mengetahui atau memahami letak suatu gen dalam sekuen genom. ORF berada di kedua untai
DNA yang berisi urutan kodon dimana kodon tersebut mengkode asam amino spesifik. ORF
dimulai dengan kodon inisiasi yaitu ATG dan berakhir pada kodon terminasi yang biasanya
TAA, TAG, atau TGA. Analisa dengan menggunakan metode ini akan menjadi rumit dengan
adanya fakta bahwa sekuen DNA memiliki 6 reading frame dimana 3 pada arah 5-3 dan 3
lagi pada arah 3-5.
urutan nukleotida pada hulu (5-prime, atau 5) sisi inisiasi kodon yang memberitahu ribosom bahwa
urutan AUG berikutnya adalah tempat yang tepat untuk memulai menerjemahkan mRNA. Urutan ini
disebut urutan Shine-Delgarno
Operon lac adalah operon yang dibutuhkan dalam transpor dan metabolisme dari laktosa di
E.coli dan berbagai macam bakteri enterik lainnya.[1] Operon lac terdiri dari gen structural
(lacZ, lacY, dan lazZ), situs operator , dan gen regulator yang terdiri dari lacCRP, lacP , dan
lacO yang merupakan situs pengikatan untuk reseptor protein cAMP, RNA polimerase, dan
represor laktosa[2].
SITE-DIRECTED MUTAGENESIS
Merupakan teknik yang sangat memerlukan energi dimana perubahan situs tertentu pada sekuen
DNA dihasilkan secara invitro, sebagai contoh untuk merubah sisa asam amino kedalam bentuk lain
dengan merubah codon sequence dalam urutan gen.
SDM juga digunakan untuk merekayasa protein untuk berbagai tujuan seperti :
Peningkatan kestabilan, merubah kespesifikan dan mengurangi toksisitas.
Dogma sentral adalah proses ekspresi gen yang mengikuti tahapan-tahapan dalam
info genetik yang terdiri proses dasar replikasi DNA, transkripsi DNA menjadi RNA,
dan translasi RNA menjadi protein atau polipeptida.
Dalam sentral dogma, bahwa semua sel memiliki DNA yang merupakan kode
genetik yang dapat dipergunakan untuk memproduksi protein dengan cara
memproduksi mRNA. Perlunya mRNA dalam produksi protein karena DNA
merupakan kode genetik yang sangat berharga sehingga perlu dibuat salinannya,
yaitu dengan proses transkripsi. Setelah diperoleh salinan, maka salinan tersebut
ditranslasi (diterjemahkan) menjadi urutan AA (asam amino).
Gen adalah bagian kromosom yang akan digunakan untuk mengkode protein. Gen
memiliki daerah exon, intron dan daerah regulator (daerah yang dikenali faktor
pembentuk
transkripsi).
Exon adalah daerah pada gen yang diterjemahkan digunakan untuk mengkode
pembentukan
protein.
intron adalah bagian dari gen yang tidak dipergunakan untuk menterjemahkan kode
protein tertentu. Bagian intron akan dihilangkan pada waktu pemrosesan RNA.
Asam nukleat adalah polinukleotida yang terdiri dari unit-unit mononukleotida, jika
unit-unit pembangunnya dioksinukleotida maka asam nukleat itu disebut
dioksiribonukleat (DNA) dan jika terdiri dari unit-unit mononukleotida disebut asam
ribonukleat
(RNA)
DNA (deoxyribonucleic acid) adalah asam nukleat yang merupakan biomolekul
penyusun organisme yang terdapat dalam sel, umumnya pada inti sel (nukleus)
yang berperan sebagai materi genetik, yang terdiri dari gugus fosfat, gula
deoksiribosa,dan basa nitrogen, yang terdiri dari Adenin (A), Guanin (G), Sitosin (C)
Timin
(T).
DNA dan RNA mempunyai sejumlah sifat kimia dan fisika yang sama sebab antara
unit-unit mononukleotida terdapat ikatan yang sama yaitu melalui jembatan
fosfodiester antara posisi 3 suatu mononukleotida dan posisi 5 pada
mononukleotida
lainnya(Harpet,
1980).
Asam-asam nukleat seperti asam dioksiribosa nukleat (DNA) dan asam ribonukleat
(RNA) memberikan dasar kimia bagi pemindahan keterangan di dalam semua sel.
Asam nukleat merupakan molekul makro yang memberi keterangan tiap asam
nukleat mempunyai urutan nukleotida yang unik sama seperti urutan asam amino
yang unik dari suatu protein tertentu karena asam nukleat merupakan rantai polimer
yang tersusun dari satuan monomer yang disebut nukleotida(Dage, 1992).
Dua tipe utama asam nukleat adalah asam dioksiribonukleat (DNA) dan asam
ribonukleat (RNA). DNA terutama ditemui dalam inti sel, asam ini merupakan
pengemban kode genetik dan dapat memproduksi atau mereplikasi dirinya dengan
tujuan membentuk sel-sel baru untuk memproduksi organisme itu dalam sebagian
besar organisme, DNA suatu sel mengerahkan sintesis molekul RNA, satu tipe RNA,
yaitu messenger RNA(mRNA), meninggalkan inti sel dan mengarahkan tiosintesis
dari berbagai tipe protein dalam organisme itu sesuai dengan kode DNA-nya
(fessenden,
1990).
Perbedaan
DNA
dan
RNA
RNA
=
ribonucleic
acid
Rantai
tunggal
/
1
untai
polynukleotida.
Terdiri
dari
gula
ribosa
basa
nitrogen
:
Adenin,
Urasil,
Cytisin,
Guanin
pada saat proses sintesis protein dari inti sel keluar ke sitoplasma, kemudian
diterjemahkan
di
ribosom.
Sedangkan
DNA
DNA
=
deoxyribo
nucleic
acid
Rantai
ganda,
double
helix,
2
untai
polynukelotida
Memiliki
gula
deoksiribosa
(kehilangan
1
oksigen)
basa
nitrogen:
Adenin,
Timin,
Cytosin,
Guanin
terdapat
dalam
nucleus
/
inti
sel
mRNA adalah Salinan DNA yang akan digunakan untuk pembentukan protein
(koding RNA). Ada juga RNA yang tidak digunakan untuk membentuk kode protein
(non
koding
RNA).
tRNA adalah RNA yang digunakan untuk penterjemah kode protein. Beberapa RNA
kecil berperan sebagai enzim yang membantu proses pembentukan protein.
Ekspresi gen
(start point of transcription). TATA box digunakan untuk membaca sehingga dapat
diketahui dimana suatu gen dimulai disalin. Jadi TATA box merupakan daerah awal
transkripsi.
Elemen merupakan sequens/urutan nukleotida pada DNA dengan suatu urutan basa
tertentu (dengan motif tertentu) yang akan dikenali oleh faktor transkripsi terutama
TATA box dan faktor/elemen lain yang membantu memulai proses transkripsi.
Elemen lain itu memiliki susunan nukleotida tertentu (motif TTT) yang akan dikenali
faktor transkripsi umum (general transcription factor) yg sama untuk semua gen.
Faktor transkripsi akan membantu pelekatan RNA polymerase pada daerah
promotor gen untuk memulai proses transkripsi. Proses mulai transkripsi banyak
yang terlibat. Ada faktor-faktor transkripsi yang membantu TATA box yang
mengenali RNA polymerase. Daerah regulator gen tidak selalu di depan, tapi bisa di
belakang atau di tengah. Kesemuanya akan mempengaruhi apakah RNA
polymerase dapat berjalan/bekerja dengan baik atau tidak. Bila ada repressor maka
akan menghambat proses pelekatan aktifator transkripsi sehingga RNA polymerase
tidak bekerja dan pergi sehingga proses trankripsi tidak akan terjadi. Bila ada
activator maka akan membantu RNA polymerase untuk bekerja, tetapi kalau
repressor maka akan menghambat kerja RNA polymerase sehingga proses
transkripsi
tidak
berjalan.
Selanjutnya RNA yang terbentuk (mRNA) akan mengalami pemerosesan mRNA
yaitu capping, splicing, Penambahan poly A. Lalu mRNA akan keluar dari inti sel dan
menuju ribosom. Di ribosom akan terjadi proses translasi, penerjemahan kedalam
bahasa asam amino (AA). Kemudian akan terbentuk protein. Protein setelah
dibentuk perlu diproses lebih lanjut agar bisa digunakan (folding).
Yang dimaksud disini adalah Dogma central semua informasi yang terkandung dalam DNA,
kemudian akan digunakan untuk menghasilkan molekul RNA melalui transkripsi, dan
beberapa informasi pada RNA tersebut akan digunakan untuk menghasilkan protein melalui
proses yang disebut translasi.
Berikut adalah mekanisme prosesnya:
Sebenarnya dalam proses dogma central, ada beberapa referensi yang mencakup replikasi
DNA, dan ada yang tidak. Karena ada yang mengartikan dogma central adalah proses
ekspresi gen dari DNA > RNA > protein. Ada pula yang menyebutkan sebelum ekspresi
gen berlangsung, DNA harus dilipat gandakan dulu
REPLIKASI
Proses replikasi DNA adalah proses pengandaan DNA dimana proses ini diperlukan dalam
pembelahan sel. Sebelum proses ekspresi gen, biasanya DNA dilipatgandakan menjadi lebih
banyak. Proses replikasi DNA pada dasarnya adalah 1 double stranded DNA dicopy menjadi
2 buah, dari 2 buah akan dicopy menjadi 4 buah. Jadi berawal dari denaturasi DNA yang
akan membuka pilinan dari double stranded menjadi single stranded. Kemudian dengan
bantuan sebuah enzim yang disebut DNA polimerase, DNA akan terikat DNA polimerase
kemudian copy DNA terjadi. Melalui prinsip replikasi DNA ini lah PCR (Polymerase Chain
Reaction) dilakukan.
Transkripsi
Ini merupakan tahap awal dalam proses sintesis protein yang pada akhirnya proses ini akan
mengekspresi sifat-sifat genetik yang muncul sebagai fenotip. Dan untuk mempelajari biologi
molekuler tahap dasar yang perlu kita ketahui adalah bagaimana mekanisme sintesis protein
dapat dinyatakan sebagai sehingge fenotipe.
Transkripsi adalah sintesis molekul RNA dalam template DNA.Proses ini terjadi dalam inti
sel (nukleus) tepatnya pada kromosom.
Komponen yang terlibat dalam proses transkripsi yaitu: DNA template yang terdiri dari basa
nukleotida Adenin (A), Guanin (G), Timin (T), Sitosin (S); enzim polimerase RNA, faktor
transkripsi, prekursor (bahan yang ditambahkan sebagai diinduksi) .
Hasil dari proses sintesis tiga jenis RNA, yaitu mRNA messeger RNA), tRNA (transfer
RNA), rRNA (RNA ribosomal).
Sebelum itu saya akan menjelaskan terlebih dahulu bagian utama dari gen. Gen terdiri atas:
promoter, bagian struktural (terdiri dari gen yang mengkode sifat yang akan diekspresikan),
dan terminator.
Sedangkan struktur RNA polimerase terdiri atas: beta, beta-prime, alpha, sigma. Pada
struktur beta dan beta-prime bertindak sebagai katalisator dalam transkripsi. struktur Sigma
untuk polimerase RNA holoenzim berlangsung hanya menempel promotor.Bagian yang
disebut enzim inti terdiri dari alfa, beta, dan beta-prime.
Tahapan dalam proses transkripsi pada dasarnya terdiri dari 3 tahap:
1. Inisiasi (pengawalan)
Transkripsi tidak dimulai di mana saja pada DNA, tapi di hulu (upstream) dari gen
promotor. Salah satu bagian terpenting dari promoter adalah kotak Pribnow (TATA
box). Inisiasi dimulai ketika holoenzim RNA polimerase menempel pada promotor. Tahapan
dimulai dari pembentukan kompleks promoter tertutup, pembentukan kompleks promoter
terbuka, penggabungan beberapa nukleotida awal, dan perubahan konformasi RNA
polimerase karena struktur sigma holoenzim kompleks dihapus.
2. Elongasi (pemanjangan)
Proses selanjutnya adalah perpanjangan. Berikut ini adalah pemanjangan nukleotida
perpanjangan. Setelah promotor RNA polimerase melekat pada enzim tersebut akan terus
bergerak sepanjang molekul DNA, mengurai dan meluruskan heliks tersebut. Dalam
pemanjangan, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung 3 molekul RNA yang baru
dibentuk. Misalnya, DNA template nukleotida A, maka nukleotida RNA yang ditambahkan
adalah U, dan seterusnya. Pemanjangan maksimum tingkat molekul transkrip RNA berrkisar
antara 30-60 nukleotida per detik. Pemanjangan kecepatan tidak konstan.
3. Penghentian (terminasi)
Penghentian juga tidak terjadi di sembarang tempat. Transkripsi berakhir ketika sebuah
nukleotida spesifik melihat kodon STOP.Selain itu, terlepas dari template DNA RNA
ribosom.
TRANSLATION
Tahap selanjutnya setelah transkripsi adalah terjemahan.Penerjemahan adalah suatu proses
penerjemahan urutan nukleotida molekul mRNA yang ada dalam rangkaian asam amino yang
menyusun suatu polipeptida atau protein.
Apa yang dibutuhkan dalam proses penerjemahan adalah: mRNA, ribosom, tRNA, dan asam
amino.
Sebelumnya, saya pertama akan menjelaskan tentang struktur ribosom. Ribosom terdiri atas
subunit besar dan kecil. Ketika dua subunit digabungkan untuk membentuk sebuah
monosom. subunit kecil berisi peptidil (P), dan Aminoasil (A). Sedangkan subunit besar
mengandung Exit (E), P, dan A. Kedua subunit mengandung satu atau lebih molekul
rRNA. rRNA sangat penting untuk mengidentifikasi bakteri pada tingkat biologi molekuler,
pada prokariotik dan eukariotik 16 S 18 S.
Seperti transkripsi, terjemahan ini juga dibagi menjadi tiga tahap:
1. Inisiasi
Pertama tRNA mengikat asam amino, dan ini menyebabkan acara diaktifkan atau tRNA
disebut asilasi-amino. Amino-asilasi proses dikatalisis oleh enzim tRNA sintetase. Kemudian
ribosom mengalami pemisahan menjadi subunit besar dan kecil.Selanjutnya molekul mRNA
subunit kecil menempel pada tongkat dengan kodon awal: 5 - AGGAGG 3. Situs order
dimana subunit kecil disebut urutan Shine-Dalgarno. Subunit kecil dapat menempel pada
mRNA bila IF-3. IF-3/mRNA-fMet IF-2/tRNA-fMet pembentukan kompleks dan asam
amino yang disebut N-formylmethionine dan memerlukan banyak GTP sebagai sumber
energi. tRNA-fMet, melekat pada kodon pembuka P subunit kecil.Selanjutnya, subunit besar
menempel pada subunit kecil. Dalam proses ini IF-1 dan IF-2 dilepas dan GTP dihidrolisis
terhadap GDP, dan siap untuk perpanjangan.
2. Pemanjangan
Perbedaan dalam proses transkripsi, terjemahan dari asam amino diperpanjang. Langkahlangkah yang diambil dalam proses perpanjangan, yang pertama adalah pengikatan tRNA ke
sisi A pada ribosom. Transportasi akan membentuk ikatan peptida.
3. Penghentian
Terjemahan akan berakhir pada satu waktu dari tiga kodon terminasi (UAA, UGA, UAG)
yang berada dalam posisi A pada mRNA mencapai ribosom. Pada E. coli ketiga sinyal
penghentian proses translasi diakui oleh protein yang disebut faktor rilis (RF).Anil RF pada
kodon terminasi mengaktifkan enzim transferase peptidil yang menghidrolisis ikatan antara
polipeptida dng tRNA pada P dan menyebabkan tRNA kosong translokasi ke sisi memiliki E
(exit).
Itulah mekanisme transkripsi dan proses penerjemahan. Proses selanjutnya adalah protein
tersebut akan diekspresikan oleh tubuh kita dalam bentuk fenotipe
Umumnya mutasi berakibat merugikan. Misalnya mutasi dapat menimbulkan penyakit cystic
fibrosis dan penyakit anemia bulan sabit. Penyakit anemia bulan sabit disebabkan oleh mutasi
pada satu jenis basa nitrogen yang terdapat pada DNA. Adapun cystic fibrosis terjadi akibat
mutasi berupa pengurangan sebuah triplet kodon (tiga nukleotida). Akibat pengurangan
kododn tersebut terjadi kesalahan dalam penerjemahan asam amino penyusun protein. Oleh
karena itu, fungsi biologi tubuh menjadi berubah dan tidak normal. Contoh lain kerugian
yang disebabkan oleh mutasi adalah kelainan berupa albino. Albino terjadi karena mutasi
pada gen penghasil enzim yang berkaitan dengan produksi melanin kulit. Hal tersebut dapat
terjadi pada hewan maupun manusia. Hewan-hewan albino jarang ditemukan di alam bebas
karena mereka akan mudah terlihat sehingga mudah diserang dan tidak tahan terhadap sinar
ultraviolet
Dalam keadaan normal, fenilalanin diubah menjadi tirosin dan dibuang dari tubuh.
Gangguan dalam proses ini (penyakitnya disebut fenilketonuria ataufenilalaninemia atau
fenilpiruvat oligofrenia, disingkat PKU) menyebabkan fenilalanin tertimbun dalam darah dan
dapat meracuni otak serta menyebabkan keterbelakangan mental. Penyakit ini diwariskan
secara genetic.
Tetrahidrobiopterin merupakan suatu senyawa yang mirip asam folat, sebagai
koenzim.Tetrahidrobiopterin berperanan sebagai karier perantara ekuivalen pereduksi yang
akhirnya disuplai oleh NADPH. Phenylalanine merupakan asam amino esensial. Tubuh
mendapatkan phenylalanine dari asupan makanan yang mengandung protein, misalnya telur,
tempe, dan tahu.
Dalam keadaan normal, tiga per empat dari fenilalanin diubah menjadi tirosin dengan
bantuan enzim phenylalanine hidroksilase (PAH) dan koenzim tetrahidrobiopterin.
Sedangkan seperempat bagian fenilalanin lainnya akan membentuk protein di dalam tubuh.
Karena terjadi defifsiensi enzim phenylalanine hidroksilasedalam tubuh, kadar phenylalanine
dalam tubuh pun meningkat. Hal ini disebabkankarena rantai mayor phenylalanine yang
berarti proses pengubahan phenylalaninemenjadi tirosin menjadi terhambat bahkan terhenti.
Penumpukan phenylalanine dalamtubuh dalam kadar yang tinggi menyebabkan terhambatnya
transport asam amino kedalam sel, sehingga terdapat kekurangan serebrosid dalam otak yang
menyolok sehingga
menyebabkan
retardasi
mental.
Pada
ibu
hamil,
kandungan
berlebihphenylalanine dalam tubuh menyebabkan rusaknya otak dari bayi, selain itu system
urat sarafnya pun tidak sempurna. Akibat defisiensi phenylalanine hidroksilase dalam tubuh,
terjadi krisis tirosin. Tirosinerat kaitannya dengan pembentukan epinefrin (adrenalin) dan
melanin. Bila terjadikrisis tirosin dalam tubuh, epinefrin dan melanin menjadi sukar
terbentuk. Kekurangan melanin menyebabkan hipopigmentasi pada bagian tubuh, seperti
rambut seperti rambut jagung, kulitnya bule, dan mata kebiru-biruan.Secara fisik, gejala
tersebut miripdengan penderita albino. Namun, pada penderita albino hipopigmentasi bersifat
permanen. Pada phenylketonuria, hipopigmentasi masih bisa disiasati dengan mengaturkadar
phenylalanine yang masuk ke dalam tubuh. Hilang atau berkurangnya kadarepinefrin
(adrenalin) dalam tubuh menyebabkan berkurangnya respon saraf simpatik.Mengingat fungsi
epinefrin adalah sebagai stimulator kuat system saraf simpatik.
Phenylketonuria
terjadi
akibat
mutasi
ke
pada
intron
12
yang
menghasilkanhilangnya ekson 12. Seperti kita ketahui, mutasi itu dapat disebabkan oleh
banyak faktor,
seperti
radiasi,
oksigen
radikal
yang
sangat
reaktif,
dan
lain-
lebih
tinggi
dibandingkan
dengan
orang
normal
sehingga
karierphenylketonuria otomatis memiliki kadar tirosin dibawah orang normal. Hal ini pun
berpengaruh pada pembentukan melanin.
Namun, hipopigmentasi yang terjadi padakarier tidak se-ekstrem penderita bahkan
pada fenotip sering tidak terlihat.Penderita phenylketonuria harus diberikan terapi rendah
phenylalanine dantinggi tirosin, misalnya dengan mengonsumsi iodium. Hal ini harus
dilakukan gunamencegah bertambahparahnya keadaan mental pasien. Adapun cara yang lebih baik adalah
pencegahan prenatal. Hal ini ditujukan untuk ibu hamil yang janinnya didugamenderita
phenylketonuria. Cara ini lebih bersifat preventif, yaitu dengan mengaturkadar phenylalanine
dalam tubuh ibu hamil.Adapun gejala klinisnya yaitu Retardasi mental yang merupakan
keadaan yangdapat dijumpai pada penderita fenilketonuria. Selain itu, keringat dan urin
penderitaberbau khas keton. Kelebihan fenilalanin memang diubah menjadi fenilketon dan
dikeluarkan melalui urin. Penderita fenilketonuria juga cenderung bermata biru danberambut
pirang. Hal ini disebabkan oleh rendahnya kadar tirosin darah yangmengakibatkan
menurunnya produksi dari pigmen melanin. Tanda-tanda yang lainadalah kejang, mual dan
muntah, perilaku agresif atau melukai diri sendiri, hiperaktif,gejala psikis (kadang-kadang),
bau badannya menyerupai tikus (keton) karena di dalamair kemih dan keringatnya
mengandung asam fenil asetat (hasil pemecahan fenilalanin).Diagnosis sudah dapat
ditegakkan pada hari pertama anak lahir denganmelakukan tes Guthrie. Karena itu, di
beberapa negara sudah dilakukan diagnosis diniuntuk mendeteksi kemungkinan terjadinya
fenilketonuria pada bayi yang baru lahir.Bila diagnosa telah ditegakkan secara dini, anakanak yang menderita fenilketonuriadalam tumbuh berkembang dengan normal.
Penyembuhan penyakit ini yaitu dengan melakukan diet khusus rendah fenilalanin.
Karena fenilalanin ada dibanyak makanan, maka dengan pengaturandiet itu tidak terlalu
mudah untuk dilakukan. Makanan tinggi protein seperti daging dankeju adalah contoh dari
makanan yang mengandung fenilalanin. Selain itu, makananberpati seperti roti, kentang,
jagung dan pasta tidak luput dari pengaturan.Salah satu yang mudah dihindari adalah
penggunaan pemanis aspartam. Mudahdihindari karena setiap produk yang mengandung
aspartam harus diberi peringatanuntuk penderita fenilketonuria. Tapi untuk berbagai makanan
lain yang tidak mencantumkan label peringatan, penderita dan keluarganya tentu harus lebih
ekstrahati-hati
lagi.
Diet
harus
dikonsultasikan
dengan
ahli
gizi
yang
dapat
memberikananjuran pola makan yang sesuai dengan kebutuhan tumbuh kembang anak, tapi
dapatmenghindarkan konsekuensi terjadinya retardasi mental.Yang harus diingat, diet ini
harus sudah dimulai pada minggu-minggu pertamasang bayi. Ini untuk menghindarkan anak
dari kemungkinan defisiensi mental. Walaudemikian, perbaikan juga tetap terlihat walaupun
terapi dimulai setelah gejala terlihat.Pencegahan dilakukan dengan melakukan pemeriksaan
untuk mendeteksi terjadinyafenilketonuria pada bayi baru lahir. Pencegahan ini berfungsi
agar penderitafenilketonuria tidak jatuh ke dalam keadaan retardasi mental. Untuk mencegah
agarbayi tidak menderita fenilketonuria merupakan hal yang sulit mengingat penyakit
iniadalah
terkait
dengan
genetik.
Pembatasan
asupan
fenilalanin
sebaiknya