METABOLISME

MIKROOGANISME
1. ENZIM
2. ENERGI
1. ENZIM DAN
PENGENDALIANNYA
Beberapa cirii enzim
Sifat kimiawi dan fisik enzim
Penamaan dan klasifikasi enzim
Sifat dan mekanisme kerja enzim
Kondisi yang mempengaruhi aktivitas enzim
Penghambatan kerja enzim
Kondisi yang mempengaruhi pembentukkan enzim
Penetapan aktivitas enzim
Sifat dan mekanisme pengendalian enzim

ENZIM
Enzim adalah protein yang dihasilkan mahluk
hidup, melakukan katalis reaksi kimia dengan
aktifitas energi yang rendah
Enzym umumnya protein globular dengan
karakteristik bentuk tiga dimensi
Enzim sangat efisien, dapat mengoprasikan suatu
reaksi pada temp rendah relatif, dan berbagai
subjek untuk mengontrol bermacam reaksi seluler
Nama enzim berahiran ase
6 klas enzim menjadi dasar dari tipe reaksi
katalisis sel
Klasifikasi 6 enzim berdasarkan
tipe katalisis reaksi kimia
Kelas Tipe katalisis reaksi kimia ontoh
Oksidoreduktase ReduksiOksidasi, melepas/mendapat
O2 dan Hidrogen
Cytochrome
oksidase, laktate
dehydrogenase
Transferase Transfer grup, seperti grup amino,
grup acetyl, grup phosphat
Acetate kinase,
alanin deaminase
Hydrolase Hidrolisis (penambahan air) Lipase, sukrase
Lyase pemindahan grup atom tanpa hidrolisis Oksalat
decarboxylase,
isocitrat lyase
Isomerase Penataan atom menjadi molekul Glikose-phosphate
isomerase
ligase Menyatukan dua molekul (mengambil
energi, dari turunan ATP)
DNA ligase
1. BEBERAPA CIRI ENZIM
ENZIM merupakan katalis hayat/biokatalisator
Katalis, artinya walaupun dalam jumlah sangat
kecil mempunyai kemampuan unik untuk
mempercepat berlangsungnya reaksi kimia
Hayati, enzim merupakan senyawa organik
yang dihasilkan oleh sel hidup
Enzim dihasilkan sel, terdiri dari :
Ekso enzim/enzim ekstraseluler (diluar sel)
Endo enzim/enzim intraseluler (didalam sel)

Fungsi utama ekso enzim adalah,
melangsungkan perubahan seperlunya
pada nutrient di luar sel sehingga
memungkinkan nutrient tsb masuk ke
dalam sel, misal amilase mengurai pati
menjadi unit lebih kecil gula/glukosa

Endo enzim, mensintesis bahan seluler dn
menguraikan nutrient untuk menyediakan
energi yang dibutuhkan sel, misal
heksokinase mengkatalisis fosforilase
glukosa dan heksosa di dalam sel
Satu molekul enzim dapat mengkatalisis 10
1000 molekul substrat per detik

Reaksi yang dikatalisis oleh enzim berlangsung
jauh lebih cepat (beberapa ribu beberapa juta
kali) dari pada reaksi yang sama tanpa enzim

Contoh penguraian protein dalam tubuh
manusia tanpa enzim memerlukan waktu 50
tahun, dengan enzim hanya beberapa jam saja.

2. SIFAT KIMIAWI DAN FISIK ENZIM
Enzim adalah protein (pt) murni, atau
gabungan pt dengan gugus kimia lain
Sifat kimia Enzim,
terdenaturasi oleh panas,
terendapkan oleh etanol dan garam organik
dengan konsentrasi tinggi seperti Am. Sulfat
Tidak terdialisis, tidak melewati membran
semipermeabel / membran selektif
Pt enzim bermolekul sangat besar, dengan
berat mol > 10.000 1 juta
KOMPONEN ENZIM
Enzim tersusun dari komponen:
protein disebut apoenzim
non protein disebut kofaktor
Enzim yang terkait dg kofaktor disebut
haloenzim
Beberapa jenis kofaktor :
Ion anorganik, ion klorida, kalsium
Gugus protestik, mol org yg terikat pada
enzim, contoh heme
Koenzim, kofaktor mol org non pt, vitamin

Banyak enzim merupakan gabungan pt
enzim yang tidak aktif (apoenzim) dengan
molekul organik bermolekul rendah
(koenzim) menjadi holoenzim yang aktif

Beberapa koenzim mengandung vitamin,
vit B1 (thiamin) merupakan komponen
koenzim kokarboksilase, B2 (Riboflavin)
ribovlafin adenin dinukleotidase, B6
(Piridoksin) piridoksal fosfat

Beberapa koenzim berupa ion logam berat
dan disebut kofaktor, misal Fe
2+
pada
enzim katalase, ion lain Mn
2+
Mg
2+
Zn
2+


Enzim bersifat tidak stabil, aktifitasnya
berkurang/ hancur oleh kondisi fisik dan
kimia

2 Sifat penting enzim yaitu:
Efisiensi katalitiknya tinggi
Derajat kekhususannya tinggi

3. PENAMAAN dan KLASIFIKASI ENZIM
Penamaan enzim diresmikan oleh Comission
on Enzym of the International Union of
Biochemistry
Dasar penamaan enzim ad. Tipe kimiawi yang
dikatalisis,
Enzim ada 2 nama: nama kerja dan sistematik,
contoh heksokinase adalah nama dari ATP
Unuk memberi nama enzim,
digunakan akhiran ase khusus untuk enzim tunggal
mis dehidrogenase,
digunakan kata sistem, untuk penamaan suatu
kompleks enzim / gabungan enzim
4. SIFAT DAN MEKANISME KERJA ENZIM
Reaksi enzim dapat dinyatakan dg persamaan
reaksi keseluruhan, contoh : Enzim E + substrat
S = kompleks enzim substrat ES = produk P +
enzim E
Fungsi utama enzim ad. Mengurangi hambatan
energi aktivasi pada suatu reaksi kimia
Energi aktivasi ad. Jumlah energi yg dibutuhkan
untuk membawa suatu substrat ke status
reaksinya
Sintesis, gabungan senyawa sederhana menjadi
senyawa kompleks, dengan bantuan enzim
reaksi ini menjadi lebih mudah

Mekanisme Reaksi Enzimatik

5. KONDISI YANG MEMPENGARUHI
AKTIVITAS ENZIM
Yaitu :
Konsentrasi enzim
Konsentrasi substrat
pH
Suhu
Dengan semakin tinggi konsentrasi enzim
maka aktivitas enzim juga semakin tinggi
Kenaikan substrat tidak berpengaruh pada
laju aktivitas enzim pada titik tertentu



Pengaruh pH pada aktivitas enzim adalah,
aktivitas enzim maksimum dicapai pada
suatu pH tertentu, penyimpangan dari pH
tersebut akan menurunkan aktivitas enzim

Pengaruh suhu pada aktivitas enzim ad.
Naiknya suhu berpengaruh pada aktivitas
enzim sampai pada aktivitas enzim
optimum, kenaikan suhu lebih lanjut akan
menurunkan aktivitas enzim, dimana pada
akhirnya terjadi perusakan enzim
6. PENGHAMBATAN KERJA ENZIM
Hambatan enzim dikelompokkan dalam tipe
non reversibel (tidak dapat balik) dan
reversibel (dapat balik)
Ada 2 tipe utama hambatan reversibel :
Kompetitif / dapat di balik dengan menambah
substrat dan
non kompetitif / tidak dapat
Contoh penghambat enzm, zat-zat kimia,
sianide penghambat kuat bagi enzim yang
mengandung Fe, fluoride pada enzim yang
mengandung Ca dan Mg
7. KONDISI YG MEMPENGARUHI
PEMBENTUKAN ENZIM
Lingkungan (media, pH, t) mempengaruhi
pembentukan enzim terutama pada mikroba
Enzim dikelompokan 2 kel, berdasarkan
substrat :
enzim konstitutif, enzim yg selalu dihasilkan oleh sel
contoh enzim pada proses glikolisis jumlahnya
sama, walau substrat meningkat
enzim adaptif / terinduksi, enzim yg dihasilkan oleh
sel hanya sebagai tanggapan terhadap substrat
tertentu, enzim ini dibentuk bila dibutuhkan
8. PENETAPAN AKTIVITAS ENZIM
Aktivitas enzim dapat dilakukan dengan
beberapa teknik, secara kuantitatif harus
diperhatikan hal-hal sbb :
Sifat reaksi yg dikatalisis
Kofaktor dan koenzim yg dibutuhkan
Konsentrasi substrat dan Kofaktor dan koenzim
pH optimum
Suhu optimum
Metode analitik sederhana utk menentukan
lenyapnya substrat / munculnya produk baru
9. SIFAT DAN MEKANISME
PENGENDALIAN ENZIM
Sel hidup mensintesis dan menguraikan bahan-
bahan yang dibutuhkan bagi metabolisme dan
pertumbuhannya

Kesemuanya diatur oleh mekanisme
pengendalian metabolisme seluler yg tepat,
yaitu menyangkut pengendalian kegiatan
enzim, terlebih utk mikroba yg tidak punya
pengendali supraseluler spt sel saraf, atau
sistem hormonal.
Pengendalian kegiatan enzim diatur
melalui 2 cara :
Pengendalian katalisis secara langsung
Pengendalian genetik

Pengendalian katalisis :

Terjadi dengan mengubah konsentrasi
substrat, dg makin tingginya konsentrasi
substrat maka laju reaksi meningkat
sampai mencapai suatu nilai pembatas

konsentrasi koenzim dan kofaktor dapat
memberikan pengaruh pengendali
dalam sel

Enzim juga dapat terikat pada struktur
internal spt membran, sehingga enzim
dan substrat tidak berada dalam kontak
langsung

Enzim proteolitik pada mikroba dapat
menghancurkan enzim lain yg tdk
dibutuhkan


Pengendalian secara langsung

melalui penggandengan dg proses lain
melalui pengaturan oleh ligan, yaitu
molekul yg terikat oleh enzim yang tidak
berperan pada proses katalitik itu sendiri


Melalui hambatan arus-balik, ligan
pengaturnya adalah produk akhir suatu
lintasan metabolik yg dpt menghentikan
sintesanya sendiri dg menghambat aktivitas
salah satu enzim, dg cara ini mikroba dpt
mencegah terbentuknya produk yg berlebihan

Melalui aktivasi prekursor, dimana prekursor/
metabolit pertama suatu lintasan merupakan
ligan pengatur yang mengaktivasi /
merangsang aktivitas enzim terakhir di dlm
deretan reaksi yg bersangkutan

Pengendalian dengan energi
Ligan pengatur yg terlibat dalam reaksi
yg berkaitan dengan energi adalah
adenilat, seperti ATP (adenosin tri
phosphat), ADP, AMP

Pada umumnya enzim yg berperan dlm
pembentukan energi dihambat oleh
energi yg tinggi (ATP konsentrasi tinggi)
sementara itu beberapa enzim
biosintetik yg penting justru di rangsang
Enzim alosterik/ enzim pengatur,
mempunyai situs-situs tempat efektor
(penghambat / aktivator) bekerja

Pada waktu sel beradaptasi dg
perubahan lingkungan, yg berperan
adalah induksi danrepresi enzim


Pengendalian genetis
Melibatkan induksi dan represi sintesis
secara genetis

Induksi adalah substrat / senyawa yg
berberat mol. rendah utk menginduksi
terjadinya sintesis enzim

Represi adalah senyawa yg berberat
mol. rendah yang mencegah terjadinya
sintesis enzim
Korepresor ad. Represor yg bergabung
dg gen operator sehingga mencegah
disintesisnya mRNA oleh gen gen
struktural


Operon lak, ad induser yg ditambahkan
pd E. coli, shg terjadi laju kenaikan
sintesis enzim 1000 kali lipat

Komponen Halo Enzim
Komponen Enzim
Kebanyakan enzim adalah haloenzim, terdiri dari
apoenzim (protein) dan cofactor (bukan protein)
cofactor dapat berupa logam (Fe, Co, Mg, Mn, Zn,
Ca, Co) atau kompleks molekul organik (NAD
+
,
NADP
+
, FAD, coenzim A)
Aktivator, adalah mol yg mempermudah ikatan
enzim dan subatrat, mis ion Cl
Inhibitor enzim, adalah mol yg menghambat
Kompetitif, mol penghambat enz yg cara
kerjanya bersaing dg substrat
Non kompetitif , mol penghambat enz dg cara
melekatkan diri pada luar sisi aktif, tdk
dipengaruhi substrat



Inhibitor Enzim
Vitamin yang berfungsi sebagai
koenzim
Vitamin Fungai
Vit B1 (Thiamin) Bagian daro coenzim cocarboxilase, banyak fungsi
termasuk metabolisme asam pirufat
Vit B2 (Ribovlavin) Coenzim flavo protein, aktif pada transfer elektron
Niacin Bagian dari Mol NAD, aktif pada transfer elektron
Vit B6 (pyrodixin) Coenzim pada metabolisme asam amino
Pantothenic acid Bagian dari molekul Coenzim A, termasuk pada
metabolisme asam piruvat dan lipid
Biotin Reaksi fiksasi CO2, sintesis fatty acid
Folic acid Coenzim pada sintesis purin dan pirimidin
Vit E Dibutuhkan pada sintesis seluler dan makromolekular
Vit K Coenzim pada transport elektron (naphtoquinone dan
quinone)
Mekanisme Reaksi Enzimatik