TOPIK

ENZIM dan KOENZIM-1

Pendahuluan

Klasifikasi enzim
Dasar dan Mekanisme kerja enzim
I NYOMAN SUARSANA

Kinetika Reaksi Enzimatis

LOGO

Faktor yang mempengaruhi reaksi enzimatis

Regulasi aktivitas enzim

LABORATORIUM BIOKIMIA
FAKULTAS KEDOKERAN HEWAN
1

Tujuan pembelajaran

Fungsi Biomedis Enzim

2

Company Logo

PENDAHULUAN

Mengetahui klasifikasi, dan tata nama

enzim
Mengetahui mekanisme dan dasar
kerja enzim
Mengetahui faktor-faktor yang
mempengaruhi kerja enzim
Mengetahui hambatan kerja enzim
Mengetahui peran enzim dalam
diagnosis penyakit

Kofaktor: koenzim, apoenzim, proenzim

Company Logo

1.
2.
3.
4.

Sel sebagai reaktor kimia

Distribusi enzim dan struktur sel
Enzim ekstrasel dan intrasel
Perkembangan pengetahuan tentang
enzim
5. Enzim dan penyakit

Company Logo

Sel sebagai reaktor kimia

Sel sebagai reaktor kimia

Sel makhluk hidup dengan ukuran sangat
kecil dipandang sebagai reaktor kimia
Sel pusat metabolisme energi
Dalam sel reaksi berjalan tidak secara acak,
tetapi sangat terarah
Dalam sel terdapat suatu mekanisme dengan
berbagai subsistem yang bekerja secara KHAS
(SPESIFIK) yang memungkinkan makhluk hidup
menghasilkan senyawa (produk) dengan
berbagai tingkat kerumitan struktur molekul

Eukariotik

Prokariotik
5

Company Logo

Company Logo

Distribusi enzim dan struktur sel

Sel menjalankan ratusan bahkan ribuan
macam reaksi sekaligus
Dengan teknik histokimia, sitokima,
fraksinasi sel: diketahui distribusi dan
lokasi berbagai enzim dalam sel.
Mitokondria: enzim yang berhubungan
dengan reaksi oksidasi-reduksi

Siklus Krebs
Oksidasi lemak
Katabolisme asam amino
Fosforilasi oksidatif
Transport elektron
7

Company Logo

Lisosom: enzim yang mengkatalis reaksi

hidrolisis (ribonuklease, asam foafatase)
Inti sel: enzim yang berperan dalam
biosintesis asam nukleat (DNA, RNA)
Sitoplasma: enzim glikolisis, glukonegenesis,
sintesis asam lemak,
Ribosom: enzim biosintesis protein
Retikulum endoplasma: enzim sintesis lipid,
sintesis steroid
Membran plasma: enzim ATPase (sistem
tranpor bergantung energi), transpor Na+, K+
8

Company Logo

Perkembangn Pengetahuan tentang

enzim

Enzim ekstrasel dan intrasel

Sel dipandang sebagai reaktor kimia, maka
enzim berada dan bekerja menjalankan
fungsinya di dalam sel
Kesalah pahaman: dengan menganggap enzim
terdapat dan bekerja diluar sel dan pada
umumnya yang dimaksud adalah enzim plasma
Keperluan diagnosis: diukur enzim plasma,
serum.
Enzim ekstrasel
Penelitian: enzim-enzim pencernaan
Yang pasti enzim ekstrasel dan intrasel:
keduanya disintesis oleh sel di dalam sel
9

Company Logo

Enzim berperan dalam proses pencernaan

Rumur (1963-1727) Perancis:
melakukan percobaan pemberian daging yang dimasukan
dalam bola-bola kecil pada burung elang.

Spallanzani (1729-1799) Itali:

melakukan percobaan pemberian daging yang dimasukan
dalam tabung kayu yang dilapisi kain
Pengambilan cairan lambung, dan dicobakan ternyata dapat
melumatkan daging

William Beaumont (1785-1853) AS:

Melaporkan secara rinci proses pencernaan pada lambung
manusia yang intinya sama dengan yang diamati pada
burung elang
Pengamatan dilakukan pada lambung manusia penjelajah
Alexis St. Martin, yang mengalami luka terbuka pada
perutnya
11

Manusia telah lama mengenal enzim: dalam

bentuk pengetahuan praktis empiris dan
disebarkan secara tradisional
Mengolah bahan makanan dengan enzim
Kebiasaan membuat minuman yang diragikan
Pengolahan susu menjadi: yoghurt, koumis,
kefir, keju dll.
Pembuatana tape, tempe

Company Logo

10

Company Logo

Karakteristik dan sifat kimia dari enzim

Awalnya diantara peneliti enzim,
menggolongkan bahan ini kedalam PROTEIN
ditentang keras.
Pekelharing dan Ringer (1900):
Banyak kesamaan antara enzim dan protein
(protein getah lambung dengan pepsin mempunyai
sifat-sifat sama)

Summer (1926)
Kristal, sifat fisikokimia enzim urease sama dengan
protein
12

Company Logo

Enzim dan Penyakit

Kunitz,Herriots, Anson dan Northrop (1931):
Berhasil mengkristalkan pepsin yang sama
dengan peneliti Summer.
Enzim adalah PROTEIN, telah diterima secara
luas dan tidak ada lagi pertanyaan

Emil Fischer (1894):

Sudah meneliti spesifisitas kerja enzim (meskipun
sifat kimia enzim sbg protein belum diakuai). Hasil
gagasanya dikenal sebagai: MODEL KUNCI DAN
ANAK KUNCI (Lock and Key)

Enzim amilase dalam urine, meningkat jumlahnya

pada radang pankreas

Kay, Kings, Bodansky dan Roberts (1920930):

Enzim fosfatase alkali, penyakit hati

Michaelis dan Menten (1913)

Pengetahuan tentang kinetika reaksi enzimatik:
yang dikenal dengan persamaan MichaelisMenten
13

Kalangan kedokteran dan kedokteran

hewan: memanfaatkan pengetahuan
enzim untuk tujuan DIAGNOSIS dan
PENGOBATAN
Wolgemuth (1908):

Company Logo

KLASIFIKASI ENZIM

LaDue, Wroblewski dan Karmen (1955):

Enzim SGOT
14

Company Logo

There are six functional classes of enzymes

Penggolongan dan tata nama enzim

1.Tata nama berdasarkan substrat
Jika dikatalis adalah glukosa: enzim glukase
2.Tata nama berdasarkan jenis ikatan kimia substrat
Jika dikatalis ikatan peptida: enzim peptidase
Jika dikatalis ikatan ester: enzim esterease
Jika dikatalis ikatan nukleotida: enzim nukleotidase
3.Tata nama berdasarkan jenis reaksi
Untuk mengoksidasi glukosa: enzim glukosa oksidase
Enzim yang mengkatalis pemindah gugus dinamai :
tranferase, contoh untuk memindahkan gugus NH2: enzim
lebih khas dinamai: enzim amino transferase
15

Company Logo

16

Company Logo

Komisi International Union of Bhiocemistry

(IUB), mengklasifikasikan enzim menjadi 6
kelas, didasarkan pada reaksi biokimia yang
dikatalisnya:
1. Oksidoreduktase: mengkatalis reaksi
oksidasi-reduksi
Yang termasuk enzim ini dengan nama
trivial:
-dehidrogenase
-reduktase
-oksidase
-hidroksilase
-peroksidase
-oksigenase
17

Company Logo

Yang termasuk enzim transferase:

a. amino transferase
b. asil karnitin transferase
c. transkarboksilase
d. transaldolase dan transketolase
e. glukokinase
f. piruvatkinase

19

2.Transferase: mengkatalis pemindahan suatu

gugus yang bukan H antara substrat dengan
senyawa penerima gugus, seperti:
-gugus beratom C 1
-gugus aldehid dan keton
-gugus asil
-gugus alkil
-gugus nitrogen
-gugus mengandung fosfat
-gugus mengandung sulfur
18

Company Logo

3. Hidrolase: mengkatalis reaksi hidrolisis yaitu

pemutusan ikatan kovalen antara karbon
dengan atom lainnya dengan penambahan
air.
Yang termasuk enzim ini:
a. esterase
b. amidase
c. peptidase
d. fosfatase
e. glikosidase
Company Logo

20

Company Logo

4. Liase: mengkatalis reaksi pemecahan

karbon-karbon, karbon-sulfur, dan karbonnitrogen
Yang termasuk enzim ini:
a. dekarboksilase
b. aldolase
c. sintase
d. hidrase atau dehidratase
e. deaminase
f. nukleotida siklase
21

Company Logo

5. Isomerase: mengkatalis reaksi isomer, baik

isomer optik, geometrik maupun isomer
posisi.
Yang termasuk enzim ini:
a. epimerase
b. rasemase
c. mutase
d. isomerase

22

Company Logo

DASAR DAN MEKANISME KERJA ENZIM

6. Ligase: mengkatalis pembentukan ikatan
antara C-C, C-S, C-N dan C-O. Reaksi ini
perlu energi ATP
Yang termasuk enzim ini:
a. sintetase
b.karboksilase

23

Company Logo

Enzim sebagai protein katalis

Dixon dan Webb, mendefinisikan enzim
sebagai suatu protein bersifat katalis. Definisi
ini disebabkan oleh kemampuannya untuk
mengaktifkan senyawa lain secara spesifik.
Definisi lain: enzim adalah suatu katalisator
protein yang mempercepat reaksi kimia dalam
sistem biologis.

24

Company Logo

Kata kunci definisi enzim:

1. Aktif
2. Katalis
3. Protein
4. Spesifik
Penjelasan:
Protein: semua enzim memiliki ciri dan sifat protein
Katalis: selain mempunyai kemampuan mengubah
suatu senyawa, juga kemampuan membawa atau
memindahkan suatu senyawa dari suatu keadaan ke
keadaan lain dengan cara yang sesifik

25

Company Logo

Interaksi yang spesifik dari enzim dengan

suatu molekul tertentu dan menyebabkan
pengaktifan molekul tersebut selanjutnya
mengakibatkan perubahan struktur sehingga
menimbulkan gagasan akan substrat.
Substrat didefinisikan sebagai senyawa yang
dikenali secara spesifik oleh enzim dan
selanjutnya diaktifkan sehingga mengalami
perubahan kimia

26

Company Logo

Chymotrypsin Has A Site for Specificity

Aktif: mengingat demikian spesifik interaksi
antara substrat dan enzim, maka bagian
tersebut dinamai sebagai situs aktif (active
site) atau lebih tepat lagi situs katalitik
(catalytic site)
Pertanyaanya: apakah ada senyawa spesifik
yang dikenali oleh enzim tetapi tidak dapat
diolah lebih lanjut sehingga senyawa tersebut
tidak mengalami perubahan? [INHIBITOR]
Substrat atau inbitor: dapat menempati situs
aktif enzim
27

Company Logo

O
O
NCCNCC NCCNCC
H R
R
OC
Ser

Specificity
Catalytic Site
Site

Active Site
28

Logo
JuangCompany
RH (2004)
BCbasics

Specificity of Ser-Protease Family

cut at Lys, Arg

Deep and negatively

charged pocket

O
O
CNCCN
C
C
C
C
NH3
+
COOC
Asp

Chymotrypsin

Elastase

cut at Trp, Phe, Tyr

cut at Ala, Gly

O
O
CNCCN
C

Karena enzim adalah protein maka kemampuan

mengkatalis suatu reaksi erat hubungannya
dengan struktur molekul protein tersebut

O
O
CNCCN
CH3
Shallow and
non-polar
pocket

Non-polar
pocket

Active Site
29

Company Logo

Juang RH (2004) BCbasics

Trypsin

1. Tempat aktif
Teori Interaksi antara enzimsubstrat dikenal sebagai Lock
and Key
Pada teori ini, substrat yang
spesifik terikat pada daerah
spesifik di molekul enzim.
Daerah ini disebut: TEMPAT
AKTIF, yaitu suatu tempat
yang terdapat dalam enzim
yang secara spesifik dapat
mengenali dan mengikat
substrat

30

Company Logo

Lock and Key Analogy:

lock = enzyme, key = substrate.
MODEL KUNCI dan ANAK KUNCI (LOCK-and KEY MODEL)
KERJA ENZIM:
Tempat aktif mempunyai bentuk yang rigid
Hanya substrat yang spesifik yang matching dengan
tempat aktif
Substrat sebagai anak kunci (KEY) yang matching
dengan enzim sebagai kunci (LOCK)

31

Company Logo

32

Company Logo

2.Ikut membentuk ikatan sementara dengan molekul

substrat, yang selanjutnya terjadi polarisasi dan
terjadi regangan pada ikatan di dalam molekul
substrat sehingga mudah dipecah dan
menghasilkan PRODUK.
asam amino yang bertindak demikian yang terletak
pada tempat aktif disebut: RESIDU KATALIK

HN

HOCH2

C C
H
CH2

Ser
195

His 57

O
COH

Asp 102

Active Ser

H
N

NH

C C
H
CH2

- OCH

Ser
195

His 57

Company Logo

33

34

Company Logo

Adapted from Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell (4e) p.158

1.Menarik dan mengorientasikan substrat kepada

gugus spesifik pada molekul substrat yang disebut
GUGUS KONTAK dengan cara yang spesifik pula

Asp 102

Charge Relay in Active Site

Tempat aktif suatu enzim dibentuk oleh residu

asam amino yang mempunyai 2 fungsi:

O
CO -

Active Site Stabilizes Transition State

Gly 193

Catalytic Triad
Asp 194

Met 192
His 57

Active Site
Cys 191

Asp 102

Thr 219
Cys 220

Specificity Site

Ser 214
Trp 215

Gly 216

Ser 218
Ser 217

35

Company Logo

Adapted from Dressler & Potter (1991) Discovering Enzymes, p.197

Ser 195

Pada umumnya terdapat 2 mekanisme

kerja enzim mempengaruhi reaksi katalisis
1.enzim meningkatkan kemungkinan molekulmolekul yang bereaksi saling bertemu dengan
permukaan yang saling berorientasi.
Hal ini terjadi karena enzim mempunyai
afinitas yang tinggi terhadap substrat dan
kemampuan mengikatnya walaupun
sementara
36

Company Logo

Reaksi enzimatis adalah reaksi terarah yang

dapat digambarkan dalam urutan sbb.
1.terjadi mendekatnya gugus-gugus aktif dari
kedua belah pihak,
2.terjadi pengkiblatan yang tepat dari elektron
orbit gugus-gugus aktif,
3. jika 1 dan 2 tercapai, maka substrat
diregang, disusul dengan transaksi proton
sehingga terbentuklah senyawa baru
[PRODUK], yang dilepaskan enzim. Enzim
kembali kekeadaan semula dan dapat
memulai lagi pekerjaanya.

2. Pembentukan ikatan yang sementara (non

kovalen) antara substrat dengan enzim
menimbulkan penyebaran elektron dalam
molekul substrat dan penyebaran ini
menyebabkan suatu regangan pada ikatan
kovalen spesifik dalam molekul substrat
sehingga ikatan kovalen tersebut menjadi
mudah pecah

Company Logo

37

38

Concerted Mechanism of Catalysis

Company Logo

Non-Enzyme Catalytic Mechanisms

Carboxypeptidase A

Substrate
peptide
chain

COO +

(248)
Tyr

(270)
Glu 3

H O2
1

His
(196)

OH

Site for
specificity

ACTIVE
SITE

O-

+
Zn

His (69)

Glu
(72)
39

COO -

+Arg

(145)

C-terminus

Check for
C-terminal

Company Logo

Juang RH (2004) BCbasics

Active
site
pocket

Secara umum proses katalis bukan

enzim dapat dikelompokan ke dalam
Katalisis oleh asam-basa (Acid-base
catalysis).
Katalisis kovalen (Covalent catalysis)
Katalisis ion logam (Metal ion catalysis)
Katalisis elektrostatis (Electrostatic catalysis)

40

Company Logo

10

41

Company Logo

Induced to transition state

N
H

O
C H
+
C
H

N
H

=
O

Base
catalysis
Fast

O
C H

Both

C
H

Slow

N
H

O
C H

N
H

C
O H
H
H

-
O
H

O
C H

N
H

Acid
catalysis

N
C
H O H
H
H

Fast

42

Adapted from Nelson & Cox (2000) Lehninger Principles of Biochemistry (3e) p.252

Specific

Acid-base
Catalysis
=

Katalisis asam-basa: asam-basa mempunyai

kemampuan katalisis dengan memberi
elektron (asam) dan menerima elektron
(basa)
Katalisis logam-elektrostatis: katalisis
seringkali melibatkan logam bekerja sama
membentuk ikatan elektrostatis
Katalisis kovalen:katalisis mellaui
pembentukan ikatan kovalen sementara
antara substrat dengan melekul katalis (ada
gugus cenderung memberikan elektron ke
gugud lain)

Adapted from Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell (4e) p.167

Acid-Base Catalysis

Company
Logo
Very
Fast

KINETIKA REAKSI ENZIM

Dalam mengkatalis suatu reaksi,
diasumsikan enzim berikatan lebih dulu
dengan susbtrat. Akibat ikatan ini
terbentuklah apa yang dinamai:
KOMPLEKS ENZIM-SUBSTRAT.
Reaksi ini dapat terdiri dari beberapa fase:
Pembentukan kompleks substrat (ES),
dimana E=enzim, S=substrat
Modifikasi dari substrat membentuk produk
(P), yang masih terikat enzim (EP)
Pelepasan produk dari molekul enzim
43

Company Logo

Ketiga fase tersebut dapat ditulis dengan

persamaan reaksi:

E+S
k1 =

k1
k2

[ES]
[E] [S]

ES (v 3) E + P
o

k3 =
44

[E] [P]
[ES]
Company Logo

11

Student C

1
2
3 4
Exam Chapters

0 1
2
3 4
Substrate concentration

Meningkatnya konsentrasi enzim,

perubahan aktivitas enzim

Essential of Enzyme Kinetics

80
60
40
20
0

Substrate (mole)
46

S
+
E

Logo
JuangCompany
RH (2004)
BCbasics

Constant ES Concentration at Steady State

Steady State Theory

E +P

Concentration

ES

Logo
JuangCompany
RH (2004)
BCbasics

45

E +S

(in a fixed period of time)

Student B

Product

Score

Enzyme activity

Student A

Increase Substrate Concentration

Enzyme Kinetics

ES
Reaction Time

47

Logo
JuangCompany
RH (2004)
BCbasics

48

Logo
JuangCompany
RH (2004)
BCbasics

12

An Example for Enzyme Kinetics (Invertase)

A Real Example for Enzyme Kinetics

1/S
4
2
1
0.5

1/v
2.08
1.56
1.35
1.16

Km Direct plot S

Company Logo

1.0
v
0.5

[S]

2.0

1.0

1/v
1.0

-3.8

-4

-2

50

2
4
1/[S]
Company Logo

Juang RH (2004) BCbasics

Vmax
49

no

Double reciprocal

Direct plot

Juang RH (2004) BCbasics

1/2

Double reciprocal 1/S

Double reciprocal

(1) The product was measured by spectroscopy at 600 nm for 0.05 per mole
(2) Reaction time was 10 min

Vmax
vo

-1
Km

Velocity

[S] Absorbance v (mole/min)

0.21 0.42
0.25
0.36 0.72
0.50
0.40 0.80
1.0
0.46 0.92
2.0

1
2
3
4

4) (x, y) plot get hyperbolic curve, estimate Vmax

5) When y = 1/2 Vmax calculate x ([S])
Km
1
vo

Substrate Product

Data

1) Use predefined amount of Enzyme

E
2) Add substrate in various concentrations S (x )
3) Measure Product in fixed Time (P/t)
vo (y )

Enzyme Kinetics
kcat /Km

Enzymes
k1

k2

V [S]
v = max
Km + [S]

k-1

20

zero order
1st order
Observe vo change
under various [S],
resulted plots
yield Vmax and Km

Turn over
number

E3
E2
E1

-Km, Vmax
v, mol/min

10
5
0

0.5Vmax

k3 [Et]

Vmax

Activity Unit

Maximum
velocity

1 mole
min

&

Km

Affinity with
substrate

Double reciprocal

-5

Specific Activity

0
-30

-10
10
[S], mM

30

50

51

10

20
30
[S], mM

40

Eric Niederhoffer
SIU-SOM

Company Logo

50

unit
mg

Activity

Bi-substrate reaction also

follows M-M equation, but
one of the substrate should
be saturated when estimate
the other
52

Inhibition

v, mol/min

kcat

Significance

15

-10
-50

Direct plot

V [S]
vo= max
Km + [S]

Competitive

Non-competitive

Uncompetitive
Logo
JuangCompany
RH (2004)
BCbasics

13

Km: Affinity with Substrate

Obtain

Vmax and Km

v0 = Vmax K

= k3 [Et] K

vo =

V [S]
vo = max
Km + [S]

Vmax [S]

If vo =

Km + [S]

Vmax

When using different substrate

E3
E2
E1

1st order
[S] = Low High

Proportional to
enzyme concentration

zero order

[S] = Fixed concentration

Vmax

Km =

Allose
CHO
H-C-OH
H-C-OH
H-C-OH
H-C-OH
H2-C-OH

8,000
55

Km + [S]

S1 S2 S3

Km

Km = [S]

Affinity changes

Company Logo

54

Turn Over Number, kcat

Glucose + ATP Glc-6-P + ADP

Glucose

Vmax [S]

Km + [S] = 2 [S]

Km: Hexokinase Example

number
CHO
1
H-C-OH
2
HO-C-H
3
H-C-OH
4
H-C-OH
5
6
H2-C-OH

S3

1/2

Logo
JuangCompany
RH (2004)
BCbasics

53

S2
S1

Vmax

Juang RH (2004) BCbasics

Significance of Enzyme Kinetics

Mannose Substrate
CHO
HO-C-H
HO-C-H
H-C-OH
H-C-OH
H2-C-OH

5 M
Logo
JuangCompany
RH (2004)
BCbasics

E+S

k1
k2

ES (v 3) E + P
o

When substrate excess, k3 = kcat, turn over number (t.o.n)

When [substrate] is low

vo =

(IV)

Second order

k3
Vmax [S]
k [E][S]
[E][S]
= 3
=
Km + [S]
Km + [S]
Km

Start from M-M eq.

Omit the [substrate]

56

Substrate specificity
Logo
JuangCompany
RH (2004)
BCbasics

14

Chymotrypsin Has Distinct kcat /Km to Different Substrates

Turn Over Numbers of Enzymes

H2O2

Carbonic anhydrase

HCO3-

400,000

Acetylcholinesterase

Acetylcholine

140,000

-Lactamase

Benzylpenicillin

Fumarase

Fumarate

kcat (s-1)
40,000,000

kcat / Km

R=

2,000
800

RecA protein (ATPase) ATP

Catalase

O
R O
H3CCNCCOCH3
H H

Substrate

Enzymes

0.4

Glycine

1.3 10-1

Norvaline

CH2CH2CH3

3.6 102

Norleucine

CH2CH2CH2CH3

3.0 103

Phenylalanine CH2

The number of product transformed from substrate

by one enzyme molecule in one second

1.0 105
(M-1 s-1)

Company Logo
Adapted from Nelson &57
Cox (2000) Lehninger Principles of Biochemistry
(3e) p.263

Company Logo
58
Adapted from Mathews et al (2000) Biochemistry
(3e) p.379

S P mole
t
vo = [P] / min

Product [P]

Enzyme Activity Unit

Slope
tan

suarsana65@yahoo.com

LOGO
0

10

20 30

40

Reaction time (min)

Specific Activity Units

Activity = Protein (mg)

y
59

y
= tan
x
Company Logo

Juang RH (2004) BCbasics

Unit = mole/min

60

15