Regulasi NF-B : Pembelajaran dari Struktur

Gourisakar Ghosh1. Vivien Ya-Fan Wang1. De-Bin Huang1. and Amanda Fusco1
1
Bagian Kimia dan Biokimia; Universitas California, San Diego, La Jolla CA, USA
Kesimpulan
Modul pemberi sinyal yang spesifik untuk aktivasi nuclear factor-B (NF-B) merupakan
sebuah sistem dengan tiga komponen : NF- B, Inhibitor NFB (IB), dan kompleks IB
kinase (IKK). IKK menerima sinyal upstream dari permukaan atau bagian dalam sel dan
mengkonversi dirinya menjadi bentuk katalis aktif yang menyebabkan penghancuran IB
pada kompleks IB : NF-B yang terinhibisi, hal ini menyebabkan NF-B bebas untuk
meregulasi gen target. Tersembunyi didalam modul simpel ini terdapat kelompok keluarga
yang dapat menjalani berbagai modifikasi yang menyebabkan ekspansi dari spektrum
fungsional. Tiga struktur dimensi yang merepresentasikan keseluruhan tiga komponen
sekarang sudah tersedia. Struktur ini mengizinkan kita untuk menginterpretasikan observasi
seluler dalam tingkat molekuler dan pada waktu yang bersamaan membantu kita untuk
mengambil konsep baru yang terfokus kepada pemahaman spesifisitas dalam jaras aktivasi
NF-B.
Kata Kunci
Faktor transkripsi; protein pemberi sinyal; kinase/fosfatase; inflamasi; transduksi sinyal
Pengenalan
Kelompok faktor transkripsi dimer yang dikenal dengan NF-B (nuclear factor-B) telah
diinvestigasi dengan sangat intens oleh beberapa kelompok peneliti dalam 25 tahun
belakangan karena keterlibatannya dalam beberapa program biologis. Dimer NF-B pertama
teridentifikasi sebagai protein heterodimerik dari 2 sub-unit dengan massa molekul 50 kDa
dan 65 kDa, sekarang dikenal dengan sub-unit p50 dan RelA (p65) dari NF-B. NF-B
bukan merupakan sebuah dimer tetapi mendifinisikan 15 homodimer dan heterodimer yang
mungkin muncul dari 5 produk gen NF-B1/p105/p50, NF-B2/p100p52, RelA/p65, RelB,
dan cRel (1,2). Dimana kebanyakan dari kombinasi dimer tersebar luas pada berbagai tipe
sel, beberapa diantaranya jarang ditemukan. Beberapa diantaranya belum pernah terdeteksi

secara langsung, tetapi kemungkinan salah satu dari yang langka (seperti c-Rel:RelB
heterodimer) juga ada dalam beberapa sel dengan kondisi regulasi spesifik.
Aktivitas dari dimer NF-B ini terkontrol secara langsung oleh sebuah set protein yang
dikenal dengan IB (inhibitor NF-B) melalui formasi dari kompleks stabil IB:NF-B (3).
Asisiasi non kovalen dari IB dengan NF-B menggeser lokalisasi bentuk subseluler stabil
dari dimer NF-B ke sitoplasma (direview oleh Hinz et al., volume ini). Kompleks kinase
yang rumit dan menakjubkan dikenal dengan kompleks IKK (IB Kinase) bertanggung
jawab untuk fosforilasi kompleks yang berhubungan dengan IB, menuju ubiquitinasi
tujuannya oleh protein-ubiquitin ligase spesifik SCF-tipe E3 dan degradasi oleh 26s
proteasome (4,5, di review dalam Kanarek & Ben-neriah, volume ini). NF-B bebas
kemudian secara cepat terakumulasi dalam nukleus dimana NF-B tersebut berikatan
dengan sebuah sekuensi DNA yang terkait, dikenal dengan B DNA/Sites, terdapat didalam
promotor dan penguat dari beratus-ratus gen dan meningkatkan atau menekan ekspresi
mereka (6). Meskipun tema umum dari aktivasi NF-B dan regulasi transkripsionalnya
belum berganti sejak pertama kali dibuat oleh Baltimore dan kolega (Boldin & Baltimore,
volume ini), partisipasi dari berbagai kelompok keluarga dari setiap 3 keluarga pentik (IKK,
IB dan NF-B) dengan fitur yang berbeda menghasilakn aktivitas yang banyak yang mana
sekarang setiap gen dari hampir 500 gen ditemukan regimen regulasi yang amat spesifik.
Pada review ini, kami mendeskripsikan regulasi dari keluarga NF-B dari faktor transkripsi
dalam pembentukan dimer kombinasi, terkait dengan IB inhibitor, Sequence-specific DNA
Binding, dan akhirnya pada aktivasi oleh IKK. Kami mendeskripsikan setiap peristiwa
regulasi ini menggunakan struktur dan penelitian biokimia yang terkolerasi dan
menghubungkannya ke aktivitas seluler. Disini kami menunjukan bahwa perbedaan sekuensi
yang kecil didalam anggota keluarga NFB berakibat pada perbedaan strukturan yang cukup
untuk membatasi fungsinya.
Narasi personal dan historis
Saya (GG) pertama kali mengenal tentang NF-B sebagai siswa pasca-sarjana tahun 1988
ketika seorang teman saya menulis proposal untuk Dugaan NF-B inhibitor sebagai ujian
kelayakannya. Dia berdiskusi dengan saya 2 artikel oleh Sen dan Baltimore dipublikasi pada
Cell. Sejak saat itu saya mengikuti bidang NF-B dan mengetahui penemuan dari IB,

p105/p50 dan p65/RelA. Tetapi saya selalu tertarik dengan kompleks protein-RNA, dan
penelitian saya di Laboratorium Paul Siglar sebagai kolega postdoctoral yang memfokuskan
pada penelitian struktural dari interaksi RNA-Protein terkait pada translasi. Tidak berapa
lama setelah bergabung dengan laboratorium, saya menyadari Paul kehilangan minat pada
regulasi translasi. Pada tahun1991, fokus dari penelitian laboratorium Siglar berganti dari
tRNA dan fosfolipase A2 menjadi G-protein dan faktor transkripsi. Pada akhir 1992, saya
berdiskusi dengan Sankar Ghost, dimana dirinya baru saja bergabung dengan Universitas
Yale sebagai Asisten Profesor, mengenai penelitian struktur dari NF-B. Sankar dan saya
mengira bahwa struktur dari kompleks NF-B:DNA akan berbeda dari kompleks proteinDNA lainnya yang diketahui pada waktu itu, karena domain ikatan NF-B DNA yang lebih
besar mengenali lokasi target 10 bp DNA yang pendek. Paul tidak begitu senang dengan
tindakan saya, tetapi memperbolehkan saya bekerja pada NF-B dengan sebuah kondisi. Dia
ingin

mengembangkan

pembuatan

kompleks

basal

transkripsional

dari

sistem

achaebacterial. Sehingga saya mengerjakan 2 buah proyek.

Saya mengekspresikan dan mempurifikasi p50 dan p65/RelA hemodimer dan juga IB.
Saya meletakannya kedalam trial kristalisasi. Tidak ada diantara protein-protein ini dalam
bentuk bebasnya terlihat dapat terkristalisasi. Saya kemudian memfokuskan kepada
kompleks p50:DNA. Saya harus menggunakan pendekatan dengan menggunakan tenaga
keras karena kebanyakan nformasi pada NF-B datang dari percobaan bilogis tetapi tidak
dari penelitian biokimia yang mendetil yang mana sangat dibutuhkan untuk memulai proyek
krostalografik. Saya membuat 5 bangunan p50 berbeda dan lebih dari 50 DNA Dupleks
dengan panjan dan sekuensi yang berbeda. Pendeketan ini mengacu kepada struktur pertama
dari dimer NF-B, p50 homodimer, terikat pada B DNA (7). Steve Harrison dari
Universitas Harvard juga melaporkan struktur yang mirip dalam terbutan Nature (8). Seperti
yang kami duga, struktur tersebut unik pada waktu itu, dimana ikatan yang menyambung
struktur protein sekunder memberikan residu untuk ikatan DNA ikatan spesifik.
Saya pindah ke Universitas California, San Diego, sebagai seorang asisten profesor pada
tahun 1995 dan melanjutkan penelitian pada sistem NF-B. Saya memfokuskan kepada
elusidasi dari struktur dari kompleks p65/RelA homodimer dan p50:p65/RelA heterodimer
ke DNA. Kebanyakan dari awal kompleks berikatan pada p50 atau RelA homodimer yang

mana membentuk simetri DNA palindromik yang sempurna. Kami menggunakan strategi ini
karena situs B diketahui pada saat itu menunjukan simetri setengah situs parsial dan karena
hal ini mengizinkan kami untuk melihat sekuensi lebih spesifik sebagai satu DNA yang
damat self amneal untuk membentuk duplex. Homodimer RelA berikatan pada sekuensi
DNA palindromik merupakan fitur struktural yang tidak biasa, dmana satu monomer tidak
termasuk dari register DNA, yang mana gagal untuk membentuk base-spesifik contact (9).
Hal ini menghasilkan perubahan conformasi yang besar dan ikatan sekuensi non spesifik
oleh salah satu RelA sub-unit. Kami dengan bersusah payah untuk mempublikasikan temuan
ini, karena para pemberi review berpikiran bahwa struktur ini adalah dibuat. Kami sekarang
tahu bahwa NF-B dapat mengikat target situs DNA dengan hanya setengah situs spesifik in
vivo. Pengertian biologis dari interaksi non-canonical protein-DNA telah diilistrasikan
dengan indah oleh kelompok Hofmann dengan kolaborasi kelompok lain (10). Apakah
variasi konformasi dari kompleks NF-B:DNA yang berbeda membuat sumber utama dari
spesifisitas dalam regulasi gen tetap menjadi misteri. Satu pertanyaan penting adalah jika
dan bagaimana sebuah alterasi bp dalam situs target DNA mengubah spesifisitas
transcripsional in vivo. Kelompok Baltimore telah menunjukan hal ini penting dalam 2
kasus (11), tetapi universalitas dari teori ini masih belum terbukti. Apakah alterasi
spesifisitas ini disebabkan oleh perubahn konformasi atau afinitas atau ikatan kinetik atau
kombinasi dari semua hal ini masi belum ditetapkan.
Komponen utama dari sistem pemberi sinyal NF-B adalah kompleks IB:p50:RelA.
Menurut saya penting untuk menyibak fitur molekular dari kompleks ini, yang mana dapat
menjelaskan kenapa degradasi komplit dar IB penting untuk mengaktivasi NF-B dan
IB terlibat dalam pembentukan kompleks dan porsi non-kontak dari keda molekul harus
diidentifikasi dan selanjutnya disingkirkan untuk mendapatkan kristal. Rencana kami adalah
untuk menentukan strukur dari setiap protein IB yang terikat pada dimer NF-B.
Bagaimanapun, pengetahuan tentang kristalisasi dari kompleks IB:NF-B tidak cukup
untuk mendapatkan kristal yang baik untuk kompleks IB lain. Setelah bertahun-tahun
percobaan kami mendapatkan hanya satu kristal dari kompleks kompleks IB:RelA. Kami
beruntung dapat menentukan struktur dari kompleks ini hanya dari satu buah kristal (12).
Kompleks struktur IB:RelA memberikan kami beberapa petunjuk penting terhadap
aktivitas biologis yang berbeda seperti kemampuan kompleks ini untuk mengenali DNA.

Menurut kami, sekarang telah diketahui bahwa IB bertindak sebagai koaktivator dari
transkripsi dengan memasukan RelA:cRel heterodimer kepada situs spesifik B (13).
Meskipun kami kesulitan untuk mendapatkan struktur dari kompleks IB:NF-B lagi,
melalui kerjasama dengan Alex Hoffmann, Elizabet Komives, dan Jane Dyson, kami
bertujuan untuk secara mendalam menginvestigasi IB. Penelitian kami dimotivasi oleh
observasi dari kelompok Baltimore yang mana pada ketidak adaan NF-B, protein IB
ternyata sangat tidak stabil in vivo (14). Kelompok Komives menemukan bahwa IB
tersibak sebagian sebagai protein bebas dan ketersibaknya mengakibatkan waktu paruh
singkatnya. Kami menemukan bahwa degradasi yang dimediasi oleh proteasome dari IB
bebas tidak membutuhkan fosfolirasi atau ubiquitinasi tetapi tergantung kepada sebuah Cterminus fleksibel dan memposisikan secara unik residu hidrofobik pada C-terminus.
Dengan kelompok Hoffmann, kami menunjukan degradasi homeostatic dari IB bebas
diperlukan untuk respon yang baik dari NF-B oleh stimulus (15). Dyson dan Komives
secara baik menjelaskan bagaimana IB secara aktif melepaskan NF-B dari promotornya.
Mereka menunjukan IB berhubungan denan NF-B yang terikat DNA membentuk
kompleks transien (16). Observasi ini memberikan sugesti provokatif seperti IB, IB
mungkin dapat berfungsi sebagai aktivator transkripsional jika mereka tetap terikat ke
promotor

bersamaan

dengan

NF-B

cukup

lama

untuk

membentuk

kompleks

transkripsional . Oleh karena itu, kesimpulan yang menakjubkan dari hasil terbaru ini bahwa
protein IB dapat berfungsi baik sebagai inhibitor dan juga aktivator. Mungkin, modifikasi
atau konteks variabel mengizinkan mereka untuk berfungsi berbeda. Dengan kata lain,
fungsi koaktivasi transkripsional tidak terbatas pada BcL3 atau IB tetapi juga pada IB,
IB dan IB. Secara bersamaan, BcL3 dan IB juga dapat berfungsi sebagai represor
transkripsional.
Masalah lain yang sulit namun menakjubkan adalah mekanisme proses dari p100 dan p105.
Meskipun banyak artikel telah mempublikasi sejak identifikasi kedua molekul ini, dalam
pandangan saya sangat sedikit yang diketahui tentang bagaimana molekul ini menjalankan
prosesnya. Secara umum, proses dari p100 sering digambarkan dalam animasi oleh semua
orang yang berada dibidangnya sebagai degradasi yang terinduksi dari C-terminus dari p100
dari kompleks p100:RelB. Tetapi, hal ini tidak mungkin. Karena sebagian dari anggota

keluarga NF-B terinhibisi oleh 2 buah inhibitor atipikal ini dan dalam waktu bersamaan
mereka juga berfugsi sebagai prekursor dari 9 dari 15 dimer NF-B yang mungkin, Bidang
ini harus peduli bahwa hal ini merupakan pertanyaan dari masa lalu, dan sangat sulit bagi
biokimia mekanistik untuk meyakinkan mereka, terutama ketika kebanyakan percaya bahwa
struktur tersebut tidak berkontribusi banyak dan hanya sebatas bagian pengenalan dari bab
buku.

Keluarga NF-B
Keluarga NF-B terdiri dari kombinasi dimer dari 5 protomers (gambar 2). Dua dari anggota
keluarga, p50 dan p52, adalah sebuah produk yang terproses dari NF-B subunit perkursor
p105 dan p100 secara berturut-turut. Kelima polipeptida ini merupakan bagian dari keluarga
ini karena sekuensi homolog didekat N-termini diacukan sebagai regio homologi Rel
(RHR). Panjang RHR diperkirakan sekitar 300 residu dan bertanggung jawab untuk
kebanyakan dari fungsi penting termasuk subunit yang berhubungan dengan dimer aktif NFB, lokalisasi nuklear NF-B dan DNA binding, dan berhubungan dengan inhibitor IB.
Sifat ini memungkinkan anggota keluarga untuk secara bersamaan diregulasi oleh
sekelompok stimuli. RHR dapat dibagi menjadi 3 regio struktur: Domain N-terminal (NTD),
Domain Dimerization (DD), dan sinyal lokalisasi nuklear (NLS) (gambar 2). Keberadaan
dan fungsi NF-B subtunit untuk membentuk dimer kombinasi. Bersamaan dengan NTD
dan DD membentuk fungsi pengikatan DNA. Polipeptida NLS fleksibel pada larutan dan
mengizinkan NLS untuk mengadopsi konformasi berbeda ketika berikatan kepada parter
tertentu seperti protein IB atau Importin- (17). Regio NLS dan DD adalah situs ikatan
utama bagi IB inhibitor. C-terminal ke RHR dari RelA, RelB, dan c-Rel adalah regio yang
penting untuk aktivasi potensi transkripsional dan, pada akhirnya, dimer NF-B yang
memproses setidaknya salah satu dari fungsi subunit ini sebagai aktivator dari transkripsi.
Domain aktivasi transkripsi ini
(TAD ) bagian yang tidak di pertahankan diantara subunit NF-B pada urutan level asam amino,
oleh karena itu fungsinya ditegaskan. Walaupun urutan yang beranekaragam, TADs tidak
diketahui fungsi spesifitas nya dalam in vivo. Dari keduanya subunit NF-B p50 dan p52

kekurangan C-terminal TAD dan berisi dalam satu bagian glycine-rich region (GRR)sebagai
sisa-sisa dari proses proteolitic yang tidak lengkap dari precursor p105 dan p100. Sebagai akibat
dari kekurangannya terhadap C-terminal TAD, dimmers NF-B yang berisi hanya subunit p50
dan/atau p52 gagal untuk proses transkripsi in vitro atau in vivo.
structure NF-B dan pembentukan dimer: an overview
DD of NF-B tidak diidentifikasikan oleh cara biochemical atau urutan penjajaran. Bukti bahwa
segmen kecil dalam bentuk dimer RHR berasal dari struktur pertama NF-B RHR menuju ke
DNA. DD terdiri dari kira-kira 100 asam amino dekat akhir C-terminal daro RHR. Urutan
identitas dan homolog dalam DD menyilang rumpun sebesar kira-kira 20% dan 50%, berturutturut. Stuktur molekuler dari DD telah ditentukan pada resolusi tinggi oleh x-ray crystallography
untuk kesemua lima NF-B subunits (18, 19).
NF-B DD melipat kedalam sebuah immunoglobulin-like (Ig-like) lipatan dimana dua antiparallel - sheets dari sebuah selipan (Fig. 3). Mengenai 12 ke 14 residu dari setiap monomer
dilibatkan dalam pembentukan dimer oleh pembuatan symmetrical ( atau pseudo-symmetrical
untuk heterodimers). Biarpun, pernyataan oleh alanine scanning mutagenesis dalam subunit p50
dan kemudian penilaian pada pembentukan p50 homodimer, hanya beberapa residu membuat
kontribusi energetic ke stabilisasi dimer (20). Stuktur X-ray crystal pada RelB homodimer DD
menyatakan bahwa memakai sebuah bagian nyata- menukar struktur (Fig. 3C).
Struktur NF-B DD menyediakan pengethuan dalam mekanisme perlakuan pembentukan dimer.
Struktur ini mengajarkan kita mengapa p50:RelA heterodimer lebih stabil daripada homodimer
p50 saat RelA homodimer yang paling lemah diantara ketiganya. Kita sekarang dapat
memprediksi mengapa p50 homo- dan heterodimers berlebihan di sel tetapi p52 homodimer
diobservasi di bawah kondisi spesifik. Sebuah inspeksi tertutup dari struktur ini menyatakan
bahwa perbedaan selectivitas dan stabilitas dari NF-B dimmers dikontrol dalam dua perbedaan
jalur : jalur pertama adalah variasi residu secara langsung berhubungan menyilang dengan
subunits lainnya pada permukaan dimer asam amino (Fig. 3B), dan jalur ke dua adalah variasi
dari permukaan atau inti residu asam amino yang mempengaruhi melipatnya stabilitas DD. Dan
teori jalur pertama lebih dapat diterima, kedua kelas residu memperngaruhi dimerisasi secara
tidak langsung yang paling penting.

Pengaturan dari NF-B Dimerisasi

Meskipun jarak inter-subunit p50 dan relA homodimers mirip, keseluruhan kesamaan pada
mekanisme respective pada pembentukan dimer, lebih sedikit ikatan hydrogen pada permukaan
RelA homodimer yang berarti bahwa ikatan itu lebih lemah dari p50 homodimer. Tiga perbedaan
pada asam amino pada permukaan dimer p50 and RelA homodimer yang menyatakan bagaimana
hasil dimerisasi dari p50:p50, RelA:RelA, dan p50:RelA dimmers dapat di buat. Residu pada
posisi 254 dan 267 pada sebuah Asp dan a Tyr, secara berturut-turut, dalam p50 (penomoran
murine p50). Persamaan posisi ditempati oleh sebuah Asn dan a Phe dalam RelA. Penempatan
pasangan Asp-Asp dan Asn-Asn tidak menguntungkan pada stabilitas pada p50 homodimer dan
RelA homodimer, berturut-turut (Fig. 3B). terutama sekali pada homodimers ini sejak carbonyl
oxygen di kedua Asp (pada p50) danada Asn (pada RelA) di kunci dalam posisi tetap siap
dihubungkan dengan tulang punggung amide melepaskan anionic oxygen pada Asp or amine dan
Asn pada permukaan lainnya. Tentu saja, untuk menghindari interaksi negatif, fungsi group ini
berpindah dari permukaannya. Pada p50:RelA heterodimer, hubungan ikatan hydrogen langsung
antara amine dan oksigen stabil pada dimer. Perubahan Tyr ke Phe menyatakan perbedaan
sisanya dalam penomoran ikatan hydrogen pada permukaan dimer p50 dan RelA homodimers.
Kekurangan hydroxylpada Phe membuat RelA homodimer kurang stabil daripada p50
homodimer, dimana hydroxyl pada Tyr dekat beberapa ikatan hydrogen melewati permukaan
subunit.
Perbedaan Kunci ketiga pada permukaan dimer adalah pengaruh NF-B dimer selectif pada
perubahan dari posisi Phe 307 dalam p50 ke sebuah Val pada kesamaan posisi di RelA.
Bau cincin phenylalanine pada p50 menghadap perbedaannya sendiri mengoptimalkan hubungan
van der Waals antara beta carbon Phe dari 2 subunits. Pengamatan ini menjelaskan mengapa
perubahan dari Ph eke Ala pada p50 tidak menurunkan kekuatan p50 homodimer yang terukur
luas. Sisi rantai Val di posisi RelA homodimer mereka sendiri tidak menutup rapat yang satu
dengan yang lainnya. Dengan perbedaan ini menjelaskan perbedaan stabilitas dimer.
Sisa dari residu asam amino pada permukaan the NF-B dimer menyilang identitas golongannya.
Oleh karena itu, perbedaan dalam observasi persamaan antara kombinasi dimmers dapat
dijelaskan oleh tanda-tanda asam amino hanya pada tiga posisi itu. Tetapi, ini bukan

permasalahannya. Beberapa ketidaktetapan, puncaknya dengan observasi kita pada

ketidakbiasaan bagian-penukaran bangunan dari RelB homodimer, indikasi yang bukan
permukaan residu asam amino juga berperan vital dalam mengkontrol pengumpulan dari NF-B
dimers aktif (19). Dalam RelB,tiga focus residu antarpermukaan meragukan Asn287, Tyr300,
dan Ile335. Hanya Ile yang berbeda, sebagai persamaan residu Asn saat ini dalam RelA dan cRel dan sebuah kesamaan Tyr ditunjukkan pada p50 and p52. Mutasi dari Ile ke salah satu Val
atau Tyr atau Phe, residu ditunjukkan pada RelA atau p52 atau p50, berturut-turut, tidak merubah
RelB ke dalam sebuah ketetapan sisi ke sisi NF-B homodimer. Tetapi, perubahan Tyr300 ke Phe
dan Ile335 ke Phe (atau Tyr atau Val) menghasilkan dalam sisi ke sisi dimer dalam RelA:RelA
homodimer. Ditemukan pernyataan bahwa ikatan hydrogen dimediasi oleh Tyr300 dalam wt
RelB berusaha membawa mebawa dua subunits yang menutup, yang bertenaga pada sisi rantai
Ile sampai tidak diperbolehkan menutup bersama. Mungkin untuk mengubah RelB homodimer
ke dalam homodimer lain seperti p50:p50 homodimer dengan Tyr300 pada pusat permukaan?
Jika perubahan Asn287 ke Asp dan Ile335 ke Phe sebagai p50 memenuhi RelB ke pembentukan
dimer yang regular. Itu akan mebuat variasi dari residu pada hanya tiga posisi akan memberikan
range yang lebar dari stabilitas dimer dalam golongan NF-B (Vu et al., hasil belum dipublikasi).
Persamaan dari NF-B dimmers
Tidak ada laporan yang menggambarkan persamaan(stabilitas) in vitro dari perbedaan NF-B
dimers. Stabilitas dari NF-B p50:RelA heterodimer secara relative lebih tinggi daripada
kecocokan homodimers yang ditetapkan oleh fakta bahwa pembentukan heterodimer secara
istimewa ketika p50 dan RelA homodimers di gabungkan bersama. Meskipun, kondisi serupa
terjadi, proses pembentukan p50:c-Rel heterodimer tidak efisien. Observasi ini menyatakan
bahwa c-Rel homodimer lebih stabil dari RelA homodimer. RelA dan c-Rel lebih besar dari 70%
urutan identifikasi dalam bidang dimerisasi dan semua inter-subunit berisu residu yang di
indentifikasi dalam kedua protein. Meskipun demikian, puncak derajat dari persamaan dan
structural homologi pada p50 subunit dan NF-B p52 homodimer jarang di observasi in vivo.
Sekalipun ada banyak penjelasan untuk hasil negatif, itu diduga bahwa ketidakstabilan dalam
p52:p52 homodimer lebih stabil dalam p52:RelA dan p52:RelB heterodimers. Observasi ini
menegaskan bahwa variasi normal dalam persamaan dapat berpengaruh dimerisasi pada dua
perlekatan yang menghubungkan protein seperti RelA dan c-Rel atau p50 dan p52. Pendukung

dari data kualitatif lebih menerangkan kuantitatif pada kekuatan dimer pada lima homodimers
berdasarkan pada analisis penelitian ultracentrifugation (AUC). Persiapan hasil menunjukkan
bahwa lima homodimers, p50:p50 dan c-Rel:c-Rel homodimers leboh stabil daripada RelA:RelA
dan p52:p52 homodimers. Pada homodimer ini, p52:p52 homodimer paling lemah dan p50:p50
homodimer lebih kuat dimana perbedaan keduanya dekat dari jaraknya (Vu & Ghosh,
pengamatan yang belum dipublikasikan).
Pengaturan dari NF-B dimerisasi
Observasi di atas menjelaskan bahwa residu yang keluar permukaan dimer berkontribusi dalam
stabilisasi dari NF-B dimers. Pemahaman peran permukaan dan bagian dari residu asam amino
yang keluar dari permukaan dimer secara tidak langsung mempengaruhi selectivitas dan stbilitas
dimer lebih sulit di bayangkan. Selanjutnya, struktur Kristal x-ray perlakuan kecil yang
melengkapi penjelpengaruh dalam dimerisasi residu asam amino jauh dari permukaan subunit
yang leboh ditaksirkan langsung oleh analisis mutasi dan ukuran dari persamaan dimerisasi. Pada
RelA, sebuah Cys pada posisi 216 menempati sebuah posisi dalam inti pada DD memproyeksi
berlawanan pada permukaan dimer. Ketika Cys ini di mutasi ke sebuah Ala, RelA homodimer
stabilitas dengan mudah dikurangi. Penjelasan singkatnya untuk mengurangi stabilisasi dimer
bahwa penghilangan dari golongan sulfhydryl destabilizes inti struktur dari DD, yang dalam
peralihan mempengaruhi stabilitas dari interaksi pada permukaan dimer.
Beberapa residu asam amino menempatkan pada permukaan lawan RelB ke permukaan dimer
yang hydrophobic. Permukaan ini-mengarahkan hydrophobic asam amino yang unik ke RelB
diantara golongan mammalian NF-B. Persamaan residu dalam struktur NF-B subunit lain yang
polar dan terlibat dalam pembentukan permukaan ikatan hydrogen ke struktur DD yang stabil.
Mutasi residu ini ke residu polar mengurangi persamaan dari RelBDD untuk dimerisasi dengan
p52DD. Ini seperti pembentukan mutant RelB lebih stabil homodimernya, dengan demikian
penurunan ketersediaan pembentukan heterodimer dengan p52. Pentingnya bidang ikatan yang
stabil untuk pasangan NF-B dimer dan subunit dimerisasi selective lebih lanjut di dukung oleh
mutasi dari Ser pada posisi 319 pada RelB. Ketika permukaan residu ini di mutasi ke Ala, RelB
protein stabil secara dramatis berkurang.

Condisi NF-B dimerisasi

Beberapa dari NF-B dimmers jarang di observasi in vivo, seperti RelA:RelB dan c-Rel:RelB.
Ini telah dilaorkan bahwa phosphorylisasi Ser276 pada RelA memenuhi perubahan modifikasi ke
pembentukan heterodimer dengan RelB. Jelasnya dari penelitian bahwa phosphorilisasi dari
RelA pada Ser276 tidak dapat secara langsung mempengaruhi dimerisasi, sebagai asam amino
diposisikan berlawananan permukaan dimer (Fig. 3B). observasi ini menjelaskan bahwa
phosporylisasi mengubah daerah stabilisasi dalam sebuah cara yaitu RelB yang berhubungan ke
RelA. Hasil yang tidak dilaporkan dari laboratorium kami menjelaskan bahwa RelB yang besar
tidak berikatan dalam cara pada konsentrasi physiology dan menjadi ikatan pada dimerisasi
dengan p50 atau p52. Kami juga menemukan bahwa pengenalan dari sebuah mutasi Gu atau Asp
pada posisi 276 ke mimic phosporylisasi-bergantung stebilisasi dari fungsi RelA ke pembentukan
katalisasi dari sebuah stabilnya RelA:RelB heterodimer. Saat ini, c-Rel:RelB dimer juga telah
dideteksi in vivo. Ini akan menarik untuk diketahui jika dimmers ini merupakan bagian
pertukaran dimer sebagai RelB homodimer.
Penelitian saat ini menunjukkan bahwa p52 dapat hetererodimerize dengan c-Rel. Meskipun,
dimer ini memerlukan phospororilisasi dari residu Ser 226 dari p52 oleh GSK3. Ser226
lokasinya dalam hubungan peptide yang menghubungkan DD dan NTD. Ini tidak menjelaskan
pada point bagaimana phosporilisasi akan memicu pembentukan p52:c-Rel heterodimer. Kami
menduga bahwa phosporilisasi menghubungkan subunit c-Rel. Seperti dihubungkan oleh sebuah
hubungan residu tidak mengharapkan untuk mengikat DNA. Membentuk sebuah penghambat
dimer. Tentu saja p52:c-Rel heterodimer in aktif. Di samping untuk modifikasi-bergantung
pelaksanaan, beberapa dari golongan IB juga adalah anggota pilihan NF-B dimers (di
diskusikan kemudian).
Pembentukan bagian RelB:RelB homodimer pertukaran buatan dimer memiliki persamaan
yang tidak dapat di ukur oleh AUC (Fig. 3C). Kami menunjukkan bahwa jika RelB di produksi
sendiri dan mengalami penurunan dalam kaitan dengan kegagalannya ke bentuk dimer stabil.
Bagaimana RelB membentuk dimmers dengan p50 dan p52 in vivo? Kami menjelaskan bahwa
RelB dan p52 atau p50 dimerisasi selama atau dengan seketika setelah translasi mereka. Kedua

polipeptida harus di sintesis pada waktu yang sama atau dibentang oleh penjaga hingga kedua
polipeptida bertemu dengan yang lainya ke bentuk heterodimer.
Pengenalan DNA oleh NF-B: an overview
B DNA
NF-B mengenal 9 sampai 11 bp (base pairs) double panjang element DNa yang lokasi nya
jauh dalam penyelengara dan penggian dari 500 terget Gen yang diketahui. Pertama sekali
perbandingan DNA pertama mempengaruhi demonstrasi ke ikatan spesifik ke led NF-B
dimmers lalu mengikuti pengaruh seharusnya : 5'-GGGRNWYYCC-3', dimana R = A or G; N =
A, C, G, or T; W = A or T; and Y = C or T. keistimewaan dari consensus ini adalah kehadiran dari
sebuah seri dari nucleus G pada akhir 5, saat bagian pusat dari pengaruh pameran bervariasi
lebih besar. Pengaruh DNa dari gen promoter/pengubah bagian yang seharusnya bertemu dan
dapat di tunjukkan ke pembawa NF-B-dependent reporter ekspresi gen di masukkan B DNA
atau B sites. Seratus dari beberapa pengaruh telah mengkonfirmasi penelitian dari rumor B
site yang dideteksi oleh ribuan metode computational. Beberapa dari sisi baru menyatakan
variasi yang lebih diijinkan oleh pengaruh B DNA yang sebenarnya.
Structures of the NF-B:DNA complexes
Struktur nf- B: dna struktur dari kompleks dua yang pertama nf- B: dna kompleks ditetapkan
di laboratorium paulus sigler dan steve harrison pada tahun 1995 .Juga diketahui bahwa seluruh
rhr dan mungkin sebuah protein lagi diperlukan untuk nf- & amp; # 954 dna; mengikat .Pada saat
itu , domain dna-binding ( dbds ) kebanyakan transkripsi faktor ditemukan menjadi jauh lebih
kecil dalam ukuran , tetapi kebanyakan dbds ini diakui dna yang lebih panjang elemen dari 10-bp
respon .Oleh karena itu dianggap yang struktur anak nf- B: dna akan unik .Struktur nf- B
adalah memang unik di waktu penentuan oleh berdasarkan dari fakta bahwa semua kontak
dengan amino dna adalah dimediasi oleh asam pada loop menghubungkan & amp; # 946;
-strands ( buah ara 3a dan 4 ) .Struktur dari beberapa nf- bunga sbi 3 dimensi B rhr pada
kompleks dimers dengan beragam B dnas adalah sekarang dikenal .Struktur seperti berikan
penting pengakuan wawasan ke dalam dna mekanisme nf- & adalah
Asam samino rantai samping dari immunoglobulin-like ntd dari setiap nf- b rhr menengahi
seluruh kontak base-specific dna .Salah satu mencolok fitur kompleks ini adalah conformational

variabilitas .Ntd yang menerjemahkan dan / atau berputar sebagai urutan dna yang berbeda itu
pertemuan .Bp ada satu perbedaan dapat menyebabkan perubahan conformational besar
.Arsitektur rhr bi-lobal di mana ntd adalah tersambung dengan tulang h oleh seorang 10-residue
tidak dipungut biaya linker membuat ntd untuk memutar / menerjemahkan dengan hal h . b dimer
yang nf- antar muka juga lebih terjaga atas b dna mengikat dan beberapa dna punggung nonspecific tambahan interaksi yang dibuat oleh ntd hingga h .Nls yang c-terminal polipeptida
adalah teratur ketika itu termasuk dalam nf- b rhr membangun digunakan untuk x-ray tekad
struktur kristal .Dan p52 yang p50 subunit secara optimal kontak 5 bp setengah situs , sedangkan
para rela , c-rel , dan relb subunit kontak sebuah 4 bp setengah situs .Dengan pusat bp di pseudosumbu angka dua , dan p52 homodime p50.
NF-B recognition of consensus B DNA at the 5'-end
Enam dilestarikan asid amino p50 dan basis p52 langsung kontak dalam % u03BAB DNA. Di
p50 (berjumlah tumore), residu ini adalah Arg54, Arg56, Tyr57, Glu60, His64, dan Lys241 (Fig.
5A). Dua Arg, Tyr dan Glu adalah invarian di semua NF-% u03BAB subunit. His64 dan Lys241
adalah Ala dan Arg, masing-masing, di Real, c-Rel, dan RelB. His64 (His62 di p52) langsung
kontak 5' Ala G. di posisi ini pada c-Rel, Real dan RelB menimbulkan perbedaan setengah situs
yang panjang-panjang disukai oleh kedua kelas NF-% u03BAB subunit, seperti Ala tidak dapat
mengimbangi hilangnya kontak base-spesifik ini. Sebagai akibatnya, NF % u03BAB p50 dan
p52 subunit memilih 5' setengah situs yang dimulai 5'-GGG dan 5 bp panjang sementara lain
subunit (Real, RelB, atau c-Rel) mengikat preferentially 4 bp setengah situs yang mulai 5'-GG.
Bp sentral, yang hampir selalu A:T, tidak dihubungi oleh subunit baik, menyarankan bahwa
homodimers p50 atau p52 akan mengikat secara optimal untuk 11 bp % u03BAB DNA (bp 5 dua
setengah situs dan bp sentral A:T) sementara Real, RelB, dan c-Rel lebih memilih 9 bp %
u03BAB DNA. Ini juga sempurna menjelaskan pengamatan asli NF-% u03BAB p50:RelA
heterodimer terikat bp 10% u03BAB DNA dari penambah Ig % u03BA cahaya jaringan gen (31).
Pusat a: t bp berfungsi sebagai titik acuan dalam mempelajari base-specific interaksi antara nf- b
subunit dan b dna .Masa 5 ' g yang dihubungi his64 dari p50 subunit menempati posisi asal ini
bp dari 5 .G: c bp di posisi 4 dan 3 mereka memiliki menghubungi demikian juga oleh masingmasing dari nf- b subunit .Kedua invarian arg ( arg56 di tikus p50 dan arg54 ) membuat kontak
langsung dengan kedua g basa dan invarian glu kontak pasangan c di posisi 3 .Pengakuan dari

kedua nukleotida basa di posisi ini menyarankan suatu tanggapan yang lebih penting peran g: c
bp pada posisi 3 daripada keduanya g: c bp di 5 dan posisi 4 .Hal ini menjelaskan pengamatan
bahwa paling tidak satu dari situs setengah berisi g: c bp di posisi ini di semua b dna dikenal
hingga kini.
NF-B binding to consensus B DNA at the inner positions
Pasang basa di posisi 2 dan 1 di b dna menunjukkan lebih variabilitas dalam urutan dari basa
tepi .Dalam kristal struktur nf- b p50: rela heterodimer pada kompleks dengan b dna dari ig gen
rantai ringan , sebuah arg residu linker terdapat dalam jam daerah yang bergabung dengan sungai
ntd hingga h di rela subunit melintasi atas dan kontak t dari sebuah a: t bp ara pada posisi + 2 ( .
5a ) .Sebuah identik arg hadir dalam c-rel .Sebuah analog lys residu di posisi di p50 yang sesuai
dan p52 dapat saling berinteraksi dengan kedua t dalam sebuah a: t bp atau g dari sebuah g: c bp
di posisi yang sama .Pasang basa pada posisi 1 di b dna tidak berpartisipasi dalam setiap kontak
dengan baik rela dan c-rel .Namun , residu dalam interdomain yang lys linker dari p50 dapat
menengahi dan p52 kontak di posisi ini tergantung pada urutan dna .Residu yang sesuai di relb
( lys274 juga merupakan lys di tikus relb ) .Namun , daripada lys ini dna menghubungi , itu
proyek-proyek ke dalam ke membuat sebuah yang berpasangan dengan asp272 ion .
Dari loop l1 invarian tyr ( tyr57 dan tyr36 di tikus p50 di tikus rela menyulitkan ) berpartisipasi
dalam berinteraksi dengan basa di kedua 1 dan 2 yang sama strand.Menyulitkan ini adalah
disukai oleh kehadiran dua berturut-turut t basa, sebagai kelompok 5-methyl exocyclic mereka
mendukung interaksi.Walaupun seorang phe di posisi yang sama bisa menggantikannya untuk tyr
dan mempertahankan interaksi menyulitkan ini, tyr turut berpartisipasi dalam ikatan hidrogen
melalui tempat yang membuat tyr sebuah kelompok hidroksil mutlak diperlukan residu untuk
dna pengakuan dan mengikat.Baik dua c basa atau kombinasi dari t dan c juga dapat ditampung
di posisi ini, hanyalah seorang a atau g posisi yang tidak menguntungkan di kedua.Pikiran yang
sangat penting peran ini invarian tyr adalah digambarkan oleh overrepresentation atau aattt dari
urutan aaatt di tingkat pusat 5 posisi b urutan diakui oleh rela dan c-rel homodimers.Sangat
mungkin bahwa menyulitkan ini tyr dasar interaksi ke arah pusat bp 9 lebih disukai oleh rela
sebuah situs b.
Stabilization of NF-B:DNA complexes

Interaksi protein yang dapat mengikat secara signifikan mengubah dari afinitas nf- b kompleks:
dna .Hal ini benar meskipun protein yang mengikat distal dari nf-: b dna antar muka .Kedua
protein-dna protein-protein dan interaksi saling bergantung .Ini berarti bahwa semua nf- b latin
menjadi lebih kompleks dapat dipengaruhi oleh perubahan halus dalam dna konfirmasi .Saat ini
adalah apa yang digambarkan dengan dua loop , salah satu dari ini dan yang lain dari ntd ,
terutama yang memainkan peran penting .Para f- g dari loop nf- proyek h b ke b dna tetapi
tidak kontak langsung ( gambar itu .3a ) .Menyimpan dua residu asam ( asp267 glu269 dan ayam
di c-rel ) berada dalam lingkaran ini dan berada di dalam dna yang rumit antara c-rel homodimer
dan il2-cdre dna b kompleks .Residu ini diharapkan akan dapat menolak dna dan dapat mengikat
( 24 ) .Namun , ini adalah bentuk negatif dinetralisir oleh arg dalam sebuah loop l1 ( gambar .3a )
.L1 loop yang sama yang memberikan kontribusi loop 5 dari 6Residu base-contacting .L1 loop
dapat dibedakan menjadi tiga bagian: n-terminal depan , n-terminal kembali , fleksibel dan cterminal bagian .Terminal bagian dari yang c- loop l1 adalah fleksibel dan dapat menghubungi
dna punggung nukleotida yang pendampingan b urutan .N-terminal yang depan dan kaku back
end membentuk sebuah inti struktur yang tetap tidak berubah baik dalam dna-bound dan
-unbound bentuk .Residu permukaan diproyeksikan dari bagian depan residu base-contacting
bagian berkontribusi dna .Sebuah arg di bagian belakang permukaan n-terminal kontak bagian
yang asam residu dari f- g loop .Menariknya , tidak semua nf- b: dna struktur crystallographic
kompleks menunjukkan ini protein- interaksi protein .Kami menyarankan bahwa dna perbedaan
konformasi memainkan peran dalam interaksi interdomain dilakukan dengan cara membacakan
rhr .Dalam kasus oncogenic v-rel , homologue dari c-rel virus , dua residu inti dalam kaku bagian
dari loop l1 adalah bermutasi .Kedua residu setidaknya dna mengikat yang sebagian
bertanggungjawab atas diubah profil oleh v-rel sebagai perbandingan untuk c-rel ( 32 ).Akhirnya,
dua loop ini juga menjalani modifikasi, yang juga muncul untuk mengatur nf- b dna pengakuan
sebagaimana dibahas di bawah ini.Dan c-rel rela homodimers mengikat klasik situs b seperti igb atau ifn b dengan lebih rendah dibandingkan dengan heterodimers dengan p50 afinitas.Sejak
secara historis b dna digunakan untuk mendeteksi nf- b elektromagnetik aktivasi di shift uji
( emsa ), dna mengikat rendah aktivitas rela homodimer telah membuat orang-orang beriman rela
dna mengikat itu hanya mengalami sedikit atau tidak ada kegiatan bahkan ketika ia bertindak
sebagai sebuah dengan p50 heterodimer subunit.Karena itu, sampai akhir 1990-an, homodimer

rela tersebut diperkirakan mengikat dna adalah buatan dan yang rela homodimers tidak punya
fungsi fisiologis.
B DNA dynamic
Dna b dinamika salah satu menarik protein-dna regulasi aspek melibatkan dinamika
dna.Pertanyaan yang besar di nf- lapangan b ini adalah peran dari b urutan specificty di regulasi
gen.Bp variasi ada satu dalam b situs dapat berdampak regulasi gen.Sebuah nukleotida tunggal
variasi dapat mempengaruhi kontak langsung dengan nf- b atau tidak, berdampak mengikat
dengan dinamika dna perubahan karena urutan mengubah atau kedua.Misalnya, dapat diketahui
bahwa dinamika ta tersebut dasar langkah adalah berbeda dari yang pada atau aa dasar
langkah.Dinamika dan conformational dna perbedaannya sering sulit untuk diukur dengan akurat
dari agak sederhana ini urutan perubahan.Namun, hal ini dapat disimpulkan dengan mengukur
perbedaan dalam afinitas dan / atau kinetika dari mengikat dalam larutan, penyuluhan dan
mungkin melalui strukturMutan kompleks dengan dna .Meskipun dinamika dna akibat ta dasar
langkah mungkin menjadi penting bagi semua jenis pengakuan dalam beberapa kompleks
protein-dna , ta tersebut dasar langkah adalah jarang diamati dalam b urutan .Meskipun kedua
ggaatttcc dan ggaaattcc optimal urutan adalah target untuk rela atau c-rel dari sudut pandang
hydrogen-bonding homodimers kontak , dan ggaaaatcc yang ggaatatcc urutan tidak ideal b
urutan .Meskipun kedua dnas harus menjadikan identik kontak dengan nf- b , hadirnya sebuah a
di babak kedua situs adalah merugikan tetapi setelah bulan itu hadir di samping t , efek menjadi
secara signifikan lebih rendah .Ta tersebut langkah diharapkan untuk mendorong dinamika alam
bp tetangga , yang mengakibatkan berkurangnya mengikat afinitas .Karena itu , bisa lebih umum
daripada ggaaaatcc ggaatatcc terlepas dari fakta bahwa pusat bp ( mengungkapkan nukleotida )
tidak kontak protein .
Molekul ini dalam simulasi il-2- ( b agaaattcc ) tertanam dalam situs 22-mer sebuah dupleks dna
dalam waktu yang lama ( skala 1- ) s yang diturunkan struktural ( transisi 33 ) .Di sekitar 0.7 s
dari simulasi siaga bencana , pusat: yang tidak benar benar bp menjadi dicukur , itu kereta
penopang cross-stand menjalani menyusun .Fenomena ini mengarah ke dan membalik sekitar
dari timina pada posisi 1 , pergi berpasangan dengan adenin bebas .Perubahan perubahan
struktural ini mungkin terkait dengan itu .Sebagai contoh , gangguan atau sebuah urutan at-rich
pusat dengan a g bp: c tidak dapat mengakibatkan perubahan struktural yang sama .Di semua ,

penelitian ini dengan bebas dna b menunjukkan bahwa sangat sequence-dependent dna
conformations memainkan peranan penting dalam nf- pengakuan b .Selain itu , urutan variasi di
daerah mereka juga bisa mempengaruhi konformasi dari b dna sedemikian rupa sehingga nf- b
afinitas atau diubah .Kami mengamati bahwa rata rata dari semua conformations nf- b
kompleks: dna belajar sejauh ini menunjukkan perbedaan yang tak terduga .Resonansi magnetik
nuklir (nmr) analisis wildtype baik dan mutan human immunodeficiency virus hiv) (b urutan dna
menunjukkan beberapa perbedaan utama di conformations mereka .Dasar dan perubahan yang
diperkenalkan pada 5 -junction di mutan dnas b , konfirmasi perbedaan dalam b dalam dna
terlihat .Ini mutan hiv b urutan dna yang digunakan dalam penelitian menunjukkan nmr nfmengurangi mengikat b menunjukkan bahwa mereka urutan dna negatif mempengaruhi
mengikat dengan mengubah fosfat konfirmasi pilihan (34,35).
Keberadaan g: c atau c: g bp posisi di tingkat pusat cukup jarang di antara situs b , meskipun
posisi ini tidak langsung kontak protein .Sebuah g: c atau c: g bp juga dapat berpotensi
mempengaruhi konformasi / dinamika alam situs tetangga. Misalnya, lebar yang sempit minor
alur di pusat , fitur yang universal dari a: t / g: sebuah berpusat situs meninjau tanggal b,
mungkin sulit dicapai dengan sebuah g: c / c: g bp di pusat. Struktur ray yang x- gratis b dna
diperbolehkan untuk perbandingan dari transisi strukturnya dna yang sama kepada mengikat
sebuah rela: rela homodimer (36). Urutan bagian tengah dna yang sama dengan dna urutan yang
x-ray lain struktur tersediaFitur dari pemerintah pusat aaattt urutan dna urutan dalam kedua mirip
dengan sudut roll kecil, dan akibatnya, dnas ini lebih dekat ke ideal b membentuk. Rela
menginduksi halus membungkuk di sekitar at-rich pusat urutan.Selain itu, gratis b dna pameran
yang lebih luas alur utama kecil grove dan lebih dalam. Nf- b mengikat mengakibatkan
penyempitan kecil alur dan memperluas contoh dalam kelompok utama alur di mana protein
contacts langsung diamati.Kami menyarankan agar rela homodimers dan c-rel akan membedakan
sebuah b situs dengan g / c-centric situs b. Kasus mungkin berbeda untuk p50 dan p52
homodimers. Karena ruang gerak yang lebih besar
Structures of the NF-B:DNA complexes
Struktur nf- B: dna struktur dari kompleks dua yang pertama nf- B: dna kompleks ditetapkan
di laboratorium paulus sigler dan steve harrison pada tahun 1995 .Juga diketahui bahwa seluruh
rhr dan mungkin sebuah protein lagi diperlukan untuk nf- & amp; # 954 dna; mengikat .Pada saat

itu , domain dna-binding ( dbds ) kebanyakan transkripsi faktor ditemukan menjadi jauh lebih
kecil dalam ukuran , tetapi kebanyakan dbds ini diakui dna yang lebih panjang elemen dari 10-bp
respon .Oleh karena itu dianggap yang struktur anak nf- B: dna akan unik .Struktur nf- B
adalah memang unik di waktu penentuan oleh berdasarkan dari fakta bahwa semua kontak
dengan amino dna adalah dimediasi oleh asam pada loop menghubungkan & amp; # 946;
-strands ( buah ara 3a dan 4 ) .Struktur dari beberapa nf- bunga sbi 3 dimensi B rhr pada
kompleks dimers dengan beragam B dnas adalah sekarang dikenal .Struktur seperti berikan
penting pengakuan wawasan ke dalam dna mekanisme nf- & adalah
Asam samino rantai samping dari immunoglobulin-like ntd dari setiap nf- b rhr menengahi
seluruh kontak base-specific dna .Salah satu mencolok fitur kompleks ini adalah conformational
variabilitas .Ntd yang menerjemahkan dan / atau berputar sebagai urutan dna yang berbeda itu
pertemuan .Bp ada satu perbedaan dapat menyebabkan perubahan conformational besar
.Arsitektur rhr bi-lobal di mana ntd adalah tersambung dengan tulang h oleh seorang 10-residue
tidak dipungut biaya linker membuat ntd untuk memutar / menerjemahkan dengan hal h . b dimer
yang nf- antar muka juga lebih terjaga atas b dna mengikat dan beberapa dna punggung nonspecific tambahan interaksi yang dibuat oleh ntd hingga h .Nls yang c-terminal polipeptida
adalah teratur ketika itu termasuk dalam nf- b rhr membangun digunakan untuk x-ray tekad
struktur kristal .Dan p52 yang p50 subunit secara optimal kontak 5 bp setengah situs , sedangkan
para rela , c-rel , dan relb subunit kontak sebuah 4 bp setengah situs .Dengan pusat bp di pseudosumbu angka dua , dan p52 homodime p50
NF-B recognition of consensus B DNA at the 5'-end
Enam dilestarikan asid amino p50 dan basis p52 langsung kontak dalam % u03BAB DNA. Di
p50 (berjumlah tumore), residu ini adalah Arg54, Arg56, Tyr57, Glu60, His64, dan Lys241 (Fig.
5A). Dua Arg, Tyr dan Glu adalah invarian di semua NF-% u03BAB subunit. His64 dan Lys241
adalah Ala dan Arg, masing-masing, di Real, c-Rel, dan RelB. His64 (His62 di p52) langsung
kontak 5' Ala G. di posisi ini pada c-Rel, Real dan RelB menimbulkan perbedaan setengah situs
yang panjang-panjang disukai oleh kedua kelas NF-% u03BAB subunit, seperti Ala tidak dapat
mengimbangi hilangnya kontak base-spesifik ini. Sebagai akibatnya, NF % u03BAB p50 dan
p52 subunit memilih 5' setengah situs yang dimulai 5'-GGG dan 5 bp panjang sementara lain
subunit (Real, RelB, atau c-Rel) mengikat preferentially 4 bp setengah situs yang mulai 5'-GG.

Bp sentral, yang hampir selalu A:T, tidak dihubungi oleh subunit baik, menyarankan bahwa
homodimers p50 atau p52 akan mengikat secara optimal untuk 11 bp % u03BAB DNA (bp 5 dua
setengah situs dan bp sentral A:T) sementara Real, RelB, dan c-Rel lebih memilih 9 bp %
u03BAB DNA. Ini juga sempurna menjelaskan pengamatan asli NF-% u03BAB p50:RelA
heterodimer terikat bp 10% u03BAB DNA dari penambah Ig % u03BA cahaya jaringan gen (31).
Pusat a: t bp berfungsi sebagai titik acuan dalam mempelajari base-specific interaksi antara nf- b
subunit dan b dna .Masa 5 ' g yang dihubungi his64 dari p50 subunit menempati posisi asal ini
bp dari 5 .G: c bp di posisi 4 dan 3 mereka memiliki menghubungi demikian juga oleh masingmasing dari nf- b subunit .Kedua invarian arg ( arg56 di tikus p50 dan arg54 ) membuat kontak
langsung dengan kedua g basa dan invarian glu kontak pasangan c di posisi 3 .Pengakuan dari
kedua nukleotida basa di posisi ini menyarankan suatu tanggapan yang lebih penting peran g: c
bp pada posisi 3 daripada keduanya g: c bp di 5 dan posisi 4 .Hal ini menjelaskan pengamatan
bahwa paling tidak satu dari situs setengah berisi g: c bp di posisi ini di semua b dna dikenal
hingga kini.
NF-B binding to consensus B DNA at the inner positions
Pasang basa di posisi 2 dan 1 di b dna menunjukkan lebih variabilitas dalam urutan dari basa
tepi .Dalam kristal struktur nf- b p50: rela heterodimer pada kompleks dengan b dna dari ig gen
rantai ringan , sebuah arg residu linker terdapat dalam jam daerah yang bergabung dengan sungai
ntd hingga h di rela subunit melintasi atas dan kontak t dari sebuah a: t bp ara pada posisi + 2 ( .
5a ) .Sebuah identik arg hadir dalam c-rel .Sebuah analog lys residu di posisi di p50 yang sesuai
dan p52 dapat saling berinteraksi dengan kedua t dalam sebuah a: t bp atau g dari sebuah g: c bp
di posisi yang sama .Pasang basa pada posisi 1 di b dna tidak berpartisipasi dalam setiap kontak
dengan baik rela dan c-rel .Namun , residu dalam interdomain yang lys linker dari p50 dapat
menengahi dan p52 kontak di posisi ini tergantung pada urutan dna .Residu yang sesuai di relb
( lys274 juga merupakan lys di tikus relb ) .Namun , daripada lys ini dna menghubungi , itu
proyek-proyek ke dalam ke membuat sebuah yang berpasangan dengan asp272 ion .
Dari loop l1 invarian tyr ( tyr57 dan tyr36 di tikus p50 di tikus rela menyulitkan ) berpartisipasi
dalam berinteraksi dengan basa di kedua 1 dan 2 yang sama strand.Menyulitkan ini adalah
disukai oleh kehadiran dua berturut-turut t basa, sebagai kelompok 5-methyl exocyclic mereka
mendukung interaksi.Walaupun seorang phe di posisi yang sama bisa menggantikannya untuk tyr

dan mempertahankan interaksi menyulitkan ini, tyr turut berpartisipasi dalam ikatan hidrogen
melalui tempat yang membuat tyr sebuah kelompok hidroksil mutlak diperlukan residu untuk
dna pengakuan dan mengikat.Baik dua c basa atau kombinasi dari t dan c juga dapat ditampung
di posisi ini, hanyalah seorang a atau g posisi yang tidak menguntungkan di kedua.Pikiran yang
sangat penting peran ini invarian tyr adalah digambarkan oleh overrepresentation atau aattt dari
urutan aaatt di tingkat pusat 5 posisi b urutan diakui oleh rela dan c-rel homodimers.Sangat
mungkin bahwa menyulitkan ini tyr dasar interaksi ke arah pusat bp 9 lebih disukai oleh rela
sebuah situs b.
Stabilization of NF-B:DNA complexes
Interaksi protein yang dapat mengikat secara signifikan mengubah dari afinitas nf- b kompleks:
dna .Hal ini benar meskipun protein yang mengikat distal dari nf-: b dna antar muka .Kedua
protein-dna protein-protein dan interaksi saling bergantung .Ini berarti bahwa semua nf- b latin
menjadi lebih kompleks dapat dipengaruhi oleh perubahan halus dalam dna konfirmasi .Saat ini
adalah apa yang digambarkan dengan dua loop , salah satu dari ini dan yang lain dari ntd ,
terutama yang memainkan peran penting .Para f- g dari loop nf- proyek h b ke b dna tetapi
tidak kontak langsung ( gambar itu .3a ) .Menyimpan dua residu asam ( asp267 glu269 dan ayam
di c-rel ) berada dalam lingkaran ini dan berada di dalam dna yang rumit antara c-rel homodimer
dan il2-cdre dna b kompleks .Residu ini diharapkan akan dapat menolak dna dan dapat mengikat
( 24 ) .Namun , ini adalah bentuk negatif dinetralisir oleh arg dalam sebuah loop l1 ( gambar .3a )
.L1 loop yang sama yang memberikan kontribusi loop 5 dari 6Residu base-contacting .L1 loop
dapat dibedakan menjadi tiga bagian: n-terminal depan , n-terminal kembali , fleksibel dan cterminal bagian .Terminal bagian dari yang c- loop l1 adalah fleksibel dan dapat menghubungi
dna punggung nukleotida yang pendampingan b urutan .N-terminal yang depan dan kaku back
end membentuk sebuah inti struktur yang tetap tidak berubah baik dalam dna-bound dan
-unbound bentuk .Residu permukaan diproyeksikan dari bagian depan residu base-contacting
bagian berkontribusi dna .Sebuah arg di bagian belakang permukaan n-terminal kontak bagian
yang asam residu dari f- g loop .Menariknya , tidak semua nf- b: dna struktur crystallographic
kompleks menunjukkan ini protein- interaksi protein .Kami menyarankan bahwa dna perbedaan
konformasi memainkan peran dalam interaksi interdomain dilakukan dengan cara membacakan
rhr .Dalam kasus oncogenic v-rel , homologue dari c-rel virus , dua residu inti dalam kaku bagian

dari loop l1 adalah bermutasi .Kedua residu setidaknya dna mengikat yang sebagian
bertanggungjawab atas diubah profil oleh v-rel sebagai perbandingan untuk c-rel ( 32 ).Akhirnya,
dua loop ini juga menjalani modifikasi, yang juga muncul untuk mengatur nf- b dna pengakuan
sebagaimana dibahas di bawah ini.Dan c-rel rela homodimers mengikat klasik situs b seperti igb atau ifn b dengan lebih rendah dibandingkan dengan heterodimers dengan p50 afinitas.Sejak
secara historis b dna digunakan untuk mendeteksi nf- b elektromagnetik aktivasi di shift uji
( emsa ), dna mengikat rendah aktivitas rela homodimer telah membuat orang-orang beriman rela
dna mengikat itu hanya mengalami sedikit atau tidak ada kegiatan bahkan ketika ia bertindak
sebagai sebuah dengan p50 heterodimer subunit.Karena itu, sampai akhir 1990-an, homodimer
rela tersebut diperkirakan mengikat dna adalah buatan dan yang rela homodimers tidak punya
fungsi fisiologis.
B DNA dynamic
Dna b dinamika salah satu menarik protein-dna regulasi aspek melibatkan dinamika
dna.Pertanyaan yang besar di nf- lapangan b ini adalah peran dari b urutan specificty di regulasi
gen.Bp variasi ada satu dalam b situs dapat berdampak regulasi gen.Sebuah nukleotida tunggal
variasi dapat mempengaruhi kontak langsung dengan nf- b atau tidak, berdampak mengikat
dengan dinamika dna perubahan karena urutan mengubah atau kedua.Misalnya, dapat diketahui
bahwa dinamika ta tersebut dasar langkah adalah berbeda dari yang pada atau aa dasar
langkah.Dinamika dan conformational dna perbedaannya sering sulit untuk diukur dengan akurat
dari agak sederhana ini urutan perubahan.Namun, hal ini dapat disimpulkan dengan mengukur
perbedaan dalam afinitas dan / atau kinetika dari mengikat dalam larutan, penyuluhan dan
mungkin melalui strukturMutan kompleks dengan dna .Meskipun dinamika dna akibat ta dasar
langkah mungkin menjadi penting bagi semua jenis pengakuan dalam beberapa kompleks
protein-dna , ta tersebut dasar langkah adalah jarang diamati dalam b urutan .Meskipun kedua
ggaatttcc dan ggaaattcc optimal urutan adalah target untuk rela atau c-rel dari sudut pandang
hydrogen-bonding homodimers kontak , dan ggaaaatcc yang ggaatatcc urutan tidak ideal b
urutan .Meskipun kedua dnas harus menjadikan identik kontak dengan nf- b , hadirnya sebuah a
di babak kedua situs adalah merugikan tetapi setelah bulan itu hadir di samping t , efek menjadi
secara signifikan lebih rendah .Ta tersebut langkah diharapkan untuk mendorong dinamika alam
bp tetangga , yang mengakibatkan berkurangnya mengikat afinitas .Karena itu , bisa lebih umum

daripada ggaaaatcc ggaatatcc terlepas dari fakta bahwa pusat bp ( mengungkapkan nukleotida )
tidak kontak protein .
Molekul ini dalam simulasi il-2- ( b agaaattcc ) tertanam dalam situs 22-mer sebuah dupleks dna
dalam waktu yang lama ( skala 1- ) s yang diturunkan struktural ( transisi 33 ) .Di sekitar 0.7 s
dari simulasi siaga bencana , pusat: yang tidak benar benar bp menjadi dicukur , itu kereta
penopang cross-stand menjalani menyusun .Fenomena ini mengarah ke dan membalik sekitar
dari timina pada posisi 1 , pergi berpasangan dengan adenin bebas .Perubahan perubahan
struktural ini mungkin terkait dengan itu .Sebagai contoh , gangguan atau sebuah urutan at-rich
pusat dengan a g bp: c tidak dapat mengakibatkan perubahan struktural yang sama .Di semua ,
penelitian ini dengan bebas dna b menunjukkan bahwa sangat sequence-dependent dna
conformations memainkan peranan penting dalam nf- pengakuan b .Selain itu , urutan variasi di
daerah mereka juga bisa mempengaruhi konformasi dari b dna sedemikian rupa sehingga nf- b
afinitas atau diubah .Kami mengamati bahwa rata rata dari semua conformations nf- b
kompleks: dna belajar sejauh ini menunjukkan perbedaan yang tak terduga .Resonansi magnetik
nuklir (nmr) analisis wildtype baik dan mutan human immunodeficiency virus hiv) (b urutan dna
menunjukkan beberapa perbedaan utama di conformations mereka .Dasar dan perubahan yang
diperkenalkan pada 5 -junction di mutan dnas b , konfirmasi perbedaan dalam b dalam dna
terlihat .Ini mutan hiv b urutan dna yang digunakan dalam penelitian menunjukkan nmr nfmengurangi mengikat b menunjukkan bahwa mereka urutan dna negatif mempengaruhi
mengikat dengan mengubah fosfat konfirmasi pilihan (34,35).
Keberadaan g: c atau c: g bp posisi di tingkat pusat cukup jarang di antara situs b , meskipun
posisi ini tidak langsung kontak protein .Sebuah g: c atau c: g bp juga dapat berpotensi
mempengaruhi konformasi / dinamika alam situs tetangga. Misalnya, lebar yang sempit minor
alur di pusat , fitur yang universal dari a: t / g: sebuah berpusat situs meninjau tanggal b,
mungkin sulit dicapai dengan sebuah g: c / c: g bp di pusat. Struktur ray yang x- gratis b dna
diperbolehkan untuk perbandingan dari transisi strukturnya dna yang sama kepada mengikat
sebuah rela: rela homodimer (36). Urutan bagian tengah dna yang sama dengan dna urutan yang
x-ray lain struktur tersediaFitur dari pemerintah pusat aaattt urutan dna urutan dalam kedua mirip
dengan sudut roll kecil, dan akibatnya, dnas ini lebih dekat ke ideal b membentuk. Rela
menginduksi halus membungkuk di sekitar at-rich pusat urutan.Selain itu, gratis b dna pameran
yang lebih luas alur utama kecil grove dan lebih dalam. Nf- b mengikat mengakibatkan

penyempitan kecil alur dan memperluas contoh dalam kelompok utama alur di mana protein
contacts langsung diamati.Kami menyarankan agar rela homodimers dan c-rel akan membedakan
sebuah b situs dengan g / c-centric situs b. Kasus mungkin berbeda untuk p50 dan p52
homodimers karena ruang gerak yang lebih besar.
Pasca - translasi modifikasi dan NF - B : regulasi yang kompleks DNA
Laporan terbaru menunjukkan bahwa monomethylation Rela di Lys37 dalam menanggapi
induksi TNF dan IL - 1 diperlukan untuk ekspresi subset target gen NF - B ( 37 ) .bentuk
methylated menampilkan aktivasi gen RelA akibat dari ikatan DNA oleh RelA . Meskipun
mekanisme rinci kurang dapat menjelaskan bagaimana modifikasi residu ini dapat
mempengaruhi DNA mengikat , dalam lingkaran L1 menunjukkan bahwa efeknya mungkin tidak
langsung melalui mengubah konformasi residu yang langsung menghubungi DNA . Hal ini
penting untuk dijelaskan karena beberapa DNA menghubungi residu dari satu kontak lingkaran
L1 lain lebih menstabilkan konformasi lingkaran L1 dan memungkinkan mereka semua untuk
bertindak sebagai satu unit . p50 , Glu60 jembatan Arg54 dan Arg56 dan bersama-sama mereka
mengaktivasi DNA sebagai modul terstruktur . Stabilitas dan utilitas struktur polipeptida ini
perlihatkan ketika ditemukan dieksploitasi RNA dalam percobaan seleksi ikatan ( 38 ) . Dalam
RelA dan c - Rel , Glu sama menyatukan salah satu dari dua residu Arg dari L1 loop dan Arg dari
linker interdomain . Interaksi kooperatif antara rantai asam amino sisi tidak hanya
mempertahankan konformasi berorientasi benar dari kelompok-kelompok fungsional prima
untuk menghubungi DNA tetapi juga berkontribusi untuk membedakan secara selektif.
Karenanya modifikasi lisin dapat mempengaruhi orientasi residu ini serta residu yang terlibat
dalam kontak dengan residu di lingkaran f - g ( dibahas sebelumnya ) . Gambaran mutasi RelA
Ser276Ala secara dramatis mengurangi aktivitas transkripsi. SER telah ditunjukkan untuk
menjalani fosforilasi oleh dua kinase yang berbeda, MSK dan protein kinase A (PKA), dan
modifikasi pasca - translasi ini sangat penting untuk RelA aktivitas transkripsi (3942). Meskipun
RelASer276Ala muncul untuk mengikat DNA, cacat dalam mengikat afinitas DNA tidak bisa
sepenuhnya dikesampingkan dalam terang pentingnya residu lainnya di lingkaran yang sama
bentuk kompleks protein - DNA. Fosforilasi pada posisi 276 juga telah terbukti diperlukan untuk

perekrutan koaktivator. Oleh karena itu, selain modulasi afinitas, fosforilasi mungkin memainkan
peran dalam mengubah kromatin dinamika melalui kegiatan asetilasi CBP / p300 .
pengaturan NF - B : DNA pembentukan kompleks in vivo
Salah satu aspek regulasi NF - B yang belum pernah ditangani dalam penelitian adalah
potensi pertukaran subunit antara dimer NF - B aktif dalam inti. Data struktural dan biokimia
yang tersedia menunjukkan bahwa ini mungkin terjadi, terutama mengingat afinitas dimerisasi
relatif rendah diperlihatkan oleh banyak kombinasi dimer NF - B dan preferensi situs setengah
DNA B yang berbeda terhadap subunit NF - B yang spesifik. Secara fungsional, tampaknya
masuk akal bahwa seperti pertukaran yang mungkin bertepatan dengan transisi dari promotor gen
dari ditekan ke keadaan aktif. Homodimers dari p50 dan p52 yang hadir dalam inti sel
uninduced. mobilisasi yang cepat dari tambahan NF - subunit ke inti dalam menanggapi
degradasi IB maka dapat menyebabkan penggantian represif NF - B dengan dimmer yang
melekat memiliki transkripsi aktif secara potensial. Tidak diketahui apakah represif p50 dan p52
homodimers langsung ditukar dengan p50: Rela atau lainnya mengaktifkan homo dan
heterodimers atau, alternatif, jika p50 dan p52 monomer subunit individu dapat bertukar dengan
monomer Rela di B DNA. Menariknya, analisis tikus yang tidak memiliki gen yang mengkode
IBNS mengungkapkan penurunan yang signifikan dalam IL - 2 produksi. CHIP tes pada sel T
mengungkapkan bahwa IBNS colocalizes dengan p50 homodimer di B DNA dan sisa-sisa terkait
bahkan setelah p50 yang dipisahkan (43). Oleh karena itu, memungkinkan bahwa inti sel NF B tukar subunit dari B DNA jatuh di bawah lingkup protein IB nuklir.
Kelompok B
Ada delapan protein kelompok IB yang diketahui (Gbr. 2). Mereka termasuk kelompok yang
berdasarkan adanya domain ankyrin berulang ( ARD) yang secara fungsional terkait dengan
dimer NF - B. Ankyrin berulang merupakan 33 amino acid tandem heliks yang muncul dalam
beberapa salinan dalam berbagai protein (44, 45). Pada domain ini, IB protein dapat membentuk
kompleks biologis dengan setidaknya satu dimer NF - B. Protein ini adalah IB , IB , IB ,
IB (NF - B1/p105) , IB (NF - B2/p100) , Bcl3 , dan IBNS . Tiga dari protein ini IB , IB ,

dan IB , memediasi kegiatan IB klasik yang berkaitan dengan NF-B mengikat dalam
sitoplasma dan fosforilasi-dependent degradasi proteasome-dimediasi dalam menanggapi
induksi. Protein IB klasik berisi enam mengulangi ankyrin. The ARD diapit oleh urutan yang
diprediksi akan terstruktur. Protein IB klasik istimewa mengikat dimer NF - B yang
mengandung setidaknya satu Rela atau c - Rel subunit. N -terminal daerah fleksibel dalam IB ,
IB , dan IB mengandung dua residu serin dalam urutan konsensus DSGXXS yang situs
untuk fosforilasi oleh subunit IKK. Once phosphorylated, this N-terminal region serves as the
recognition site for the E3 receptor -TrCP for IB polyubiquitination (Reviewed in Kanarek &
Ben-Neriah, this volume). Ubiquitinated IB is degraded by the 26S proteasome (46). Penting
pada bagian N-terminal adalah untuk proteolisis pada protein IB klasik merupakan ilustrasi
nyata dari dua molekul IB yaitu IKK pospolirasi yang memutasi fungsi Ala sebagai reseptor
utama nadi NF- B pada jalur aktivasi.
NF-B1/p105 dan NF-B2/p100 yang belum diproses juga berfungsi sebagai inhibitor
NF-B (49, 50). Bagaimanapun, tidak seperti oligomerasi yang diinhibisi oleh IB, IB dan
IB, dimana monomer IB terpasang dengan sebuah NF-B tunggal untuk membentuk
kompleks inaktif, p100 dan p 105 bergabung menjadi kompleks yang lebih besar dimana mereka
mengintegrasi dua molekul inhibitor dan paling tidak dua molekul NF-B (51). Dimer p105
mengikat RelA, c-Rel dan bentuk hasil proses dari p50. p100 lebih mengikat kepada RelB dan
p52 dan kepada RelA yang tidak begitu luas. p100 yang terdegradasi total melepaskan subunit
NF-B yang berbeda, yang mana dapat memulai program fisiologis yang membedakan dari yang
diregulasi oleh p105 dan inhibitor IB klasik.
Tiga tambahan polipeptida yang mengandung ARD menunjukkan telah berpartisipasi
dalam regulasi NF-B. Mereka adalah Bcl3, IB, dan IBNS. Dari semua, Bcl3 merupakan
yang paling banyak diteliti karena ditemukan pertama kali (52, 53). Mereka digolongkan dengan
protein IB lainnya karena kemiripan struktur dan kemampuan untuk mengikat dimer NF-B,
Bcl3, IB, dan IBNS memiliki perbedaan yang signifikan dalam menginhibisi dibandingkan
protein IB klasik (54-57). Pertama-tama mereka menunjukkan ikatan spesifik terhadap
homodimer p50 dan p52. Masing-masing dari tiga protein tersebut bermigrasi menuju nucleus
ketika tertekan di sel, menghasilkan klasifikasi mereka sebagai protein IB nuklear.

Bagaimanapun, penelitian terbaru menunjukkan aktivitas dari protein juga diregulasi dalam
bagian oleh lokalisasi nuklear dan waktu paruh. Di dalam nukleus, didapatkan bahwa protein
tersebut memiliki peran mengatur yang melibatkan regulasi ulang kromatin, pergantian dimer
NF-B, dan ko-aktivasi ekspresi gen target NF-B spesifik. IB sebagai contoh, pada tikus
percobaan menunjukkan bahwa diperlukan dalam induksi aktivasi NF-B dari inflamasi sitokin
IL-6 sebagai respon terapi LPS dari makrofag peritoneal (58). Regulasi fungsional dari Bcl3
sedikit rumit seperti yang ditunjukkan pada masing-masing status fosforilasi dan diktat seleksi
partner dimana Bcl3 dapat berperan sebagai ko-aktivator, ko-repressor atau sebagai inhibitor
(59).
Struktur dan regulasi NF-B : Gambaran
Protein IB mengatur induksi dari NF-B dalam cara stimulus spesifik. Khususnya,
aktivasi yang cepat dan transien dari NF-B diperlukan untuk menjaga imun dan respon
inflamasi yang dimediasi oleh degradasi protein IB klasik, IB, IB dan IB dan transkripsi
subsekuen dari gen respon. Protein IB non-klasik, p105 dan p100 menginduksi program
aktivasi gen yang lebih lama, dimana protein IB merupakan pilihan cadangan dalam proses
degradasi pelan. Akhirnya, protein IB atipikal, Bcl3, IB, dan IBNS, mengatur aktivitas NFB dalam tahap transkripsi.

Ikatan IB terhadap NF-B p50 : Heterodimer RelA

Fungsi primer dari IB adalah untuk menginhibisi aktivitas ikatan NF-B terhadap
DNA. Itu dapat terjadi dengan cara membiaskan level status tetap dari kompleks IB:NF-B
lebih banyak di dalam sitoplasma dari pada di dalam nukleus. Inhibisi kompleks IB:NF-B
merupakan aktivasi yang cepat dari NF-B via degradasi cepat IB. Struktur kristal x-ray dari
IB berikatan dengan heterodimer NF-B p50:RelA memberikan penjelasan mengenai
bagaimana IB menginhibisi aktivitas NF-B (60, 61). Permukaan ikatan modular dapat dibagi
menjadi 3 segmen. Pertama adalah permukaan keras tempat interaksi antara ARD dari IB
dengan platform dimer p50:RelA (Gambar. 6A). Interaksi ini dimediasi secara primer oleh
interaksi Van der Waals, penghitungan jumlah terbanyak dari permukaan yang terkubur di dalam
kompleks. Mode kedua dari interaksi dimediasi oleh region polipeptida NLS terminal C

melewati DD dari RelA dan dua ankyrin pertama dari IB ARD. Memperluas porsi terminal C,
yang fleksibel, terikat dengan IB dengan cara membentuk dua helices yang memediasi
pasangan ion spesifik dan interaksi hidrofobik antara sisi rantai asam amino dari kedua protein.
Tentu, interaksi komplemen di daerah tersebut bertanggung jawab terhadap mayoritas energy
ikatan dari kompleks. Mode interaksi ketiga melibatkan terminal C region PEST dari IB, yang
kemudian terikat dengan RelA subunit NTD melalui interaksi elektrostatik dinamis jangka
panjang. Interaksi ini mengubah RelA subunit NTD menjadi hubungan konvormasi terhadap DD
yang jelas diobservasi ketika RelA terikat ke DNA (didiskusikan di sesi berikutnya). Struktur ini
menjelaskan mengapa ikatan NF-B ke IB menginhibisi kemampuannya untuk terikat ke
DNA. Tambahan, mereka mengira bahwa IB menyembunyikan NLS dari RelA menjelaskan
lokalisasi sitoplasmik dari kompleks IB:p50:RelA.
Regulasi dari pembentukan kompleks IB:NF-B
Biofisikal menganalisis IB bebas di dalam larutan menunjukkan hanya empat ankyrin
pertama yang meniru struktur lipatan tapal kuda, ketika dua terminal C mengulangi sedang
rangkaian PEST yang bersebelahan tersisa hampir tidak terlipat. Adalah jarang bagi protein yang
mengandung ARD, dimana sebagian besar menunjukkan lipatan stabilitas yang tinggi di dalam
larutan (63). Dalam ikatan terhadap NF-B, bagaimanapun enam ankyrin mengulang tumpukan
IB sebagai bidang lipatan yang berkelanjutan (64). Pengamatan menunjukkan bahwa
ketidakteraturan pada region polipeptida NLS dari RelA mengadopsi struktur yang teratur atas
ikatan terhadap ulangan 1 dan 2 ankyrin yang lebih stabil, energi lipatan menyediakan lipatan
hingga dua ulangan terakhir yang dalam urutannya terlibat kedalam pengikatan heterodimer DD
dari p50:RelA. Ferreiro et al. (65) telah mengenalkan mutasi di IB yang tidak langsung
berhubungan dengan NF-B akan tetapi mengkonversi 6 ulangan non konsensus menjadi
ulangan yang lebih konsensus. Seperti yang diharapkan, mutant tersebut lebih terlipat.
Bagaimanapun, mutant yang belum terlipat menunjukkan penurunan ikatan terhadap NF-B (65,
66). Analisis kinetik membuka bahwa peningkatan rerata disosiasi dari mutant yang belum
terlipat bertanggung jawab terhadap penurunan yang terpantau terhadap ikatan NF-B.
Bagaimanapun, dengan penggandaan lipatan dan ikatan, IB secara signifikan menurunkan
rerata disosiasinya dari NF-B menghasilkan interaksi protein-protein afinitas tinggi (KD dalam
rentang pM yang tinggi). Pengamatan tersebut, berdasarkan penelitian struktural dan

karakterisasi biofisikal, disajikan untuk menjelaskan mengapa IB harus dibuang secara aktif
via proteolisis yang dimediasi oleh 26S proteasome dengan tujuan untuk memasok NF-B bebas
untuk ekspresi gen induksi. Mereka juga mengira bahwa deviasi dari konsensus ulangan ankyrin
membantu IB dengan ikatan NF-B dan pengaturan aset.
Kompleks Homodimer IB:RelA
Pencitraan struktur kristal dari kompleks homodimer IB:RelA menunjukkan mode
yang serupa dengan interaksi terhadap IB dan protein NF-B (12) (Gambar. 6B). Bagaimanapu
terdapat perbedaan yang jelas. Pertama, interaksi antara ARD dan NLS hampir identik.
Menariknya, NLS dari subunit RelA kedua juga tampak berinteraksi secara lemah. Walaupun
IB sendiri juga menunjukkan perlindungan parsial terhadap polipeptida NLS subunit RelA
kedua dari proteolisis dengan jumlah yang terbatas dari protease in vitro, muncul apabila IB
memerlukan komponen lainnya untuk menstabilisasikan kompleksnya dengan homodimer RelA.
Kedua, ulangan terakhir ankyrin (yang keenam) dari IB menunjukkan keterlibatan yang
kurang intim di ikatan NF-B dibandingkan dengan region serupa dari IB di struktur kompleks
IB: NF-B.
Pengamatan ini mungkin menjelaskan mengapa urutan C-terminal PEST pada IB tidak
penting untuk interaksi dengan domain N-terminal RelA seperti yang tampak pada posisi yang
jauh dari protein-protein interface. Ketiga, IB berisi penyisipan unik dari 42 asam amino
panjang yang terletak antara ankyrin pengulangan 3 dan 4. Masukan ini, sebagian besar
merupakan aturan dalam struktur x-ray, diproyeksikan ke dalam larutan jauh dari protein-protein
interface. Sangat memungkinkan bahwa masukan ini digunakan untuk tujuan lain seperti
pengikat faktor-faktor lain.
LB: RelA kompleks juga memberikan wawasan menarik bagaimana IB dapat
mengikat dan mengatur aktivitas homodimer NF-kB c-Rel. Dilaporkan sebelumnya bahwa IB
berinteraksi dengan c-Rel dengan cara fosforilasi-dependent, dimana dua Ser di urutan IB
PEST (Ser313 dan Ser315 di murine IB) harus terfosforilasi (67). Hal ini menunjukkan
kemungkinan menarik dari dua mode yang berbeda dari NF-kB dihambat oleh IB: salah satu
bergantung pada interaksi antara IB ARD dan RelA DD dan NLS polipeptida dan yang lain
melibatkan IB PEST dan c-Rel yang terfosforilasi. Persyaratan HAMA fosforilasi untuk IB:

c-Rel homodimer pembentukan kompleks lanjut menunjukkan bahwa c-Rel NTD mungkin
memainkan peran dalam pembentukan kompleks IB dengan cara analog dengan interaksi
antara NTD analog dari RELA dan struktur kompleks IB dalam IB: NF-KB.
Alternatif binding mode oleh IB bisa menjelaskan mengapa IB bukanlah inhibitor
yang baik dari DNA binding oleh homodimer RelA sebagai IB PEST non fosforilasi tidak
melibatkan RelA NTD. Sebaliknya, IB PEST-terfosforilasi mungkin bisa menghambat DNA
binding dengan homodimer c-Rel. Berbeda dengan IB, yang dapat dengan mudah memisahkan
RelA homodimer atau p50: RelA heterodimer dari kompleks mereka dengan DNA target, IB
tampaknya tidak dapat melaksanakan fungsi ini. Percobaan berikutnya akan menentukan
apakah IB mampu melepaskan c-Rel dari kB DNA. Akhirnya, telah diamati bahwa
penghapusan insert antara ankyrin pengulangan 3 dan 4 dari IB mengurangi afinitas untuk cRel homodimer. kB-Ras, sebuah GTPase kecil, terbukti terlibat dalam penghambatan IBdimediasi NF-kB dan mungkin berinteraksi dengan IB: kompleks NF-kB melalui lingkaran
pengulangan ini (68, 69).
Regulasi NF-kB oleh IB
IB awalnya dilaporkan menghambat homodimers RelA dan c-Rel (70-72). Namun,
karya terbaru juga mengungkapkan bahwa umpan balik negatif IB mengatur p50: RelA untuk
mengurangi mediasi osilasi IB (73). Perbedaan yang signifikan dalam arsitektur domain antara
IB dan protein IB klasik lainnya termasuk relatif tidak adanya residu asam amino dalam
wilayah PEST C-terminal dan extended- N-terminus. Perbedaan-perbedaan ini memungkinkan
IB menggunakan daerah perifer untuk secara khusus mengenali fitur unik dari RelA atau c-Rel
homodimers. Lebih terstruktur dan dalam studi biokimia vitro diperlukan untuk mendapatkan
wawasan mekanistik bagaimana IB mengatur aktivitas NF-kB.
Non-klasik protein IB p105 dan p100
Paradigma regulasi NF-kB dalam sitoplasma yang lebih baik dari 25 tahun terakhir telah
diandalkan stimulus-dependent degradasi cepat dari IB diikuti oleh translokasi nukleus dari
p50 NF-kB: RelA heterodimer. Baru-baru ini, telah menjadi semakin jelas bahwa prekursor NFkB p105 dan p100 merupakan inhibitor IB yang penting. Kemampuan p105 berfungsi sebagai
molekul IB ditunjukkan sebelumnya (74, 75). Selanjutnya, signifikansi biologis dari kegiatan
penghambatan baik p105 dan p100 telah terbukti selama bertahun-tahun sejak studi tikus yang

mengungkapkan bahwa penghapusan kromosom ARD C-terminal mengarah ke misregulasi

yang parah pada NF-kB (76, 77). Namun, seperti p105 dan p100 juga berfungsi sebagai
prekursor yang belum matang dari NF-kB subunit p50 dan p52, masing-masing, memotong
konsekuensi tertentu pada regulasi NF-kB karena modifikasi atau gangguan dari protein ini telah
menjadi tantangan. Eksperimen terbaru telah menetapkan bahwa dua salinan p100 dan p105
dapat merakit beragam subunit NF-kB binding (51). Protein p105 binding dan penghambat RelA,
c-Rel, dan p50 produk olahan sendiri. p100, sebaliknya, mengikat dan menghambat semua
subunit NF-kB.
Selain lebih baik dalam spesifisitas NF-kB binding, beberapa subunit NF-kB dapat tetap
berhubungan dalam p100 tunggal atau kompleks penghambatan p105. Artinya, subunit NF-kB
yang berbeda dapat dilepaskan melalui degradasi inhibitor ini. Kedua p100 dan p105
terdegradasi dengan kinetika lambat dari protein IB klasik untuk alasan yang berbeda.
Degradasi lambat p100 adalah kinetika lambat aktivasi kinase (NIK / IKK1) yang penting untuk
fosforilasi p100. Meskipun fosforilasi dan degradasi p105 mengikuti jalur yang sama seperti
degradasi IB, IKK2 memfosforilasi IB lebih cepat, sementara itu memfosforilasi p105
dengan kinetika lambat (pada di Gantke et al., Buku ini). Perbedaan yang ditemukan dalam
pengaturan struktural, binding spesifisitas, dan kinetika degradasi diperlihatkan oleh inhibitor
non-klasik yang menghasilkan profil kinetik yang berbeda dari aktivasi NF-kB, identitas subunit
NF-kB yang diaktifkan, dan represi pasca induksi dibandingkan dengan inhibitor klasik. Sejak
lebih dari setengah dari RelA seluler dan c-Rel dan semua RelB terikat pada p100 dan p105
yang stabil di tempat pada kebanyakan sel, berdampak banyak pada NF-kB dimediasi regulasi
seluler (78, 79). Konsekuensi fisiologis yang unik dari regulasi NF-kB oleh p105 dan p100 baru
mulai ditentukan (80, 81).
Represi pasca-induksi NF-kB oleh IB
Kebanyakan NF-kB mengaktifkan sinyal, seperti TNF- dan IL-1, menyebabkan ekspresi
yang tinggi dari NF-kB-diinduksi protein IB IB, IB, p105, dan p100. Inhibitor baru yang
disintesis kemudian dapat berfungsi untuk menekan aktivitas NF-kB. IB-dimediasi NF-kB
dengan aktivitas represi telah dipelajari secara ekstensif. IB bebas memasuki nukleus di mana
ia mampu mengikat dan mengganggu NF-kB: kompleks DNA (82) dan membentuk IB baru:
NF-kB kompleks. Terus menerus memberi sinyal namun mendegradasi IB dari IB: NF-kB

kompleks yang baru terbentuk, mengirimkan gelombang kedua dari NF-kB bebas. Tentunya,
memperpanjang stimulasi dapat menghasilkan aktivasi NF-kB secara bertahap dan periodik (14,
83). Model komputasi IB: regulasi NF-kB menggunakan pendekatan sistem biologi yang telah
memprediksi kontrol temporal NF-kB dengan benar dalam menanggapi beberapa rangsangan.
Sejak RelA dapat mengaktifkan IB inhibitor lainnya, maka pada prinsipnya, molekul
IB baru yang disintesis harus dapat mengikat RelA dan NF-kB bebas lainnya yang dibebaskan
selama stimulasi. Tentunya, p100 yang baru disintesis (IB) telah ditunjukkan untuk
menangkap p50: RelA NF-kB pada tahap akhir dari induksi untuk memberikan inhibisi umpan
balik negatif (84). IB inhibitor kompleks yang baru disintesis ini selanjutnya dapat menjadi
target untuk non-kanonik sinyal. Oleh karena itu, jalur sinyal NF-kB yang rumit saling terkait
dan rentan terhadap perubahan sel yang menanggapi secara terus menerus untuk lingkungan
mereka (85). Namun, mekanisme dari IB dan p100 yang merusak NF-kB mungkin berbeda.
Aktivitas IB mengganggu dan memisahkan NF-kB: kompleks DNA. Studi NMR telah
mengungkapkan bahwa menggunakan urutan ekor asam PEST IB membuat kontak dengan
residu NF-kB yang hadir di sekitar DNA. Memang, kompleks terner transien telah diperlihatkan
untuk membentuk sebelum disosiasi penuh dari NF-kB: kompleks DNA dan pembentukan IB:
NF-kB kompleks baru (. Gambar 7A). Ini menjadi penting untuk menguji apakah p100 dapat
berhubungan dengan p50: RelA menggunakan strategi yang sama.
IB sebagai pelaksana dari pembentukan dimer NF-kB
IB: NF-kB struktur kristal kompleks menunjukkan bahwa IB protein dapat
mempengaruhi pembentukan dimer NF-kB. IB berada di atas p50:Rela heterodimer interface
yang membentuk terner, menunjukkan bahwa IB dapat berfungsi menstabilkan NF-kB dimer
(Gambar 6A.). Sejak afinitas IB binding jauh lebih tinggi dari NF-kB (KIB: NF-kB <0,1 nM
dibandingkan dengan Kidm ~ 0,1 M), IB harus mempertemukan dua subunit NF-kB pada
konsentrasi yang jauh lebih rendah daripada Kidm. Satu keuntungan fungsional dari IB yang
dimediasi oleh NF-kB dimer stabilisasi ini adalah bahwa protein IB yang berbeda bisa
mengkatalisis pertemuan yang langka/lemah dari NF-kB dimer. Misalnya, seperti yang
disebutkan sebelumnya, NF-kB p52 homodimer bebas belum diamati in vivo. Namun,
homodimer p52 yang terikat pada IB nuklir protein Bcl3 telah terdeteksi. Temuan ini

menunjukkan bahwa, meskipun p52 sebaiknya membentuk heterodimer dengan RelB, interaksi
dengan molekul IB tertentu dapat menginduksi pembentukan homodimer p52.
Dua laporan terbaru menunjukkan bahwa IB bertindak sebagai co-aktivator transkripsi
dari interaksi yang istimewa dengan c-Rel: RelA heterodimer atau RelA: RelA homodimer dan
mengambil mereka untuk sasaran promotor NF-kB. Kedua c-Rel dan RelA membentuk
heterodimer preferensial dengan p50. Mereka juga membentuk homodimers. Oleh karena itu,
ketika semua empat subunit yang hadir dalam distribusi jumlah yang sama dari semua dimer
mungkin akan tergantung pada afinitas dimer. Distribusi tersebut dapat berubah dengan adanya
protein IB jika mereka menunjukkan asosiasi dimer preferensial. Kami menyarankan bahwa
semua protein IB efektif mengubah distribusi seluler dimer NF-kB berdasarkan afinitas
diferensial mereka terhadap dimer yang berbeda.
IB di situs DNA
Tiga dari protein IB, Bcl3, IB, dan IBNS, bertindak sebagai regulator transkripsi
yang langsung menghubungkan dengan NF-kB: kompleks DNA. Sementara Bcl3 dan IB telah
terbukti bertindak baik sebagai co-represor dan co-aktivator transkripsi, IBNS dikenal hanya
untuk kegiatan co-represor. Bcl3 bertindak sebagai co-aktivator p52 homodimer dan ditampilkan
untuk mengaktifkan ekspresi cyclin D1, P-selectin, dan gen Skp2. Kami berpikiran bahwa bagian
dari fungsi co-aktivator Bcl3 mungkin berasal dari kemampuan untuk merangsang pembentukan
p52 homodimer selain kemampuannya untuk mengambil transferase histon asetil seperti
kompleks Tip 60. Bagaimana Bcl3 juga merepresi transkripsi adalah subyek perdebatan. Satu
pikiran adalah bahwa Bcl3 menghambat DNA binding seperti protein IB klasik atau mengikat
ke subclass dari NF-kB: kompleks DNA dan fungsi sebagai co-represor seperti IBNS. IB
bertindak sebagai co-aktivator p50 homodimer. Gen seperti IL-6, -defensin, neutrofil gelatinase
terkait lipolactin (NGAL), dan TNF- yang diketahui diaktifkan oleh p50: IB kompleks.
Mereka sangat penting dalam respon kekebalan bawaan. Seperti Bcl3, IB menyediakan
domain aktivasi transkripsi di N-terminus, yang mungkin untuk memperkuat transferase histon
asetil.
Meskipun protein IB klasik, IB, IB, dan IB, yang paling banyak dikenal untuk
aktivitas penghambatan NF-kB mereka, dua protein ini juga berfungsi sebagai co-regulator
transkripsi NF-kB. Ada kemungkinan bahwa tiga dari semua diantara mereka mungkin bertindak

baik sebagai aktivator atau inhibitor NF-kB dalam kondisi selular tertentu. Bukti pertama yang
meyakinkan bahwa protein IB klasik juga dapat bertindak sebagai aktivasi transkripsi telah
dijelaskan baru-baru ini, di mana ia menunjukkan bahwa IB mengaktifkan transkripsi melalui
asosiasi salah satu dari RelA homodimer atau c-Rel: RelA heterodimer dengan pengikat situs kB
yang terlihat promotor IL-1 atau TNF- (13, 86). Hal ini tidak sulit untuk membayangkan dari
struktur tiga dimensi dari IB: RelA kompleks bahwa kompleks biner ini dapat mengaitkan
dengan pembentukan kB DNA kompleks terner.
Menariknya, kaitan promotor dari IB juga dilaporkan, dan itu menunjukkan IB
binding penting untuk Hes transkripsi represi (87). Seperti yang dibahas sebelumnya, percobaan
in vitro juga memperlihatkan sebuah kompleks kuartener antara IB: p50: RelA: DNA. Sebuah
hipotesis menarik bahwa IB sementara menghilangkan NF-kB p50: RelA heterodimer dari
beberapa promotor, dapat tetap berhubungan dengan dimer NF-kB yang sama atau berbeda untuk
waktu yang 'cukup lama' sedemikian rupa sehingga efektif berfungsi sebagai co- aktivator.
Artinya, promotor diarahkan separuh hidup dari IB dapat memerintahkan inhibisi terhadap
aktivasi. Sebuah kompleks terner serupa juga diharapkan akan dibentuk oleh IB.
Kinetika degradasi IB: steady state dan inducible
Sebuah aspek penting dari aktivasi NF-kB muncul dari struktur protein IB. Pertukaran
H/D dan studi NMR telah mengungkapkan bahwa IB adalah protein lemah yang berlipat.
Sebagai akibatnya, IB mengalami degradasi cepat dalam bentuk 'bebas'. Degradasi IB
membutuhkan proteasome tapi tidak IKK-mediasi fosforilasi dan ubiquitination. 20S bebas
proteasome atau lebih mungkin, 20S terikat regulasi REG kompleks target C-terminus dari
IB untuk degradasi cepat. Fitur mekanisme degradasi ini, yang disebut sebagai Ub-independen
degradasi, adalah adanya beberapa degrons dalam PEST, 6th dan 5th pengulangan ankyrin.
Degrons ini diakui oleh 20S: REG proteasome kompleks. Sebuah degron Ub-independen berisi
patch atau patch residu hidrofobik dengan suatu extended unfolded region. Degron C-terminal
IB ini tersembunyi ketika terikat pada NF-kB. Oleh karena itu, degradasi Ub-independen IB
di IB:NF-kB kompleks adalah non-operasional. Sinyal N-terminal degradasi tetap terlihat baik
dalam bentuk bebas dan bentuk terikat NF-kB dari IB. Sinyal degradasi N-terminal
menggunakan fosforilasi (di Ser32 dan Ser36) dan ubiquitination (Lys21 dan Lys22) untuk

degradasi IB. Adanya degradasi cepat dari IB bebas menjadi jelas pada defisit NF-kB
embrio fibroblas tikus.
Level dari ketiga protein IB klasik sangat rendah pada sel-sel ini, yang menunjukkan
bahwa stabilitas protein yang rendah setidaknya bertanggung jawab pada hal ini. Sejak
pengamatan pada serangkaian percobaan yang didikte dari regulasi modeling clarified the
steady state pada IB-NF-kB. Pada sel yang istirahat, level yang rendah dari nukleus NF-kB
memungkinkan sintesis terus-menerus pada IB yang mengalami degradasi terus menerus
terutama pada jalur Ub-independen sehingga IB bebas tidak terbentuk pada sel untuk
mengurangi aktivasi NF-kB pada saat stimulasi. Kumpulan IB bebas ini tidak sepenuhnya siasia, seperti menangkap kelebihan NF-kB bebas yang timbul dari degradasi terus menerus IB
yang terikat karena rendahnya tingkat aktivitas IKK selular. Kontrol homeostatis nukleus NF-kB
melalui sintesis terus menerus dan degradasi IB bebas dan terikat sangat penting untuk
fisiologi sel karena banyak sel target NF-kB harus dinyatakan pada tingkat yang stabil untuk
benar-benar mempertahankan beberapa fungsi seluler seperti kelangsungan hidup sel
(Gambar.8)
Walaupun protein klasik IB, IB, IB, dan IB, sangat terkenal untuk aktivitas NFB, dua dari protein ini jug aberfungsi sebagai koregulator trankripsional dari NF-B. Ini
memungkinkan ketiganya dapat beraksi sebagai sebuah activator atau sebuah inhibitor NF-B
dibawah kondisi celuler spesifik. Bukti pertama yang meyakinkan bahwa protein IB klasik
dapat juga berperan sebagai sebuah aktivasi trankripsi yang telah digambarkan baru-baru ini,
dimana ia menunjukkan bahwa IB mengaktivasi transkripsi lewat hubungan dengan ReIA
homodimer atau c-Rel:RelA heterodimer dengan berikatan dengan titik B yang ada pada
promoter dari kompleks IB: RelA komplek biner ini dapat berhubungan dengan B DNA
membentuk komplek ternary. Menariknya. Promoter yang merupakan bagian IB yang juga
dilaporkan, dan ia telah menunjukkan ikatan IB penting untuk represi transkripsional Hes.
Sebagaimana didiskusikan di awal, eksperimen in vitro juga mengungkapkan sebuah komplek
quarternary antara IB:p50:RelA heterodimer dari beberapa promoter, ini dapat tetap
berhubungan dengan dimer NF-B yang sama atau berbeda untuk sebuah waktu yang cukup
panjang sesuai dengan fungsi efektifnya sebagai sebuah ko activator. Itulah, promoter
mengarahkan waktu paruh dari IB yang akan menentukan inhibisi dibanding aktivasi. Sebuah
komplek ternary yang sama juga diduga dibentuk oleh IB.

Kinetik dari degradasi IB: status tenang dan dapat diinduksi

Sebuah aspek penting dari aktivasi NF-B yang ditimbukan dari struktur protein IB.
Pertukaran H/D dan penelitian NMR telah mengungkapkan bahwa IB sebuah lipatan protein
lemah. Sebagai sebuah konsekuensi, IB mengalami degradasi cepat dalam bentuk bebasnya.
Degradasi dari IB membutuhkan proteasome tapi bukan IKK dimediasi phosporilasi atau
ubiquinasi. Proteasome 20S bebas atau lebih seperti ikatan 20S untuk pengaturan kompleks REG
menargetkan C termus dari IB untuk degradasi cepat. Gambaran dari mekanisme degradasi ini,
dimana ini merujuk pada degradasi Ub-independen, merupakan adanya degron multiple dalam
PEST, 6th dan 5th ulangan Ankyrin. Degron ini dikenali oleh 20S: kompleks proteasome REG.
sebuah degron Ub-independen yang berisi potongan atau potongan-potongan dari residu
hidropobik dalam sebuah region unfolded extended. Degron C-terminal ini dari IB
disembunyikan ketika ia berikatan NF-B. Sehingga, degradasi Ub-independent dari IB dalam
IB: kompleks NF-B tidak operational. Sinyal degradasi N-terminal namun tetap dipaparkan
keduanya bebas dan dalam bentuk ikatan NF-B dari IB. Sinyal degradasi N-terminal
menggunakan proses posphorilasi (pada Ser32 dan Ser36) dan ubiquitinasi (Lys21 dan Lys22)
untuk degradasi IB. Keberadaan dari degradasi cepat dari IB bebas menjadi bukti dalam
kekurangan NF-B fibroblast embrionik tikus. Tingkat ketiga protein IB sangat rendah dalam
sel ini, dimana menunjukkan stabilitas protein rendah bertanggung jawab setidaknya sebagian.
Sejak observasi sebuah seri eksperimen dibentuk dari menerangkan regulasi model status tenang
dari IB-NF-B. Dalam sel istirahat, rendahnya tingkat NF-B nuclear mengizinkan sintesis
kontinu dari IB yang mengalami degradasi kontinu secara primer oleh pathway Ubindependen sehingga IB bebas tidak terbentuk dalam sel untuk mengurangi aktivasi NF-B
yang meningkat dari degradasi kontinu ikatan IB dalam aktivitas seluler IKK yang rendah.
Control homeostasis dari NF-B lewat sintesis kontinu dan degradasi IBikatan dan bebas
penting untuk fisiologi sel semakin banyak NF-B esensial gen target harus diekspresikan pada
tingkat tenang untuk memelihara beberapa fungsi seluler dengan benar seperti pada pertahanan
sel (gambar 8)
Keluarga IKK

Keluarga IKK merupakan keluarga protein yang berbeda dari protein kinase dengan
memiliki kira-kira 300 residu segmen homolog panjang yang terletak pada tengah diapit oleh
domain seperti Ubiquitin (UBL) dan domain inti protein kinase (KD) pada N-terminus dan
adapter fleksibel ikatan segmen pada C-terminus (gambar. 9A). empat kinase merupakan
keluarga IKK; IKK1 (juga dikenal dengan IKK), IKK2 (IKK), IKK3 (IKK), dan TBK1,
IKK1 dan IKK2 dapat membentuk homodimer dan heterodimer. Mirip, IKK3 dan TBK1 juga
bentuk homodimer dan heterodimer. Kemudian keluarga IKK dapat dibagi menjadi dua sub
keluarga. Walalaupun IKK3 dan TBK1 ikut dalam pathway aktivasi NF-B, mereka tidak secara
langsung terlibat dalam fosforilasi IB yang menyebabkan degradasinya, dimana fungsi primer
dari IKK1 dan IKK2. Kita harus membatasi diskusi kita tentang IKK1 dan IKK2 saja.
Prototipical IKK terdiri dari 3 subunit, IKK1, IKK2 dan NEMO (juga dikenal sebagai
IKK). NEMO merupakan molekul adapter yang menunjukkan afinitas lebih tinggi terhadap
IKK2 dibanding IKK1. Dimana trimetric IKK kebanyakan melimpah, IKK2 dan IKK2
homodimer juga berada di dalam sel. IKK2 bertanggung jawab secara primer untuk aktivasi dari
NF-B lewat sinyal tergantung IB fosforilasi. Regulasi stimuli berbeda pada aktivitas IKK2
oleh mekanisme overlapping berbeda, dimana termasuk K63 linked ubiquinasi dari protein
adapter proximal membrane dan aktivasi dari kinase upstream seperti NIK, TAK1, MEKK3, dan
p38. NEMO secara primer sebuah protein gulungan yang bergulung (CC) kadang terputus
diakhir dengan motif jari Zn pada C-terminus ekstrim (gambar 9A). N-terminus dari interaksi
NEMO dengan C-terminus dari IKK2 dan region CC sentral berinteraksi dengan K63 rantai poliUb. Kemudian NEMO bertautan dengan IKK2 menuju sinyal upstream. Ada beberapa protein
lain seperti ABIN2, Optineurin, dan ELKS secara structural mirip NEMO dan bekerja dalam
pathway aktivasi NF-B . sedangkan aturan dari protein ini dalam regulasi aktivasi IKK dan
fungsinya belum dicirikan dengan baik seperti pada NEMO.
Beberapa kinase upstream dikenal untuk mengaktivasi IKK2. TAK1 merupakan kinase
ini yang ditandai paling baik. TAK1 tetap inaktif dalam ikatan sel istirahat terhadap protein
adapter TAB2. K63 terkait rantai poly-Ub berinteraksi dengan TAB2, dimana gugus TAK1 dalam
jarak dekat memicu aktivasi TAK1 lewat trans auto fosforilasi. TAK1 aktif kemudian IKK2
fosforilasi pada dua Ser (posisi 177 dan 181) terletak dalam loop aktivasi menterjemahkan
fungsinya sebagai kinase aktif. Mutase dari kedua aktivasi loop Ser ke Ala memblok aktivitas
kinase ketika pergantian Glu fosfomimetik pada posisi bentuk IKK2 aktif secara pokok.

IKK1 menetapkan pathway aktivasi non-canonical NF-B, dimana dalam hubungannya

dengan NF-B mempengaruhi kinase (NIK) ia mengatur proses p100 menjadi p52, (diulas dalam
Sun, pada volume ini). Diperkirakan bahwa NIK memfosforilasi aktivasi Ser dari IKK1 memicu
aktivasinya. Sedangkan NIK dan IKK1 menargetkan p100 untuk fosforilasi dan memproses
berikut p100 oleh proteasome.
Struktur IKK: sebuah ikhtisari
Struktur 3 dimensi dari fisiologikal kompleks IKK masih tetap sukar dipahami. Struktur 3
dimensi dari segemen berbeda dari NEMO dan fragmen besar dari IKK2 telah dijelaskan saat ini.
Struktur ini memberikan pengetahuan tentang mekanisme dimerisasi NEMO, ikatan NEMO ke
IKK2, interaksi NEMO dengan rantai poly-Ub, dan terakhir, dimerisasi IKK2 (gambar 9B, C)
sedangkan struktur ini sejauh ini tidak cukup untuk membuat model dari IKK2-NEMO
menyusun atau mengatur aktivasi IKK2.
Struktur dari subdomain NEMO
Prediksi struktur sekunder menunjukkan NEMO merupakan protein helical sebagian
besar ditandai dengan elemen dua gulungan yang bergulung (CC) dan motif leucine zipper pada
tengah nya yang diapit oleh domain dimerisasi helical dekat akhir N-terminal dan sebuah motif
jari Zinc (Zn) pada C-terminus. Struktur dari beberapa fragmen NEMO, pada bentuk bebas atau
ikatan pada partnernya, sekarang telah diketahui. terkecuali motif jari Zn akhir dari protein dapat
seuai dengna stuktur gulungan bergulung kontinu (gambar 9A), panjang penuh rekombinan
NEMO dikenali sebagai MV tinggi (~600 kDa) Oligomer dalam ukuran kromatografi ekslusi.
N-terminal IKK mengikat domain NEMO (residu 40 higga 130 atau 196) telah ditunjukkan aktif
dalam bagian multiple oligomeric termasuk monomeric dan bagian dimeric. Dimerisasi Nterminal domain NEMO berinteraksi dengan sebuah peptide menjangkau residu 703 hingga 743
dekat C-terminus dari IKK2, dimana diketahui sebagai domain ikatan NEMO (NBD). Dalam
larutan NEMO:IKK2 kompleks minimal berada sebagai komplek 2:2. Struktur sinar X dari
kompleks minimal ditampakkan sebagai sebuah bundle 4 untaian parallel tidak sempurna dimana
dimer NEMO CC secara simetris berinteraksi dengan dua NBD helices (100) (gambar 9B). daya
ikat dari komplek ini cukup tinggi (IC50~25nM). Satu dari gambaran yang menarik dari komplek
ini adalah Ser68 NEMO yang mengalami fosforilasi akibat induksi TNF-, yang menunjukkan
untuk destabilisasi kompleks. Observasi ini menunjukkan bahwa fosforilasi yang diinduksi dari

NEMO dapat memiliki dua konsekuensi: ia dapat mengisyaratkan terminasi dari aktivasi IKK
atau memicu disosiasi keadaan tenang IKK2: komplek NEMO mengakibatkan reorganisasi dari
kompleks essensial dalam memberikan isyarat. Itu merupakan IKK2:NEMO dapat membentuk
dalam dua atau lebih cara. Struktur sinar x dari CC-LZ sentral domain mencakup residu 250
hingga 350 juga diketahui keduanya bebas dan terikat ke sebuah linear molekul di-Ub. Domain
CC-LZ dari NEMO juga mengadopsi struktur CC. dua dari molekul di-UB berinteraksi dengan
dimer CC NEMO dimana setiap protomer NEMO berinteraksi dengan kedua molekul di-Ub.
Sedangkan, penelitian baru-baru ini telah menunjukkan hanya satu ikatan di-Ub pada dimer
NEMO CC dengan daya ikat yang tinggi dan hanya pada konsentrasi di-Ub tinggi molekul kedua
bergabung. Kemudian, ini masih belum jelas jika NEMO bersentuhan dengan dua molekul di-Ub
atau hanya satu in vivo.
Struktur NEMO mencakup residu 192-250 berikatan pada ks-vFLIP lebih jauhnya
mengungkapkanbahwa segemen ini juga mengadopsi struktur CC. pentingnya, tidak ada
dimerisasi spesifik domain dalam NEMO. Sebaliknya, keseluruhan panjang dari NEMO dengan
pengecualian C-terminus, yang dapat membentuk struktur CC sendiri atau mungkin dalam
hubungannya dengan protein partner. Region CC tidak tidak sempurna, diselingi dengan
beberapa gangguan oleh residu diluar daftar CC. sering ini memecah dalam region CC yang
berfungsi sebagai titik reseptor untuk partner berinteraksi. Berbagai region CC dari NEMO dapat
melekat pada activator berbeda atau inhibitor dalam sebuah urutan cara yang spesifik, dimana
lebih jauhnya dibantu oleh sifat fleksibel dari region CC yang beradaptasi terhadap kebutuhan
untuk ikatan yang stabil. C-terminus dari NEMO (residu 388-419) merupakan CCHC-tipe Znmotif jari. Struktur larutan dari jari Zn telah ditentukan oleh NMR multidimensi spectroscopy.
Strukturnya memiliki lipatan familiar dari motif jari Zn. (gambar 9B). lebih jauh lagi, motif ini
telah ditandai sebagai sebuah motif ikatan Ub dibutuhkan untuk NF-B mengisyaratkan dalam
respon terhadap TNF-.
Struktur dari IKK2
Struktur Kristal sinar x dari IKK2 oocite xenopus telah baru-baru ini ditetentukan
(gambar 9C). dalam struktur ini, segmen C-terminal NBD tidak ada. Yang paling penting
diketahui fungsi dari region yang dihapus adalah kemampuan nya untuk mengikat NEMO
sebagai mana dijelaskan diatas. Sejak struktur dari ikatan NBD pada NEMO diketahui, paling

itdak dari perspektif structural, semua baigan penting dari NEMO dan IKK2 sekarang diketahui.
sedangkan KD dan lipadan ULD menjadi pembentuk formasi yang diperkirakan, semua fitur
mencolok dari struktur IKK adalah pemanjangan struktur helical dari segemen C-terminal
meliputi residu ~290 hingga 669. Tanda domain zipper leucine (LZ) dan helix loop helix (HLH)
tidak membentuk struktur terpisah tapi tertananm dalam domain helical. Sejak resolusi dari
struktur rendah, ia membutuhkan untuk dilihat jika gangguan ini tanda fungsional atau kepadatan
dari segmen ini tidak jelas pada resolusi ini. KD dan ULD berinteraksi dengan satu sama lain dan
dengan HSD pada dasar dan tengah, masing-masing, HS membentuk sebuah arsitektur tri
modular. HS dari dua molekul berhubungan satu sama lain membentuk dimer IKK2, demikian
domain helical juga domain dimerisasi dari IKK2, dan karennya kami akan merujuk domain ini
sebagai rangka helical domain dimerisasi (HSDD)
Antar muka dimer dari HSD tidak bersambung. Dua sub unit bertemu pada kedua akhir
dari domain helical. Antarmuka pada satu ekor hampir semuanya bersifat hydrophobic, dimana
pada akhir lainnya hampir semuanya hidrofilik. Mengejutkan, mutase yang mengganggu
antarmuka subunit tidak menghapus aktivitas katalitik spesifik IB dari IKK. Ini berlawanan
dengan observasi sebelumnya, dimana dimerisasi menunjukkan essensial untuk aktivitas IKK.
Ini sebelumnya ditandai dengan residu hidropobic (L465 dan M472; semua pada penomoran
IKK2 manusia) yang terletak dalam inti dari domain helical membantu untuk membungkus inti
secara baik. Ini memungkinkan bahwa mutase itu mengubah struktur dari IKK2 secara signifikan
dan tidak langsung menyebabkan aktivitas kinase. Mutase dari residu yang menghilangkan
aktivitas katalitic dan dimerisasi yang jadistructural. Dimerisasi mutan defektif yang muncul
tidak mengubah kegagalan struktur terhadap interaksi degan NEMO (seperti Leu654Glu) ini
mengejutkan lainnya, sejak domain ikatan NEMO dari IKK2 (NBD) secara ruang terpisah dari
domain dimerisasi IKK2. Lebih lanjut lagi interaksi antara NEMO dan IKK2 stabil. Kemudian
ini belum jelas bagaimana mutase dalam domain dimerisasi IKK2 distal ke domain ikatan
NEMO menghapus ikatan IKK:NEMO.
Mekanisme aktivasi IKK
Apakah struktur ini mengajarkan kita sesuatu mengenai isyarat mempengaruhi aktivasi IKK2,
atau dapatkah kita mengajukan model structural dari sebuah komplek IKK2 aktif yang

menjelaskan hasil yand didapat dari eksperimen seluler? Pemain kunci dalam penterjemahan
aktivitas IKK2 adalah NEMO, rantai Poly Ub