Migren dianggap sebagai hasil dari aktivitas di dalam system trigeminovaskular yang
menyebabkan pelepasan neuropeptida vasoaktif sehingga terjadi vasodilatasi, ekstravasasi
plasma dural, dan peradangan perivaskular. Patogenesis migren disebabkan oleh ketidakseimbangan aktivitas sel syaraf (neuron) yang mengandung serotonin dan atau jalur noradrenergic di inti (nuclei) batang otak yang mengatur pembuluh darah otak dan persepsi nyeri. Rangsangan oleh serotonin (5hydroxytryptamine) pada ujung-ujung saraf perivaskular menyebabkan rasa nyeri dan pelebaran pembuluh darah sesisi. Seperti diketahui, waktu serangan migren kadar serotonin dalam plasma meningkat. Dulu kita mengira bahwa serotoninlah yang menyebabkan penyempitan pembuluh darah pada fase aura. Pemikiran sekarang mengatakan bahwa serotonin bekerja melalui sistem trigemino-vaskular yang menyebabkan rasa nyeri kepala dan pelebaran pembuluh darah. Ketidakseimbangan ini dapat menyebabkan vasodilatasi pembuluh darah intracranial serta aktivasi system trigeminovaskular. Serotonin ( 5-hidroksitriptamin, atau 5-HT) merupakan mediator migren yang penting. Obat anti migren akut seperti alkaloid ergot dan turunan triptan merupakan agonis dari subtype reseptor 5HT I vascular dan neuronal, sehingga menyebabkan vasokonstriksi dan hambatan pelepasan neuropeptida vasoaktif dan transmisi sinyal nyeri. Obat profilaksis migren menstabilkan neurotransmisi serotonin dan meningkatkan ambang batas nyeri dengan cara antagonism atau mengurangi kerja reseptor 5-HT2, atau dengan cara mengatur pembuangan (discharge ) serotonin neuronal. Pembuluh darah otak dipersarafi oleh serat-serat saraf yang mengandung. substansi P (SP), neurokinin-A (NKA) dan calcitonin-gene related peptid (CGRP). Semua ini berasal dari ganglion nervus trigeminus sesisi SP, NKA. dan CGRP menimbulkan pelebaran pembuluh darah arteri otak. Selain ltu, rangsangan oleh serotonin (5hydroxytryptamine) pada ujung-ujung saraf perivaskular menyebabkan rasa nyeri dan pelebaran pembuluh darah sesisi. Seperti diketahui, waktu serangan migren kadar serotonin dalam plasma meningkat. Dulu kita mengira bahwa serotoninlah yang menyebabkan penyempitan pembuluh darah pada fase aura. Pemikiran sekarang mengatakan bahwa serotonin bekerja melalut sistem trigemino-vaskular yang menyebabkan rasa nyeri kepala dan pelebaran pembuluh darah. Mual dan muntah mungkin disebabkan oleh kerja dopamin atau serotonin pada pusat muntah di batang otak (chemoreseptor trigger zone/ CTZ). Sedangkan pacuan pada hipotalamus akan menimbulkan fotofobia. Serotonin mencakup semua patofisiologi dari migraine. Itu ditunjukkan dari tingkat serotonin yang meningkat tepat sebelum terjadinya serangan migraine dan jatuh tajam pada saat awal sakit kepala. Lagipula, cerebral blood flow mengawali pengurangan sepanjang awal dan tahap aura dan kemudian meningkat sepanjang tahap sakit kepala. Serotonin mempengaruhi vascular tone dan banyak dari obat yang efektif dalam penatalaksanaan migraine baik dari agonis serotonin maupun dari antagonis.