonuklease pada ujung 3
Setiap mRNA pasti mengandung ekor
poli-A.
BIOSEL 2010
BIOSEL 2010 30
BIOSEL 20010 31
tRNA PROCESSING
Sebanyak 74 95 nukleotida RNA
membentuk struktur berbentuk daun
cengkih (cloverleaf structure)
32
5
A
C
C
3
tRNA
Acceptor arm
dHU arm
Optional arm
TC arm
Anticodon arm
BIOSEL 2010 33
Acceptor arm: memiliki ujung CCA3,
yang tidak berpasangan, dan
merupakan titik pengikatan tRNA
dengan Asam Amino
Anticodon arm: berperan untuk
mengenali dan melekatkan diri pada
codon dalam mRNA
BIOSEL 2010 34
rRNA PROCESSING
rRNA terbentuk dari asosiasi antara
ribosom dengan RNA
Ribosom Prokariotik 70S
Ribosom Eukariotik 80S

BIOSEL 2010 35
TRANSLASI
Adalah proses sintesis protein dalam sel
mRNA akan menentukan sekuen AA
dalam sebuah protein
Peran tRNA sangat penting karena akan
mengantarkan AA ke dalam ribosom
BIOSEL 2010 36
terdapat 31 40 tRNA
Sehingga 1 AA kemungkinan akan
dibawa oleh > 1 tRNA
tRNA berbeda yang membawa AA yang
sama disebut I soacceptors
BIOSEL 2010 37
PROSES TRANSLASI
1. AA akan berikatan dengan tRNA pada
proses yang disebut
Aminoacylation/charging, yang
kemudian akan mengenali kodon pada
mRNA
2. Pengenalan antikodon (tRNA) dengan
kodon (mRNA) dengan prinsip
komplementaritas pasangan basa
BIOSEL 2010 38
3. Tahapan translasi:
a. I nisiasi (I nitiation): adalah pengikatan
ssRibosom dengan mRNA membentuk
sebuah inisiation complex
Proses ini dimulai dari AUG (met)
sehingga kodon ini disebut translation
initiation codon
BIOSEL 2010 39
b. Pemanjangan/elongation:
Dimulai dengan penggabungan
lsRibosom pada inisiation complex
Sehingga terbentuk 2 buah ruangan
pada kompleks, dimana satu ruangan
telah diisi oleh tRNA Met, dan ruangan
yang kedua diisi oleh tRNA yang
ditentukan oleh kodon kedua dari
mRNA.
BIOSEL 2010 40
Kompleks ini kemudian akan bergeser
kearah 3 (downstream) sehingga
ruangan pertama akan disi oleh tRNA
kedua, dan ruangan kedua akan diisi
oleh tRNA ketiga yang ditentukan oleh
kodon ketiga dst.
BIOSEL 2010 41
c. Terminasi (termination):
tRNA tidak akan mampu berikatan
dengan termination codon
Terdapat beberapa protein yang
disebut Release Factors yang akan
mengenali kodon stop (UAA, UAG,
UGA), dan akan menambahkan air
pada polipeptida, sehingga terjadi
pelepasan polipeptida.
BIOSEL 2010 42
Biosel 2010 43
Dilanjutkan dengan pelepasan ribosom
dari mRNA.