DNA

A. Gambaran umum
Asam nukleat adalah makromolekul biokimia yang kompleks, berbobot
molekul tinggi, dan tersusun atas rantai nukleotida yang mengandung informasi
genetik.Asam nukleat yang paling umum adalah Asam deoksiribonukleat (DNA)
and Asam ribonukleat (RNA). Asam nukleat ditemukan pada semua sel hidup serta
pada virus.
Asam nukleat dinamai demikian karena keberadaan umumnya di dalam
inti (nukleus) sel. Asam nukleat merupakan biopolimer, dan monomer
penyusunnya adalah nukleotida.Setiap nukleotida terdiri dari tiga komponen, yaitu
sebuah basa nitrogen heterosiklik (purin atau pirimidin), sebuah gula pentosa, dan
sebuah gugus fosfat.Jenis asam nukleat dibedakan oleh jenis gula yang terdapat
pada rantai asam nukleat tersebut (misalnya, DNA atau asam deoksiribonukleat
mengandung 2-deoksiribosa). Selain itu, basa nitrogen yang ditemukan pada kedua
jenis asam nukleat tersebut memiliki perbedaan: adenin, sitosin, dan guanin dapat
ditemukan pada RNA maupun DNA, sedangkan timin dapat ditemukan hanya
pada DNA dan urasil dapat ditemukan hanya pada RNA.
DNA merupakan polimer yang terdiri dari tiga komponen utama, yaitu
gugus fosfat, gula deoksiribosa, dan basa nitrogen. Sebuah unit monomer DNA
yang terdiri dari ketiga komponen tersebut dinamakan nukleotida, sehingga DNA
tergolong sebagai polinukleotida.
Rantai DNA memiliki lebar 22-24 , sementara panjang satu unit
nukleotida 3,3 . Walaupun unit monomer ini sangatlah kecil, DNA dapat
memiliki jutaan nukleotida yang terangkai seperti rantai. Misalnya, kromosom
terbesar pada manusia terdiri atas 220 juta nukleotida.
Rangka utama untai DNA terdiri dari gugus fosfat dan gula yang
berselang-seling. Gula pada DNA adalah gula pentosa (berkarbon lima), yaitu 2deoksiribosa. Dua gugus gula terhubung dengan fosfat melalui ikatan fosfodiester
antara atom karbon ketiga pada cincin satu gula dan atom karbon kelima pada gula

lainnya. Salah satu perbedaan utama DNA dan RNA adalah gula penyusunnya;
gula RNA adalah ribose.

DNA terdiri atas dua untai yang berpilin membentuk struktur heliks
ganda. Pada struktur heliks ganda, orientasi rantai nukleotida pada satu untai
berlawanan dengan orientasi nukleotida untai lainnya. Hal ini disebut sebagai
antiparalel. Masing-masing untai terdiri dari rangka utama, sebagai struktur utama,
dan basa nitrogen, yang berinteraksi dengan untai DNA satunya pada heliks.
Kedua untai pada heliks ganda DNA disatukan oleh ikatan hidrogen antara basabasa yang terdapat pada kedua untai tersebut. Empat basa yang ditemukan pada
DNA adalah adenin (dilambangkan A), sitosin (C, dari cytosine), guanin (G), dan
timin (T). Adenin berikatan hidrogen dengan timin, sedangkan guanin berikatan
dengan sitosin melalui ikatan hydrogen.

2. Sifat fisika dan kimia DNA

1. Sifat fisika DNA
Dalam perkembangan lanjut, implikasi dari model DNA menurut Watson
dan Crick adalah sifat fisika DNA yang mudah membentuk dua rantai tunggal
DNA apabila ikatan hidrogen purin-pirimidin "melele". Melalui pemanasan,
misalnya, ikatan ini melele dan kekentalan (viscocity) larutan menurun. Dalam
keadaan rantai tunggal, gugus amino dari purin dan pirimidin tersingkap dan
siap bereaksi dengan formaldehida membentuk turunan hidroksimetil, yang
dalam keadaan rantai ganda DNA gugus ini tidak reaktif. Akibat lanjut dari
terbentuknya rantai tunggal DNA adalah serapan radiasi ultraviolet pada riakgelombang 260 mm oleh DNA dalam larutan meningkat 40% (DNA memiliki
serapan radiasi tertinggi pada riak-gelombang 260 mm). Dengan pemanasan,
serapan radiasi ultraviolet oleh DNA meningkat secara drastis disaat suhu
pemanasan melewati titik leleh (melting point).

Titik leleh dari setiap potongan DNA bersifat spesifik. Misalnya, titik
leleh untuk DNA dari Diplococcus pneumoniae, E. coli, Serratia marcescens,
dan Mycobacterium phlei masing-masing berturut-turut: 86, 90, 94 dan 97 oC.
Naiknya titik leleh ini berhubungan langsung dengan naiknya kadar [G] + [C]
pada suatu spesies. Setiap spesies bakteri dan vertebrata memiliki kadar G/C
yang berbeda-beda (Tabel 2.1). Marmur (1959) melakukan percobaan
denaturasi DNA yang mengandung berbagai kadar AT (termasuk DNA sintetik
kaya AT. Hasilnya menunjukan bahwa suhu titik denaturasi menurun dengan
naiknya kadar A/T. Percobaan transformasi pneumococci resipien dengan DNA
yang di panasi dari D. pneumoniae donor, menyebabkan aktifitas transformasi
terhenti disaat pemanasan mencapai suhu 86oC, yaitu suhu dimana denaturasi
DNA Pneumococci di capai. Hal ini disebabkan oleh ketidakmampuan bakteri
ditransformasi oleh rantai tunggal polinukletida.
Hal yang menarik adalah bahwa ternyata dua rantai tunggal DNA yang
telah dipanasi dapat berpasangan kembali di dalam larutan. Marmur di tahun
1960 memanaskan larutan DNA pneumococci pada suhu 100 oC. Larutannya
kemudian didinginkan. Sepanjang pemanasan dan pendinginan, dilakukan uji
kemampuan DNA mentrasnformasi bakteri resipien. Pewarisan kemampuan
bakteri menerima DNA berlangsung sejalan dengan naiknya suhu pemanasan
DNA. Sewaktu pendinginan, dan suhu mencapai 86oC, transformasi mulai
mengalami restorasi dan mencapai maksimumnya pada suhu sekitar 60oC, dan
tetap konstan sampai suhu pendinginan mencapai 30oC. Denaturasi dan

renaturasi DNA dapat juga diikuti dengan mengukur absorbansi sinar ultraviolet
sepanjang naik dan turunnya suhu larutan.
2. Sifat kimia DNA
Sifat-sifat asam nukleaat adalah stabilitas asam nukleat, pengaruh asam,
pengaruh alkali denaturasi kimia, viskositas, dan kerapatan apung.
1.

Stabilitas asam nuklea

Ketika kita melihat susunan asam nukleat baik itu RNA maupun DNA,

nampaknya susunan asam nukleat itu nampak stabil akibat adanya ikatan
hidrogen diantara basa-basa nitrogennya. Padahal sebenarnya tidaklah
demikian. Ikatan hidrogen di antara pasangan-pasangan basa hanya akan sama
kuatnya dengan ikatan hidrogen antara basa dan molekul air apabila DNA
berada dalam bentuk rantai tunggal. Dengan demikian sudah terbukti bahwa
ikatan antar pasangan bisa tidak menentukan stabilitas asam nukleatnya tetapi
menenntukan spesifikasi pasangan basa.Penentu stabilitas struktur asam nukleat
terletak pada interaksi penempatan (stacking interactions) antara pasanganpasangan basa. Permukaan basa yang bersifat hidrofobik menyebabkan
molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasangan basa sehingga
perpasangan tersebut menjadi kuat.
2. Pengaruh alkali terhadap asam nukleat akan mengakibatkan terjadinya
perubahan status tautomerik basa. Contohnya peningkatan pH akan
menyebabkan perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk
enolat karena molekul tersebut kehilangan sebuah proton. Selanjutnya,
perubahan ini akan menyebabkan terputusnya sejumlah ikatan hidrogen
sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA mengalami denaturasi. Hal yang
sama terjadi pula pada RNA. Bahkan pada pH netral sekalipun, RNA sangat
rentan terhadap hidrolisis bila dibadingkan dengan DNA hal ini dikarenakan
adanya gugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula ribosanya.
3. Denaturasi Kimia

Telah diketahui ada beberapa bahan kimia yang dapat menyebabkan denaturasi
asam nukleat pada pH netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea
(CO(NH2)2) dan formamid (COHNH2). Pada konsentrasi yang relatif tinggi,
senyawa-senyawa tersebut dapat merusak ikatan hidrogen. Artinya, stabilitas
struktur sekunder asam nukleat menjadi berkurang dan rantai ganda mengalami
denaturasi.
3. Sintesis DNA dan reaksi polimerasi

s
Reaksi Polimerisasi
Polimer merupakan makromolekul yang tersusun atas banyak molekul
kecil (monomer) yang bergabung menjadi molekul yang lebih besar melalui suatu
reaksi polimerisasi. Polimerisasi merupakan reaksi pembentukan rantai polimer
menjadi struktur yang panjang dan berulang dengan unit ulang yang sama.

Berdasarkan jenis reaksinya, reaksi polimerisasi dibagi menjadi polimerisasi

kondensasi dan polimerisasi adisi.

Polimerisasi Kondensasi

Polimerisasi kondensasi merupakan polimerisasi bertahap karena terbentuk dari

reaksi antara dua gugus fungsi. Reaksi polimerisasi kondensasi yang terjadi dapat
berupa
Polimerisasi kondensasi terjadi antara molekul yang ukurannya bervariasi, misalnya :
Monomer

Dimer

monomer

trimer

Dimer

dimer

tetramer

Trimer

dimer

petamer

Mi

Mj

Mi+j

monomer

dimer

Polimerisasi Adisi
Polimerisasi adisi merupakan polimerisasi berantai karena monomer

mempunyai ikatan rangkap. Berdasarkan pusat aktifnya, polimerisasi adisi terdiri atas
polimerisasi radikal, polimerisasi ionik (kationik dan anionik), dan polimerisasi
Ziegler Natta. Polimerisasi radikal mempunyai pusat aktif berupa radikal. Pada
polimerisasi kationik pusat aktif merupakan kation (ion positif), sedangkan pada
polimerisasi anionik pusat aktif merupakan anion (ion negatif). Pada polimerisasi
Ziegler-Natta pusat aktif merupakan kompleks. Reaksi polimerisasi adisi terdiri atas
tahap inisiasi, propagasi, dan terminasi.
Sintesis DNA berlangsung dengan arah 5_ 3 dan semiterputus

Strand DNA yang baru selalu disintesa dengan arah 5_ 3 (ujung 5 dan
3 strand DNA ). Karena kedua strand DNA anti parallel, strandtersebut bertindak
sebagai template yang dibaca dari ujung 3 kemudian 5. Jika sintesis strand DNA
selalu berlangsung dari arah 5_ 3, bagaimana mungkin kedua strand dapat disintesis
secara seretntak? Jika dua-duanya disintesis secara berkelanjutanseperti cabang
replikasi berpindah, salah satu harus disintesis dengan arah3_ 5. Permasalahn ini
dipecahkan oleh Reiji Okazaki dan rekan-rekannya pada tahun1960an. Okazaki
menemukan bahwa salah satu dari strand DNA baru disintesis dalamlembaran
pendek, yang disebut fragmen Okazaki. Hasil ini kemudian membawa pasasebuah
kesimpulan bahawa salah satu strand disinstesis secara berkelanjutan dansatunya lagi
terputus (Gb. 24-4). Strand yang berkelanjutan atau leading strand adalahstrand yang
mana sintesis 5_ 3 berlangsung dengan arah yang sama sepertiperpindahan cabang
replikasi. Strand teputus atau lagging strand merupakan stranddimana sintesis 5 _ 3
berlangsung dengan arah yang berlawanan dengan perpindahancabang. Panjang
fragmen Okazaki berkisar dari ratusan samapi ribuan nukleotida, tergantung jenis
selnya.
DNA disintesis dengan DNA polymerase
Pencarian enzim yang dapat mensistesis DNA telah dimulai dari tahun 1955 oleh
ArthurKornberg dan rekan-rekannya. Penelitian ini membawa pada pemurnian dan
pencirianDNA polymerase pada sel E. coli, enzim polipeptida tunggal yang sekarang
dikenaldengan sebutan DNA polymerase I (Mr 103.000). kemudian, ditemukan
bahwa E. colimengandung skurang-kurangnya dua DNA polymerase yang berbeda ,
yang akandijelaskan dibawah.Studi mendalam DNA polymerase I mengungkapkan
ciri proses DNA sintetis yangdibuktikan secara umum pada semua DNA polymerase.
Reksi pokoknya adalahserangan nukleopilik oleh kelompok nukleotida 3hidroksil
pada ujung 3 strand yang tumbuh di 5-_-posporus deoxynucleoside 5-trifospat yang
baru masuk . Pirofospat anorganik dihasilkan melalui reaksi tersebut. Persamaan
reaksinya adalah: (dNMP)n + dNMP _ (dNMP)n + PPi DNA perpanjangan DNA

Dimana dNMP dan dNTP merupakan deoxynucleoside 5-monofospat dan 5trifospat, secara berturut-turut.
Penelitian awal tentang DNA polymerase I membawa kepasa sebuah
definisi tentangdua persyaratan sentral untuk DNA polymerase. Pertama, semua DNa
polymerasemembutuhkan template (Gb. 24-5). Reaksi polimerisasi dipandu oleh
template strandDNA sesuai denga aturan pasangan basa yang diasumsikan oleh
Watson dan Crick: dimana terdapat guanine pada template, sitosin ditambahkan pada
strand baru, dan sebagainya. Hal ini metupakan penemuan yang beda , tidak hanya
karena

penemuan

ini

menghasilkan

dasar

kimia

untuk

replikasi

DNA

semikonservatif, tetapi karena penemuan ini memberikan contoh tentang penggunaan

template untuk memandu reaksi biosintetik. Kedua, dibutuhkan primer. Primer
merupakan segmen strand baru(pelengkap template)dengan kelompok 3-hidroksil
kemana nukleotida ditambahkan.Ujung 3 dari primer disebut primer terminus.
Dengan kata lain, bagian dari strand baruharus sudak ditempatkan; polymerase hanya
dapat menambahkan nukleotida padastrand yang sudah ada sebelumnya. Ini sudah
dibuktikan sebagai kasus pada semuaDNA polymerase, dan penemuan ini dilengkapi
dengan cerita pengerutan DNA yangmenarik. Tidak ada enzim sintesis DNA dapat
memulai sisntesis pada strand DNA baru.
Seperti yang akan kita lihat kemudian pada bab ini, enzim yang
mensintesis RNA memiliki kemampuan memulai sintesis, dan akibatnya, primer
sering merupakan oligonukleotida RNA. Setelah nukleotida ditambahkan pada strand
DNA yang berkembang, DNA polymeraseharus harus dipisahkan atau dihilangkan
dari template dan menambahkan nukleotidayang lain. Pemisahan dan penggabungan
kembali polymerase dapat membatasikecepatan reaksi keseluruhan, oleh karena itu
kecepatan reaksi umumnya bertambahjika polymerase menambahkan nukleotida
tambahan tanpa pemisahan pada template. Jumlah nukleotida yang ditambahkan ,
rata-rata, sebelum polymerase dipisahkan didefinisikan sebagai processivity. DNA

polymerase bervariasi dalam hal processivitynya, dengan beberapa penambahan

sedikit nukleotida dan penambahan lainnya sebelum pemisahan terjadi.
Polimerasi merupakan rekasi yang menguntungkan secara termodinamik
Pentingnya interaksi nonkovalen dan kovalen dalam proses biokimia.
Pembahasan tentang reaksi polimerisasi energetic dapat dilaksanakan jika ada ikatan
kovalen. Penyusunan kembali ikatan kovalen yaitu: satu ikatan anhidridposporik
(dalam dNTP) dihidrolisis dan dibentuk satu ikatan phospodiester (dalam DNA).hasil
ini merupakan perubahan yang tidak terlalu bagus (tak diinginkan) dalam standar
energy bebas ( D G=2 kJ/mol)untuk semua reaksi yang ditunjukan padapersamaan
24-1. Hidrolisis pirofospat menjadi 2 molekul fospat anorganik oleehpirofospat yang
ada pada sel menghasilkan D G= -30 kJ/mol, dan denganmenggabungkan dua reaksi
ini sel mampu menyediakan termodinamika kuat secarapenuh dapa arah polimerisasi,
dengan menerima energy sebesar DG= -28kJ/mol. Halini sangat penting untuk sel,
namundalam kasus ini, ini bukanlah keseluruhan cerita.Jika kalkulasi ini telah
lengkap, polymerase cenderung mengkatalisasi degradasi DNA dengan keberadaan
hidrolisis pirofospat. Polymerase DNA murni, melangsungkan pilimerisasi secara
efisien di dalam vitro dengan ketidakadaan pirofospatase.