Replikasi DNA

Drs. Sutarno, MSc., PhD.

Replikasi DNA

Replikasi DNA dimulai dengan membukanya

DNA double helix pada suatu daerah yang
disebut replication fork.
Membukanya double helix ini disempurnakan
oleh kerja enzim DNA helicase. Daerah
membukanya double helix DNA ini, terlihat
dengan mikroskop electron seperti gelembung
(bubble), dan dengan demikan disebut sebagai
suatu replication bubble.

Replication Fork

Enzim-enzim dalam replikasi DNA

1.Topoisomerase:
bertanggung jawab dalam proses dimulainya pembukaan
double heliks DNA. Tegangan ikat pada struktur gulungan
double heliks DNA dapat dipatahkan dengan penorehan
(nicking) salah satu untai DNA tunggal (topoisomerase I).
Topisomerase II menoreh untai DNA dua-duanya.
Topoisomerases I dan II tetap berikatan dengan DNA setelah
nicking.
2.Helicase;
menyempurnakan proses membukanya double heliks, setelah
gulungan supercoil dihilangkan oleh topoisomerase. Dua
untai DNA ini secara alami ingin berikatan satu sama lain
karena adanya afinitas ikatan hidrogen, dengan demikian,
aktivitas helikase memerlukan energi dalam bentuk ATP
untuk memisahkan menjadi dua untai DNA.

3.DNA polymerase:
mengkatalisis pembentukan ikatan hidrogen antara
nukleotida baru yang akan membentuk untai baru dengan
nukleotida pada untai DNA lama yang berfungsi sebagai
pencetak (template strand).
mengkatalisis reaksi antara 5' phosphate pada nukleotida
baru dan 3' OH bebas pada polinukleotida yang sedang
dibentuk (ikatan phosphodiester). Sebagai hasilnya, untai
baru DNA hanya dapat bertambah panjang pada arah dari 5'
ke 3. Sekali lagi, untuk diketahui bahwa ikatan
phosphodiester dibentuk antara gugus 3' OH pada gula
dengan gugus 5' phosphate dari nukleotida yang baru.
DNA polymerase adalah kelompok yang terdiri dari beberapa
sub-unit protein yang berbeda (disebut holoenzyme). Enzim
ini memiliki aktivitas proofreading, yaitu dapat memastikan
bahwa enzim ini menyisipkan basa nitrogen yang tepat, dan
memiliki aktivitas sebagai 3' 5' exonuclease (excision of
nucleotides) dengan demikian enzim ini dapat memotong bila
terjadi kesalahan.

Arah replikasi

Untai DNA baru, selalu disintesis dalam arah 5' ke 3'.

5' triphosphate hanya dapat ditambahkan ke gugus 3'OH
dari deoxyribose.

4.Primase, adalah bagian dari agregat protein yang disebut

primeosome. Enzim ini berfungsi menempelkan primer RNA
pendek ke untai tunggal/ single-stranded DNA untuk
bertindak sebagai pengganti 3'OH bagi DNA polymerase
sebagai tempat darimana memulai sintesis. Primer RNA ini
pada akhirnya akan dibuang oleh RNase, dan gap/ tempat
lowong ini akan diisi oleh kerja DNA polymerase I.
5.Ligase: mengkatalisis pembentukan ikatan phosphodiester
antara 3'OH dan 5'phosphate yang berdekatan. Enzim ini
dapat menyambung gap yang tidak tersambungketika RNA
primer dibuang dan kemudian digantikan.
6.Single-stranded binding proteins: sangat penting untuk
menjaga stabilitas dari replication fork. Single-stranded DNA
adalah sangat labil, atau tidak stabil, oleh karena itu protein
ini akan berikatan dengannya ketika masih dalam keadaan
untai tunggal (single stranded) dan menjaganya agar tdk
terdegradasi.

Enzym2 yang terlibat dalam replikasi

Dimana dan bagaimana enzim DNA polymerase

memulai sintesis?

Titik mulai (start point) bagi enzim DNA

polymerase adalah pada segmen pendek yang
dikenal sebagai RNA primer. Secara termnologi,
"primer" menunjukkan perannya untuk memulai (to
"prime) sintesis DNA pada suatu titik tertentu.
Primer ini terletak secara komplemen terhadap
DNA template oleh enzim yang dikenal dengan
RNA polymerase atau Primase.
DNA polymerase, kemudian menambahkan
nukleotida satu persatu dalam urutan yang betulbetul komplemen, yaitu A--T dan G--C.

Bagaimana DNA polymerase mengetahui basa mana

yg harus ditambahkan?
DNA polymerase digambarkan sebagai "template
dependent" (tergantung pada template/
cetakannya) sehingga enzim ini akan membaca
sekuen basa nitrogen pada template DNA, dan
kemudian mensintesis untai komplemennya. Untai
DNA template selalu dibaca dari arah 3' ke 5'
(yaitu dimulai dari ujung 3 DNA template dan
membaca nukleotida-nukleotida secara urut ke
arah ujung 5 dari DNA template).
Untai DNA yang baru dibentuk (karena komplemen
dengan DNA template) maka pasti disintesis pada
arah 5 ke 3. (ingat bahwa 2 untai DNA
berpasangan secara antiparallel).

Studi-studi yang dilakukan pada genom organisme

prokaryotic menunjukkan bahwa DNA memiliki dua fungsi
utama dalam replikasi dirinya sendiri:
Pertama, berfungsi sebagai template (cetakan), dan
Kedua, menghasilkan enzim, khususnya DNA polimerase,
dan protein-protein lain yang membantu proses replikasi.
Replikasi DNA dapat dimulai pada beberapa situs (multiple
sites) disepanjang DNA template, dan masing-masing
potongan yang dihasilkan di gabungkan bersama oleh enzim
DNA ligase.
Replikasi DNA sirkuler dimulai pada titik khusus dalam
lingkar DNA yang mengarahkan terbentknya replication
bubble
Replikasi untuk molekul DNA linier dimulai pada titik spesifik
melalui pembentukan replication bubble. original of
replication atau titik awal replikasi (titik Ori) merupakan titik
khusus untuk dimulainya repikasi.

THE TWO STRANDS OF DNA ARE ANTIPARALLEL

Ikatan Phospho diester

Replikasi Discontinue

DNA selalu direplikasi dari ujung 5' ke ujung 3.

Karena dua untai DNA adalah antiparalel, ini berarti
ada satu untai sebagai "leading strand", yang dapat
melakukan replikasi secara kontinu, dan terdapat
untai satunya sebagai "lagging strand" yang terdiri
dari fragmen-fragmen pendek yang kemudian harus
disambung menjadi satu untaian (oleh enzim DNA
Ligase).

Fragmen Okazaki

Karena untai DNA asli (template) terdiri dari dua untai tunggal
yang komplemen dan antiparalel, maka hanya satu untai DNA
baru yang dapat mulai pada ujung 3' dari DNA template dan
dapat bertambah panjang (tumbuh) secara kontinue ketika
titik replikasi (the replication fork) bergerak di sepanjang DNA
template.
Untai DNA yang lain harus tumbuh pada arah yang
berlawanan, dan hasil dari replikasi secara diskontinue ini
adalah berupa urutan fragmen-fragmen pendek DNA baru
yang disebut fragmen Okazaki. Untuk menjadikan segmensegmen pendek DNA baru ini dibuat dalam untai yang
kontinue, segmen-segmen ini digabungkan oleh kerja enzim
DNA ligase yang merekatkan potongan-potongan ini
menjadi satu untaian dengan pembentukan ikatan
phosphodiester

Tahap terakhir adalah membuang RNA primer

oleh kerja enzim, dan kemudian mengisi
kekosongan ini dengan deoksinukleotida
sehingga menjadi untai DNA yang utuh.

The replication fork

Okazaki Fragments

Replikasi semi-konservatif

Karena masing-masing untai DNA baru

adalah komplemen terhadap untai
templatenya, maka kopi DNA baru yang
identik dengan template double heliks
dihasilkan selama replikasi.
Pada masing-masing heliks baru, satu
untai adalah template DNA lama, dan
untai lainnya adalah untai DNA baru yang
baru saja disintesis, inilah yang disebut
dengan replikasi secara semi-

conservative.

Dengan demikian dihasilkan dua kopi DNA

yang identik.

Semiconservative vs conservative model

DNA is replicated "semi-conservatively"

DNA Replication

Proses replikasi DNA pada semua organisme adalah proses

yang sangat menakjubkan.
Total jumlah gen pada sel manusia, genom manusia,
diperkirakan sekitar 3 milyar pasang basa (base pairs), dan
pada satu untai tunggal berisi mencapai 250 juta pasang
basa.
Yang lebih menakjubkan lagi, kecilnya kesalahan yang terjadi
meskipun ukuran DNA manusia yang begitu besar. Kesalahan
hanya terjadi sekitar satu dalam setiap 10-100 milyard DNA.
Proses replikasi DNA secara sempurna pada sel-sel manusia
berlangsung beberapa jam. Untuk mereplikasi DNA yang
sebesar ini dalam waktu yang hanya beberapa jam,
memerlukan tidak hanya satu replication fork, membentuk
beberapa replication bubble dan mengahasilkan beberapa
segmen untai DNA yang pada akhirnya disambung-sambung
membentuk DNA double heliks baru.

Perbaikan DNA

Dalam kaitannya dengan terjadinya kesalahan, makhluk

hidup memiliki mekanisme DNA proofreading dan perbaikan
yang dapat mengenali terjadinya kesalahan pasangan-basa
dan kerusakan DNA dan memperbaikinya.
Terdapat dua jalur perbaikan:
base excision, memperbaiki basa yang tertukar dengan
cara membuangnya oleh kerja DNA glycosylase yang
diikuti dengan membuang gula fosfat yang terbentuk.
nucleotide excision, nukleotida disekitar daerah yang
rusak dibuang sebagai oligonucleotida.

Kekosongan yang terjadi dari dua proses tersebut

kemudian diisi oleh kerja secara berurutan dari DNA
polymerase dan DNA ligase.

References

1.Alberts B. Johnson A, Lewis J., Raff M., Robert

K, Walter P. 2002. Molecular Biology of Cell. 4th
Ed. Garland Science.
2. Stansfield, W.D., Cano,R.J, Colome,J.S. 2006.
Moleculer and cell Biology. McGraw Hill
companies.
3.Freifelder,D. 2002. Essentials of Molecular
Biology. J ones and Bartlett publishers, Boston
4. Lodish H., Berk A., Matsudaira P., Kaiser CA.,
Krieger M., Scott MT. Zipursky SL., Darnell J.
2004. Molecular Cell Biology. 5th Ed.
5. Beberapa sumber gambar dari internet untuk
Biomol.

Tugas Individual Genetika lanjut

1. Transmisi dan organisasi materi genetik
a.
b.
c.
d.
e.

Materi Genetik
Kromosom, gen dan DNA
Genom eukaryot
Genom bakteri dan virus
Manipulasi DNA

2. Ekspresi materi genetik

a. rekombinasi
a.