Simplot Software Suatu software yang digunakan untuk mendeteksi rekombinasi virus Pada proses analisis diperlukan sequen dari virus yang akan dianalisa dan virus yang diduga menjadi lawan rekombinasi Analisa dapat dilakukan pada sequen DNA maupun asam aminonya. Akan tetapi, dengan SimPlot ini hanya bisa dianalisa sekuen yang panjangnya sama. Simplot Software Simplot dapat mendeteksi hingga 10 sequen DNA Melalui software SimPlot dapat diprediksi titik/kawasan/bagian yang ada kemungkinan terjadinya rekombinasi Pada prinsipnya SimPlot membandingkan kesamaan (kemiripan) sekuen gen dari masing-masing virus
Klik file pilih open untuk memiliki sequen DNA yang akan dipakai
Klik new Group hingga menampilkan kotak sequen baru, klik Select All kemudian klik use character prior
Pada kotak Query diisi dengan sequen yang akan dianalisis
Kemungkinan rekombinasi dapat teridentifikasi dengan gambar yaitu berupa grafik yang menunjukkan sequens yang saling crossing over atau menyilang pada menu SimPlot