ANISA NUR FAZZRI

11613028
KELAS A
RESUME BIOLOGI MOLEKULER
Transkripsi Prokariotik
Tahapan transkripsi :

TRANSKRIPSI

1. Inisiasi : - Faktor
- Rna polymerase
- Close promotor complex
- Open promotor complex
- Bubble
2. Elongasi : - Sintesis mRNA Protein/enzim
- Sintesis tRNA
- Sintesis rRNA
3. Terminasi : Loop/stem loop paused
Hibrid DNA-RNA lepas menjadi Rho dependent (dengan protein) dan Rho
Independent (tanpa protein)
Transripsi Eukariot
Tahapan transkripsi : Inisiasi Elongasi Terminasi Maturasi mRNA yang disisipi oleh intron
sebagai proses pematangan RNA dan melindungi RNA saat keluar dari inti sel ke sitoplasma.
Perbedaan antara eukariot dan prokariot
1. Pada proses transkripsi promotor eukariot berupa factor transkripsi sedangkan prokariot
berupa sigma factor
2. Pada proses terminasi eukariot memiliki kodon stop dengan kode AAUAAA dimana kodon
ini akan menghentikan terminasi secara otomatis sehingga tidak berlangsung terus
menerus. Pada prokariot terdapat stem loop sebagai kodon stop nya.
3. Terminasi eukariot tidak menggunakan protein Rho, pada prokariot menggunakan protein
Rho.
4. Prokariot membutuhkkan proses transkripsi dengan jalan yang efektif sehingga memiliki
operon dimana dapat terjadi 1 kali transkripsi yang menghasilkan lebih dari 1 gen. Eukariot
tidak memiliki operon sehingga 1enzim hanya digunakan untuk transkripsi 1 gen.
-

Reaksi polimerisasi Proses RNA polymerase mengkatalisis reaksi kimia jika A+C+TP
bereaksi.
Fungsi komponen mengenali promotor pada DNA
factor menempel pada RNA polymerase kemudian mencari promotor di sepanjang
untaian sirkuler DNA
Closed promotor complex dimana ketika RNA menempel pada promotor DNA belum
mau terbuka karena ikatannya yang belum terlalu kuat

Open promotor complex saat ikatan sudah kuat, DNA terbuka sekitar 12 base pair.
Proses inisiasi dan elongasi harus berada dalam keadaan open promotor complex.
Bubble atau gelembung transkripsi 2 strain yang terpisah membentuk gelembung
-35 & -10 urutan basa ke 35 dan ke 10 sebelum akan dimulainya transkripsi dan pada
basa ini sama walaupun tidak serupa pada seluruh operon di semua spesies. Sehingga
menjadi alasan RNA dapat menempel di promotor.
Antikodon triplet basa untuk menyandi protein
tRNA Sintetase untuk menytauka asam amino pada tRNA sehingga tRNA bisa
berfungsi
Masing-masing tRNA spesifik dengan asam amino tertentu maka untuk menghindari
kesalahan terdapat fungsi enzim untuk mengedit agar tRNA selalu spesifik dengan asam
amino pasangannya jika terjadi kesalahan ada suatu celah pada enzim yaitu celah
hidrolisis untuk menghidrolisis asam amino yang salah sehingga digantikan dengan asam
amino yang baru.
Masing-masing tRNA memiliki struktur yang berbeda sehingga enzim akan memasangkan
dengan asam amino tertentu.
Asam amino harus diaktifkan dengan diberi energy dicouple dengan ATP menjadi
ADP sehingga diperoleh energy untuk mengikatkan diri dilepaskan 2phosphat
menjadi AMP ikatan dengan asam amino menggnakan 2P, AMP yang digunakan asam
amino untuk berikatan dengan tRNA.

Pembacaan suatu protein dari kodon tidak akan terlewat. Apabila terlewat dapat terjadi :
1. Mutasi titik dimana terjadi penyisipan satu basa pada segmen DNA
2. Delesi, penghilangan beberapa basa nukleotida dari segmen DNA yang akan berpengaruh
pada fungsi protein bukan urutannya.
Pada enzim akan memunculkan residu asam amino untuk bisa dikenali dengan substrat yang
tepat.
TRANSLASI
Proses translasi terdiri dari :
1. Inisiasi
2. Elongasi
3. Terminasi
Inisiasi
- Terdapat protein factor IF1 & IF3 fungsinya untuk mengikatkan diri dengan sub unit
ribosom kecil, untuk mencegah penyatuan anatra sub unit ribosom kecil dengan sub unit
ribosom besar sebelum komplek inisiasi lengkap
- Secara bersamaan mRNA mengikatkan diri pada sub unit ribosom kecil, IF2 berikatan
dengan GTP berikatan dengan tRNA metionin(eukariot) , Fmetionin(prokariot). Fungsi
IF2 untuk membantu melekatkan tRNA ke mRNA sesuai dengan kodon yang disandi.
- tRNA, mRNA, sub unut ribosom kecil membentuk komplek melekatkan diri kemudian lepas,
yang kemudian memberikan kesempatan untuk sub unit besar bisa masuk dan
menyebabkan proses inisiasi translasi lengkap.

Sub unit ribosom memiliki 3 ruang E-P-A. RNA akan masuk pertamakali menuju kantong P.
Shine delgarno Sequence sekuen penanda agar sub unit ribosom kecil mengenali RNA
dan penanda sebelum kodon start sehingga letak kodon start dapat diketahui. Sekuen ini
hanya terdapat pada prokariot, pada eukariot penandanya yaitu n-metilguanisin.
Kodon start selalu dimulai dari AUG yang mengkode metionin (eukariot) dan Fmetionin
(prokariot). Tetapi pada prokariot tidak hanya AUG terdapat GUG dan UUG sehingga
dibutuhkan metionin yang berikatan dengan F dari formaldehid agar dapat mengenali
kodon start yang lain.
16sRNA suatu sekuen ribosom yang dapat mengenali shine delgarno pada mRNA.

Elongasi
- Rangkaian asam amino dipindah untuk disatukan dengan asam amino pada kantong A
sehingga terjadi translokasi.
- tRNA kedua dst masuk ke kantong A pada sub unit ribosom besar proses
pemanjanganasam amino tRNA di P disatukan dengan tRNA di A terjadi translokasi
RNA dari 5 ke 3 mengakibatkan pindahkan tRNA dari A ke P, P ke E kemudian lepas
terus menerus seperti itu hingga bertemu dengan kodon stop UAG akan ada protein
yang masuk ke A sehingga RNA yang ada lepas seluruhnya.
Terminasi
- Enzim release factor (RFs) masuk ke kantong A untuk melepaskan seluruh RNA yang
masih berikatan.
- 2 Metode degradasi
1. Degradasi oleh Lisosom
2. Degradasi selektif
REGULASI EKSPRESI GEN
Jenis Gen :
1. Bersifat Konstitutif gen terus menerus diekspresikan karena dibutuhkan oleh tubuh.
Contoh housekeeping gen yang digunakan untuk menjaga stabilitas dibutuhkan setiap hari
2. Bersifat Regulatif pengekspresian gen yang dikontrol sesuai dengan keadaan
lingkungan. Contohnya operon yang tergantung kadar glukosa.
3 komponen yang berperan dalam regulasi :
1. Regulatory protein
2. Regulatory binding site
3. Molekul efektor
Represor + DNA
Aktivator + DNA
Represor protein menurunkan transkripsi dengan menghalangi ikatan DNA dengan RNA
polymerase
Aktivator protein meningkatkan transkripsi ketika berikatan dengan DNA

Molekul efektor molekul kecil yang berasal dari lingkungan untuk mengubah ekspresi gen,
sebagai sinyal spesifik terdiri dari Inducer dan Corepressor.
Inducer Mengaktifkan enzim pengatur
Corepressor Menginaktifkan enzim pengatur
Cara Kerja efektor:
1. Merubah konformasi regulatory protein
2. Mempengaruhi pengikatan regulated protein pada segmen DNA, bisa dengan
meningkatkan atau menurunkan afinitas dengan DNA.
Lag Operon operon yang diregulasi berdasarkan lingkungan sel
2 kondisi Lag Operon tergantung kadar glukosa dan laktosa untuk mendapatkan kadar glukosa
yang cukup sebagai sumber energy mikroba:
1. Glukosa menurun cAMP meningkat
Lactosa meningkat Alolaktosa meningkat
Kondisi dimana glukosa menurun membutuhkan enzim betagalaktosidase untuk memecah
laktosa menjadi glukosa dan galaktosa.
Kadar cAMP yang meningkat semakin menignkatkan proses transkripsi maka mRNA yang
dihasilkan lebih banyak dan enzim betagalaktosidase pun bertambah. cAMP mengaktifkan
activator sehingga transkripsi berlangsung.
2. Glukosa menignkat cAMP menurun
Laktosa menurun
Kondisi ini mengakibatkan penempelan repressor pada gen sehingga proses transkripsi
tidak berjalan karena cadangan atau pasokan glukosa untuk energy telah mencukupi.
PCR
(Polymerase Chain Reaction)
PCR ditemukan oleh Kary Mullis
Yaitu replikasi DNA diluar tubuh, dimana DNA berasal dari sel yang diekstraksi kemudian
diperbanyak dengan menggunakan metode tertentu dari PCR.
Invitro DNA Amplification yaitu suatu metode untuk memperbanyak DNA secara in vitro.
Fungsi : Ketika dibutuhkan DNA banyak dari sampel yang sedikit karena sampel DNA yang sulit
didapatkan dan mudah rusak sehingga diperbanyak diluar tubuh.
Proses memperbanyak DNA ini dilakukan dalam mikrotube yang berisi :
1. DNA Template (cetakan DNA)
2. Primer (strand spesifik yang digunakna untuk memulai proses sintesis DNA)
Berupa oligonukleotida (2 primer yang berkebalikan) yang secara komplementer sebagai
sense dan antisense dari DNA. Primer terdiri dari 17-30 basa.
3. Enzim Elongasi (Taq DNA Polimerase)
Enzim yang diisolasi dari bakteri Thermus aquaticus digunakan sebagai penstabil panas
pada DNA polymerase. Taq DNA Polimerase yaitu enzim yang berfungsi dalam proses
penyusunan basa nukleotida menjadi suatu untaian atau sequence.
4. Deoxynucleotida Tri Phosphat (dNTPs)

Basa yang ditambahkan untuk memperpanjang rantai. Terdiri dari dATP, dCTP, dGTP,
dTTP.
5. Buffer + MgCl2
MgCl2 sebagai kofaktor enzim polymerase.
Alat yang digunakan pada PCR yaitu Thermal Cycle
Dimana terjadi pengaturan suhu pada alat yang dapat naik atau turun untuk menyesuaikan dengan
proses reaksi terbentuknya DNA.
Peningkatan suhu dapat memutus ikatan antara double strand DNA dimana DNA akan
terdenaturasi sedangkan pendinginan atau penurunan suhu kembali akan mempercepat proses
sintesis DNA.
Langkah-langkah PCR :
1. Inisialisasi
Pemanasan reaksi antara 94-96 0C
2. Denaturasi
Meleburnya DNA menjadi single strand
3. Annealing
Suhu diturunkan sehingga terjadi penempelan primer pada DNA template. Tujuan
Annealing yaitu untuk mencegah dua untai kembali berhubungan dan memulai proses
pemanjangan DNA.
4. Elongasi / Ekstensi
DNA polymerase mensintesis DNA komplementer baru dari DNA template dengan
menambahkan dNTPs yang dimulai dari 5 ke 3.
5. Elongasi akhir
Tahap menyakinkan bahwa DNA telah diperpanjang
6. Final hold
Terdapat empat siklus dari PCR yang tiap siklus satu DNA menghasilkan dua DNA baru.
Secara teoritis semakin lama proses makan semakin banyak DNA yang dihasilkan, tetapi hal
tersebut tidak terjadi disebabkan oleh factor :
1. Terjadinya inaktivasi dari DNA polymerase
2. Penurunan konsentrasi daari primer atau dNTPs
Sehingga hal tersebut menurunkan pula jumlah DNA baru yang terbentuk hanya sampai pada
batas optimum.
Hasil dari PCR dapat dideteksi dengan DNA elektroforesis
Hasil yang dilihat dibawah sinar UV apabila menduplikatan DNA berhasil dengan baik akan
ditunjukan dengan hasil elektroforesis yang tebal/terlihat dengan jelas dan semakin banyak.
Hasil yang semakin tidak jelas menunjukkan bahwa penduplikatan DNA tidak berhasil dengan baik.
Syarat Design Primer agar dapat menempel dengan baik yaitu :
1. Harus spesifik menempel pada DNA yang diinginkan
2. Panjangnya antara 17-30 base pair, semakin panjang primer akan semakin spesifik
Primer dapat di design untuk membuat variasi dari sequence dengan mutasi titik dan lokasi
pembatasan.