Analisis DNA

Sampel Ikan : Sampel ikan diambil dari ikan yang mati

selama perlakuan yang menunjukkan gejala klinis
terkena KHV, seperti pada insang terdapat bintik-bintik
putih atau kulit melepuh/ luka. Kemudian dibedah dan
diambil insangnya seberat 50mg
Ekstraksi DNA : Organ insang sebanyak 50mg digerus
dalam appendorf 2ml. Lalu tambahkan 1 ml DNA
ekstraktion kit (DNAzol, tri reagent), kemudian dikocok
dan inkubasi selama lima menit pada suhu kamar.
Selanjutnya disentrifugasi pada 14 000 rpm selama 10
menit dan supernatan dipindah ke appendorf baru.
Supernatan diencerkan dengan menambahkan 0,5 ml
alkohol 100 % dan dikocok, setelah itu disentrifugasi 10
000 rpm selama lima menit.

Pisahkan supernatan dari endapan. Kemudian

menambahkan 1 ml alkohol 90 % pada endapan,
kocok sentrifugasi pada 10 000 rpm selama lima
menit (diulang sebanyak tiga kali). Pellet
didiamkan pada suhu kamar selama lima sampai
sepuluh menit. Tambahkan 5 200 l Nuclease
Free Water (ddH2O) dan siap digunakan untuki
amplifikasi

Amplifikasi DNA : Memasukan dalam ependof 1

butir Master mix (d NTP, Tag Polymerase, Mg
CL2) lalu primer 1l, ddH2O 23 l, dan DNA
template 1l hasil ekstraksi. Di homogenase,
Lalu masukkan ke dalam thermocycler untuk
melakukan amplifikasi DNA.
Analisis DNA hasil Amplifikasi menggunakan
elektroforesis gel agarosa. Ambil loading buffer
sebanyak 2 l di atas parafilm. Ambil marker
sebanyak 1l. Ambil sampel produk PCR
masing-masing sebanyak 10l.
Campur marker dan loading dye, lalu masukkan
ke dalam sumur (1). Campur sampel produk
PCR dan loading buffer di atas parafilm, lalu
masukkan ke dalam sumur (2). Campur kontrol
positif dan loading buffer di atas parafilm, lalu
masukkan ke dalam sumur (3).

Campur kontrol negatif dan loading buffer

di atas parafilm, lalu masukkan ke dalam
sumur. Kemudian lakukan elektroforesis
dengan voltase sebesar 120 volt selama
20 menit. Setelah selesai angkat gel
agarosa, lalu rendam ke dam EtBr selama
10 menit dan bilas dengan aquades
Setelah di elektroforesis, gel agarosa
diamati hasilnya menggunakan UV
transilluminator. Lalu didokumentasikan
menggunakan kamera palaroid